Геннадию пришлось пережить немало трудных минут. Независимый нравом, он мог себе позволить самостоятельное толкование церковного устава, что вызвало бешеный гнев митрополита. Геннадий бежал во дворец, под покровительство великого князя Ивана III, но митрополит сумел убедить князя выдать ему ослушника. Архимандрита Чудова монастыря сковали и посадили в ледник под палатами.
Узнав о столь суровом наказании, Иван III вмешался, выговорил прощение Геннадию, тем не менее ослушник уже на следующий год был назначен в Новгород Великий, подальше от двора.
В том же 1483 году Геннадий решает построить в Чудовом монастыре обетный – благодарственный храм во имя Святителя Алексея. Даже оказавшись в Новгороде Великом, он продолжает заботиться о стройке, давать на нее деньги и попечение о ней передает братьям Траханиотам – Дмитрию и Георгию и сыну Дмитрия Юрию Малому.
Церковь оказалась «вельми чудна, велика и высока, и трапеза, а в ней многие палаты, горния и дольныя, удобные на всякую монастырскую потребу и живущим тут братиям. На преупокоение». Именно в эту церковь и были перенесены мощи святителя и поставлены в раке на правой стороне у стены. В представлении великих князей, как и всех москвичей, митрополит Алексей оставался защитником и покровителем Москвы. Фрагменты этой постройки сохранялись вплоть до советских времен.
Архиепископ Геннадий представлял собой очень интересную личность в истории и Московского государства, и Православной церкви. Найти общий язык с новгородским священством ему не удалось. Он деятельно и непримиримо выступает как искоренитель ереси жидовствующих, стремится восстановить порядок в богослужении и, поскольку слишком часто помехой становится прямая неграмотность священнослужителей, хлопочет об организации церковного образования. Более того – сам начинает обучать своих подопечных.
Но одновременно архиепископ поддерживает идею взимания мзды за назначение на каждую церковную должность, хотя против этого решительно выступают и митрополит, и великий князь. Пренебрегая их выговорами и требованиями, Геннадий даже увеличивает размер подобной мзды, в результате чего его «сводят» с архиепископской кафедры. Подписав требуемое отречение от нее, Геннадий возвращается в Чудов монстырь и почти сразу умирает. К этому времени выстроенная им Алексеевская церковь успела обветшать. В 1501 году великий князь Иван III распорядился ее разобрать и возвести заново. Строительство велось, подобно соседнему Архангельскому собору, итальянскими мастерами и было закончено в 1503 году.
В 1535 году мощи святители Алексея были помещены в новую, серебряную раку, причем обстоятельства ее «построения» рассказываются разными летописцами по-разному. В одном случае говорится о том, что 11 февраля 1535 года великая вдовствующая княгиня Московская Елена Васильевна с пятилетним сыном Иваном (будущим Грозным) прибыла в монастырь и отстояла долгий молебен, в котором митрополит и все сослужащее ему священство просили святого благосклонно принять перемещение его останков, после чего митрополит с властями и совершил переложение.
Вариант так называемой Львовской летописи представляется более убедительным. Согласно ему, великий князь Василий III чуть ли не каждый день приходил к старой раке святого и к гробу святого Петра Чудотворца, «лобызая со слезами святые мощи, особо наедине, по вся дни и нощи с теплою верою призывает их, да помогут ему ходатайством к Богу и к Пречистой Его Матери о прижитии чад и обеты свои пред ними в сердце своем полагает… И родися ему сын Иван … и радостною душею обеты сердца исполняя, повелевает делать раки святым их мощам со всяким царским устроением: святому Петру раку золотую с его образом златым, а стороны раки серебряные; и камением дорогим повелел ее украсить. А святому Алексею раку серебряную всю и на раке образ святого и столбцы позлатить».
Львовская летопись утверждает, что начали раки делать в 1531 году, а раку святого Алексея доделали в феврале 1535-го. Переложение мощей действительно состоялось 11 февраля при архимандрите Ионе, присутствовали же вместе со всеми боярами царь Иван с младшим братом, слабоумным Георгием-Юрием.
Десяти лет от роду будущий Иван Грозный лишился матери, попав в зависимость от отравивших великую княгиню Елену бояр и от ее крутых нравом родственников – князей Глинских. Правда, благодаря Глинским смог он венчаться на царство и почти сразу сыграть свадьбу с молодой женой Анастасией Романовной.
Но первая семейная радость обернулась страшным горем. В Москве вспыхнул очередной, поглотивший в огненном море почти весь город пожар, от которого молодой царь с супругой бежал в село Воробьево. Туда же двинулись за ним разгневанные москвичи, обвинившие в поджоге Москвы царскую бабку – княгиню Анну Глинскую. Дядя царя Юрий Васильевич Глинский был убит ими в одном из кремлевских соборов. Старую княгиню москвичи заподозрили в колдовстве.
