Заправка топливом в полете начиналась с того, что заправщик КВ-29Р набирал нужную высоту. Оператор опускал штангу в рабочее положение. Заправляемый самолет пристраивался в хвост заправщику и открывал заправочное отверстие. После соединения обоих самолетов, оператор подавал топливо. По мере перекачки топлива изменялась масса и центр тяжести обоих самолетов. Пилот заправляемого самолета корректировал положение своей машины. В этом ему помогали световые сигналы, подаваемые с заправщика. После завершения заправки бензопровод продувался сжатым воздухом, чтобы предотвратить возможный взрыв бензиновых паров.
Следует заметить, что эта система в модифицированном виде до сих пор применяется на самолетах КС-135 «Стратотанкер».
Один КВ-29М (45-21734) был оснащен сразу тремя бензопроводами. Переделку самолета проводила фирма «Хейес Эйркрафт Корпорейшн». Машине присвоили обозначение YKB-29T. Хотя бензопроводы на этом заправщике были гибкого типа, они представляли собой совершенно новую разработку. Бензопроводы устанавливали в хвостовой части фюзеляжа и на законцовках крыльев. Запас топлива для заправки самолетов находился в центроплане и двух дополнительных бензобаках, смонтированных внутри бомбовых отсеков.
Единственный YKB-29T использовался для пробных заправок в воздухе сразу по три самолета. Позднее эта система использовалась на самолете КВ-50. Максимальную скорость самолета YKB-29T ограничивала недостаточная мощность двигательной установки. Поэтому самолет не мог заправлять скоростные истребители, тогда как его именно для этой цели и предназначали. Самолет YKB-29T с названием «Cross Over the Bridge» летал в составе 421-й авиазаправочной эскадрильи.
Шестнадцать В-29 переделали в поисково-спасательные самолеты, которые применялись в составе соответствующей службы, подчинявшейся командованию военно-транспортной авиации. Самолетам присвоили обозначение SB-29. У них антенну радара AN/APQ-13 перенесли из стандартного положения между бомбовыми отсеками на место передней нижней турели. Место радиста перенесли из передней в заднюю гермокабину. Экипаж SB-29 состоял из 11 летчиков: двух пилотов, штурмана, двух бортмехаников, оператора радара и трех наблюдателей (двое в бортовых блистерах и один вместо хвостового стрелка).
Самолет приспособили для переноса и при необходимости сброса большой спасательной лодки типа А-3, выпускавшейся фирмой «Эдо Корпорейшн» из Колледж-Пойнт, остров Лонг-Айленд, штат Нью-Йорк. Корпус лодки алюминиевый, собирался с применением авиационных технологий. Длина лодки 9,07 м. Внутри лодки имелось 20 герметичных воздушных камер. Еще две камеры, закрытые прорезиненной тканью имелись на носу и корме. Во время сброса камеры наполнялись воздухом. Лодка оснащалась бензиновым мотором, вращавшим одиночный винт. Запаса топлива, имевшегося в лодке, хватало на 900 км пути.
Лодка подвешивалась под фюзеляжем кормой вперед. Для сброса использовался механический привод, включавшийся с места бомбардира. Лодка падала носом вперед под углом 50 гр. От быстрого разгона лодку предохранял парашют диаметром 30,48 м.
Самолеты SB-29 использовались поисково-спасательной службой в 1947-55 гг. Их применяли во время Корейской войны для поиска экипажей сбитых над морем В-29. Для ночного поиска под крыльями самолеты SB-29 оборудовались ракетницами, стрелявшими пусковыми ракетами.
Самолеты В-29, модифицированные для проведения метеоразведки, получили обозначение WB-29. Вооружение на них отсутствовало, все турели демонтированы, а отверстия для них в фюзеляже закрыты заглушками. Перед местом передней верхней турели установили астро-навигационную башенку. Экипаж 10 человек: двое пилотов, бортмеханика, наблюдателя-метеоролога, штурмана, радиста, левого наблюдателя (оператора сбрасываемого зонда), оператора радиозонда, правого наблюдателя. На некоторых самолетах еще один наблюдатель помещался в хвостовой установке.
Самолет WB-29 оснащался большим количеством метеорологической аппаратуры, в том числе психрометром ML-313/AM, измерителем удельной влажности ID/AMQ-2, радиоальтиметр SCR-718, радар-альтиметр AN/APN-1 и радиозонд AN/АМТ-3, сбрасываемый на парашюте. Самолеты WВ-29 использовались для взятия проб воздуха после наземных испытаний авиабомб. При этом самолет оснащался дополнительным воздушным фильтром на месте верхней задней турели.
