Канцелярия Академии наук, основываясь на том, что диссертация Мюллера ни одним из членов Академии не одобрена, а проф. Тредиаковским за прямо основательную не признана, определила оную диссертацию совсем уничтожить.
Но этим беды не кончились. Под предлогом скорейшего окончания «Сибирской Истории» у Мюллера отняли должность ректора университета, находившегося при Академии наук, и в то же время заставляли читать лекции по всеобщей истории. Тщетно Мюллер представлял, что он уже 18 лет как не читал никаких лекций, а посвятил все свои труды русской истории и географии и не занимается всеобщею историею, – ему объявили приказание президента непременно читать лекции, иначе пойдет вычет из жалованья. Тогда выведенный из себя Мюллер подал жалобу президенту на Теплова как человека, который вредит ему во всем, дурно отзывается о его «Сибирской Истории», помешал посвящению этой книги и проч. Легко было предвидеть следствия жалобы Разумовскому на Теплова. Президент прислал в Академию бумагу, в которой говорилось, что некоторые члены Академии препятствуют его стараниям на пользу этого учреждения; Делиля и Крузиуса он за это прогнал, но еще остался Мюллер, который девять лет пробыл в Сибири на большом жалованье и ничего оттуда не привез, кроме копий с летописей, грамот и других канцелярских дел, что можно было бы приобрести с гораздо меньшими издержками, не посылая его, Мюллера; студента Крашенинникова в Сибири бил батогами; клевещет на Теплова, на членов канцелярии, самого президента признает нечувствительным и неосмотрительным. За такие преступления Мюллера разжаловали из академиков в адъюнкты. Скоро, впрочем, опомнились, конечно не без предстательства людей сильных, и возвратили Мюллеру прежнюю должность, вынудивши, однако, у него признание, что был достойно наказан. Нельзя было не опомниться, потому что другого такого способного труженика не было в Академии. Он был конференц-секретарем, вел обширную переписку с заграничными учеными и литераторами, составлял протоколы академических заседаний, наблюдал за изданием трудов Академии (Novi commentarii), и когда задумали издавать при Академии первый учено-литературный журнал, то некому было поручить и этого издания, кроме Мюллера, а издание такого журнала в то время по состоянию образованности вообще и по недостатку всяких средств было делом крайне трудным. В декабре 1753 года Мюллер прочитал в академическом собрании предисловие к первой книжке журнала, который должен был выходить под названием «Санкт-Петербургские академические примечания». Возражений не было; но через месяц Ломоносов заявил, что «сей титул и предисловие при дворе ее импер. величества очень раскритикованы и надлежит оба переменить. А особливо о титуле сказал он, что хотя назвать книгу Санкт-Петербургскими штанами, то сие таково ж прилично будет, как имя „Примечания“, потому что и стихи вноситься будут, а стихи не примечания». Мюллер жаловался, что во время этого спора ему досталось от Ломоносова много «бесчестных порицаний», и предлагал поручить издание журнала самому Ломоносову. Издание осталось за Мюллером, но он должен был назвать журнал «Ежемесячными сочинениями».
В предисловии к журналу издатель говорил: «Предлагаемы будут здесь всякие сочинения, какие только обществу полезны быть могут, а именно не одни только рассуждения о собственно так называемых науках, но и такие, которые в экономии, в купечестве, в рудокопных делах, в мануфактурах, в механических рукоделиях, в архитектуре, в музыке, в живописном и резном художествах и в прочих, какое ни есть новое изобретение показывают или к поправлению чего-нибудь повод подать могут. И как мы равномерно желаем, чтоб и стихотворцы сочинения свои нам сообщали, между которыми быть могут и забавные, то мы надеемся, что сочинители оных ни до кого персонально касаться не будут. Коль великое множество имеем мы еще других материй! Когда читателям нашим предвосприимем сообщать экстракты из достовернейших российских летописей, списки с старинных грамот и с архивных дел, описания церемониям и торжествам, при дворе ее императорского величества происходящим, высочайшие узаконения и указы, до всенародного благополучия касающиеся, которые, потому что вечно в силе своей остаться имеют, паче других достойны сохранения, иногда при том еще объявлять будем о иностранных и здешней печати новых и полезных книгах, также и о знатнейших политических каждого месяца приключениях. При том великом изобилии не мним мы, чтоб когда мог быть недостаток в материях, а еще меньше того опасаемся, чтоб для их различности оные кому наскучили». По инструкции президента Академии Мюллеру в «Ежемесячных сочинениях» велено «убегать от всех богословских и метафизических материй, стараться вносить в оные („Ежем. сочин.“) только такие вещи, которые бы сверх приятности и действительную пользу в себе заключали».
