15 ноября 1533 года, ровно через год после прибытия в Кахамарку, испанцы вошли в столицу инков. Здесь и во время марша они собрали добычи еще на 580 200 золотых песо, включая десять серебряных пластин длиной 20 футов, шириной один фут и толщиной примерно два или три дюйма. Но теперь в своей алчности они даже решились урезать долю императора. Добыча должна была представлять собой значительно боьшую ценность, если, как пишет Педро Писарро, каждый из ста десяти всадников получил 8000 песо и каждый из четырехсот шестидесяти солдат – 4000 песо. В Куско избранная испанцами марионетка, законный сын Уайны Капака по имени Манко, был коронован борла как Инка, и вскоре после этого, 24 марта 1533 года, Куско был объявлен испанским поселением. Были избраны муниципальные чиновники, из восьми regidores двое были братьями Писарро. Вальверде стал епископом Куско, а сам Писарро – губернатором всей провинции. Тем временем сгущались грозовые тучи войны. Кискис, последний из военачальников Атауальпы, наконец начал наступление. Альмагро выступил ему навстречу в сопровождении большой армии индейских воинов под командованием нового Инки. Поскольку армию Кискиса составляли в основном люди с севера, Манко и его воины с готовностью шли в сражение. Кискис отступил в Хауйю, и там Альмагро, закаленный множеством сражений и умудренный боевым опытом, полностью уничтожил его армию. Несчастный вождь бежал в Кито и там был убит собственными людьми, поскольку продолжал настаивать на продолжении бесполезной, по их мнению, войны.
Его поражение должно было бы означать окончательное умиротворение Перу, однако на самом деле жестокость и алчность испанцев только начинали приносить свои плоды.
Первым признаком надвигающегося возмездия стало появление на севере страны Педро де Альварадо. Это был все тот же рыжебородый отчаянный вояка, наломавший дров в Мехико, автор знаменитого прыжка Альварадо. Теперь, в марте 1534 года, он прибыл к побережью Эквадора с большой флотилией, снаряженной для очередной попытки достичь островов пряностей. Но перуанское золото оказалось более лакомой приманкой, нежели перец, а из Испании после недавней женитьбы на знатной наследнице ему ничто не угрожало. С ним было двести пятьдесят конных и столько же пеших солдат, и, преодолев зимой, во время извержения вулкана, Анды, он двинулся на Кито. Пока он пробивался через Анды, Беналькасар, командовавший гарнизоном Сан-Мигеля, двинулся со ста сорока испанцами и большой армией индейцев по Андскому шоссе и, совершив тяжелейший форсированный марш, первым достиг Кито. Неясно, собирался ли Беналькасар присоединиться к Альварадо, но если и собирался, то после появления на сцене Альмагро изменил свое решение. Писарро направил своего партнера для усиления гарнизона Сан-Мигеля сразу же по получении известия о высадке Альварадо. Найдя город почти пустым, Альмагро немедленно пустился вдогонку за Беналькасаром. Два капитана объединили свои силы в Риобамбе, причем Беналькасар не подал виду, что намеревался присоединиться к Альварадо. По прибытии Альварадо обе армии объединились, и в конце концов за 100 000 песо, которые должны были быть ему уплачены якобы за оружие, снаряжение и корабли флотилии, Альварадо согласился добровольно удалиться.
В результате этого соглашения Писарро стал абсолютным властителем Перу. Однако «огненные письмена на стене» уже проявились. Вслед за Альварадо должны были прийти и другие. Жажда золота влекла искателей приключений на юг, а золото, плывущее с Эрнандо Писарро в Испанию, должно было манить их еще сильнее, так же как и толпу правительственных чиновников, жаждущих претворить в жизнь законы, которые постепенно лишат конкистадоров большей части богатств, ради которых они сражались.
И все же Писарро восемь лет оставался властителем самой большой из всех американских провинций Испании. Обладай он хоть в какой-то мере административными способностями, он мог бы добиться единодушной поддержки индейцев – терпеливой расы, склонной скорее к пассивному подчинению, нежели к осмысленной верности центральному правительству. Приложив небольшие усилия, он мог бы, не опасаясь сопротивления, заменить их чиновников собственной администрацией; находясь при этом на границе досягаемости правительства метрополии, он мог сделать свое положение неуязвимым. Однако опасность таилась в его собственной природе и в природе следовавших за ним людей. Его солдаты принимали покорность индейцев за трусость, и так же, как страх жертвы придает храбрости агрессору, так и пассивность индейцев выявила наихудшие качества испанцев.
Не предпринималось никаких мер для поддержания развитой ирригационной системы, от которой зависело продовольственное положение страны. Стада лам забивались, празднества следовали одно за другим без всякой заботы о будущем. Куда бы ни приходили испанцы, там начинались грабежи, насилие, убийства, не говоря уже о расточительном использовании тщательно собиравшихся запасов с индейских складов. Хуже того, разногласия между Альмагро и Писарро сдерживались только острой необходимостью вместе противостоять многократно превосходящим силам противника.
