С 24 октября по 18 ноября корабли флотилии осуществляли перевозку в полном составе 191-й стрелковой и 44-й горнострелковой дивизий и 6-й отдельной бригады морской пехоты (более 20 тысяч человек), а также 129 орудий, 974 лошадей и другого имущества. Операция проходила под бомбежкой авиации противника. 4 ноября на базе Осиновец одиночным бомбардировщиком «Блейнхейм» был атакован сторожевой корабль «Конструктор». Самолет сбросил две 250-кг бомбы, одна из которых попала в носовую часть корабля. Носовая часть была разрушена, и корабль затонул. Погибло около 200 человек, среди которых 32 члена экипажа. Остальные, согласно советским популярным изданиям, были женщины и дети из блокадного Ленинграда, но скорей всего это были солдаты, перебрасываемые в Новую Ладогу.
В середине ноября 1941 г. из-за быстрого ледообразования, а также в связи с тем, что противник перерезал железную дорогу Тихвин — Волхов и занял Тихвин, было принято решение о переходе кораблей на зимнюю стоянку на западное побережье Ладожского озера между Морье и базой Осиновец. 17 ноября из Новой Ладоги вышел первый эшелон кораблей (сторожевой корабль «Пурга», канонерские лодки «Селемджа», «Бира», катера МО-216 и МО-175, бронекатера № 99 и 100), который прибыл в Морье 21 ноября. При этом 20 ноября были затерты льдами и затонули буксиры «Ижорец-9», «Ижорец-10» и «Ижорец-4», буксировавшие пароход «Козельск», сторожевые катера МО-175 и МО-216. В декабре 1941 г. катер МО-175 был поднят.
За осеннюю навигацию 1941 г. на восточный берег Ладожского озера было перевезено более 20 тысяч солдат и офицеров и из Ленинграда эвакуировано более 33,5 тысяч человек. На западный берег Ладожского озера было доставлено около 60 тысяч тонн различных грузов, в том числе 45 тонн продовольствия. Кроме того, в Ленинград было доставлено около 4500 винтовок, 1000 пулеметов, около 10 тысяч снарядов, более 108 тысяч мин и другое вооружение.
В 1942 г. перевозки по Ладожскому озеру начались в середине мая. 28 мая база Ладожской флотилии подверглась массированной бомбардировке противника. В 10 ч. утра канлодки «Бира», «Нора», «Селемджа» и «Бурея», стоявшие на рейде Кобоны, были атакованы неприятельскими бомбардировщиками. У «Биры» была разрушена носовая часть вместе с ходовой рубкой, убито 14, ранено 37 членов экипажа. От близких разрывов бомб «Нора» получила около 1700 пробоин в корпусе, ранен 21 член экипажа. На следующий день «Биру» удалось увести на буксире.
Этот и другие налеты привели к усилению ПВО портов Ладоги. К середине июня 1942 г. их прикрывали 150 зенитных пушек калибра 76–85 мм, 40 — 37-мм автоматических установок и свыше 70 пулеметов, а также 25 станций «Прожзвук» и 65 прожекторных станций. 123-й истребительный авиаполк 7-го истребительного авиакорпуса ПВО прикрывал склады и пристани на западном берегу озера. 3-й и 4-й гвардейские истребительные авиаполки ВВС Балтийского флота прикрывали суда и корабли на переходах, Ладожский канал от Леднева до Новой Ладоги, склады и пристани в районах Леднево, Кобона, Новая Ладога, Сясьстрой и Колчаново. Три истребительных авиаполка ВВС Ленинградского фронта прикрывали склады и станции Лаврово, Жихарево, Войбокало, Пупышево, Волховстрой и Гостинополье.
9 апреля 1942 г. Государственный Комитет Обороны обязал командующего Балтийским флотом вице-адмирала В.Ф. Трибуца обеспечить зенитными установками суда Наркомречфлота, предназначенный для перевозки грузов в навигацию 1942 г. Нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов 11 апреля 1942 г. выделил для этой цели 9 пушек калибра 45 мм и 109 пулеметов ДШК калибра 12,7 мм. Из судов Северо-Западного речного пароходства было предусмотрено вооружить 4 буксира и 51 баржу (40 новых и 11 отремонтированных). На буксирах устанавливалось по одной пушке и одному пулемету, на баржах — по два пулемета. Следует отметить, что пулеметы ДШК на тумбах легко переставлялись за час-два с одного судна на другое, то есть приходило судно в порт и передавало свои пулеметы на уходящее судно.
И немцы, и финны прекрасно понимали значение ладожских коммуникаций. Прекращение или даже резкое уменьшение их объема грозило гибелью Ленинграду. 22 января 1942 г. маршал Маннергейм подписал «Общую инструкцию для деятельности Ладожского отряда флота на время навигации 1942 г.», где говорилось: «Следует особенно обратить внимание на наступательные действия против коммуникаций противника, проходящих в южной части Ладожского озера».
