В таких затруднительных обстоятельствах король созвал военный совет; большая часть воевод была того мнения, что надобно идти на приступ, но король не согласился. "Если приступ не удастся, - говорил он, - то что тогда останется делать? Отступить со стыдом!" Обещанием больших наград он уговорил венгров подобраться к стенам крепости и зажечь их со всех сторон. Выбравши ясный день, 29 августа, венгры бросились к стенам и зажгли их; пламя быстро распространилось, и осажденные не могли потушить пожара в продолжение целого дня; а между тем король с большею частию войска стоял на дороге к Соколу, боясь, чтоб тамошние воеводы, увидя зарево, не явились на помощь к Полоцку. Помощь, однако, не приходила, и осажденные начали думать о сдаче; десятеро русских спустились со стен к осаждающим для переговоров, но венгры умертвили их: они не хотели допускать до переговоров, хотели взять город приступом, ибо в таком случае они получили бы право разграбить его; особенно прельщала их церковь св. Софии, о богатствах которой наслышались. С этою целию венгры без приказа королевского кинулись в город сквозь пылавшие стены, за ними польская пехота; но осажденные уже успели выкопать ров в том месте, где прогорела стена, встретили нападающих залпом из пушек и прогнали их. На другой день пожар и напор осаждающих возобновились; тогда стрельцы с воеводою Волынским выслали переговорщиков, и город был сдан с условием свободного выхода всем ратным людям: некоторые из них вступили в службу королевскую, большая часть предпочла возвратиться в отечество; но владыка Киприан и другие воеводы, кроме Волынского, никак не хотели соглашаться на сдачу; они уже давно замышляли взорвать крепость, но не были допускаемы до этого ратными людьми, и, когда последние уже сдали город, владыка и воеводы заперлись в церкви св. Софии и объявили, что только силою можно будет их взять оттуда, что и было исполнено со стороны неприятеля. Добыча, найденная в Полоцке, обманула ожидание осаждающих; самую драгоценную ее часть составляла библиотека, содержащая в себе много летописей и творений святых отцов греческих в славянском переводе, - все это погибло. Те из русских, которые решились переселиться в Литву, были не очень щедро награждены Баторием; до нас дошла грамота его к дворному конюшему литовскому такого содержания: "Многие стрельцы и другие люди московские после взятия Полоцка и прочих крепостей русских поддались нам, и мы их наделили пустыми участками земли в старостве Гродненском, но им нечем обрабатывать этих участков. Так приказываем тебе взять у подданных наших в Литве кляч самых негодных и мелких штук с полтораста и поделить их между этими москвичами".
25 сентября был зажжен и взят Сокол с страшною резнею: старый полковник Вейер, служивший у Батория, говорил, что бывал на многих битвах, но нигде не видал такого множества трупов, лежавших на одном месте. Взято было и несколько других близлежащих крепостей; с другой стороны князь Константин Острожский опустошил область Северскую до Стародуба и Почепа, а староста оршанский Кмита - Смоленскую; шведы опустошали Карелию и землю Ижорскую, осаждали Нарву, но были от нее прогнаны.
Поход 1579 года был кончен Баторием; он возвратился в Вильну. Еще в половине сентября он отправил к царю грамоту, в которой писал, что по восшествии на престол главным старанием его было сохранить мир со всеми соседями и везде он успел в этом; один только царь прислал ему гордую грамоту, в которой требовал Ливонии и Курляндии. "Так как нам не годилось, - заключает король, - исполнить это требование, то мы сели на коня и пошли под отчинный наш город Полоцк, который господь бог нам и возвратил: следовательно, кровь христианская проливается от тебя". Иоанн отвечал: "Другие господари, твои соседи, согласились с тобою жить в мире, потому что им так годилось; а нам как было пригоже, так мы с тобою и сделали; тебе это не полюбилось; а гордым обычаем грамоты мы к тебе не писывали и не делывали ничего. О Лифляндской же земле и о том, что ты взял Полоцк, теперь говорить нечего; а захочешь узнать наш ответ, то для христианского покоя присылай к нам послов великих, которые бы доброе дело между нами попригожу постановить могли. Мы с тобою хотим доброй приязни и братства и по всем своим границам запретили вести войну; распорядись и ты также по всем своим границам, пока послы великие между нами братство и добрую приязнь поставят; бояре наши били нам челом, чтоб мы кровопролития в христианстве не желали, и велели им обослаться с твоими панами; мы на просьбу их согласились". Царь по требованию Батория отпустил гонца его, Лопатинского, который был задержан за то, что привез объявление войны; при отпуске царь велел сказать ему: "Пришел ты к нам от своего государя с грамотою, в которой Стефан король многие укоризненные слова нам писал и нашу перемирную грамоту с тобою к нам прислал; людей, которые с такими грамотами приезжают, везде казнят, но мы, как господарь христианский, твоей убогой крови не хотим и по христианскому обычаю тебя отпускаем". С Лопатинским отправлен был особый гонец, который должен был требовать освобождения пленных на размен и на выкуп. Это было в генваре 1580 года; в марте Стефан отвечал: "Мы к тебе послов своих посылали, но ты отправил их с необычным и к доброй