Главным видом воинских перевозок в это время являлись снабженческие централизованные и внутриокружные перевозки во внутренних районах страны. В навигацию 1944 г. более половины снабженческих перевозок составило горючее, которое по Каспийскому морю и Волге доставлялось в пункты перегрузки его на железную дорогу. В оперативном тылу водный транспорт использовался лишь в некоторых операциях: в Белорусской — реки Припять и Березина, в Свирско-Петрозаводской — р. Свирь и Ладожское озеро. Частично для подвоза войскам 3-го Украинского фронта и оказания помощи Народно-освободительной армии Югославии использовался также Нижний Дунай. Систематические перевозки по этой реке развернулись в конце 1944 г. Для руководства воинскими перевозками по Дунаю в октябре 1944 г. было сформировано Управление начальника передвижения войск в Дунайском бассейне, реорганизованное в апреле 1945 г. в Дунайское военно-транспортное управление (ДВТУ) Центрального управления военных сообщений и Наркомата морского флота.
Морской транспорт как средство подвоза на фронтах в третий период войны использовался также ограниченно — в основном из-за наличия минной угрозы. Из оперативных перевозок, выполненных морским транспортом в 1944 г., можно отметить завершение в январе сосредоточения войск 2-й ударной армии на ораниенбаумском плацдарме при подготовке наступательной операции под Ленинградом. На этот плацдарм, в тяжелых ледовых условиях, под артиллерийским обстрелом противника, силами Балтийского флота было доставлено морем из Ленинграда и Лисьего Носа 17,2 тыс. человек, 105 танков, 552 автомашины и много другой техники. Для Отдельной Приморской армии, действовавшей на керченском плацдарме, Черноморский флот и Азовская военная флотилия с января по апрель 1944 г. доставили через Керченский пролив около 300 тыс. т воинских грузов.
Во время Петсамо-Киркенесской операции морской транспорт подал для 14-й армии 10,5 тыс. т материальных средств.
Более значительные воинские перевозки осуществили Черноморский военно-морской флот и Черноморское пароходство в конце 1944 г. В период освобождения Правобережной Украины, Румынии и Болгарии по Черному морю были перевезены некоторые тыловые части и учреждения 2-го и 3-го Украинских фронтов. Одновременно с этим осуществлялся подвоз материальных средств войскам этих фронтов с последующей перевалкой на железную дорогу, а также эвакуация раненых и больных, военнопленных и различного имущества. Всего в порты Констанца и Варна было перевезено судами Черноморского пароходства 224,1 тыс. т снабженческих воинских грузов, в том числе в навигацию 1944 г. — 79,7 тыс. т.
В ходе завершающей кампании 1945 г. в Европе на территориях Польши и Германии Советской Армией были освобождены значительные водные пути в бассейнах рек Висла и Одер (Одра), захвачено большое количество различных судов. Для организации восстановления и использования этих путей по решению ГКО было сформировано Управление водных путей сообщения ЦУПВОСО Советской Армии и Наркомата речного флота на водных путях Польши и Восточной Германии. В состав управления входили территориальные отделы, комендатуры и восстановительные отряды, которые приступили к восстановительным и судоподъемным работам. Однако воинские перевозки по Висле и Одеру были начаты лишь после окончания военных действий в Европе.
Таким образом, несмотря на сложные условия, нередкие перебои в работе, водный транспорт в 1941–1945 гг. справился с возложенными на него задачами и выполнил значительный объем воинских перевозок. Только по снабженческим грузам этот объем составил около 21 500 тыс. т, почти половина из них (41,8 процента) приходится на горючее и смазочные материалы.
В предвоенные годы ни у кого не вызывала сомнения огромная роль воздушного транспорта в обеспечении боевых действий войск, особенно при нарушении работы наземных коммуникаций. Однако создать специальную военно-транспортную авиацию в тот период наша страна была еще не в состоянии, поэтому для нужд Вооруженных Сил предполагалось использовать силы и средства Гражданского воздушного флота (ГВФ).
Уже на второй день войны, 23 июня 1941 г., СНК СССР вынес специальное постановление о подчинении в оперативном отношении Гражданского воздушного флота Народному комиссариату обороны СССР и формировании из личного состава и самолетов ГВФ особых авиационных групп, которые передавались в оперативное подчинение командующим воздушными армиями фронтов и военно-воздушными силами флотов. За Главным управлением Гражданского воздушного флота сохранялось административное руководство группами, их снабжение материальными средствами, финансирование, техническое и хозяйственное обслуживание. На формирование авиационных групп выделялось до половины самолетного парка ГВФ с необходимым личным составом.
