Производившееся с демонстрационными целями разделение сил не дало полностью ожидаемых результатов: отряд Грейга, выполнив задание, успел возвратиться к Тенедосу, а турецкие корабли все еще стояли под защитой Дарданелльских батарей, не решаясь выйти в Эгейское море.
Турки вышли из Дарданелл лишь 7 мая в 6 ч 30 мин. Увидев турок, Сенявин собрал военный совет, на котором было решено отойти к острову Имброс. В рапорте Александру I Сенявин писал, что, предпринимая этот маневр, он «имел в предмете... дать неприятелю более способу устремиться на остров и тем самым отвести его далее от пролива». Сенявин хотел воспользоваться обычными в этом районе в это время года северными ветрами, чтобы, обойдя остров Имброс, «выйти у неприятеля на ветер, отрезать его от пролива и атаковать».
Воспользовавшись уходом русской эскадры, турки 8 мая дважды высаживали десант на Тенедос, но оба раза были сброшены в море его гарнизоном.
Сенявину не удалось обогнуть остров Имброс и отрезать турецкий флот от Дарданелл. Сначала штиль, а затем противные ветры задержали русскую эскадру у западных берегов Имброса надвое суток. А так как на больший срок опасно было оставлять гарнизон Тенедоса без поддержки флота, Сенявин решил вернуться. Утром 10 мая эскадра уже возвратилась и стала на якорь у Тенедоса.
С утра дул легкий северо-западный ветер, и турецкая эскадра занимала по отношению к русской наветренное положение. По словам Сенявина, ветер был «самый удобный атаковать туркам нас, буде бы они были к тому расположены». Но командующий турецкий флотом Сеит-Али не был расположен атаковать русскую эскадру. Тогда Сенявин сам атаковал турок, как только выиграл ветер. Когда около 13 ч задул свежий юго-западный ветер, он подал сигнал «приготовиться к походу как возможно скорее». Последовавший затем (около 14 ч) сигнал «построиться в линию баталии» был выполнен очень быстро: уже через полчаса вся эскадра была под парусами в ордере баталии и следовала к турецкому флоту.
Увидев, что русская эскадра вступила под паруса, турецкие корабли поторопились сняться с якоря, чтобы укрыться в Дарданеллах. На «Твердом» был поднят сигнал: нести все возможные паруса и атаковать неприятеля. Однако ветер стих, и эскадра задержалась, а ее боевой порядок расстроился. Лишь около 18 ч. задул западный ветер, позволивший русским вновь устремиться на противника. Западный ветер был использован и турками, возобновившими отход в Дарданеллы.
В 18 ч 15 мин русские корабли «Ретвизан» и «Рафаил» открыли огонь. Вскоре и русские, и турки нарушили строй, и вместо дуэли по регламенту Госта началась свалка. Корабли противников сходились столь близко, что даже задевали рангоутами друг за друга. Но абордажа боялись обе стороны, и до рукопашной дело не дошло.
Около 8 ч вечера стемнело, и сражение стало стихать. Часть русских кораблей вперемешку с турецкими относило к фортам Дарданелл. Артиллерия фортов открыла огонь по русским кораблям. Больше всех досталось «Твердому», оказавшемуся на расстоянии 200 м от берега.
Утром 11 мая русские корабли попытались захватить турецкий корабль, севший на мель у азиатского берега при входе в Дарданеллы. Атака русских была отбита артиллерийским огнем турецких кораблей и фортов.
В Дарданелльском сражении обе стороны не выполнили своих задач. Туркам не удалось снять блокаду, а русским — уничтожить турецкий флот.
На русской эскадре был убит капитан-командор И. А. Игнатьев и 26 матросов, ранены 6 офицеров и 50 матросов. Причем 12 человек были ранены при разрыве пушки на «Ретвизане». Большую часть повреждений русским кораблям причинила крепостная артиллерия. Так, на «Рафаиле» и на «Ярославе» мраморными ядрами были пробиты оба борта. «Твердый» имел наибольшее количество повреждений: 10 пробоин в корпусе и 47 в парусах.
Русские историки считают Дарданелльское сражение победой русского флота. Однако обстоятельства дела и ничтожные потери русских свидетельствуют, мягко говоря, о пассивности и нерешительности Сенявина, Грейга и других русских командиров, позволившим уйти всем кораблям турецкого флота.
В итоге было много пальбы и мало толку. Русская эскадра 10 и 11 мая истратила пороха 1366 пудов (почти 22,4 т), ядер 16149 (в том числе 36- и 30-фунтовых — 3328).
Турецкий адмирал Сеит-Али был недоволен исходом боя и приказал удавить вице-адмирала и двух командиров кораблей.
