Вопрос о мерах по борьбе с дезертирством был обсужден 13 октября на заседании Реввоенсовета Республики с участием Л.Д. Троцкого, Э.М. Склянского, С.С. Каменева, С.И. Гусева, П.П. Лебедева, Д.И. Курского, И.И. Межлаука, А.И. Рыкова, Н.И. Раттэля и Х.Г. Раковского. По итогам обсуждения они приняли следующее постановление: поручить председателю Центральной комиссии по борьбе с дезертирством С.С. Данилову разработать «проект по уездным военным комиссариатам относительно судебной деятельности в отношении дезертиров-рецидивистов на предмет самой беспощадной расправы»; создать комиссию в составе представителей Центрокомдезертира, Всероглавштаба, Политуправления, Полевого штаба, ЦУСа, которой ставилась задача «разработать в недельный срок основные меры, необходимые для улучшения постановки борьбы с дезертирством как в тылу, так и на фронтах, и для улучшения постановки дела в тыловых запасных частях».
К середине октября Главное командование Красной Армии проделало большую работу по укреплению войск Южного и Западного фронтов. Это позволило им остановить продвижение противника, а затем перейти в контрнаступление. Войска Южного фронта нанесли поражение Вооруженным Силам Юга России и к концу декабря вышли на подступы к Северному Кавказу. Основные силы Западного фронта (7-я и 15-я армии) к этому же времени разгромили Северо-Западную армию генерала H.H. Юденича. В ходе наступления Л.Д. Троцкий, находившийся в Петрограде, жестко пресекал все попытки нарушить воинскую дисциплину. Так, в приказе № 162 от 2 ноября по 7-й армии он писал: «Приказываю командирам и комиссарам неукоснительно следить, чтобы ни один из этих случаев измены не прошел безнаказанно. Семьи изменников должны быть немедленно арестованы. Самих предателей занести в Черную книгу армии, дабы после близкого и окончательного торжества революции ни один из предателей не ушел от кары. В боевой обстановке командиры, комиссары и передовые красноармейцы должны зорко блюсти за тем, чтобы не давать предателям совершать свою работу: нужно истреблять на месте всякого, кто пытается вызвать панику, призывает бросить оружие и перейти в стан белых». На следующий день в приказе № 165 Троцкий потребовал: «…5. Против трусов и шкурников — суровые меры. Отступающих без приказа после предупреждения истреблять на месте. Заградительным отрядам передавать дезертиров немедленно трибуналу. Трибуналам действовать на месте так, чтобы наказание следовало немедленно за преступлением». 6 ноября в телеграмме № 982 Реввоенсовету Республики Троцкий снова возвращается к своей идее о введении для дезертиров отличительных знаков. «Предлагаю, как меру наказания, ввести для армии и флота черные воротники, для дезертиров, возвращенных в части, для солдат, отказавшихся от выполнения приказа, чинивших разгром и прочее, — пишет Лев Давидович. — Солдаты и матросы с черными воротниками, пойманные на втором преступлении, подвергаются удвоенной каре. Черные воротники снимаются только в случае безупречного поведения или воинской доблести».
По решению Реввоенсовета Республики от 17 ноября при реввоенсоветах фронтов и армий и при штабах дивизий создавались полевые комиссии по борьбе с дезертирством, в состав которых входили комиссар штаба, представители соответствующего политотдела и особого отдела. На эти комиссии возлагалась «вся борьба с дезертирством во фронтовой и прилегающей к фронту полосе с уведомлением о том Центрокомдезертир».
Несмотря на имевшие место факты дезертирства и неподчинения боевым приказам, боеспособность войск Красной Армии к концу 1919 г. была в целом высокой. Этому способствовали меры по улучшению снабжения частей всеми видами довольствия, боеприпасами и оружием, активизации партийно-политической работы, укреплению командного состава и др. В результате Красная Армия в январе 1920 г. разгромила армию адмирала A.B. Колчака, а к концу марта завершила разгром Вооруженных Сил Юга России. В ходе боевых действий применялись заградительные отряды, сформированные не только из частей регулярной армии, но и из войск вспомогательного назначения, — в первую очередь Войск охраны Республики (ВОХР). В соответствии с приказом № 7/с начальника войск ВОХР от 12 января 1920 г. они вели борьбу со всеми дезертирами, проезжавшими по железным дорогам и находящимися в районе расположения заградительных отрядов. Заградительные отряды, созданные в действующей армии, по-прежнему использовались в ближайшем тылу. Так, командир заградительного отряда 50-й Таманской стрелковой дивизии С.П. Стерликов вспоминал: «Назначение этого отряда состояло в очищении тыла Красной Армии от дезертиров, накоплявшихся в удобных для них местах в большом количестве, и, будучи вооружены, превращались в банды, грабившие население, нападавшие на местные органы власти, а иногда даже на тыловые органы Красной Армии. Ликвидация таких групп банд сопровождалась настоящими боями с людскими потерями. В задачи заградительного отряда входила также ликвидация белогвардейских вооруженных групп, оставляемых белыми войсками при их отступлении. Ликвидация этих групп также сопровождалась боями».
