Грамота послов, вызнавших «истинного Дмитрия» в Пскове, вызвала в ополчении бурю. Не в первый раз «добрый» государь спасся от злых бояр. События развивались под действием неудержимых стихийных сил. 2 марта 1612 года казачий круг, на котором присутствовало множество черных людей — москвичей, провозгласил «Дмитрия»-Матюшку царем всея Руси. Переворот застал Заруцкого и Трубецкого врасплох. Они предпочли подчиниться решению казацкого круга. Многие дворяне и воеводы бежали из полков, чтобы избежать присяги на имя нового самозванца.
Фортуна в последний раз улыбнулась Марине Мнишек. Ее двор в Коломне должен был стать царской резиденцией. Проклятый Гермогеном «паньин сын» был объявлен наследником короны. Главные земские воеводы «холопы Митка Трубецкой и Ивашко Заруцкий» тотчас после переворота били челом государыне Марине Юрьевне и государю царевичу всея Руси Ивану Дмитриевичу.
Минин и Пожарский вынуждены были отказаться от наступления на Москву, чтобы избежать междоусобицы и кровопролития. Достигнув Ярославля, второе ополчение оставалось там долгих четыре месяца. За это время его вожди организовали новое земское правительство.
Следуя заветам Гермогена, Минин и Пожарский отказывались вступать в какие бы то ни было сношения с Заруцким и его казаками. Власти Троице-Сергиева монастыря проявили большую прозорливость. Понимая, сколь необходимо для победы объединение всех патриотических сил, они продолжали поддерживать отношения с казачьими таборами даже после происшедшего там переворота.
В апреле 1612 года троицкие старцы известили Пожарского, что глава подмосковного войска князь Трубецкой прислал в Троицу братьев Пушкиных с просьбой побудить Пожарского ускорить выступление к Москве. Опасаясь виселицы, Трубецкой предлагал Пожарскому промышлять «над литовскими людьми и над теми враги, которые нынече завели смуту», не называя прямо имени главного врага — «вора» Матюшки.
Троицкие власти знали, какую власть в таборах имел атаман Заруцкий. Поэтому они не решались обвинить его в пособничестве Лжедмитрию III и его мнимому сыну Ивану. В письме в Ярославль они утверждали, будто всю вину за переворот в таборе несет «злодей и богоотступник» Иван Плещеев, тогда как глава Совета Трубецкой ни в чем не виноват, поскольку крест «вору» он целовал невольно, а ныне «у тех воровских заводцов живет в великом утеснении». Троицкий монастырь дважды посылал в Ярославль старцев, но Пожарский не желал слышать о примирении с таборами, превратившимися в новый воровской лагерь.
Инициаторы переворота должны были отдать себе отчет в том, что их планы потерпели полный провал. Власть Лжедмитрия III отказалось признать не только ополчение, стоявшее в Ярославле, но даже недавняя столица Лжедмитрия II — Калуга. Присяга не удалась в Туле, Серпухове, Рязани, Твери и других городах. Бывшим тушинцам пришлось отступить. По приказу Заруцкого и других атаманов «заводчик» мятежа Плещеев срочно выехал в Псков. 20 мая 1612 года Лжедмитрий III был арестован и в цепях отправлен в столицу. В начале июня Трубецкой и Заруцкий известили Пожарского, что подмосковный совет сложил с себя присягу «псковскому вору». Вожди таборов торжественно обязались впредь «Марины и сына ея на Московское государство не хотети». Однако даже в покаянной грамоте подмосковные бояре не смешивали «прямого вора» из Пскова с венчанной царицей Мариной и не допускали никаких выпадов против ее сына, которого недруги называли «воренком». После низложения Лжедмитрия III троицкий келарь Авраамий Палицын поспешил в Ярославль, но встретил там холодный прием. Ярославское правительство отказывалось иметь какие бы то ни было отношения с подмосковными таборами, пока их руководителем оставался Заруцкий.
Заруцкий сначала пытался примириться с Пожарским, а потом отправил в Ярославль казака с приказом убить князя. Покушение не удалось, и почва под ногами у Заруцкого заколебалась. Тогда атаман затеял тайные переговоры с лазутчиком, присланным в таборы польским гетманом Ходасевичем.