И вот в этот страшный пожар 1547 года Чудов монастырь выгорел дотла. Нетронутыми остались только мощи святителя. Между тем в огне погибли восемнадцать старцев, пятьдесят монастырских слуг и весь продовольственный запас.
Именно к Чудову монастырю Грозный всю жизнь будет испытывать особую привязанность. Когда в 1556 году у него родится дочь, царевна Евдокия, он будет ее крестить в Чудовом монастыре и прикажет построить над задними вратами монастыря обетную церковь во имя Иоанна Лествичника с приделом Евдокии Мученицы.
Через восемь месяцев церковь была закончена и освящена. На торжестве присутствовали сам Грозный, царица Анастасия, царевич Иван и царский брат Георгий-Юрий Васильевич, а также митрополит из Царьграда Кизитский Иосаф и старцы Святыя Горы, жившие в Чудовом монастыре. Совершал освящение митрополит Макарий «со всем собором».
У этой маленькой церковки Иоанна Лествичника оказалась совершенно особая судьба. Она в царствование первых Романовых вошла в число бедных церквей, которым периодически давалась царская милостыня. Так случилось и в 1649 году, когда случайно разбился один из «верховых» нищих, которых привечал и содержал при дворце царь Алексей Михайлович. В церковь, связанную с дочерью Грозного, были переданы деньги «на панихиды и обедни».
Во многом стараясь подражать Ивану Грозному, Борис Годунов, в свою очередь, заказывает новую, еще более дорогую и пышную раку для мощей святителя Алексея, якобы задуманную еще царем Федором Иоанновичем. «Рака, скованная из серебра, была украшена златом и многоценными бисерами и каменьем драгим; в верху ее образ Святого изображен, и так великолепно была устроена, что не можно было и достойно описать ее». При Борисе и состоялось переложение мощей.
Очередной великий пожар начался 3 мая 1626 года в Китай-городе и от верха Василия Блаженного перешел сначала на Вознесенский, а там и на Чудов монастырь. На этот раз сгорела соборная Алексеевская церковь, иначе называвшаяся «Чудо Михаила Архангела».
Но и новая царская династия – Романовых в отношении Чудова монастыря следовала традиции Рюриковичей. В Алексеевской церкви крестит своих сыновей, Иоанна и Федора, Иван Грозный и своего единственного ребенка – царевну Федосью царь Федор Иоаннович. Михаил Федорович Романов крестит в Чудовом всех своих детей, а царь Алексей Михайлович – своего погибшего в младенчестве царевича Дмитрия, позднее – будущего Петра I и его сестру царевну Наталью Алексеевну. В ХIX веке к этому обычаю вернется император Николай I для единственного своего ребенка – будущего царя-освободителя Александра II.
Чудовская обитель становится предметом постоянных забот юного Федора Алексеевича. Сначала, в 1677 году, он передает монастырю обширный двор покойного воспитателя царя боярина Бориса Ивановича Морозова – пространство, которое позднее было занято Малым кремлевским дворцом, – не скупится на постоянные взносы, но главное – сам выступает здесь в качестве архитектора.
Созданный Федором Алексеевичем план перестройки Алексеевской церкви, прилегающих к ней трапезной, палат и монастырских служб под ними начал осуществляться в 1680 году, при архимандрите Андриане, последнем патриархе Московском. Ранняя смерть царя – Федора Алексеевича не стало через два года – никак не сказалась на строительстве. Пришедшая к управлению государством царевна Софья Алексеевна берет все расходы на себя.
20 мая 1686 года, в день памяти Обретения мощей святителя, новый храм во имя Алексея Митрополита был освящен. Но этому событию накануне предшествовало великое торжество перенесения святых останков, примечательное к тому же по той роли, которую определила себе на нем правительница.
По описанию современников, 19 мая в старом храме Чуда Михаила, где хранились мощи, была совершена малая вечеря в присутствии обоих царей – Петра и Иоанна Алексеевичей, царевны Софьи и самого патриарха, который «шел в карете в передние монастырские ворота». Затем последовал молебен. «Святые мощи были поставлены посреди церкви и потом подняты на головы самим патриархом и царями, один по правую сторону, другой по левую и позади архиерей; и понесли из церкви в южные двери, вынесли на паперть, откуда в преднесении хоругвей, крестов и икон, со звоном вовся на Иване Великом и в монастыре, архиерей, архимандриты, игумены, протопопы понесли святыню в новый храм. Патриарх шел позади святыни, а за ним цари и царевна. Несли на главную южную лестницу мимо алтарей новой церкви и взошли на большой рундук, принесли в церковь и поставили на уготованное место сам патриарх со властьми. После молебна цари и царевна отбыли в свой царский дом, а за ними и патриарх в свой архиерейский дом».