На первый же год издатель дал в журнал значительные вклады; он поместил любопытную статью «О первом летописателе российском преподобном Несторе, о его летописи и о продолжателях оныя». Эта статья уже не похожа на ту, которую мы видели в первом томе немецкого «Сборника»: Мюллер выучился понимать древние сочинения, сам стал разбирать рукописи, познакомился с трудами Татищева и, руководствуемый последними, написал свое исследование, которым в свою очередь руководствовались позднейшие исследователи. Мюллер спешит сам указать на грубые ошибки, которые он сделал в первой статье о летописи по собственному незнанию русского языка и по невежеству своего переводчика; он отрицается от летописи игумена Феодосия и вслед за Татищевым объявляет в самом начале статьи: «Всем известно, что начало летописаний российских приписать должно Киево-Печерского монастыря монаху преподобному Нестору». О начальной летописи Мюллер делает отзыв, который перешел из XVIII и в XIX век: «Не беззнатное обстоятельство для показания важности Несторовой летописи есть то, что прочие славянские народы подобной ей не имеют, ниже чтоб которая из их летописей либо древностью, либо обстоятельным и внятным объявлением происшедших дел сей нашей предпочитаема быть могла. Последующие российские писатели повторяли в продолжениях своих описанное Нестором время по большей части собственными его словами. По крайней мере они в его описании не отважились учинить никакой знатной перемены. Так сильно удостоверены были они о верности объявленных Нестором приключений; да как бы им таковым и не быть, когда и ныне никаких знатных недостатков в его летописи не видно и когда точное согласие первого нашего российского летописателя с греческими тогдашних времен историками примечаем. Того ради для российской истории весьма полезное бы дело было и как от природных российских, так и от иностранных давно желаемое, ежели бы повелено было к побуждению тех, кои российскую историю основательно знать желают или еще розысканиями своими больше изъяснить намерены, Несторову летопись купно с продолжениями оной напечатавши, в народ издать… Но сколь нужна сама по себе есть Несторова летопись с продолжениями ее, чтоб в печать издана была, столько же не можно почесть за излишнее, если повелено будет и труды покойного господина тайного советника Татищева таким же образом напечатать». Кроме этого важного в истории нашей исторической литературы исследования Мюллер поместил в том же году статью «О торгах сибирских».
В тот самый год, когда Петербургская Академия наук, «ничего так не желая, как чтоб Российскому государству и народу трудами своими приносить действительную пользу и сколько возможно возбудить во всех удовольствие, какое производит знание наук», начала издавать первый учено-литературный журнал на русском языке; в тот самый год основан был университет в Москве. Мы уже замечали, как естественно и постепенно шло развитие, разделение занятий между нашими учено-учебными заведениями в XVIII веке. В проектированной Петром Великим Академии наук заключалось три учреждения – и Академия наук, и университет, и гимназия. При Анне учрежден Кадетский корпус, но и он не может носить специально военный характер, характер его двойственный: военно-гражданский, и в приготовлении молодых людей к гражданской службе корпус заменяет собственно университет. Университет при Академии наук не ладился; чувствовалась потребность сделать шаг вперед в развитии учебных учреждений, выделить университет из Академии наук, учебное заведение – из ученого. Но для удовлетворения потребности известного времени нужны люди, которые по каким бы то ни было побуждениям способны приводить в исполнение требуемое дело. Конечно, Ломоносов, да и не один Ломоносов, мог внушать Ив. Ив. Шувалову, что университет при Академии вследствие беспорядочности ее управления не пойдет, и у мецената, естественно, родилась мысль основать самостоятельный университет, увековечить этим свое имя и, взявши новое учреждение в свое главное начальство, дать ему надлежащее устройство. Мысль эта могла быть прямо внушена Ломоносовым или поддержана им: по крайней мере Ломоносов говорит, что он «первый причину подал к основанию» университета. Как видно, во время пребывания двора в Москве в 1754 году было решено дело об основании университета в этой столице; Шувалов по возвращении в Петербург объявил об этом Ломоносову и вслед за тем прислал ему черновое доношение в Сенат об основании университета. Ломоносов послал ему свое мнение об устройстве будущего университета, наскоро набросанное, приписав следующее: «Не в указ вашему превосходительству, советую не торопиться, чтобы после не переделывать. Ежели дней полдесятка обождать можно, то я целый полный план предложить могу непременно».