Ясно, что выражения грамоты: «Вы вогуличей, вотяков и пелымцев от нашего жалованья отвели, их задирали, войною на них приходили» — никак не могут относиться к знаменитому походу Ермака на Сибирь 1 сентября 1581 года; не могут относиться уже грамматически, по многократным формам; не могут относиться и потому, что известие о призыве Ермака помещено после, без связи с прежними нападениями Строгановых на вогуличей, вотяков и пелымцев; наконец, Ермак своим последним походом не мог возбудить пелымского князя, который не знал об этом походе, а когда узнал, то ушел назад; следовательно, прежде посылки Ермака 1 сентября 1581 года Строгановы уже пользовались царскою грамотою и предпринимали наступательные движения на сибирских народцев. Царь обнаруживает неудовольствие, зачем Строгановы призвали к себе волжских козаков без его указу; но это неудовольствие выражено несильно, да и гнев царский на козаков за их прежние дела на Волге выражен также несильно; непосредственно следуют слова, в которых выражается, что козаки совершенно покрыли бы свою вину, если б защищали Пермскую землю от сибирских дикарей, и сейчас следуют распоряжения об употреблении козаков для этой защиты, причем и Строгановым позволяется удержать часть их в своих острожках. Царь выражает гнев свой не за то, следовательно, что Строгановы призвали волжских охочих козаков, и не за то, что послали их за Уральские горы, на что имели полное право по прежней грамоте; он сердится за то, что они предпочли, по его мнению, свои выгоды выгодам царским; нападениями раздражили дикарей, и, в то время как эти дикари напали на Пермскую землю и на владения Строгановых, у последних не оказалось средств для защиты своих земель и для помощи царским воеводам, потому что войско, необходимое для защиты, они отослали для завоеваний в Сибири; царь грозит Строгановым большою опалою только в том случае, когда они будут продолжать подобное поведение, продолжать заботиться только о своих выгодах, грозит перевешать козаков только в том случае, когда они будут предпочитать службу частным людям службе царской, слушать Строгановых и служить им, а царскую землю выдавать.
Отправленный царем Оничков не мог исполнить его приказаний: Ермак с товарищами не возвратился к Строгановым из своего похода. Четыре дня шел он вверх по Чусовой до устья реки Серебряной; по Серебряной плыли два дня до Сибирской дороги; здесь высадились и поставили земляной городок, назвавши его Ермаковым Кокуем-городом; с этого места шли волоком до реки Жаровли; Жаровлею выплыли в Туру, где и начиналась Сибирская страна. Плывя вниз по Type, козаки повоевали много татарских городков и улусов; на реке Тавде схватили несколько татар, и в том числе одного из живших при Кучуме, именем Таузака, который рассказал козакам подробно о своем салтане и его приближенных. Ермак отпустил этого пленника к Кучуму, чтоб он рассказами своими о козаках настращал хана. Таузак, по словам летописца, так говорил Кучуму: «Русские воины сильны: когда стреляют из луков своих, то огонь пышет, дым выходит и гром раздается, стрел не видать, а уязвляют ранами и до смерти побивают; ущититься от них никакими ратными сбруями нельзя: все навылет пробивают». Эти рассказы нагнали печаль на хана и раздумье; он собрал войско, выслал с ним родственника своего, Маметкула, встретить русских, а сам укрепился подле реки Иртыша, под горою Чувашьею. Маметкул встретил Ермака на берегу Тобола, при урочище Бабасан, и был разбит: ружье восторжествовало над луком. Недалеко от Иртыша один из вельмож, или карачей, защищал свой улус: козаки разгромили его, взяли мед и богатство царское; неприятели настигли их на Иртыше, завязалась новая битва, и опять Кучумово войско было разбито; козаки поплатились за свою победу несколькими убитыми и все были переранены. К ночи козаки взяли город Атик-мурзы и засели в нем; на другой день должна была решиться их участь, надобно было вытеснить Кучума из его засеки. Козаки собрали круг и стали рассуждать, идти ли назад или вперед. Осилили те, которые хотели вперед во что бы то ни стало. «Братцы! — говорили они. — Куда нам бежать? Время уже осеннее, в реках лед смерзается; не побежим, худой славы не примем, укоризны на себя не положим, но будем надеяться на бога: он и беспомощным поможет. Вспомним, братцы, обещание, которое мы дали честным людям (Строгановым)! Назад со стыдом возвратиться нам нельзя. Если бог нам поможет, то и по смерти память наша не оскудеет в тех странах, и слава наша вечна будет». На рассвете 23 октября козаки вышли из города и начали приступать к засеке; осажденные, пустивши тучи стрел на нападавших, проломили сами засеку свою в трех местах и сделали вылазку. После упорного рукопашного боя козаки победили: царевич Маметкул был ранен; остяцкие князья, видя неудачу, бросили Кучума и разошлись по своим местам. Тогда и старый хан оставил засеку, прибежал в свой город Сибирь, забрал здесь сколько мог пожитков и бежал дальше. Козаки вошли в пустую Сибирь 26 октября. На четвертый день пришел к Ермаку один остяцкий князь с дружиною, привез много даров и запасов; потом стали приходить татары с женами и детьми и селиться в прежних своих юртах.
