В среде запорожцев нарастал протест против старшины, которая любой ценой пыталась удержать их во владениях крымского хана. В 1714 г. казаки сместили кошевого атамана К. Гордиенко, избрали на его место сторонник возвращения на Украину И. Малашевича и обратились к царю с просьбой о разрешении поселиться на Запорожье. Не решаясь усложнять взаимоотношения с Турцией и Крымским ханством, правительство России официально отказалось удовлетворить просьбу казаков, однако отдало распоряжение гетманской администрации принимать и расселять запорожцев, бежавших с Алешек на подведомственную ей территорию.
Стремление казаков к возвращению в родные места становилось все сильнее и в 1728 г. вылилось в открытое вооруженное восстание. Восставшие, разгромив дома, корчмы и лавки старшины, которая препятствовала им, и забрав семьи, имущество, войсковые клейноды (войсковые знаки и атрибуты власти старшины), двинулись вверх по Днепру и расположились на берегах р. Подпольной. Официальное разрешение на поселение казаков на Запорожье последовало лишь в начале 1734 г., когда резко обострились отношения между Россией и Турцией. Планируя использовать запорожцев в предстоящей войне с Турцией, русское правительство разрешило им основать на р. Подпольной Новую Сечь (в 5–7 км от прежней Чертомлыкской Сечи). Во владение Войска Запорожского передавались земли, которыми оно пользовалось ранее, и устанавливалось годовое жалованье в 20 тыс. руб.
Новая Сечь (1734–1775) располагалась на полуострове, образованном реками Днепром и Подпольной. Она представляла собой крепость, окруженную рвом, земляным валом с башнями, и предместье. Внутри крепости находились казацкие курени, дома старшины, войсковая канцелярия, школа, церковь, пушкарня, склады и мастерские. Таким образом, Сечь являлась одновременно и крепостью, и административным центром Запорожья.
Территория Запорожья занимала пространство на юг от рек Тясмина и Орели, на западе простиралась до рек Синюхи и Южного Буга, на юге граничила с кочевьями ногайских татар, на востоке — с землями Войска Донского. На всем протяжении границы с Крымским ханством, а также вдоль Южного Буга и Синюхи стояли казацкие крепости, защищавшие Запорожье от вторжений неприятельских войск. В административно-территориальном отношении земли делились на паланки (округа). До середины XVIII в. их насчитывалось не более пяти, а затем восьми: на правом берегу Днепра — Кодакская, Бугогардовская и Ингульская, на левом — Протовчанская, Орельская, Самарская, Кальмиусская и в устье Днепра — Прогноинская.
Административным центром и наиболее важным оборонительным пунктом паланки служила укрепленная слобода. Здесь располагались небольшой гарнизон, резиденция полковника, возглавлявшего также администрацию паланки. Ему подчинялась паланковая старшина (писарь, подписарь, атаманы слобод и т. п.), исполнявшая административные, финансовые и военные функции. Она занималась налогообложением, судопроизводством, ведала организацией охраны земель от вторжений татар. Обязанностью паланковой администрации являлось поддержание власти старшины и зажиточного казачества, борьба с антифеодальными выступлениями трудящихся масс.
В Сечи административно-хозяйственными и одновременно войсковыми единицами считались 38 куреней: Батуринский, Брюховецкий, Васюринский, Величковский, Вышестеблневский, Джерелиевскый, Деревянковский, Динской, Дядьковский, Ивановский, Ирклеевский, Калниболотский, Каневский, Кисляковский, Конеловский, Кореновский, Корсунский, Криловский, Кущевский, Леушковский, Медведовский, Минский, Мишастовский, Нижестеблиевский, Незамаевский, Пашковский, Переяславский, Пластуновский, Платнировский, Полтавский, Поповичевский, Роговский, Сергиевский, Тимошевский, Титаревский, Уманский, Шкуринский и Щербаковский. Все хозяйственные работы, а также сторожевая служба выполнялись по распоряжению куренного атамана, избиравшегося казаками на сходке.
Высшим исполнительным органом в Сечи являлся кош, состоявший из войсковой старшины — кошевого атамана, писаря, судьи, есаула и Довбыша. Формально всю администрацию продолжали избирать на радах. В действительности же эти выборы превращались в простую фикцию. Пользуясь своим господствующим положением, старшина и зажиточное казачество, как правило, добивались избрания наиболее приемлемых для них лиц. Роль высшего органа власти — Войсковой рады — заметно уменьшилась. Войсковая старшина, собираясь на узкие сходки, зачастую самостоятельно решала наиболее важные вопросы общественной жизни Запорожья.
