В Духовной коллегии, в Св. Синоде продолжались также несогласия между членами и обер-прокурором. В 1749 году князь Шаховской писал императрице: «Я не премолчевая со оными членами о том, что, когда, усмотря по Божеским и вашего импер. величества законам в неисполнении оставленное ими не по силе тех производимое, спорю; за то часто не токмо на меня сердятся и многими словами персонально оскорбляют и заочно, уповаю, и жалобы на меня произносят. И тако мне против многих спорить, определенному и разными опасностями окруженному, единое только есть спасение и покров правосудие и милость вашего импер. величества. А мне б то была наивысочайшая милость, когда б мои поступки и для соблюдения вашего импер. величества интересов ревностные домогательства и с синодальными членами не заедино их жалованье и доходы, но также за упущение экономических порядков и за раздачу в великовотчинные архиерейские домы и монастыри на строение без надлежащего прежде о доходах и остатках отчета более 40000 рублев из казны вашего импер. величества денег и за несобирание в Синод оставшихся в епархиях и монастырях после духовных персон пожитков (в коем числе одних денег и червонных более 20000 рублев находится) и по прочим таковым же делам споры и против всех приносимых на меня жалоб персонально пред очьми вашего импер. величества при них самыми делами доказать и оправдаться позволено было».
Шаховской мог указывать также на медленность Синода в исправлении и издании Библии, медленность в деле, которое особенно занимало Елисавету как завещанное отцом. Мы видели, что исправление Библии было поручено архимандриту Илариону. Оказалось, что в Феофилактовской (Лопатинского) исправленной Библии во многих главах и стихах текст с текстом старой печатной Библии и ни с какими греческими кодексами не согласен, иные стихи переменены, другие дополнены или убавлены и главы некоторые начинаются не оттуда, откуда по греческим кодексам должны начинаться, а по указу Петра Великого велено именно эти несогласия исправить согласно с греческим переводом 70 толковников. 17 ноября 1746 года определили: перемены речей у Феофилакта выносить на брег (на поля), а старые речи писать в тексте на ряду; что же касается до перемены в разуме, также прибавки или убавки стихов или перемены глав, то смотреть на сделанные выписки из разных греческих кодексов, а если сыщется хотя в одном кодексе так, как в старой печатной, то оставить так и в том разуме, как в старой печатной, а если ни в одном из греческих кодексов не сыщется так, как в старой печатной лежит, то представлять на рассуждение Синода. 9 января 1747 архимандрит Иларион подал доношение, что усмотрел он много в старопечатной Библии таких речей и целых стихов, которые противны новоисправленной Библии, а исправить то по надлежащему невозможно, и притом, объявляя о своем греческого языка незнании и что он глазами, трудясь при чтении той Библии, ослабел, просит от того библейского труда увольнения в Воскресенский монастырь, где ему, будучи настоятелем, и жалованье, ныне на библейский труд даемое, производить. Синод определил Илариона уволить, а из Киева вызвать двоих иеромонахов, знающих греческий язык. В экстракте о библейском деле, поданном императрице, в конце находится замечание, должно быть обер-прокурорское: «И тако Св. Синода члены от порученного им именными ее императорского величества указами библейского исправления сами отбыв, разным персонам оную поверяя, за разными же сумнительствы оное дело бесконечно продолжают, и жалованье вотще употребилось. А когда и означенные киевские монахи одни токмо без искуснейших к тому из синодальных членов исправление Библии учинят, то по примеру вышеозначенных перемен чаятельно, что паки и потом сумнительствы еще какие изобретут».
Иеромонахи начали исправлять Библию; показалось долго, и 1 марта 1750 года Синод получил указ: печатать без всякого отлагательства. 10 июля началось печатание; 8 сентября новое требование, чтоб Синод подал ведомость, в каком положении находится печатание Библии? Синод доложил, что начавшееся 10 июля 1750 года печатание производилось без перерыва; что же касается того, в какое время все пророческие и маккавейские книги могут Синодом быть освидетельствованы и исправлены, того показать точно не можно, ибо хотя Синод о сем и беспрестанное попечение имеет, но понеже многотрудные в них находятся к разобранию места, каковые наипаче состоят в пророчествиях, к тому же в Синоде сверх того библейского исправления завсегда происходит слушание и других многих текущих и неотлагаемого решения требующих дел, не упоминая о епаршеских.
