В обстановке, сложившейся после крупных поражений группы армий «Центр», германское командование решило сдерживать наступление советских войск главным образом короткими контрударами, чтобы под их прикрытием развертывать войска, перебрасываемые с других участков и из Германии с целью восстановления сплошного фронта обороны. Особенно упорное сопротивление противник оказывал южнее Даугавпилса. Он угадывал стремление советского командования кратчайшим путем выйти к Рижскому заливу и представлял возможную перспективу развития событий в полосе 1-го Прибалтийского фронта. Поэтому уцелевшие части 3-й танковой армии спешно отводились на заранее подготовленные позиции между озерами и болотами, чтобы обороняться во взаимодействии с войсками 16-й армии группы «Север», закрепившимися в районе Даугавпилса. Немцы рассчитывали, что им удастся, используя сложную местность, задержать советские войска даже небольшими силами.
Цель проводимой Баграмяном операции — разгромить группировку противника в районе Шяуляя, а затем выйти к Рижскому заливу и отрезать пути отхода немецкой группе армий «Север» в Восточную Пруссию. После выхода левым крылом на рубеж озеро Дрисвяты, Богинское, Нарочь войска 1-го Прибалтийского фронта должны были силами 6-й гвардейской, 43-й, 39-й (последняя передавалась из состава 3-го Белорусского фронта), прибывших из Крыма 2-й гвардейской и 51-й армий развивать наступление в общем направлении на Свенцяны, Каунас, Шяуляй. Разрабатывая этот план, в Генеральном штабе исходили из предположения, что под угрозой отсечения от Германии войска группы армий «Север» поспешат уйти из Прибалтики в Восточную Пруссию. Маршал Василевский разъяснял Баграмяну: «В обстановке, когда фронт стремительно катится к самой Германии, подвергать изоляции и угрозе уничтожения огромные силы, находящиеся в Прибалтике, — величайшая глупость. Значит, следует ожидать, что Гитлер поспешит отвести группу армий «Север» в Восточную Пруссию, чтобы использовать ее в сражениях за собственно Германию». Если главные силы 1-го Прибалтийского фронта будут наступать на рижском направлении, считал маршал, то их задержат отходящие войска противника, и они не смогут преградить им путь в Восточную Пруссию. Значит, главный удар — на Каунас, к северо-восточным границам Пруссии. Последующие события показали, что у Гитлера, из соображений политического характера, по этому поводу было другое мнение, хотя — военные мыслят одинаково — немецкие генералы на самом деле предлагали отвести группу армий «Север» на рубеж Западная Двина, Рига.
«Основными мотивами, толкнувшими Гитлера на это, — по мнению генерала Бутлара, — были, вероятно, желание оказать воздействие на Финляндию и стремление продолжить ввоз железа и никеля из Скандинавии». Как ни ругают фюрера генералы вермахта за военные просчеты, но им не приходилось думать над вопросами, где взять железо для танков и пушек, никель и марганец для производства брони, резину для автомобилей, нефть для моторов. А ведь именно летом 1944 года германская военная промышленность, несмотря на нехватку рабочих рук, стратегические бомбардировки, недостаток сырья, достигла пика своей производительности.
5 июля войска Баграмяна без оперативной паузы начали Шяуляйскую операцию. Первоначально наступление велось двумя оставшимися в составе фронта армиями — 6-й гвардейской и 43-й. Армия Чистякова наступала на Даугавпилс с юга, на подступах к которому разгорелись кровопролитные бои. Местность для продвижения войск была исключительно тяжелая. Немцы перебросили сюда пять свежих дивизий и сосредоточили крупные силы авиации. К тому же Баграмяну приходилось выделять часть сил для прикрытия своего правого крыла со стороны группы армий «Север», а 1-й танковый корпус, в котором осталось в строю не более десятка боевых машин, вывести в тыл на доукомплектование. Как вспоминает генерал Чистяков: «Ни в одной операции Великой Отечественной войны мне не приходилось так часто докладывать командующему фронтом о тяжелом положении армии, как у Даугавпилса. Временами положение у нас было буквально критическим…»
10 июля в наступление перешли войска 2-го Прибалтийского фронта генерала Еременко. Два дня спустя 4-я ударная армия захватила Дриссу, что облегчило борьбу за Даугавпилс. Сосредоточившийся там противник уже думал не о том, как ударить с севера по флангу 1-го Прибалтийского фронта, а об обороне города. Но и взять Даугавпилс войскам Чистякова, растянувшимся четырьмя корпусами на 160-километровом фронте, не удавалось.