2 апреля 1942 г. командир финской Ладожской береговой бригады полковник Ярвинен и начальник штаба подполковник Райнио направили начальнику генерального штаба главной квартиры «Разъяснения об обстоятельствах на Ладожском озере», где говорилось: «У Ладожской береговой бригады совершенно отсутствуют флот и авиасилы, необходимые для наступательной деятельности». Поэтому они считали, что «нападение в навигационный период морскими силами на неприятельский флот допустимо только в том случае, если на Ладожском озере будут получены подходящие для этой цели суда».
Финское правительство срочно попросило помощи у немцев. В мае 1942 г. немцы направили на Ладогу шесть катеров-тральщиков. Катер типа КМ имел скорость 25–32 узла и был вооружен двумя зенитными автоматами, нес четыре глубинные бомбы или мины. Четыре итальянских торпедных катера типа MAS прибыли в Сортанлахту 22 июля 1942 г. Они пароходом были доставлены в Хельсинки, а затем на буксире прошли шхерами до Выборга, затем по Сайменскому каналу, а последний участок до Лахденпохья — по железной дороге. Катера имели водоизмещение 20 тонн, скорость хода 47 узлов и были вооружены одним 20-мм автоматом.
Немцы направили на Ладогу и десантные суда понтонного типа. Такое судно представляло собой паром, состоявший из двух стальных барж, соединенных деревянной платформой. Понтоны десантных барж состояли из отдельных разборных секций, которые в разобранном виде легко перевозились как по железной дороге, так и автотранспортом. Сборка барж была довольно простым делом, не требовавшим специально оборудованных мастерских, и состояла в основном в навинчивании гаек на болты, соединявшие отдельные части судна. Боевая рубка и отдельные части судна имели легкую броню толщиной 10 мм. Тяжелые десантные баржи были вооружены тремя 88-мм орудиями и двумя 20-мм пулеметами. На легких десантных баржах стояло по два 20-мм пулемета и по одной 37-мм пушке. Транспортные, санитарные и штабные десантные баржи вооружались одной 37-мм пушкой.
К началу августа 1942 г. объединенная немецко-итало-финская флотилия имела в своем составе 7 тяжелых, 6 легких и 8 специальных десантных барж, 8 десантных катеров, 6 сторожевых катеров, финские торпедный катер, 60 катеров связи, канонерскую лодку и 4 итальянских торпедных катера MAS. Главной их базой была Лахденпохья, пунктами базирования — Сортанлахти, Кексгольм, Сортавала, Салми, Саунасари.
Штаб Ладожской военной флотилии разработал план уничтожения неприятельских кораблей в гавани Саунасари. Непосредственный удар должны были нанести корабли Ладожской флотилии (канлодки «Селемджа», «Лахта», «Бурея», сторожевой корабль «Пурга», пять тральщиков, восемь катеров МО, два торпедных катера, 24 истребителя и 10 бомбардировщиков из состава 61-й и 8-й авиабригад ВВС Балтийского флота). Однако в бухте кораблей противника не оказалось. Обстреляв побережье (израсходовано 61 — 100-мм фугасный снаряд и 35–76,2-мм дистанционных гранат), отряд вернулся на базу. Действия нашей флотилии заставили противника оттянуть часть сил для обороны побережья ввиду возможности высадки десанта Ладожской флотилией.
С 25 августа по 3 сентября канонерские лодки «Селемджа», «Лахта», «Бурея» и «Нора» и сторожевой корабль «Пурга» поддерживали огнем наступление 128-й стрелковой дивизии (правый фланг 8-й армии). Всего было проведено 49 стрельб. 1 сентября в 10 часов 13 минут самолет противника сбросил бомбу у борта «Пурги». Корабль затонул. Подняли его лишь 30 сентября 1943 г.
9 октября в районе острова Коневец произошел бой сторожевых катеров МО-175 и МО-214 с немецкими десантными баржами. От прямого попадания снаряда МО-175 взорвался и затонул. МО-214, воспользовавшись большим преимуществом в скорости, ушел, не оказав помощи, МО-175.
В ночь на 13 октября бронекатера № 99 и 100 под прикрытием катера МО-214 обстреляли причалы в бухте Саунаниеми, выпустив 37 снарядов. Но судов противника там не оказалось.
Германо-финское командование решило захватить остров Сухо, расположенный на юге Ладожского озера. Операция получила кодовое название «Бразиль». Остров Сухо был искусственным, его возвели в начале XVIII века, чтобы установить там маяк. Размеры остров всего 90 на 60 м. Однако, этот остров имел важное стратегическое значение. Он был расположен на пути движения советских катеров (в 37 км к северу от Новой Ладоги), контролировал значительный район южной части Ладожского озера и прикрывал подходы к Волховской губе. В сентябре 1942 г. на острове была установлена советская батарея (три 100-мм пушки Б-24). Гарнизон острова насчитывал 90 человек.
