Еще Новгород остался державою народною; но свобода его была уже единственно милостию Иоанна и долженствовала исчезнуть по мановению самодержца. Нет свободы, когда нет силы защитить ее. Все области Новогородские, кроме столицы, являли от пределов восточных до моря зрелище опустошения, произведенного не только ратию Великокняжескою, но и шайками вольницы: граждане и жители сельские в течение двух месяцев ходили туда вооруженными толпами из Московских владений грабить и наживаться. Погибло множество людей. К довершению бедствия, 9000 человек, призванных в Новгород из уездов для защиты оного, возвращаясь осенью в свои домы на 180 судах, утонули в бурном Ильмене. Зимою Священноинок Феофил с духовными и мирскими сановниками приехал в Москву и был поставлен в Архиепископы. Когда сей торжественный обряд совершился, Феофил на амвоне смиренно преклонил выю пред Иоанном и молил его умилосердиться над знатными Новогородскими пленниками, Василием Казимиром и другими, которые еще сидели в Московских темницах: Великий Князь даровал им свободу, и Новгород принял их с дружелюбием, а Владыку своего с благодарностию, легкомысленно надеясь, что время, торговля, мудрость Веча и правила благоразумнейшей политики исцелят глубокие язвы отечества.
В исходе сего года явилась Комета, в начале следующего другая; народ трепетал, ожидая чего-нибудь ужасного. Иоанн же, не участвуя в страхе суеверных, спокойно мыслил о важном завоевании. Древняя славная Биармия, или Пермь уже в XI веке платила дань Россиянам, в гражданских отношениях зависела от Новагорода, в церковных от нашего Митрополита, но всегда имела собственных Властителей и торговала с Москвитянами как Держава свободная. Присвоив себе Вологду, Великие Князья желали овладеть и Пермию, однако ж дотоле не могли: ибо Новогородцы крепко стояли за оную, обогащаясь там меною Немецких сукон на меха драгоценные и на серебро, которое именовалось Закамским и столь прельщало хитрого Иоанна Калиту. В самом Шелонском договоре Новогородцы включили Пермь в число их законных владений; но Иоанн III, подобно Калите дальновидный и гораздо его сильнейший, воспользовался первым случаем исполнить намерение своего пращура без явной несправедливости. В Перми обидели некоторых, Москвитян: сего было довольно для Иоанна: он послал туда Князя Феодора Пестрого с войском, чтобы доставить им законную управу.
[1472 г.] Полки выступили из Москвы зимою, на Фоминой неделе пришли к реке Черной, спустились на плотах до местечка Айфаловского, сели на коней и близ городка Искора встретились с Пермскою ратию. Победа не могла быть сомнительною: Князь Феодор рассеял неприятелей; пленил их Воевод, Кача, Бурмата, Мичкина, Зырана; взял Искор с иными городками, сжег их и на устье Почки, впадающей в Колву, заложил крепость; а другой Воевода, Гаврило Нелидов, им отряженный, овладел Уросом и Чердынью, схватив тамошнего Князя Христианской Веры, именем Михаила. Вся земля Пермская покорилась Иоанну, и Князь Феодор прислал к нему, вместе с пленными, 16 сороков черных соболей, драгоценную шубу соболью, 29 поставов Немецкого сукна, 3 панциря, шлем и две сабли булатные. Сие завоевание, коим владения Московские прислонились к хребту гор Уральских, обрадовало Государя и народ, обещая важные торговые выгоды и напомнив России счастливую старину, когда Олег, Святослав, Владимир брали мечом чуждые земли, не теряя собственных. — Вероятно, что Пермский Князь Михаил возвратился в свое отечество, где после господствовал и сын его, Матфей, как присяжник Иоаннов. Первым Российским Наместником Великой Перми был в 1505 году Князь Василий Андреевич Ковер.
Доселе Великий Князь еще не имел дела с главным врагом нашей независимости, с Царем Большой или Золотой Орды, Ахматом, коего толпы в 1468 году, нападали единственно на Рязанскую землю, не дерзнув идти далее: ибо в упорной битве с тамошними Воеводами потеряли много людей. Благоразумный Иоанн, готовый к войне, хотел удалить ее: время усиливало Россию, ослабляя могущество Ханов. Но другой естественный враг Москвы, Казимир Литовский, употреблял все способы подвигнуть Ахмата на Великого Князя. Дед Иоаннов, Василий Димитриевич, купил в Литве одного Татарина, именем Мисюря, Витовтова пленника, которого внук, Кирей, рожденный в холопстве, бежал от Иоанна в Польшу и снискал особенную милость Казимирову. Сей Государь хотел употребить его в орудие своей ненависти к России, послал в Золотую Орду с ласковыми грамотами, с богатыми дарами, и предлагал Ахмату тесный союз, чтобы вместе воевать наше отечество. Кирей имел ум хитрый, знал хорошо и Татар и Москву: доказывал Хану необходимость предупредить Иоанна, замышляющего быть самовластителем независимым; подкупал Вельмож Ординских и легко склонил их на свою сторону: ибо они недоброжелательствовали Великому Князю за его к ним презрение или скупость. Уже Москва не удовлетворяла их алчному корыстолюбию; уже Послы наши не пресмыкались в Улусах с мешками серебра и золота. Главный из Вельмож Ханских, именем Темир, всех ревностнее помогал Кирею; но целый год миновал в одних переговорах. Междоусобия Татар не дозволяли Ахмату удалиться от берегов Волги, и в то время, когда Посол Литовский твердил ему о древнем величии Ханов, знаменитая их столица, город Сарай, основанный Батыем, не мог защитить себя от набега смелых Вятчан: приплыв Волгою и слыша, что Хан кочует верстах в пятидесяти оттуда, они врасплох взяли сей город, захватили все товары, несколько пленников и с добычею ушли назад, сквозь множество Татарских судов, которые хотели преградить им путь. Наконец Ахмат, взяв меры для безопасности Улусов, отправил с Киреем собственного посла к Казимиру, обещал немедленно начать войну и чрез несколько месяцев действительно вступил в Россию с знатными силами, удержав при себе Московского чиновника, который был послан к нему от Государя с мирными предложениями.
