Но война еще не завершилась. 3 июля генерал-майор П. И. Турчанинов писал Безбородко о готовности встретить корабли Повалишина, чтобы добиться реванша после поражения при Роченсальме. В рескрипте принцу Нассау-Зигену от 9 июля 1790 года было указано поручить вице-адмиралу Повалишину командование отрядом судов, которым предстояло заградить проход со стороны Луизы (Ловизы) в операции по уничтожению шведского гребного флота. В случае его болезни следовало командование вручить Т. Г. Козлянинову. Пока же предстояло суда привести в порядок после сражения.
8 июля Адмиралтейств-коллегия слушала рапорт Повалишина о прибытии на Кронштадтский рейд 6 июля с 6 поврежденными кораблями и решила ввести их в гавань для ремонта. Следовало отремонтировать их так, чтобы они были готовы к походу по первому повелению. Так как людей не хватало, моряками с ремонтируемых кораблей Повалишина укомплектовали корабли действующей эскадры Одинцова.
9 июля 1790 года Повалишин доносил Чернышеву о прибытии в Кронштадт накануне контр-адмирала Ханыкова с фрегатами «Гавриила», «Брячислав», пленным кораблем «Эмгейтен» и бригантиной. Он отмечал:
«Имею повеление по свозе всех пленных для исправления, корабли ввесть в гавань, но по сие время крепкие ветры не только приступить К начатию сего, но даже и всякое нужное сообщение препятствовали».
10 июля он направил всеподаннейшее донесение об отправке знамен с капитаном Повалишиным:
«Морскими В. И. В. силами в отряде под начальством моим находящимися, в день сражения с неприятельскими шведскими флотами минувшаго июня 22, полученныя со взятых в плен и оставленных неприятелем на мели кораблей и других судов флаги, гюйсы и вымпелы В. И. В. яко знаки победы оружием В. И. В. приобретенные, всеподданнейше представляю.
Повергая себя к стопам Вашим и с верноподданническою преданностию в милость и благоволение В. И. В. сего подносителя, флотских батальонов капитана Повалишина, представляю».
Капитан морских солдатских батальонов Иван Повалишин получил чин секунд-майора за храбрость в бою 22 июня. Скорее всего, он выполнял при отце обязанности адъютанта, как то нередко бывало на флоте того времени.
Пока корабли Повалишина ремонтировали, его ожидали уже для атаки шведского гребного флота в Роченсальме. П. И. Турчанинов в письме Безбородко 22 июля высказывал свое мнение:
«Ларион Афанасьевич Повалишин есть человек преусерднейший и готовый на все возможное, но неизвестность шхерная, а особливо чтоб весть в оныя три корабля, толико обладала духом его, что искренно как благодетелю моему скажу, весьма и весьма робеет, чтоб не стряслось того, что у Тревенена. Суда к нему назначенные от нас уже в Аспо. Я думаю как скоро он приближится, то поеду к нему и вместе дойдем до предписаннаго места, или же будем делать наивозможнейшее, а чего нельзя, того не сделаем; и как средство сие есть из самых важнейших чтоб пресечь неприятелю коммуникацию, то и не пропустим ничего, чем удостоверить себя сможем, или же дадим ему для провождения Комнено, Турновита и тому подобных людей…»
Нассау-Зиген считал, что необходимо эскадру из 3 линейных кораблей, 3 фрегатов и других судов поставить между островами Муссало и Каунисари, чтобы заблокировать неприятеля (не позволяя ему бежать или получить поддержку). Чичагову следовало отвлечь внимание шведов действиями под Свеаборгом, у Барезунда и Поркалаута, а Салтыкову — связать вражеские сухопутные войска. После прибытия эскадры между Муссало и Каунисари принц намеревался занять то же положение, что и в 1789 году. Следовало установить батареи большого калибра на острове Кутсало, чтобы заставить шведов покинуть стоянку.
Сбор сил эскадры Повалишина затянулся из-за штиля. К началу августа он выдвинулся на указанное место, ибо в высочайших рескриптах от 1-го и 4 августа фельдмаршалу Салтыкову упоминалось, что эскадра Повалишина достигла своего поста; Императрица настаивала, что надо осуществить атаку. 4 августа Повалишин сообщал Нассау-Зигену о встрече со шведскими судами (тремя большими и двумя малыми). Он послал гребные суда стать между островами, а сам с кораблями составил их прикрытие. Однако операция не состоялась. 7 августа Турчанинов писал Безбородко, что они с Повалишиным решили после того, как стихнет западный ветер, идти 6 августа к Каунисари и Муссало, но от шведского парламентера узнали о заключении мирного договора. Ранее поступивший указ принца о выполнении атаки так и не был осуществлен. 26 августа Адмиралтейств-коллегия слушала рапорт Повалишина о выполнении повеления Нассау-Зигена прибыть в Кронштадт.
