Императора все еще беспокоила опасность франко-турецкого вторжения. 23 апреля он предписал Ушакову после выхода в крейсерство наблюдать за движениями судов потенциальных противников и о попытках ввести флоты на Черное море немедленно докладывать генерал-лейтенанту князю Дашкову в Киев или Вознесенск. 13 мая он подготовил еще более решительный указ Ушакову:
«Коль скоро получите известие, что французская эскадра покусится войти в Черное море, то немедленно, сыскав оную, дать решительное сражение, и мы надеемся на ваше мужество, храбрость и искусство, что честь нашего флага соблюдена будет, разве бы оная была гораздо превосходнее нашей, в таком случае делать вам все то, что требует долг и обязанность, дабы всеми случаями вы могли воспользоваться к нанесению вреда неприятелям нашим».
Весеннее море встретило эскадру неласково. Уже 6 мая в туман корабль «Святой Владимир» (капитан 2-го ранга Перский) бушпритом сломал на фрегате «Александр Невский» (капитан-лейтенант Селиванов) бизань-мачту. Оба судна пострадали от столкновения, их пришлось отправить на ремонт в порт Ахтиар (так ныне по высочайшему повелению назывался Севастополь). Фрегат «Навархия» (капитан-лейтенант граф Войнович) становился на мель, но был снят. Спасая молодых командиров от гнева монарха, вице-адмирал докладывал, что оба первых еще не имели опыта самостоятельного командования, и обещал: «Я все наивозможнейшее старание иметь буду делать им потребные наставления и усовершить в смелостях всегда быть и держаться соединеннее, ибо всякая отдаленность разные последствия наводить может, а особо переменами курса, когда после отдаленности принуждены во время тумана подходить к эскадре ближе. И осмеливаюсь верноподданнейше донесть, что все оные командующие штаб-офицеры доброго состояния и прилежнейшие к должности, и надеюсь, что впредь сию погрешность вящим старанием и предохранительностьми заслужить не преминут».
Ответом Императора стал полученный флагманом в 1798 году высочайший выговор за «неимение сигналов в туманное время и за несоблюдение осторожности» по случаю столкновения бывших в его эскадре корабля «Святой Владимир» и фрегата «Александр Невский».
Ушаков внимательно следил за политической обстановкой. Не довольствуясь только получением приказов, он продолжал разведку. 15 мая из Одессы вице-адмирал предписывал Вильсону продолжать собирать информацию с судов, приходящих из Турции, и важные известия направлять немедленно на эскадру. К концу мая он сообщал Павлу I, что подготовленная турецкая эскадра отправилась в Архипелаг, а оставшиеся корабли снаряжаются. Он вновь просил сменить тихоходный «Полоцк» на «Счастливый» и просил добавить 500 солдат на случай действий против неприятеля.
За май — июль эскадра трижды ходила от Ахтиара до Одессы и далее. В Ахтиаре корабли пополняли запасы воды, провизии, проводили мелкий ремонт и продолжали плавание. Не обходилось и без несчастий. В ночь на 7 июня ударом молнии повредило фок-мачту и фор-стеньгу корабля «Святой Петр», убило матроса; корабль пришлось отправить в Ахтиар на ремонт. В июле посланный к Козлову кирлангич «Ахилл» в сильный ветер перевернулся; единственный матрос из его команды спасся и вышел на берег у устья реки Альмы. Плавание не только закаляло команды, оно еще показывало слабые места кораблей. Это оказалось очень важно, когда началась подготовка к длительной экспедиции.
Пока продолжалось плавание, в столице решили вопрос по жалобе конторы главного командира Черноморских флотов о самовольном вооружении флота. Было решено, что Ушаков прав, и Адмиралтейств-коллегия направила Мордвинову указ, чтобы тот в своих ордерах соблюдал «предписанную законами ясность в точности».
Не так счастливо для вице-адмирала окончился второй спор его с главным командиром. Ушаков сообщил в Адмиралтейств-коллегию о том, что проект новых кораблей, подготовленный под руководством корабела A. C. Катасанова, неудачен. Таково же было мнение большинства командиров. Однако испытания в плавании показали иное, и усовершенствования Адмиралтейств-коллегия посчитала полезными.
