Конфессиональная дифференциация являлась одной из основополагающих особенностей населения Венгрии. Из всех словаков в Венгрии 70% заявляли о принадлежности к римско-католическому вероисповеданию, 5% к греко-католическому, 24% к лютеранству, 0,5% к кальвинизму и 0,5 к иудейскому вероисповеданию (1900 г.).
Самые сильные позиции имела католическая церковь, к которой принадлежало почти 52% населения Венгрии и 75% населения на территории Словакии (1900 г.). Конкордат, заключенный между Габсбургской монархией и Святым престолом в 1855 г., поддержал процесс усиления позиций католицизма в империи и вернул церкви ее громадные привилегии, в частности, контроль над преподаванием во всех учебных заведениях и участие в цензуре. Однако совсем выйти из-под зависимости от государства церкви не удалось; государство финансировало церковные школы, а также платило священнослужителям. Движение за автономию церкви не увенчалось успехом. Дело в том, что епископы опасались потерять свои позиции, поскольку при автономии большинство составляли бы миряне. Министерство культов, в свою очередь, не хотело лишиться церковного фонда (прежде принадлежавшего упраздненным монастырям имущества, которым с конца XVIII в. распоряжалось государство). Церковь сомкнулась с политическим консерватизмом (с «людовой» партией), в то время как государство считало себя единственным легитимным представителем политического либерализма. Апогеем политики «Культуркампфа» стали церковно-политические законы 1894— 1895 гг. Они решили проблему гражданской регистрации брака, религиозной принадлежности детей, государственных метрических свидетельств, отношения к иудейской религии и всеобщей свободы вероисповедания, при этом дети всегда должны были принадлежать к одному из общепризнанных вероисповеданий. Католическая церковь чувствовала себя загнанной в угол и ограбленной, лишившись многовековых привилегий. Всю вину она возложила на либеральное государство, за спиной которого стояли «евреи и протестанты» или масоны.
В ходе «борьбы за культуру» сформировалась новая, в духе времени позиция церкви, проявившаяся во включении в политику и в социальную проблематику. Под влиянием папской энциклики «Rerum novarum» развивается христианско-социальное движение, направленное против социализма, капитализма и проникнутое антисемитской риторикой. Благодаря размаху деятельности социальных и просветительных рабочих объединений, издательских обществ («Общество Св. Войтеха»), Католического народного союза и католических съездов, собиравшихся с 1900 г., активизируется светский элемент. Однако в целом движение возрождения в католической церкви не привилось.
Церковь не освободилась от государства, вследствие такого положения вещей ее иерархи, зависящие от венгерского правительства, распространяли идеи мадьяризации, и это отчуждало от них невенгерские народы. Словацкий католицизм был неотъемлемой частью венгерского католицизма. Правительство назначало в епархии Верхней Венгрии епископов, которые не знали словацкого языка. Церковь старалась пресечь культ Кирилла и Мефодия как проявление «панславизма». Епископы проголосовали за законы о школьном образовании, по которым католические школы перешли под контроль правительства и мадьяризировались.
Ввиду глубоко укорененной религиозности и общего низкого уровня образования народных масс местный священник был для них весьма важной фигурой, и церковные верхи использовали его авторитет для проведения политики правительства среди населения. Давление на священников, настроенных национально-патриотически, было необычайно сильным. Численность словацких приходских священников и капелланов быстро сокращалась: в 1910 г. из 4000 священников верхневенгерского региона родным языком назвали словацкий только 541. Мессы, проповеди, церковные песнопения, молитвы, катехизис и католическое школьное образование, а частично и общественные объединения использовались для распространения венгерского языка.
Словацкие верующие не всегда пассивно принимали решения церковных властей. Иногда дело доходило до бунтов и протестов. Поэтому часть священников решила не ходить на конфирмацию в словацкие районы, другие проводили конфирмацию в сопровождении жандармов. Уникальную форму и продолжительность имел протест против назначенного промадьярского священника в Лучках в Липтове, где крестьяне в 1906— 1911 гг. бойкотировали священника и церковь, а все обряды исполняли сами. В близлежащей Черновой во время освящения церкви вспыхнул скандал, который 27 октября 1907 г. закончился стрельбой по сельчанам (15 убитых и 70 раненых) и последующим сфабрикованным судебным процессом против жителей Черновой. Хотя суть конфликтов верующих с католическими священниками и высшими иерархами церкви лежала в религиозной сфере, их обострение и широкое освещение средствами информации повлияли на гражданское и национальное сознание словаков как на местном, так и на общенациональном уровне.