В центре и на левом крыле наступление 43-й и переданной в состав фронта 39-й армий на каунасском направлении шло более успешно. К середине июля войска здесь продвинулись на запад до 140 км, перерезали железную дорогу Даугавпилс—Вильнюс, шоссе Даугавпилс—Каунас и сорвали попытку противника прочно обеспечить стык 16-й и 3-й танковой армий. Однако к этому времени стало ясно, что никаких признаков отхода немцев из Прибалтики не наблюдается, наоборот, германское командование энергично готовит контрмеры.
12 июля Василевский обратился в Ставку с просьбой освободить 1-й Прибалтийский фронт от нанесения главного удара левым крылом на Каунас и разрешить сосредоточить усилия на правом крыле, против Даугавпилса, нацелив уже подходившие 51-ю и 2-ю гвардейскую армии в центр, на Паневежис и Шяуляй. Теперь начальник Генштаба считал, что, развивая в дальнейшем этот удар на Ригу, можно быстрее расколоть здесь немецкую оборону, выйти к Балтийскому побережью и отрезать группу армий «Север» от Германии. Армия генерала Людникова при таком раскладе вновь возвращалась в состав 3-го Белорусского фронта, которому предстояло решать задачу овладения Каунасом. Сталин согласился с предложениями Василевского, но выпрашиваемую для Баграмяна танковую армию не дал. Он разрешил передать после доукомплектования лишь 3-й гвардейский мехкорпус генерала Обухова. Удар с вводом новых сил назначили на 20 июля.
Войскам 3-го Белорусского фронта директивой Ставки от 4 июля была поставлена задача: главными силами наступать в общем направлении на Вильнюс, Каунас и не позднее 10–12 июля освободить Вильнюс и Лиду, в дальнейшем выйти к Неману и захватить плацдарм на его западном берегу. Справа 1-й Прибалтийский фронт наносил удар на шяуляйском направлении; слева войска 2-го Белорусского наступали на Гродно.
Войска 3-го Белорусского фронта приступили к проведению Вильнюсской операции без оперативной паузы, имея все армии в первом эшелоне. Наступление развивалось стремительно. Сплошного фронта обороны противник не имел и оказывал противодействие лишь отдельными подошедшими соединениями и остатками разбитых частей. Немецкое командование пыталось остановить продвижение советских войск на заранее подготовленном рубеже Даугавпилс, Вильнюс, Лида, на котором сосредоточивало отступавшие и вновь прибывающие части и соединения. Сильные позиции были созданы в районе Вильнюса.
Командование группы армий «Центр» заранее подготовило город к обороне и стянуло к нему отступающие части 3-й танковой армии генерала Рейнгардта. Гарнизон города насчитывал 12–15 тысяч солдат и офицеров. Кроме того, в ходе боевых действий эта группировка была усилена за счет вновь прибывших соединений.
Чтобы упредить противника, Черняховский с рассветом 4 июля повернул 5-ю гвардейскую танковую армию на столицу Литвы. 5 июля войска 3-го Белорусского фронта овладели важным транспортным узлом Молодечно. 7 июля танкисты Ротмистрова вышли к Вильнюсу и сковали немецкую группировку с фронта. 8 июля с северо-востока начала наступление на город 5-я армия Крылова, усиленная 3-м гвардейским механизированным корпусом генерал-лейтенанта В.Т. Обухова. Они обошли Вильнюс с севера, пробились к реке Вилия и перерезали железную дорогу на Каунас. 11-я гвардейская армия обошла город с юга и соединилась с дивизиями Крылова. 9 июля город был полностью блокирован советскими частями. Армии Черняховского немедленно рванули на Каунас и Сувалки. Тем временем 31-я армия генерала Глаголева взяла Лиду.
Одновременно развернулись бои по уничтожению окруженных немецких войск. Противник, стремясь деблокировать окруженную группировку, сосредоточил до 150 танков и штурмовых орудий, полк мотопехоты и предпринял несколько контратак из районов Майшёгала и западнее Вевиса. Пытался вырваться из окружения и гарнизон Вильнюса, усиленный парашютным десантом в 600 человек, высаженным 10 июля в 6 км западнее города.
Однако все эти попытки оказались безуспешными. Две «пятые» армии — Крылова и Ротмистрова — пресекли все попытки противника спасти вильнюсский гарнизон под командованием генерала Штагеля от капитуляции.
Большую роль в операции сыграла 1-я воздушная армия. Особенно активными были действия авиации с 7 по 13 июля. Непосредственно перед штурмом города 163 самолета Пе-2 и 51 Ил-2 нанесли бомбоштурмовой удар по основным узлам сопротивления противника, чем способствовали овладению Вильнюсом. В последующие дни основные усилия 1-й воздушной армии были сосредоточены на поддержке войск при форсировании реки Неман. В ходе напряженных шестидневных боев советские войска уничтожили окруженную группировку и 13 июля овладели Вильнюсом.