Из дел, слушанием которых занимался Синод, заметим следующие: тверской архиепископ Митрофан жаловался на обиды, причиняемые духовенству светскими людьми: 1) ржевский воевода Венюков избил батогами дьякона Преображенской церкви Барсова; следствие провинциальною Тверскою канцеляриею произведено, но решения нет; 2) майор Свечин священника Тимофеева бил по щекам и проломил голову тростью, о чем провинциальная канцелярия до сих пор следствия не произвела; 3) полицмейстер Тархов пономаря Григорьева велел бить плетьми, сам бил тростью и едва оставил жива, следствия не произведено; 4) ржевский помещик Юрьев бил батогами приходского своего священника, отчего тот и умер; началось следствие, Юрьев бежал и до сих пор не сыскан; 5) Ржевского уезда вотчинник капитан Новокщенов с людьми и крестьянами приехал к священнику, бил его, жену и детей дубьем и кольем, одного сына увез и держал пять дней скована; 6) Кашинского уезда села Фроловского вотчинник гвардии поручик Фамендин священника за невенчание людей его без венечных памятей бил по щекам и дубиною и принудил венчать; 7) Старицкого уезда помещик прапорщик Поликарпов принуждал священника венчать крестьянина с десятилетнею девочкою и за неисполнение пришел с людьми в дом его, грозясь убить; священник спрятался; тогда Поликарпов велел разломать его избу, имение все пограбил, дочь и сноху его травил собаками. В ведении Синода Сенату по поводу этих жалоб было выставлено, что в светских командах по консисторским промемориям следствий не производят, а принуждают обиженных с обидчиками вступать в суды по форме и за теми делами волочиться; а обиженные духовные особы представляют, что они в суды вступать, бумагу гербовую давать и за делами волочиться по скудости и земледельству не в состоянии, особенно же за отлучкою их от церквей в отправлении службы божией и мирских треб последует остановка. Сенат решил: поступить во всех этих делах по силе указов, а требование Синода, чтоб обиженных не привлекать к суду по форме, исполнить невозможно.
Синод обвинял и Главный магистрат в потачке раскольникам. В 1749 году Синод сообщил Сенату, что в городе Ржеве-Володимерове раскольники выбрали бургомистром в магистрат купца Чупятова, который хотя в явный раскол и не был записан, но жил с отцом своим, записным раскольником, в одном доме и тайно держался раскола, ибо в церковь никогда не ходил. Главный магистрат утвердил Чупятова, который своих родственников и прочих злых раскольников всячески защищает и живущих у них пришлых учителей прикрывает. Сенат велел послать в Главный магистрат указ об отрешении Чупятова. Но в следующем году по тому же поводу Синод жаловался опять на Главный магистрат, Тверской магистрат, Тверскую и Ржевскую провинциальные канцелярии: во Ржеве при ревизии записались вновь в раскольники 187 человек и крестили многих православных; детей своих, крещенных православными священниками, учат своим ересям, в домах своих имеют потаенные мольбища и держат у себя учителей — раскольнических старцев, стариц и бельцов с Ветки и из других мест; хотя в 1746 году, в бытность в Ржеве архиепископа Митрофана, некоторые по его увещанию и показались склонными к обращению, но предводителем своим Андреем Свешниковым от того были удержаны; хотя этот Свешников вместе с купцом Кудряевым и другими и были присоединены к православию, однако опять возвратились в раскол и, ходя по другим городам и уездам, рассевают лжеучения и развращают простой народ. К защите своей они отыскали средство в Главном магистрате, который подтвердил указом Тверскому магистрату не отыскивать их и не отдавать к следствию в консисторию, вследствие чего подьячие и канцеляристы Ржевской воеводской канцелярии держатся раскола, несмотря на то что таким по указам у дел быть не велено. В 1747 году было послано из консистории отыскать раскольничьих учителей в деревнях Старицкого уезда Чурилове и Васильевской, но бургомистр, записной раскольник Константинов, имеющий у себя раскольничью пристань, вместе с крестьянами смертно прибил и ограбил этих посланных и отбил взятую ими женщину с раскольническими лжетайнами, а Тверская провинциальная канцелярия ничего за это не сделала.
Другие вести о расколе приходили с севера; в Устюжском уезде из Белослуцкого стана из разных деревень сбежали тайно ночью крестьяне, записавшиеся по последней ревизии в раскол и не записавшиеся, всего 53 человека мужчин и женщин. За ними погнался прапорщик с солдатами, крестьянами и присланными из консистории священниками; он нашел беглецов в одном скиту, в котором с прежними беглецами набралось более 70 человек. Беглецы из окна переговаривали с священниками и на все увещания их отвечали: «Зачем приехали, то и творите, а у нас намерение положено одно, какое — сами знаем». Прапорщику прислан был указ: не брать беглецов приступом, чтобы не сожглись; но беглецы и без приступа зажгли скит и сгорели в нем все.