На следующий год, на фоне более или менее спокойной обстановки в стране, эти разногласия обострились. Пока Писарро на побережье основывал свою новую столицу, Лиму, Альмагро правил в Куско. Его агенты, сопровождавшие Эрнандо Писарро в Испанию, сообщили ему, что император Карл даровал ему губернаторство на громадной части территории, протянувшейся на двести лиг к югу от владений Писарро. Таким образом, королевский приказ сделал его независимым от бывшего компаньона. Карл и его советники имели весьма слабое представление о реалиях отдаленных владений Испании. В то время, скорее всего, в метрополии не имели даже карт, а потому сферы влияния – а все расстояния отсчитывались от острова Пуна – очерчивались в высшей степени произвольно. Альмагро утверждал, что Куско находится в его ведении. Писарро же приказал своим братьям, Гонсало и Хуану, принять командование. Город раскололся на два лагеря. Даже индейцы вынуждены были принимать сторону одного из противников. Вопрос не был разрешен вплоть до 12 июня 1535 года, когда противоречия были сглажены, а двое партнеров вновь договорились вместе преследовать свои цели и делить затраты и доходы от всех будущих завоеваний. Альмагро затем отправился в Чили и примерно на два года исчез со сцены. Он пытался добиться реальной власти в том регионе, который выделил ему император, и в то же время удовлетворить требования собственных людей.
Тем временем в Куско терпение индейцев наконец истощилось. Даже Манко не остался в стороне от нового мятежа. Он бежал из города и присоединился к мятежникам. Перу наконец восстал против бессмысленной жестокости своих чужеземных хозяев. Хуана Писарро, прочесывавшего окружающую местность в поисках пропавшего Инки, вынудили отступить с берегов реки Юкай. Толпы вооруженных воинов подступали к Куско, и впервые испанцы в Перу оказались перед лицом того фанатичного сопротивления, которое пришлось преодолевать Кортесу в столице ацтеков Мехико. Осада, начавшаяся в феврале 1536 года, продолжалась почти шесть месяцев. Большая часть Куско была уничтожена пожарами. Неоднократные попытки Писарро освободить гарнизон терпели поражение. Вся страна восстала, и только твердыня крепости Саксауаман помогла испанцам удержаться. Затем в августе 1536 года мятеж утих столь же неожиданно, как и начался; у молодого Инки закончились на складах припасы, позволившие его армии действовать значительно дольше традиционных трех недель. Страна замерла в напряженном ожидании; часть испанцев осталась запертой в Куско, часть – изолированной на побережье.
Положение было таковым, когда Альмагро через пустыню Атакама вернулся из Чили. Марш этот нельзя сравнить с маршем войска Топы Инки Юпанки, тем не менее это было значительное достижение для отряда, насчитывавшего более пятисот солдат, причем люди Альмагро мало что получили за все перенесенные ими невероятные лишения. В это время обязанности губернатора Куско исполнял вернувшийся из Испании Эрнандо Писарро. Выяснив, что молодой Инка Манко стоит лагерем со значительным числом воинов недалеко от Куско, Альмагро немедленно организовал с ним встречу. Вероятно, он рассчитывал заключить с ним союз, однако Манко, памятуя об участи Атауальпы, заподозрил ловушку; он напал на людей Альмагро с пятнадцатью тысячами воинов, но потерпел поражение. Альмагро же обратился непосредственно к Куско. Даже теперь ему, похоже, не хотелось становиться причиной междоусобных столкновений между людьми его собственной расы, да еще в охваченной восстанием стране. Его люди, однако, были настроены более приземленно и в ночь на 8 апреля 1537 года ворвались в город, нарушив негласное соглашение между Эрнандо и своим командиром. Членов семейства Писарро и еще более дюжины испанских капитанов бросили в тюрьму. Альмагро, оказавшийся в роли правителя Куско, направил своих эмиссаров с требованием лояльности к единственному испанскому командиру, который мог угрожать ему – Алонсо де Альварадо, командовавшему в Хауйе столь же большой армией, как и армия самого Альмагро. Посланников арестовали. Альмагро отправился в поход и в битве при Абанкае 12 июля вынудил Альварадо к сдаче. Однако теперь уже сам Писарро двигался от побережья с отрядом в четыреста пятьдесят человек, причем половину из них составляла кавалерия. Альмагро имел тысячу человек, но, несмотря на численное преимущество, сражаться не стал. Размолвка снова была улажена; по условиям соглашения Альмагро должен был остаться властителем Куско, а Эрнандо Писарро был освобожден на условии в течение шести недель отплыть в Испанию.