Козаки владели в стольном городе Кучумовом, но Маметкул был недалеко. Однажды, в декабре месяце, несколько из них отправились на Абалацкое озеро ловить рыбу; Маметкул подкрался и перебил их всех. Ермак, услышавши об этом, пошел мстить за товарищей, настиг поганых при Абалаке, бился с ними до ночи; ночью они разбежались, и Ермак возвратился в Сибирь. Весною, по водополью, пришел в город татарин и сказал, что Маметкул стоит на реке Вагае; Ермак отрядил часть козаков, которые ночью напали на стан царевича, много поганых побили, самого Маметкула взяли в плен и привели к Ермаку в Сибирь. Плен храброго Маметкула был страшным ударом для Кучума, стоявшего тогда на реке Ишиме. Но одна дурная весть шла за другою: скоро дали знать старому хану, что идет на него князь Сейдек, сын убитого им прежде князя Бекбулата; затем покинул его карача с своими людьми. Горько плакал старик Кучум. «Кого бог не милует, — говорил он, — тому и честь на бесчестье приходит, того и любимые друзья оставляют».
Лето 1582 года Ермак употребил на покорение городков и улусов татарских по рекам Иртышу и Оби; взял остяцкий город Назым, пленил его князя, но в этом походе потерял атамана Никиту Пана с его дружиною. Возвратившись в Сибирь, Ермак дал знать Строгановым о своих успехах, что он Кучума-салтана одолел, стольный город его взял и царевича Маметкула пленил. Строгановы дали знать об этом царю, который за их службу и раденье пожаловал Семена городами — Солью Большою на Волге и Солью Малою, а Максиму и Никите дал право в городках и острожках их производить беспошлинную торговлю как им самим, так и всяким приезжим людям. Козаки от себя прямо послали несколько товарищей своих в Москву известить царя об усмирении Сибирской земли. Иоанн пожаловал этих козаков великим своим жалованьем — деньгами, сукнами, камками; оставшимся в Сибири государь послал свое полное большое жалованье; а для принятия у них сибирских городов отправил воевод — князя Семена Болховского и Ивана Глухова. Касательно отправления этих воевод в Сибирь до нас дошла царская грамота к Строгановым от 7 генваря 1584 года: «По нашему указу велено было князю Семену Болховскому взять у вас, с ваших острожков, на нашу службу, в сибирский зимний поход, пятьдесят человек на конях. Но теперь дошел до нас слух, что в Сибирь зимним путем на конях пройти нельзя, и мы князю Семену теперь из Перми зимним путем в Сибирь ходить не велели до весны, до полой воды, и ратных людей брать у вас также не велели. Весною же велели взять у вас под нашу рать и под запас пятнадцать стругов со всем струговым запасом, чтоб струги подняли по двадцати человек с запасом; а людей ратных, подвод и проводников брать у вас не велели и обиды вашим людям и крестьянам никакой делать не велели. Так вы бы тотчас велели изготовить к весне струги чтоб за ними воеводам в ваших острожках и часу не мешкать. А не дадите судов тотчас и нашему делу учинится поруха, то вам от нас быть в великой опале». Это распоряжение Иоанна относительно Сибири было последнее: он не дождался вестей ни о судьбе Болховского, ни о судьбе Ермака.
