К сожалению, «Якут» пришел в Севастополь в самый критический период военных действий в Крыму. В ноябре 1920 года под ударами частей Красной армии началось паническое бегство врангелевских войск.
Вице-адмирал М.А. Кедров, исполняющий обязанности командующего Черноморского флота, 10 ноября получил приказ Главкома Русской армии: «Срочно готовить все исправные корабли военного флота и суда торгового пароходства для ухода из Крыма». Общее число уходивших судов составляло около 160 единиц. В их число сразу же включили и пришедшее из Константинополя учебное судно «Якут» с командой корабельных гардемаринов и гардемаринов Владивостокского Морского училища. 14 ноября с Графской пристани на мятежном крейсере «Очаков», переименованном в «Генерала Корнилова», уходил из Севастополя Главнокомандующий Русской армии генерал-лейтенант барон Петр Николаевич Врангель. В его воззвании к войскам говорилось: «Мы идем на полную неизвестность, и никто не хочет нас понимать. Оставленная всем миром, обескровленная армия, боровшаяся не только за наше русское дело, но и за дело всего мира, оставляет родную землю. Мы идем на чужбину, идем не как нищие с протянутой рукой, а с высоко поднятой головой, в сознании исполненного долга…»
Флот ушел в Константинополь, а затем в Бизерту.
Прощально, подбитой птицей билось за кормой «Якута» белое полотнище Андреевского флага с косым перекрестием ярких синих линий. Лишь в Бизерте удалось объединиться гардемаринам Владивостокского Морского училища с воспитанниками Севастопольского Морского кадетского корпуса. Главнокомандующий Русской армии генерал Врангель произвел 49 корабельных гардемаринов из Владивостока в мичманы прямо в Черном море, при подходе кораблей к Константинополю. Однако приказ об этом производстве командующий флотом вице-адмирал М.А. Кедров объявил только в Аргостолли во время адмиральского смотра учебного парусного корабля «Великая княгиня Ксения Александровна». Часть вновь произведенных мичманов включили в штат Морского корпуса в Бизерте, а остальных расписали по кораблям ушедшего из Севастополя флота.
Морской кадетский корпус в Севастополе начал возводиться еще в 1916 году. Строительную площадку, где предполагалось построить здание нового военно-морского учебного заведения России, тогда посетил русский император, находившийся на отдыхе в Крыму. Об этом визите свидетельствует запись в дневнике Николая II: «14 мая 1916 года. Суббота. Дивный жаркий день. В 10 отправились на линейном корабле „Императрица Мария“ к обедне. Алекс с детьми вернулась в поезде, а я заехал к Эбергарду на „Георгий Победоносец“ и выслушал его доклад. Начали завтрак в час с половиною. В 2.45 отправился со всеми детьми на Северную сторону, где осмотрел весь участок, на котором возводятся постройки здешнего Морского корпуса. Посетил авиацию Черноморского флота и оттуда проехал через город на другую гидро-авиационную станцию у Круглой бухты – все вновь устроено…»
Однако изнурительная для России мировая война и Февральская революция 1917 года не позволили реализовать планы Морского министерства по открытию в Севастополе, у незамерзающего Черного моря, современного военно-морского училища. Тогда в труднейших условиях в недостроенном и необорудованном учебном комплексе все же предприняли попытку набрать в новый Кадетский корпус одну роту воспитанников и начать с ними занятия. Но из этого ничего не получилось. В 1917 году кадетов перевели в Морское училище Петрограда. Комплекс же недостроенных учебных зданий Севастопольского Морского корпуса распоряжением морского министра Временного правительства законсервировали. Его комендантом назначили капитана II ранга В.В. Берга, он до прихода белой Добровольческой армии в Крым охранял помещения и имущество Морского корпуса от неоднократных попыгок новых властей Крыма перепрофилировать здания корпуса для иных целей и задач.
Военно-морские силы армии Юга России остро нуждались в офицерских кадрах. Требовалась срочная организация специализированного морского учебного заведения на территории, занятой вооруженными силами Добровольческой армии. Летом 1919 года вооруженные силы Юга России овладели полуостровом Крым и установили свою власть в Севастополе. Все прекрасно понимали, что создать в самый разгар гражданской войны в городе такое сложное специальное учебное заведение, как Морской корпус, дело нереальное. Лишь случайное посещение старшим лейтенантом Н.Н. Машуковым – офицером флота Добровольческой армии – недостроенных корпусов Севастопольского Морского кадетского корпуса утвердило его в решении претворить в жизнь идею подготовки морских офицеров в Севастополе. В этом его горячо поддержал бывший преподаватель и воспитатель Морского корпуса капитан II ранга В.В. Берг. Позже контр-адмирал Н.Н. Машуков вспоминал, что «этот неожиданный двухчасовой контакт с капитаном II ранга Бергом решил судьбу возникшего вновь в Севастополе Морского корпуса».