Великий Князь, узнав о том, отрядил Боярина Феодора Давидовича с Коломенскою дружиною к берегам Оки; за ним Даниила Холмского, князя Оболенского-Стригу и братьев своих с иными полками; услышал о приближении Хана к Алексину и сам немедленно выехал из столицы в Коломну, чтобы оттуда управлять движениями войска. При нем находился и сын Касимов, Царевич Данияр, с своею дружиною: таким образом политика Великих Князей вооружала Моголов против Моголов. Но еще сильно действовал ужас Ханского имени: несмотря на 180000 воинов, которые стали между неприятелем и Москвою, заняв пространство ста пятидесяти верст; несмотря на общую доверенность к мудрости и счастию Государя, Москва страшилась, и мать Великого Князя с его сыном для безопасности уехала в Ростов.
Ахмат приступил к Алексину, где не было ни пушек, ни пищалей, ни самострелов; однако ж граждане побили множество неприятелей. На другой день Татары сожгли город вместе с жителями; бегущих взяли в плен и бросились целыми полками в Оку, чтобы ударить на малочисленный отряд Москвитян, которые стояли на другом берегу реки. Начальники сего отряда, Петр Федорович и Семен Беклемишев, долго имев перестрелку, хотели уже отступить, когда сын Михаила Верейского, Князь Василий, прозванием Удалый, подоспел к ним с своею дружиною, а скоро и брат Иоаннов, Юрий. Москвитяне прогнали Татар за Оку и стали рядами на левой стороне ее, готовые к битве решительной: новые полки непрестанно к ним подходили с трубным звуком, с распущенными знаменами. Хан Ахмат внимательно смотрел на них с другого берега, удивляясь многочисленности, стройности оных, блеску оружия и доспехов. «Ополчение наше (говорят Летописцы) колебалось подобно величественному морю, ярко освещенному солнцем». Татары начали отступать, сперва тихо, медленно; а ночью побежали гонимые одним страхом: ибо никого из Москвитян не было за Окою. Сие нечаянное бегство произошло, как сказывали, от жестокой заразительной болезни, которая открылась тогда в Ахматовом войске. — Великий Князь послал Воевод своих вслед за неприятелем; но Татары в шесть дней достигли до своих Катунов, или Улусов, откуда прежде шли к Алексину шесть недель; Россияне не могли или не хотели нагнать их, взяв несколько пленников и часть обоза неприятельского; а Великий Князь распустил войско, удостоверенный, что Хан не скоро осмелится предприять новое впадение в Россию. Между тем Казимир, союзник Моголов, не сделал ни малейшего движения в их пользу: имея важную распрю с Государем Венгерским и занятый делами Богемии, сей слабодушный Король предал Ахмата так же, как и Новогородцев. Иоанн возвратился в Москву с торжеством победителя.
Скоро после того он и все Москвитяне были огорчены преждевременною кончиною Князя Юрия Васильевича. Меньшие братья его и сам Великий Князь находились в Ростове, у матери, тогда нездоровой. Митрополит Филипп не смел без повеления Иоаннова хоронить тела Юриева, которое, в противность обыкновению, четыре дня стояло в церкви Архангела Михаила. Великий Князь приехал оросить слезами гроб достойного брата, не только им, но и всеми искренно любимого за его добрые свойства и за ратное мужество, коим он славился. — Юрий скончался холостым на тридцать втором году жизни и в духовном завещании отказал свое имение матери, братьям, сестре, Княгине Рязанской, поручив им выкупить разные заложенные им вещи, серебряные, золотые, и даже сукна Немецкие: ибо на нем осталось более семисот рублей долгу. О городах своих — Дмитрове, Можайске, Серпухове — он не упоминает в духовной. Иоанн, присоединив их к Великому Княжению, досадил завистливым братьям; но мать благоразумными увещаниями прекратила ссору, отдав Андрею Васильевичу местечко Романов: Великий Князь уступил Борису Вышегород, а меньшему Андрею Торусу, утвердив грамотами наследственные Уделы за ними и за детьми их.