Утратив к настоящему времени всякое экономическое значение, Преображенское кладбище по-прежнему продолжает играть важную роль в духовной жизни федосеевского и поморского согласий. Сегодня на Преображенском кладбище зарегистрированы три церковные общины. На территории бывшего «женского двора» находится община федосеевского согласия, а на территории бывшего «мужского двора» — община Древлеправославной Поморской церкви и община Московской патриархии, которые молятся в бывшей соборной Успенской часовне, разделённой на две части. С середины 1990-х годов властями было начато поэтапное возвращение некоторых построек федосеевской общине.
Одновременно с Преображенским было основано в Москве Рогожское кладбище. Как и Преображенское кладбище, эта земля также была отведена для погребения умерших во время чумы 1771 года московских старообрядцев, но только приемлющих священство, когда были закрыты прежние места старообрядческих погребений. Новое место представляло собой поле, находившееся справа от Владимирской дороги. С тех пор за Рогожской заставой стали хоронить священников, попечителей и прихожан московских старообрядческих общин поповцев. С разрешения императрицы Екатерины II здесь были выстроены один за другим два старообрядческих храма (летний и зимний), богаделенный дом, и постепенно образовался целый поселок, огороженный высоким забором. Население его составляли старообрядцы, приемлющие священство, среди которых было немало богатых промышленников и купцов. Богослужение в рогожских храмах совершалось священниками, перешедшими в старообрядчество из господствующей церкви.
В царствования Екатерины II и Александра I власти проявляли равнодушие к религиозной жизни старообрядчества. До 1823 года в некоторых правительственных учреждениях (в Московской духовной консистории, канцеляриях Министерства внутренних дел и московского генерал-губернатора) не было официальных сведений о Рогожском кладбище, существовавшем уже полстолетия, хотя о нём, разумеется, всем было известно.
Со времени восшествия на престол Николая I для старообрядцев вновь наступили тяжёлые времена. В ноябре 1827 года императорским указом было строго воспрещено принимать для службы в храм Рогожского кладбища новых священников, а с 1834 года священникам из других мест было запрещено не только служить, но даже появляться на Рогожском кладбище. Этими и многими другими запрещениями (переезжать с места на место, ремонтировать храмовые постройки и пр.) правительство стремилось к полной ликвидации старообрядчества. Репрессии побудили старообрядцев искать возможность учредить архиерейскую кафедру за границей. Большую часть расходов по поискам святителя взяли на себя прихожане Рогожского кладбища купцы Рахмановы. После учреждения в 1846 году белокриницкой иерархии преемник митрополита Амвросия, митрополит Кирилл, поставил в 1853 году во Владимир архиепископа Антония, который впоследствии стал первым архиепископом Московским и всея России и с 1862 года имел резиденцию на Рогожском кладбище.
К старообрядческой иерархии русское правительство отнеслось крайне враждебно. Гонения на старообрядчество, в частности правительственное распоряжение, по которому старообрядцам с 1855 года запрещалось записываться в купеческое сословие (что влекло за собой выполнение рекрутчины и лишение сословных привилегий), вынуждали некоторых старообрядцев изменять старой вере и переходить в единоверие.
В 1854 году в единоверие перешёл кладбищенский священник Пётр Русанов. В скором времени за ним последовали некоторые из прихожан во главе с Сапелкиным, Аласиным и др. Воспользовавшись этим, власти насильно, «без всякой церемонии» отобрали у старообрядцев Никольский храм, а 23 сентября 1855 года митрополит Московский Филарет (Дроздов) «освятил» его как единоверческую церковь под тем предлогом, что отступники якобы имеют право на часть кладбища. Отступившие в единоверие слали донос за доносом о том, что на кладбище водворились и тайно служат попы «австрийского поставления». По настоянию Филарета казённый смотритель кладбища совсем запретил старообрядцам совершать в часовнях богослужение. Хотя это запрещение было вскоре отменено, 7 июля 1856 года из-за домогательств Филарета правительство запечатало алтари летнего и зимнего храмов Рогожского кладбища. Никакие хлопоты старообрядцев не помогали. Более того, и после официального удостоверения ложности доносов особой комиссией в 1880 году алтари по настоянию обер-прокурора Синода К.П. Победоносцева оставались запечатанными. Они были распечатаны лишь после императорского указа от 17 апреля 1905 года «Об укреплении начал веротерпимости».
