Польские мятежники рассчитывали использовать помощь царя, чтобы лишить трона Сигизмунда III, а московские бояре-заговорщики искали соглашения с королем, чтобы свергнуть самозванца.
Душою московского заговора были князья Василий, Дмитрий и Иван Шуйские, бояре братья Голицыны, Михаил Скопин и Борис Татев, Михаил Татищев, окольничий Иван Крюк-Колычев, дети боярские Валуев и Воейков, московские купцы Мыльниковы и другие лица.
Множившиеся слухи о боярском заговоре побудили самозванца усилить меры безопасности. По традиции внутренние покои дворца охраняли «жильцы» — дети боярские. Самозванец заменил их иноземной наемной стражей.
Отрепьев не имел возможности навербовать в Москве сколько-нибудь значительное число иностранных наемников. Когда события приняли опасный оборот, он вспомнил о нареченной невесте Марине Мнишек и ее отце — Юрии Мнишеке. Отправленный в Самбор Ян Бучинский передал Мнишеку царский приказ навербовать и привести в Москву наемное войско, без которого царю трудно было усидеть на троне.
2 мая 1606 г. царская невеста со свитой прибыла в Москву. Жители не могли отделаться от впечатления, что в их город вступила чужеземная армия, а не свадебная процессия. Впереди следовала пехота с ружьями. За ней ехали всадники, с ног до головы закованные в железные панцири, с копьями и мечами. По улицам Москвы горделиво гарцевали те самые гусары, которые сопровождали самозванца в самом начале его московского похода. За каретой Марины ехали шляхтичи в нарядных платьях. Их сопровождали толпы вооруженных слуг. За войском следовал обоз. Гостям услужливо показали дворы, где им предстояло остановиться. Обозные повозки одна за другой исчезали в боковых переулках и за воротами дворов. Москвичи были окончательно озадачены, когда прислуга принялась разгружать скарб: вместе с сундучками и узлами гайдуки выгружали из фур ружья и охапками вносили их наверх.
Лжедмитрий знал, что трон его шаток, и инстинктивно ждал спасения от тех, кто некогда помог ему расправить крылья и взлететь. Доносы по поводу заговора поступали со всех сторон, и Отрепьеву не приходилось выбирать. Он попытался начать с начала ту рискованную игру, в которой ставкой была не только его власть, но и голова.
Прибытие Мнишека с воинством в Москву ободрило Лжедмитрия. Но успех был связан с такими политическими издержками, которые далеко перекрыли все ожидавшиеся выгоды. Брак Отрепьева с Мариной, заключенный вопреки воле Боярской думы и духовенства, окончательно осложнил ситуацию.
После 12 мая 1606 г. положение в столице стало критическим. По словам К. Буссова, с этого дня в народе открыто стали говорить, что царь поганый, что он некрещеный иноземец, не праздновал святого Николая, не усерден в посещении церкви, ест нечистую пищу, оскверняет московские святыни.
В сочинениях современников можно прочесть, что Лжедмитрий проявил беспечность и легкомыслие, запретив принимать от народа доносы и пригрозив доносчикам наказанием. В действительности все обстояло иначе. Бесчинства шляхты привели к тому, что царская канцелярия оказалась завалена жалобами москвичей на «рыцарство» и встречными жалобами солдат. Запрет принимать челобитные имел в виду прежде всего эти взаимные жалобы. Что касается дел об оскорблении царя, их разбирали без всякого промедления.
Лжедмитрий получил власть из рук взбунтовавшихся москвичей менее чем за год до описываемых событий, а потому не допускал мысли о выступлении столичного населения против него самого. Все внимание самозванца сосредоточилось на том, чтобы удержать народ от выступления против наемного войска.
Опасаясь выдать себя неосторожными действиями, заговорщики не решались развернуть в народе открытую агитацию против Лжедмитрия. Они несколько раз откладывали сроки переворота, поскольку не были уверены в том, как поведет себя население. В конце концов они решили выступить под маской сторонников царя, чтобы подтолкнуть народ к восстанию против иноземного наемного войска. Планы Шуйских отличались вероломством. Бросив в толпу клич: «Поляки бьют государя!», заговорщики намеревались спровоцировать уличные беспорядки, парализовать силы, поддерживавшие Лжедмитрия, а тем временем проникнуть во дворец и убить самозванца.