приязни непригожим постановлением а твои послы, бывшие у нас, ничего доброго не постановили: так после этого теперь нам посылать к тебе послов своих непригоже; присылай ты своих к нам, и присылай немедленно. А что пишешь об освобождении пленных, то сам рассуди, приличное ли теперь к тому время? А нужды им у нас никакой нет". Паны прислали боярам опасную грамоту на московских послов. Царь приговорил послать от бояр к панам с ответом, что они прислали опасную грамоту не по-пригожу, высоко, мимо прежнего обычая; пусть лучше наводят государя своего на то, чтоб отправлял своих послов в Москву немедленно. Иоанн отправил ответ свой Баторию с дворянином Нащокиным. "Мы послов твоих, - писал царь, - приняли и отпустили по прежним обычаям, по неволе они ничего не делали бесчестья и нужды им никакой не было. А наши послы у тебя ничего не постановили потому, что ты не хотел подтвердить постановленного твоими послами у нас, вставил новое дело, наших послов обесчестил, принял их не по прежним обычаям и без дела к нам отослал, а потом прислал к нам гонца Лопатинского с грамотою, и какие речи написал ты в этой грамоте - сам знаешь. Если нам теперь все эти дела между собою поминать, то никогда христианство покоя не получит, так лучше нам позабыть те слова, которые прошли между нами в кручине и в гневе; ты бы, как господарь христианский, дело гневное оставил, а пожелал бы с нами братской приязни и любви; а мы с своей стороны все дела гневные оставили, и ты бы" по обычаю отправил к нам своих послов". В случае нужды Нащокин должен был согласиться на отправление царских послов в Литву; касательно поведения своего московские гонцы получали в это время такой наказ: "Будет в чем нужда, то они должны приставам говорить об этом слегка, а не браниться и не грозить; если позволят покупать съестные припасы то покупать, а не позволят - терпеть; если король о царском здоровье не спросит и против царского поклона не встанет, то пропустить это без внимания, ничего не говорить; если станут бесчестить, теснить, досаждать, бранить то жаловаться на это приставу слегка а прытко об этом не говорить, терпеть".
Баторий отвечал что он уже садится на коня и выступает с войсками своими туда, куда господь бог укажет дорогу впрочем будет ждать московских послов пять недель, считая от 14 июня. Иоанн отвечал на это, что уже назначил послов - стольника князя Ивана Сицкого-Ярославского и думного дворянина Романа Пивова, но что в такой короткий срок, как назначил король, им не поспеть и на границы, не только в Вильну. Баторий отвечал, что все эти отсрочки ведут только к упущению удобного времени для войны, что он выступает в поход, но что выступление нисколько не препятствует московским послам приехать к нему для переговоров туда, где он будет находиться с войском. Ясно было, что Баторий пересылался с царем только для того, чтоб выиграть время, чтоб собраться с силами, достаточными для успешного похода. Для этого ему нужен был почти целый год: вместо благодарности многие встретили его с упреками, упреки эти были опровергнуты на сейме благодаря искусству и красноречию знаменитого канцлера Замойского; но нельзя было скоро действовать при недостатке денег, при медленности, с какою собирались войска. Деньги король кое-как собрал, пожертвовал свои, занял у частных людей, причем также много помог ему Замойский; брат Батория, князь седмиградский, прислал опять значительный отряд венгров; но все еще было мало пехоты; шляхта никак не хотела служить в ней; надобно было набирать ее из городских жителей, но последние не были так привычны к военной службе, были изнежены спокойным пребыванием в городах; придумали средство составить пехоту из людей крепких, способных к перенесению трудов и лишений: положили в королевских имениях из 20 крестьян выбирать одного которого по выслуге срочного времени освобождать навсегда самого и все потомство от всех крестьянских повинностей. В Москве также не теряли времени, собирали деньги и войско, но здесь не было искусных в военном деле иностранных дружин, здесь не было полководцев, которые бы могли равняться с Баторием. Не зная ничего о намерениях последнего, Иоанн должен был опять растянуть свои войска, послать полки и к Новгороду, и ко Пскову, к Кокенгаузену и к Смоленску сильные полки должны были оставаться также на южных границах, где мог явиться хан; на северо-западе надобно было отбиваться от шведов. При отправлении к литовским границам крещеного татарского царевича, великого князя Симеона Бекбулатовича и боярина князя Ивана Федоровича Мстиславского в разряде читаем: "То дело государь положил на боге, на великом князе Симеоне и боярине И. Ф. Мстиславском с товарищами: как их бог вразумит и как будет пригоже государева и земского дела беречь и делать". По монастырям отправлены были грамоты: "Здесь на нас идет недруг наш, литовский король, со многими силами; мы к нему посылали о мире с покорением, но он с нами мириться не хочет и на нашу землю идет ратью. И вы б пожаловали, молили господа бога и пречистую богородицу и всех святых, чтоб господь бог отвратил праведный свой гнев, движущийся на ны, и православного христианства державу сохранил мирну и целу, недвижиму и непоколебиму, а православному бы христианству победы дал на всех видимых и невидимых врагов".