В честь этого события, пришедшегося на празднование Пасхи, старообрядческое духовенство и прихожане со всей России до сих пор ежегодно совершают крестный ход в Неделю святых жён-мироносиц (второе воскресенье после Пасхи). В память распечатания алтарей в 1912–1913 годах была воздвигнута и одна из красивейших московских колоколен с храмом во имя Воскресения Христова.
Первая архиерейская служба, которую совершил вернувшийся из ссылки архиепископ Московский Иоанн (Картушин), прошла лишь через полгода — 22 октября 1905 года. Первый разрешённый колокольный звон на Рогожском был слышен 27 июля 1905 года. В это время вокруг храмов началось активное строительство. Ф.Е. Морозова в память о своём сыне Сергее Ивановиче построила трёхэтажное здание для больницы, которое использовалось и как дом причта рогожских храмов. В нём же, на верхнем этаже, помещались келия и покои архиепископа Иоанна. Было построено и ещё несколько каменных жилых зданий, а к 1911 году — здание для Московского старообрядческого института.
После революции 1917 года большинство исторических зданий старообрядческого посёлка было разрушено, храм во имя Рожества Христова использовался под склад мастерских музеев Московского Кремля, сохранившиеся общинные дома были доведены до крайне жалкого состояния. Лишь в 1995 году правительство Москвы приняло решение о создании архитектурного заповедника на месте Рогожского кладбища и о поэтапной передаче исторических владений в пользование Русской православной старообрядческой церкви. Однако реконструкция Рогожского кладбища по-настоящему началась только в 2000-е годы.
Малоохтинское кладбище — один из старейших некрополей в Петербурге — принадлежало старообрядцам поморского согласия. Оно было основано ещё в 1760 году (а по некоторым данным, даже в 1740-м) в Охтинской верхней слободе. Тогда же при кладбище возник молитвенный храм во имя Святого пророка Илии. Появление кладбища именно здесь было связано, во-первых, с удалённостью Охты от центра города, а во-вторых, с тем, что среди живших здесь в XVIII веке плотников, потомков олончан и архангелогородцев, было много старообрядцев. В 1768 году Екатерина II издала указ, который давал Малоохтинскому старообрядческому кладбищу официальный статус.
Как отмечают исследователи, «вплоть до начала XX века кладбища играли огромную роль в жизни старообрядческих общин. Это было связано с тем, что до 1883 года им было запрещено строить церкви. Большинство существовавших молелен, появившихся главным образом при Екатерине II, возникли явочным порядком и в любой момент могли быть закрыты. Между тем прямого запрета на устройство кладбищ не существовало. В результате у старообрядцев именно кладбища (прежде всего Преображенское и Рогожское в Москве) стали конфессиональными центрами. При них основываются молитвенные дома и целые скиты-монастыри, богадельни, столовые, другие благотворительные учреждения, книгописные и иконописные мастерские. Вместе с тем заупокойный обряд и кладбищенское благолепие были для старообрядцев принципиально важны. С кладбищем была связана и мирская сторона жизни старообрядческих общин. Сюда стекалась коммерческая информация со всех концов России, здесь предприниматель-старообрядец всегда мог найти себе приказчиков и рабочих из среды единоверцев или получить кредит из кладбищенского капитала»[151].
Малоохтинское кладбище в XIX веке играло значительную роль в жизни петербургских поморцев. Ещё в 1792 году на деньги купца М.И. Ундозерова на кладбище была построена каменная моленная с высоким куполом и колокольней, в 1802 и 1809 годах прирезаны дополнительные участки, появилась богадельня, а позже и больница. В 1820-е годы при кладбище без видов на жительство жило около 150 человек, в том числе управляющий, казначей, два приказчика, три повара, три дворника, староста, четыре псаломщика и до двадцати певчих. При моленной на кладбище жил известный публицист и историк старообрядчества Платон Львович Светозаров (псевдоним — Павел Любопытный) (1772–1848), составивший «Трогательный, важный, истины и благочестия исполненный Исторический словарь 86 отменных и важных мужей староверческих церквей» и «Важный и занимательный, духом истины и благочестием озаренный… каталог, или Библиотеку писателей староверческой церкви».