Самолеты WB-29 применялись ВВС США до марта 1960 года.
Один B-29-96-BW (45-21800) выпустили под обозначением ЕВ-29 и использовали в программе развития самолетов с ракетными двигателями. С самолета сняли крышки бомбового отсека. Под фюзеляжем смонтировали специальную платформу для подвески самолета, а так-же дренажи аварийного сброса ракетного топлива. Самолет ЕВ-29 участвовал в испытаниях самолетов-ракет Х-1, Х-2А, Х-2В, Х-1С, Х-ГО, Х-1Е. 14 октября 1947 года ЕВ-29 поднял в воздух ракетоплан Х-1. Управлял самолет экипаж Чарльза Йегера. После отделения от самолета ракетоплан преодолел звуковой барьер.
Другим самолетом-носителем, обозначенным ЕВ-29, стал В-29-60-ВА (44-48111). Этот самолет применялся для испытаний экспериментальных истребителей «Макдоннелл ХР-85 Гоблин». Предполагалось использовать эти истребители в качестве носимых истребителей, подвешиваемых к стратегическим бомбардировщикам В-36 «Конвейр» и сбрасываемых в районе цели для прикрытия бом-бардировщиков во время бомбометания. По завершению операции истребители могли снова вернуться на бомбардировщики благодаря специальному механизму подвески. ЕВ-29 нес ХР-85 в заднем бомбовом отсеке, с которого сняли крышки. Внутри смонтировали специальную раскладную конструкцию, предназначенную для выведения истребителя из бомбоотсека и перехвата его при возвращении.
После 1954 года часть снятых с вооружения В-29 переделали в дистанционно управляемые самолеты-цели. Им присвоили обозначение QB-29.
В-29, предназначенные для дистанционного управления самолетами-целями, обозначались DB-29.
В 1949 году один B-29-БW переделали в транспортный самолет, обозначив его СВ-29К. Самолет летал до 1956 года.
Один В-29 использовался командованием стратегической авиации в качестве пассажирского, для перевозки особо важных персон. Самолету присвоили обозначение УБ-29.
14 апреля 1947 года ВМФ США получила из резерва ВВС США четыре B-29-BW (4521789, 45-21797, 45-21791, 44-87766). Самолетам присвоили серийные номера морской авиации (Bu№ 84028, 84029, 84030, 84031). В соответствии с принятой на флоте системой обозначений, самолеты стали называться P2B-1S. Бомбардировщики применялись для испытания новых систем вооружения и поиска подводных лодок. P2B-1S (Bu№ 84029) использовался в качестве носителя экспериментального ракетного самолета «Дуглас D-558-2 Скайрокет». После завершения испытаний самолет передали в NACA. Два самолета оснастили дополнительными бензобаками в бомбовых отсеках и радиолокаторами, присвоив машинам обозначение P2B-2S.
В начале 50-х годов ВВС США приступило к работам над авиационными системами раннего оповещения (airborne early warning). В июле 1951 года три В-29 приспособили для испытаний систем подобного рода. Самолет B-29-80-BW (44-87599) оснастили радаром AN/APC-2 °C с антенной под массивным диэлектрическим обтекателем каплевидной формы, установленным над передней частью фюзеляжа.
В-29, использовавшиеся для испытаний различной электроаппаратуры, обозначались как ERB-29.
Одним из самых оригинальных проектов, возникших на базе бомбардировщика В-29, был гибрид из В-29 и двух истребителей «EF-84 Тандерджет», присоединенных к бомбардировщику концами крыльев. Этот гибрид предполагалось использовать для увеличения радиуса действия истребителей. Машина разбилась во время одного из пробных полетов.
В ходе Корейской войны появился проект необычного оборонительного вооружения для В-29. В хвостовой установке предполагалось смонтировать мощный прожектор, который своим светом слепил бы пилота ночного истребителя, пытающегося атаковать самолет с задней полусферы. В начале 1953 года на базе Райт в рамках проекта «Глоу Уорм» («светлячок») в хвостовой установке бомбардировщика В-29 между пулеметами установили прожектор яркостью 500 млн свечей. Но испытания показали, что свет прожектора ослепляет и хвостового стрелка, а для истребителей, находящихся вне пределов светового луча, прожектор служит прекрасным ориентиром.
Описывая модификации бомбардировщика В-29 нельзя умолчать о его экспортном варианте, состоявшим на вооружении Королевских ВВС. Британцы в начале 50-х годов ощутили необходимость в новом бомбардировщике, который заменил бы снятые с вооружения самолеты «Авро Линкольн» до появления новых реактивных бомбардировщиков