Казацкое войско. Главную силу левобережного казацкого войска составляли десять городовых полков, формировавшихся по территориальному принципу и различавшихся численностью личного состава. В начале 20-х годов XVIII в. число казаков в полках колебалось от 4 (в Стародубском) до 10 тыс. (в Нежинском). Общая численность казацкого войска не превышала 55 тыс. человек.
Полки подразделялись на сотни, которые насчитывали от 100 до 750 человек каждая. Самым мелким подразделением являлись курени по 40-100 казаков, возглавляемые куренными атаманами. Четкого разделения войска на пехоту и конницу не существовало. С ухудшением материального положения основной массы казачества увеличивался процент безлошадных казаков, которые и составляли пехоту.
Участились случаи отправления на службу вместо зажиточных казаков их слуг или наемников, обеспеченных оружием, обмундированием и лошадьми. Несмотря на запрещения администрации, таких случаев становилось все больше. В походы отправлялась, как правило, конница, пехота оставалась на территории полка для охраны южных и западных границ и несения гарнизонной службы.
Особую часть казацкого войска составляли наемные (охотницкие) полки, которые формировались в основном из мещан, выходцев с Правобережья, из Восточной Галичины, Валахии и т. д. В начале XVIII в. в них могли попасть крестьяне, стремившиеся таким образом избавиться от усиливавшегося гнета, а также городовые казаки. Впоследствии гетманская администрация запретила формировать охотницкие полки за счет этих категорий населения. Наемники получали денежное и натуральное (одежда, продовольствие) жалованье, которое взималось с местного населения и ложилось дополнительным бременем на плечи эксплуатируемых масс.
Наемное войско использовалось непосредственно в военных действиях, при несении сторожевой службы, охране гетмана и генеральной артиллерии. Заставы наемников задерживали беглых крестьян, препятствуя их переходам с Левобережья на Правобережье, участвовали в подавлении антифеодальных восстаний.
Охотницкие полки подразделялись на конные (компанейские) и пехотные (сердюкские), численность которых соответственно составляла не более 600 человек. Количество наемных полков не было постоянным. В 1722 г. их насчитывалось пять. Указом от 14 июля 1726 г. правительство расформировало сердюкские полки, а число компанейских свело к двум.
Левобережное казацкое войско имело артиллерию, подразделявшуюся на генеральную, полковую и сотенную. Первая располагалась в гетманской резиденции (ведал генеральный обозный), вторая — в полковых центрах (ведал полковой обозный), третья — в сотенных городах (ведал сотник). До 1709 г. генеральная артиллерия состояла из 40 трех- и четырехфунтовых пушек, количество которых впоследствии сократилось. По обеспеченности артиллерией казацкие полки несколько уступали регулярным частям русской армии. Во время военных действий во второй четверти XVIII в. русским пехотным полкам придавались четыре пушки и две мортиры, конным — две пушки и две мортиры. Казацкие полки имели по три легких полуторафунтовых пушки, позволявшие легко Маневрировать на поле боя. В большинстве сотен артиллерия отсутствовала, хотя в сотенных местечках имелись пушки, так называемая городовая армата. Артиллерийский парк казацкого войска пополнялся в основном пушками русского и частично местного производства, а также за счет трофеев.
Материальное обеспечение генеральной артиллерии возлагалось на жителей ряда местечек и сел. В частности, мещане Коропа снабжали всем необходимым генеральную артиллерию с небольшим перерывом вплоть до ее упразднения в 1782 г. Такая же обязанность лежала на крестьянах с Мартыновки Черниговского полка и некоторых других сел Левобережной Украины. Полковая артиллерия содержалась в основном на деньги, взимавшиеся с местных крестьян, казаков и мещан. Постепенно из приписанных к «армате» населенных пунктов местная администрация начала выделять лиц для подготовки пушкарей, канониров и «армашей».
Вооружение украинского казака состояло из ружья (мушкета), сабли и копья. Были в употреблении также пистолеты, ятаганы, иногда лук и стрелы. Отправляясь в поход, казак должен был иметь (вторая четверть XVIII в.) 5 фунтов пороха, 20–40 пуль (атаманы — по 50) и 5 фунтов свинца. Порох использовался местного производства, а свинец централизованно доставлялся из Москвы. Вооружение стоило: мушкет — 2 руб., пороховница — 15 коп., кремень — 3 коп., копье — 10 коп., натруска — 3 коп., порох — 75 коп., свинец — 40 коп., строевой конь — от 8 до 12 руб. В условиях частых военных походов подобные расходы оказывались чрезвычайно обременительными для основной массы рядового казачества.