На рассвете 17 мая 1606 г. Шуйские, собрав у себя на подворье участников заговора, двинулись через Красную площадь к Кремлю. Стрелецкие караулы, несшие стражу по всему Кремлю, не выказали никакой тревоги, когда во фроловских воротах появились бояре — братья Шуйские и Голицын, хорошо известные им в лицо. За боярами в ворота ворвались вооруженные заговорщики. Их нападение застало стрельцов врасплох — стража бежала, не оказав сопротивления. Завладев воротами, бояре-заговорщики велели бить в колокола, чтобы поднять на ноги народ. Звон колоколов поднял на ноги не одних только противников самозванца. Схватив оружие, ко дворцу бросилась «литва». Роты, стоявшие поблизости от Кремля, выступили в боевом порядке с развернутыми знаменами. Лихая атака еще могла выручить самозванца из беды. Но бояре успели упредить грозящую им опасность. Они обратились к народу, призывая его побивать поганых «латынян» и постоять за православную веру. С площади во все стороны поскакали глашатаи, кричавшие: «Братья, поляки хотят убить царя и бояр, не пускайте их в Кремль!». Толпа бросилась на шляхтичей и их челядь. Улицы, ведущие к Кремлю, были завалены бревнами и рогатками. Разбушевавшаяся стихия парализовала попытки «литвы» оказать помощь гибнущему Лжедмитрию. Наемные роты свернули знамена и отступили в свои казармы. Тем временем толпа ворвалась в сени и обезоружила копейщиков. Отрепьев пытался бежать из дворца, но был захвачен заговорщиками и убит. На трон взошел боярин Василий Шуйский. Тотчас по всей стране распространилась весть о том, что лихие бояре пытались убить «доброго государя», но тот вторично спасся и ждет помощи от своего народа, Массовые восстания на южной окраине государства положили начало второму этапу гражданской войны.
Получив трон, Отрепьев распустил по домам отряды восставших, которые были приведены им в Москву из Путивля. После переворота Путивль стал центром нового восстания. Зачинщиками мятежа были воевода князь Г. Шаховской и М. Молчанов. Фаворит Лжедмитрия I, М. Молчанов бежал из Москвы из-под стражи, укрылся во владениях Мнишеков в Самборе. Воспользовавшись поддержкой владелицы Самбора, авантюрист приступил к сбору войск на Украине. Одновременно он стал от имени Дмитрия рассылать грамоты по всей России с призывом выступить на борьбу с Шуйским. Успеху затеянной мистификации способствовало то, что Молчанов украл из кремлевского дворца государственную печать, которой и скреплял подложные грамоты.
Вождем мятежа в России стал казачий атаман Иван Болотников. Он побывал в турецком плену, был освобожден итальянцами и по пути из Италии на родину побывал в Самборе, где удостоился аудиенции у «Дмитрия». (Скорее всего, роль царя сыграл Молчанов). В Самборе Болотников получил царскую грамоту о назначении главным воеводой в путивльском войске.
Мятежники двинулись на Москву, казня по пути сторонников Василия Шуйского, Они разгромили правительственную армию и пять недель осаждали столицу, после чего ушли в Калугу. Согласно концепции, утвердившейся в советской историографии, первая Крестьянская война достигла апогея в дни восстания Болотникова. Вождь восстания не только привел под Москву «сермяжную» (крестьянскую) рать, но и выдвинул антикрепостническую, антифеодальную программу (В. И. Корецкий). Указанная схема относится к области историографических мифов. «Классовая» схема не выдерживает столкновения с фактами. Разгромив Болотникова под Москвой, царь Василий в обращении к городам признал, что в мятеже участвовали дворяне из Рязани, Тулы и 11 других южных городов. Девять из мятежных городов находились в полосе наступления Болотникова. Дворяне из этих городов составили боевое ядро мятежного войска. Воевода «доброго» царя Дмитрия Болотников убивал приверженцев царя-узурпатора Василия Шуйского. Такого рода казни не были показателем того, что у мятежников была «антикрепостническая программа». Болотников тщетно посылал грамоты в Самбор с призывом к «Дмитрию» немедленно ехать в Россию. Воевода и жители Путивля, не дождавшись «царя» из Польши, призвали на помощь самозванца с Дона, принявшего имя «царевича Петра», сына царя Федора Ивановича. «Царевич» потребовал присяги от дворян, находившихся в путивльских тюрьмах. Но большинство пленников отказались признать «обманщика». Тогда казаки учинили кровавую расправу над дворянами. Наспех собрав войска, Петр выступил в Тулу, где к нему присоединился Болотников.
Между тем, самозванческая интрига получила дальнейшее развитие: в Литве появился Лжедмитрий II. Ходило множество слухов о его происхождении. Но наиболее достоверные сведения о нем сообщают иностранцы, наблюдавшие в Литве за первыми шагами претендента или же расследовавшие дело по свежим следам. Польские иезуиты дознались, что под маской Лжедмитрия II скрывался некто Богданко, крещеный еврей. Романовы хорошо знали «вора», так как Филарет Романов служил при его дворе. После избрания на трон Романовы подтвердили версию иезуитов.