Весной 1920 г. обострилась обстановка на западе страны, где польская армия 17 апреля перешла в наступление, нанесла поражение войскам Юго-Западного фронта и 6 мая захватила Киев. С целью отвлечь внимание противника с Украины Главное командование Красной Армии предприняло 14 мая контрнаступление в Белоруссии силами Западного фронта. При подготовке его войск к операции в Смоленск, где находился штаб фронта, прибыл Л.Д. Троцкий. 9 мая он провел совещание с командным составом и комиссарами Западного фронта.
— Первое — создать заградительные отряды с таким расчетом, — говорил Лев Давидович, — чтобы каждое крупное воинское соединение имело за своей спиной хотя бы тонкую, но прочную и надежную сетку заградительных отрядов, умело и централизованно управляемых в соответствии с оперативными заданиями данного воинского соединения. Легкость и безнаказанность дезертирства способны разъесть самую лучшую часть. Молодой солдат, пытающийся вырваться из огня, в который попал впервые, должен встретить твердую руку, которая властно возвращает его назад с предупреждением о суровой каре всем нарушителям боевого долга. Удирающий шкурник должен наткнуться на револьвер или напороться на штык. Во главе заградительных отрядов должны стоять работники твердой воли и испытанного мужества. Начальник всех заградительных отрядов дивизии непосредственно подчиняется командиру и комиссару дивизии. Начальник заградительных отрядов армии — реввоенсовету армии. Второе — необходимо привести работу революционных военных трибуналов в действительное соответствие с суровой ответственностью всей обстановки… Смертельная угроза, снова нависшая над рабоче-крестьянской Россией, влечет за собой неминуемую угрозу смерти всем тем, кто не выполняет своего воинского долга. Наиболее суровым карам подлежат комиссары и командиры, обнаруживающие недостаток мужества, твердости и исполнительности.
В соответствии с указаниями Л.Д. Троцкого Главком С.С. Каменев принял меры по усилению войск Западного фронта заградительными отрядами. В разговоре по прямому проводу 27 мая с командующим фронтом М.Н. Тухачевским он просил его определить, «куда направить последние пять заградительных отрядов». М.Н. Тухачевский попросил направить три заградительных отряда в 16-ю армию и два — в 15-ю армию.
Наступление войск Западного фронта завершилось неудачей. Однако польское командование было вынуждено перебросить часть сил с Украины, что позволило Юго-Западному фронту перейти 26 мая в контрнаступление и 12 июня освободить Киев. Часть сил фронта (13-я армия) в это время вела борьбу с прорвавшимися в начале июня соединениями Русской армии генерала П.Н. Врангеля из Крыма в Северную Таврию. В это время снова участились случаи дезертирства из Красной Армии. По инициативе Л.Д. Троцкого Политбюро ЦК РКП (6)4 июня постановило:
«… 4) Возложить на местные партийные, советские организации обязательство всемерной напряженной работы по извлечению дезертиров и уклонившихся в течение июня месяца для направления их в запасные части. Организациям ЧКа и ВОХРА в согласии с Комдезертирами (комиссии по борьбе с дезертирами) сосредоточить все свои силы на извлечение дезертиров.
5) Всемерно усилить меры расправы со всеми элементами, подрывающими обороноспособность Советской республики в ее борьбе против нового союза белогвардейщины…».
Укрепление войск Западного и Юго-Западного фронтов, улучшение их снабжения оружием и боеприпасами, повышение эффективности агитационно-пропагандистской работы, а также проведение ряда жестких мер по наведению порядка в частях и соединениях позволили в начале июля 1920 г. возобновить наступление против польской армии. Войска Западного и Юго-Западного фронтов нанесли поражение противнику и в начале августа вышли к Западному Бугу, форсировали реку Стырь и стали угрожать Варшаве и Львову. Однако в середине августа польская армия перешла в контрнаступление, опрокинула части обоих фронтов и отбросила их назад.