19 июля Ушаков сообщал в столицу со слов шкипера, пришедшего из Константинополя, что до 300 французских судов видели в виду Кандии (Крита), что турецкий флот приводится в готовность и что турки надеются на помощь России. Очевидно, в Турции узнали ранее о том, куда направляется французский флот. Судя по всему, соответствующими сведениями располагал и Павел I. Французская армада прибыла к Александрии только 29–30 июля, и войска Наполеона Бонапарта начали высадку в Египте. Но еще 25 июля Император отдал Ушакову указ о выходе на помощь туркам против Франции:
«По получении сего имеете вы со вверенною в команду вашу эскадрою немедленно отправиться в крейсерство около Дарданеллей, послав предварительно авизу из легких судов к министру нашему в Константинополе господину тайному советнику Томаре, известя его, что вы имеете повеление от нас, буде Порта потребует помощи, где бы то ни было, всею вашею эскадрою содействовать с ними, и буде от министра нашего получите уведомление о требовании от Блистательной Порты вашей помощи, то имеете тотчас следовать и содействовать с турецким флотом противу французов, хотя бы то и далее Константинополя случилось».
Рескрипт открывал огромный простор вариантов действий, далеко выходящих за границы Черного моря. Посему следовало особенно тщательно приготовиться к походу.
4 августа, когда эскадра прибыла к Ахтиару для пополнения запаса воды, вице-адмиралу доставили текст указа от 25 июля. Получив этот указ, Ушаков 5 августа ввел эскадру на рейд и предписал конторе Ахтиарского порта поторопиться с приготовлением кораблей. Мордвинову он рапортовал в тот же день, что собирается за шесть дней приготовиться к походу, работая днем и ночью. Кроме ремонта, следовало принять провизии на два месяца. Исключив из эскадры старые корабль «Святой Владимир», фрегат «Александр» и репетичное судно, он включил фрегаты «Казанская Богородица», «Сошествие Святого Духа» и прибывший из Лимана «Счастливый». Сообщая об этом в письме Г. Г. Кушелеву, Ушаков изложил свои планы. Так как корабли, построенные спешно из сырого леса и перегруженные артиллерией, не могли долго выдерживать бурную погоду, флагман предполагал при необходимости отстаиваться под прикрытием берега вблизи Варны. Он запрашивал, дозволяется ли ему такая предосторожность, и предлагал при необходимости искать эскадру у Румелийского (западного) берега Черного моря.
Тем временем ситуация окончательно определилась. В письме от 7 августа Кушелев сообщил Мордвинову о высадке войск Бонапарта в Египте и желании Порты вступить в союз с Россией и принять ее помощь.
Исконно турки были противниками россиян, не раз сходились в войнах и кровопролитных сражениях. Много стоило усилий оттеснить их к Дунаю и Кавказу. Однако изменилась обстановка в мире, и неожиданно заклятые враги стали друзьями.
Кушелев сообщал о воле Императора выслать в море для охранения Крыма эскадру контр-адмирала И. Т. Овцына из всех пригодных кораблей и фрегатов; при необходимости она должна была служить подкреплением Ушакову. Был приложен соответствующий указ Мордвинову. В ожидании, что эскадра может выйти в Средиземное море, Кушелев прислал 20 экземпляров атласа карт Архипелага и просил доставить лучшие карты Черного моря для составления соответствующего атласа.
Ушакову Император поставил сложную задачу, требующую и военных, и дипломатических способностей:
«Господин вице-адмирал Ушаков!
По отношению к нам пребывающего в Константинополе министра нашего тайного советника Томары о желании Блистательной Порты вступить с нами в теснейший союз и требовать от нас помощи противу зловредных намерений Франции, яко буйного народа, истребившего не только в пределах своих веру и богом установленное правительство и законы, водимого единым хищением и граблением чуждого, разрушившего все правила честности и все связи общежития, но и у соседственных народов, которые, по несчастию, были им побеждены или обмануты вероломническими их внушениями, чему показали пример, сделав ныне впадение во владение Блистательной Порты, в Египте, на порт Александрию.
Вследствие чего и повелели мы приступить к таковому союзу министру нашему, но доколе все нужные статьи утверждены будут, повелеваем вам со вверенною в команду вашу частию флота, согласно повелению, данному от нас от 25 июля, следовать немедленно к Константинопольскому проливу и, остановясь у входа оного, тотчас послать легкое судно или берегом нарочного с уведомлением о приходе вашем нашего министра, и буде Порта требовать будет, то вы тотчас следовать должны будете туда, где ваша помощь нужна будет, о чем и получите извещение от нашего министра.