Начало 1807 г. ознаменовалось кровопролитным сражением у Прейсиш-Эйлау. И русские, и французы объявили о своей победе. Тем не менее французы наступали, и, забегая вперед, скажем, что 14 июля 1807 г. русская армия была наголову разбита при Фридланде.
Но еще до Фридланда Александр I счел слишком опасным для России вести сразу две войны. Поэтому он решил предложить туркам мир и направил для переговоров с ними на эскадру Сенявина чиновника министерства иностранных дел французского эмигранта Поццо-ди-Борго.
У Поццо-ди-Боргобыла подписанная Александром I инструкция, в которой излагались мирные предложения. С ними Поццо-ди-Борго должен был обратиться к Порте. В первом пункте этой инструкции говорилось о восстановлении прежних русско-турецких конвенций и договоров. Далее царь выражал согласие прекратить оккупацию Молдовы и Валахии. Он требовал только оставить русские гарнизоны в крепостях Хотин и Бендеры, так как эти крепости прикрывали днестровскую границу и польский плацдарм войны с Наполеоном. Речь шла об удержании этих крепостей только на время войны с Францией и лишь в качестве предохранительной меры на случай проникновения французских войск в балканские владения Порты. При этом Поццо-ди-Борго было разрешено отказаться и от этого требования, если турки дадут твердые заверения в том, что не пропустят французские войска через свою территорию, и подкрепят эти заверения такой гарантией, как изгнание из своей страны посла Себастиани и других французов.
Поццо-ди-Борго также предписывалось договориться с турками о совместных мерах, направленных на изгнание французов и Далмации. При этом от турок не требовалась военная помощь. Они должны были только пропустить в Далмацию русские войска.
При переговорах с Портой Поццо-ди-Борго должен был также позаботиться о сербах и добиться для них права выбирать себе князя (с последующим утверждением его султаном).
Поццо-ди-Борго прибыл на Тенедос 12 мая. На следующий день Сенявин послал к капудану-паше пленного турка с извещением о прибытии царского посланника и с просьбой пропустить в Константинополь парламентера, который договорился бы о времени и месте мирных переговоров. Ответа турки не дали. Сенявин написал второе письмо, а затем третье, но тоже не получил ответа.
Туркам же было не до переговоров. Султан Селим III, на свою беду, решил ввести в войсках новую форму и начал переучивать их на европейский лад. 17 мая гарнизон Стамбула взбунтовался, к восставшим присоединился вице-губернатор каймакан-паша Муса. Восставшие убили 17 приближенных султана, а головы их торжественно пронесли по улицам Стамбула. Население поддержало бунтовавшие войска.
Великий муфтий заявил что султан нарушил заветы пророка Магомета и должен быть казнен. Селим III был заключен в тюрьму, а на престол вступил его юный кузен Мустафа IV. Несколько позже Мустафа IV приказал задушить Селима и его брата Махмуда.
Только 28 мая Сенявин получил ответ капудана-паши, где было сказано о перевороте и о том, что новый султан «настолько занят», что к нему может быть направлен только парламентер с личным письмом царя. Турки явно не хотели переговоров. Окружение нового султана предпочитало продолжение войны, а больше всего было озабочено нестабильностью в самом Стамбуле. В такой ситуации турецкое командование решило дать новое сражение русской эскадре. Успех в бою одновременно решал и внутренние и внешние проблемы нового султана.
Утром 10 июня из Дарданелл вышла турецкая эскадра в составе 8 кораблей, 5 фрегатов, 2 корветов и 2 бригов. Из-за непрекращающихся северных ветров русская эскадра в эти дне не имела возможности «приблизиться хотя мало к неприятелю» и вынуждена была оставаться у острова Тенедоса. Лишь к вечеру 12 июня ветер «несколько поблагоприятствовал», и Сенявин «вступил под паруса с ескадрою в десяти кораблях, одном фрегате, одном шлюпе и двух корсарских судах». Покинув Тенедос, русская эскадра пошла не прямо на противника, а стала огибать Имброс с запада, проходя между этим островом и островом Самофраки.
15 июня Сеит-Али подошел к Тенедосу и, обнаружив, что там остался лишь бриг «Богоявленск» и два самых судна, устремился к острову. При приближении турецкой эскадры к Тенедосу турецкие войска начали переправляться с анатолийского берега на остров. После обстрела крепости и берега турецкой корабельной артиллерией высадка десантных войск пошла более интенсивно, и 16 июня на острове было сосредоточено более 7 тысяч турок. Русский гарнизон Тенедоса численностью 600 человек атаковал турок в момент высадки, а артиллерия крепости и «Богоявленска» вела огонь по его кораблям.