В соответствии с мобилизационным планом Главного управления Гражданского воздушного флота к 7 июля 1941 г. было сформировано пять особых авиагрупп, переданных фронтам, и три авиационных отряда, предназначенных для флотов. Кроме того, в центре дополнительно было сформировано два авиационных соединения — так называемая Московская авиационная группа особого назначения и особая авиационная группа связи. Первая представляла собой воздушно-транспортное средство Ставки Верховного Главнокомандования. В ней было сосредоточено до 80 процентов имевшихся в Гражданском воздушном флоте самолетов типа Ли-2. Личный состав этих авиационных соединений считался призванным в Советскую Армию. Работа Московской особой авиационной группы сначала планировалась Управлением военных сообщений, а с ноября 1941 г. — непосредственно штабом Тыла Советской Армии.
До конца 1941 г. было создано еще три фронтовые авиационные группы.
Особые авиационные группы и отряды, комплектовавшиеся из ресурсов территориальных управлений Гражданского воздушного флота, не имели единого штата. Включенные в их состав самолеты отличались разнотипностью и не были вооружены и несли большие потери. В начале августа 1941 г. командующим ВВС было дано указание фронтам обеспечить сопровождение транспортных самолетов истребителями и установить на них пулеметы.
На протяжении первого периода войны особые авиационные группы Гражданского воздушного флота являлись главным средством срочной доставки войскам действующей армии материальных средств (и в первую очередь десантам и частям, действовавшим в тылу врага, партизанам), а также эвакуации раненых. Кроме авиационных групп в ряде случаев для высадки воздушных десантов, доставки войскам фронтов материальных средств и эвакуации раненых использовались самолеты бомбардировочной авиации, и особенно частей авиации дальнего действия, имевшие на своем оснащении самолеты Тб-3 и Ли-2.
Уже в первые месяцы войны транспортная авиация выполнила большой объем работы, главным образом по вывозу раненых из армейских и фронтовых госпиталей. Только за июль — сентябрь 1941 г. она эвакуировала за пределы фронтовых тыловых районов десятки тысяч раненых. Основная масса их была вывезена Западной и Прибалтийской особыми группами с участков фронта, находившихся под угрозой окружения.
В начале октября 1941 г. для усиления обороны Москвы из района Тейково в район Орла силами Московской особой авиационной группы совместно с дальней авиацией был переброшен 5-й воздушно-десантный корпус. На выполнение этой задачи летчикам отводилось четыре дня. Они справились с ней за три дня, совершив 216 самолето-вылетов и перебросив 5440 человек личного состава корпуса. Летать приходилось в сложных метеорологических условиях, при постоянной угрозе нападения вражеских истребителей. Это был первый опыт переброски советских войск в боевых условиях с использованием большого числа транспортных самолетов. В конце ноября 1941 г. Московская особая авиационная группа на пять дней раньше установленного срока доставила из Ленинграда на Западный фронт 866 тяжелых и средних минометов и 144 противотанковых орудия. Всего в период битвы под Москвой (октябрь 1941 г. — январь 1942 г.) летчики Западной и Московской особых авиагрупп Гражданского воздушного флота совершили 32 730 самолето-вылетов, в том числе 845 в тыл противника, доставили около 50 тыс. военнослужащих и 1365 т боеприпасов, медикаментов и продовольствия292.
Еще более широко применялась военно-транспортная авиация в ходе Ржевско-Вяземской наступательной операции войск Калининского и Западного фронтов. В тылу врага были высажены крупные тактические и оперативные воздушные десанты (4-й воздушно-десантный корпус). В это же время самолеты доставляли снабженческие грузы для войск 33-й армии, 1-го гвардейского кавалерийского корпуса и других соединений, когда наземные коммуникации с ними были прерваны противником. Снабжение этих войск и эвакуация раненых осуществлялись с начала февраля 1942 г. до 19 июня того же года, то есть пока основная часть изолированной группировки наших войск не прорвалась в расположение войск Западного фронта. В среднем в сутки войскам доставлялось самолетами 15–18 т293 различных грузов, что обеспечивало их боеспособность и позволяло вести самостоятельные боевые действия в тылу противника.