Еще будучи только 43 лет, в 1573 году Иоанн говорил литовскому послу Гарабурде, что он уже стар. Действительно, такая страшная жизнь, какую вел Иоанн, такая страшная болезнь, которою страдал он, должны были состарить его преждевременно. Несчастная война с Баторием, потеря Ливонии, унижение, претерпенное Иоанном, должны были также разрушительно подействовать на его здоровье. Наконец, сюда присоединялось невоздержание всякого рода, против чего не могло устоять и самое крепкое телосложение. Мы видели, что по смерти Анастасии Иоанн сватался к сестре польского короля, но сватовство это не имело успеха; Иоанн обратился в сторону противоположную, на Восток, и в 1561 году женился на дочери черкесского князя Темрюка, которой при крещении в Москве дали имя Марии. Выгода жениться не на русской особенно при тогдашних обстоятельствах, и красота черкешенки могли прельстить Иоанна; но легко понять, что он мог выиграть в нравственном отношении от союза с дикаркою. Мария умерла в 1569 году. В 1571 году Иоанн решился вступить в третий брак и выбрал в невесты Марфу Собакину, дочь купца новгородского; но молодая царица не жила и месяца. Иоанн не любил сдерживаться никакими препятствиями и в начале 1572 года вопреки уставу церковному женился в четвертый раз, на Анне Колтовской: он призвал архиереев, архимандритов, игуменов на свой царский духовный совет и молил о прощении и разрешении четвертого брака, потому что дерзнул на него по следующим причинам: женился он первым браком на Анастасии, дочери Романа Юрьевича, и жил с нею тринадцать лет с половиною, но вражиим наветом и злых людей чародейством и отравами царицу Анастасию извели. Совокупился вторым браком, взял за себя из черкес пятигорских девицу и жил с нею восемь лет, но и та вражиим коварством отравлена была. Подождав немало времени, захотел вступить в третий брак, с одной стороны, для нужды телесной, с другой — для детей, совершенного возраста не достигших, поэтому идти в монахи не мог, а без супружества в мире жить соблазнительно; избрал себе невесту, Марфу, дочь Василия Собакина, но враг воздвиг ближних многих людей враждовать на царицу Марфу; и они отравили ее, еще когда она была в девицах; царь положил упование на все щедрое существо божие и взял за себя царицу Марфу в надежде, что она исцелеет; но была она за ним только две недели и преставилась еще до разрешения девства. Царь много скорбел и хотел облечься в иноческий образ; но, видя христианство распленяемо и погубляемо, детей несовершеннолетних, дерзнул вступить в четвертый брак. Царские богомольцы, архиепископы и епископы, видя такое царево смирение и моление, много слез испустили и на милосердие преклонились. Собравшись в соборной церкви Успения, они положили: простить и разрешить царя ради теплого умиления и покаяния и положить ему заповедь не входить в церковь до Пасхи; на Пасху в церковь войти, меньшую дору и пасху вкусить, потом стоять год с припадающими; по прошествии года ходить к меньшой и к большой доре; потом год стоять с верными и, как год пройдет, на Пасху причаститься святых тайн; с следующего же, 1573 года разрешили царю по праздникам владычным и богородичным вкушать богородичный хлеб, святую воду и чудотворцевы меды; милостыню государь будет подавать, сколько захочет. Если государь пойдет против своих неверных недругов за святые божии церкви и за православную веру, то ему епитимию разрешить: архиереи и весь освященный собор возьмут ее тогда на себя. Прочие же, от царского синклита до простых людей, да не дерзнут на четвертый брак; если же кто по гордости и неразумию вступит в него, тот будет проклят. Но Иоанн жил в четвертом браке не более трех лет: Колтовская заключилась в монастыре. Не имеем права двух наложниц царя, Анну Васильчикову и Василису Мелетьеву, называть царицами, ибо он не венчался с ними, и в современных памятниках они царицами не называются. В пятый и последний раз Иоанн венчался в 1580 году с Мариею Федоровною Нагою, от которой имел сына Димитрия; но мы видели, что он считал делом легким расторгнуть этот брак и сватался к англичанке. Во время пребывания Поссевина в Москве Иоанн исповедовался, но не приобщался вследствие того, что был женат на пятой жене.