Войну завершил Верельский договор. 8 сентября Повалишин получил шпагу с алмазами и 600 душ крестьян в Полоцкой губернии «за похвальную службу и за храбрые и отличные его подвиги в сражениях…». Адмиралтейств-коллегия подготовила списки распределения средств за победы и взятые призы, в том числе и доставшиеся эскадре Повалишина. Все это было достойной наградой вице-адмиралу и его подчиненным.
В октябре 1790 года Повалишин, по журналу коллегии от 8 ноября, не получил определенного назначения. Скорее всего, ему предоставили отдых. В кампанию 1791 года Повалишин наряду с адмиралом Крузом, вице-адмиралом Мусиным-Пушкиным, контр-адмиралами Ханыковым, Скуратовым, Лежневым находился в подчинении адмирала Чичагова; он состоял в кронштадтской эскадре Круза. С 1791 года вице-адмирал присутствовал также в Адмиралтейств-коллегии. Однако тяготы морской службы сказывались. Высочайший указ 13 декабря 1792 года гласил: «Снисходя на прошение вице-адмирала Лариона Повалишина, в докладе оной коллегии Нам представленном, всемилостивейше увольняем его для излечения болезни на год». После возвращения из отпуска моряк приступил к обязанностям. В частности, Высочайший указ 11 февраля 1793 года поручал В. Я. Чичагову обсудить штат Черноморских адмиралтейств и флотов с Пущиным, генерал-прокурором Самойловым и Повалишиным. Очевидно, вице-адмирала считали достаточно компетентным в таком вопросе.
Береговая служба вскоре завершилась. Высочайший указ 3 декабря 1793 года предписывал перевести шесть кораблей, четыре фрегата, три транспорта из Архангельска под командованием Повалишина и контр-адмирала Тета. 7 декабря Адмиралтейств-коллегия рассмотрела указ и дала свое решение подготовить указанное число судов под попечением вице-адмиралов И. Я. Барша (тогда главного командира Архангельского порта) и Повалишина. 28 марта 1794 года коллегия постановила дать Повалишину инструкцию.
Эскадра состояла из кораблей «Память Евстафия», «Алексей», «Филипп», «Иона», «Граф Орлов», № 82, фрегатов «Ревель», «Рига», «Нарва» и «Рафаил», транспортов «Холмогоры», «Турухтан», «Соловки». 31 мая она начала вытягиваться из Лапоминской гавани, 1 июня перешла бар. 27 июня Повалишин поднял флаг на корабле «Память Евстафия». 28 июня прошла консилия командиров и флагманов, и 30-го корабли выступили. 1 августа выслали вперед фрегат «Нарва» с капитан-лейтенантом Кровве в Лондон; тот прибыл 13 августа с письмом русского министра (посла) в Англии. В этот период начала войн французской революции как никогда требовалось представлять политическую обстановку. Однако письмо министра не дало достаточных сведений, и после обсуждения его было решено идти в Эдинбург. Оттуда Тет отправился к послу графу Воронцову за инструкциями и 30 августа вернулся, доставив письмо о безопасном пути на Балтику. 9 сентября эскадра снялась и 27 сентября прибыла в Кронштадт. 30 сентября Повалишин спустил флаг и передал эскадру Тету. К 5 октября прибыли задержавшиеся в Копенгагене корабль и фрегат. Вновь Повалишин благополучно выполнил поручение. 29 сентября 1794 года Адмиралтейств-коллегия рассматривала рапорт о прибытии эскадры из Архангельска. 3 октября последовал благодарственный высочайший рескрипт:
«Получив донесение о прибытии на Кронштадтский рейд архангелогородской эскадры, Мы не можем оставить, чтобы не изъявить вам особливаго благоволения нашего, как за исправность, с которою вы препроводили сию эскадру, так наипаче за то, что вы успели вовремя возвратиться с нею в свои порты, и тем сберегли много излишних для казны нашей расходов».
18 октября 1794 года Адмиралтейств-коллегия слушала сообщение: «Ея И. В. всемилостивейше пожаловать изволила вице-адмирала Повалишина, малолетнего сына его Федора во флот в мичманы, приказали: сына вице-адмирала Повалишина Федора внести в списки и числить в 1-й дивизии мичманом». Очевидно, Императрица хотела выказать благоволение одному из спасителей трона.
В 1795 году вице-адмирал командовал 2-й флотской дивизией и исполнял должность главного командира Кронштадтского порта. После вступления на трон Павла I Повалишин оставался на флоте. Его назначили командиром второй эскадры (авангарда) 1-й дивизии белого флага адмирала А. Н. Сенявина.