Протестантские церкви в Венгрии — лютеранского и кальвинистского толка — придерживались принципа паритета духовенства и мирян. Их пресвитерианско-синодальное церковное управление предоставляло протестантам сравнительно большую свободу, чем в австрийской части монархии, где действовала консисторская система. Протестантское духовенство объединяли более демократические структуры, чем живущее в строгой субординации католическое. Однако ввиду слабой материальной базы протестанские церкви зависели от государственной поддержки их институтов, школ, приходских священнослужителей и учителей.
Вследствие этой материальной зависимости они разделяли правительственную идеологию единой политической нации, т. е. мадьяризацию.
В начале XX в. к лютеранам принадлежало 430 000 словаков (24% словаков по всей Венгрии и 14% всех жителей на территории Словакии), и это в 210-ти чисто словацких церковных общинах, в 79-ти словацко-венгерских, в 9-ти словацко-немецких и в 26-ти трехязычных. Высокий авторитет родного языка в протестантской традиции и большая децентрализация протестантской церкви позволили словацкому национальному движению опираться на местные и региональные церковные структуры. Еще перед революцией 1848—1849 гг. в автономном управлении протестантской церкви активизировалось венгерское дворянство, рьяно насаждавшее мадьяризацию. Послереволюционные предложения Яна Коллара и Карола Кузмани о реорганизации протестантизма в Венгрии были направлены на ослабление влияния светских патронов, т. е. венгерской аристократии.
Проект Кузмани об изменениях в организации управления лютеранской и кальвинистской церквей лег в основу так называемого Протестантского патента, который император издал в 1859 г. в качестве имеющего силу закона для Венгрии. Новая территориальная организация суперинтендантства принимала во внимание территорию Словакии и позволяла словакам и немцам более или менее сплоченно выступать против засилья венгров. Новообразованное Братиславское суперинтендантство под руководством Кузмани ставило перед собой высокую задачу выполнять функцию словацкой национальной церкви, но после смерти Кузмани в 1866 г. оно перестало существовать. В соответствии с патентом было реорганизовано только 229 лютеранских церковных общин, преимущественно словацких. Интенсивная борьба венгров против патента, который они расценивали как воплощенный диктат Вены, организационная неподготовленность словаков и постепенные уступки Вены под давлением венгерских политиков привели после 1867 г. к ликвидации созданных патентом условий.
Лютеранский синод в 1894 г. принял новое территориальное деление, которое сильно ущемило положение словацких протестантов. Однако демократическая организация церкви предоставляла определенное поле деятельности не только проправительственным протестантам, но и «антивенгерским диссидентам», т. е. национально сознательным словакам. Когда генеральный конвент не дал разрешения на внутримиссионерское общество «Траносциус» с мотивировкой, что тем же целям служит уже существующее «Общество Лютера», словаки основали «Траносциус» как акционерное общество (1897 г.). С1899 г. они ежегодно собирались на внутримиссионерских и пастырских конференциях, которые стали корпоративным членом международного Лютеранского союза. Росло количество протестантских журналов. В начале XX в. наряду с чешским языком Кралицкой Библии во многих храмах уже переходили на словацкий как равноценный богослужебный язык.
Угроза секуляризации заставляла и протестантскую церковь внешне и внутренне мобилизоваться. Развивается внутреннее мисиионерство как протестантское движение за ликвидацию материальной и моральной нищеты, в помощь беднякам и больным. Возникают словацкие, венгерские и немецкие внутримиссионерские общества. Братиславский пастор и сениор Карол Эуген Шмидт основывает венгерскую женскую диаконию — институт протестантских сестер милосердия. Вне главного русла протестантской благотворительности в сфере религиозного возрождения, социальной заботы и борьбы с алкоголизмом действует общество «Синий крест» (Кристина Ройова с сестрой в Старой Туре).