11 июля 1919 года старший лейтенант Машуков подал рапорт на имя Главного командира портов и судов Черного и Азовского морей контр-адмирала А.П. Саблина. В нем морской офицер изложил мотивы открытия в Севастополе Морского корпуса в комплексе ранее возведенных для него зданий. К рапорту он приложил необходимые расчеты и тщательно обоснованные сметные расходы на приведение учебных корпусов в полную готовность к приему воспитанников через 2 месяца – к началу учебного года. Инициатива, как известно, наказуема. Начальник Морского управления Добровольческой армии вице-адмирал А.М. Герасимов, поддержав предложения и расчеты старшего лейтенанта Машукова, назначил его исполняющим обязанности директора Морского корпуса.
Новый директор, облеченный широкими полномочиями, получив кредиты, выделенные Главнокомандующим вооруженными силами Юга России генерал-лейтенантом А.И. Деникиным, энергично включился в работу. В здании корпуса приступили к срочным ремонтным работам. Комплектовался преподавательский состав и коллектив офицеров-воспитателей. Заместитель директора капитан II ранга В.В. Берг занимался поиском необходимого учебного оборудования, форменного обмундирования, белья и постельных принадлежностей. На растерзанной и разграбленной гражданской войной территории Юга России он с трудом находил необходимое для укомплектования и оснащения Морского корпуса. Помогали все кто мог и чем мог. На складах Юго-Западного фронта получили постельное и нижнее белье. Союз Земств городов выделил корпусу столовую посуду и кухонную утварь. Из реальных училищ Севастополя пришлось, с извинениями, взять обратно мебель и учебные пособия, переданные туда в год закрытия Севастопольского корпуса. Частными пожертвованиями сумели прекрасно укомплектовать корпусную библиотеку, насчитывавшую 3500 томов. Английская союзническая военная база в Новороссийске выделила Морскому корпусу солдатское обмундирование, небольшое количество голландок и матросских брюк. Французы подарили воспитанникам партию роскошных армейских синих форменных брюк.
В корпусе в тот период отсутствовало электрическое освещение и не было банных помещений. Энергичный директор, получив предварительное разрешение начальства, пришвартовал к корпусной пристани крейсер «Память Меркурия», на нем англичане взорвали золотниковые коробки паровых машин. Корабль стал прекрасной учебной базой для практических занятий кадетов и несения на нем регулярных учебных вахт. Мощные же электроустановки крейсера стали снабжать электроэнергией все учебные и жилые поещения корпуса морского учебного заведения. Корабельные душевые и помывочные помещения крейсера также находились в полном распоряжении корпуса, и «банный вопрос» перестал беспокоить.
Севастопольский Морской корпус стал доступен абсолютно для всех юношей, желавших поступить в него. О начале приема воспитанников широко объявили в приказе по флоту и трижды – во всех газетах, издававшихся на территории, занятой вооруженными силами Добровольческой армии Юга России.
Прием в корпус производился по конкурсу аттестатов без каких-либо сословных ограничений. В сентябре 1919 года в Севастопольский Морской кадетский корпус зачислили 130 молодых людей со средним образованием в возрасте от 16 до 18 лет – в гардемаринскую роту и столько же, в возрасте от 12 до 14 лет, окончивших 3 класса гимназии или реального училища – в младшую кадетскую роту.
14 октября 1919 года поступил приказ Главнокомандующего о производстве старшего лейтенанта Н.Н. Машукова, исполняющего обязанности директора Севастопольского Морского кадетского корпуса, в капитаны II ранга – «за громадные труды, положенные им на открытие Морского корпуса». Но, к великому удивлению всех, тем же приказом по представлению начальника Морского управления Добровольческой армии вице-адмирала А.М. Герасимова директором Морского корпуса назначили контр-адмирала С.Н. Ворожейкина, он в течение нескольких месяцев 1916 года возглавлял это военно-морское учебное заведение. Выбор подобной кандидатуры в качестве директора в самое трудное и тяжелое время удивил не только офицеров штаба, но и многих авторитетных деятелей российского флота. На их недоуменные вопросы, почему корпус не доверили капитану II ранга Машукову, поднявшему учебное заведение из руин в весьма короткий срок, адмирал ответил, что «Ворожейкин любит детей, пусть их и воспитывает!»