В конце июня Троице-Сергиев монастырь вновь направил в Ярославль келаря Авраамия Палицына. Келарь слезно молил Пожарского без промедления выступить на помощь Москве. На этот раз его моления возымели действие. С запада к столице двигалась армия гетмана Ходкевича. Минин и Пожарский не могли больше медлить. В июле отряды второго ополчения заняли западные кварталы Москвы. Заруцкий принужден был покинуть таборы и перешел в Коломну, где находился «воренок». За ним последовало около двух тысяч казаков.
Сделав остановку в Троице-Сергиевом монастыре, Пожарский с главными силами вступил в Москву и выстроил укрепленный острожек на Арбате. 22 августа 1612 года гетман Ходкевич атаковал войска Пожарского, наступая со стороны Новодевичьего монастыря. Одновременно польский гарнизон Кремля предпринял вылазку и ударил в тыл ополченцам. Накануне боя Пожарский отправил несколько конных дворянских сотен в Замоскворечье в помощь Трубецкому. Когда сражение вступило в критическую фазу, дворянские сотни переправились через Москву-реку и атаковали поляков с фланга. Не слушая приказов Трубецкого, четыре казачьих сотни двинулись вслед за дворянами. Появление свежих сил решило исход битвы. Гетман Ходкевич не смог выбить Пожарского с его позиций на Арбате и приказал своим войскам отступить. Он потерял целый день, приводя свою расстроенную армию в порядок. На помощь полякам пришла семибоярщина. Присланный боярами дворянин Григорий Орлов провел отряд гайдуков в глубь Замоскворечья. Посреди ночи поляки захватили стоявший против Кремля казачий острожек.
На рассвете 24 августа Ходкевич отдал приказ о штурме Деревянного города в Замоскворечье. Дворянская конница Пожарского переправилась на правый берег Москвы-реки и пыталась остановить неприятеля в поле у стен города. Однако она не выдержала атаки польских гусар и отступила. Поляки захватили Серпуховские ворота и подошли к главному казачьему острожку на Большой Ордынке, подле церкви святого Климентия. Ополченцы обороняли острожек, но с тыла на них напали гайдуки, пробравшиеся ночью в глубь Замоскворечья. Полагая, что враг разгромлен, Ходкевич подтянул к городу обозы с продовольствием, предназначенным для терпевшего голод польского гарнизона Кремля. Несколько сотен повозок запрудили Большую Ордынку. Воспользовавшись оплошностью неприятеля, казаки подняли пальбу. Испуганные лошади опрокидывали повозки, сбивали с ног людей. Среди общего замешательства казаки отбили у поляков Климентьевский острожек. В боевых действиях наступила длительная пауза. Близился вечер, когда Кузьма Минин предложил Пожарскому возобновить наступление и вызвался возглавить атаку. Выборный староста был в годах и никогда не держал в руках оружия. Но он твердил, что победа близка, и его фанатическая вера заражала других. Минин отобрал три дворянские сотни, менее других потрепанные в утреннем бою. К нему присоединился ротмистр Хмелевский с поляками, перешедшими на службу земскому правительству. Перейдя вброд Москву-реку, отряд атаковал роты, стоявшие у Крымского двора, и обратил их в бегство. Заметив смятение среди врагов, казаки поддержали натиск Минина. Ходкевичу понадобился весь его огромный боевой опыт, чтобы предотвратить гибель армии. Его кавалерия провела ночь в седле, ожидая новых атак. Позже гетман перенес лагерь на Воробьевы горы, а оттуда ушел по смоленской дороге на литовский рубеж.
Разгромив Ходкевича, земские рати продолжали осаду Кремля. Двум земским правительствам трудно было ужиться в одном стане. Бывшие тушинцы, некогда толкнувшие казаков на расправу с Ляпуновым, пытались использовать голод и нужду рядовых казаков, чтобы составить заговор против Пожарского.
Троице-Сергиев монастырь использовал все свое влияние, чтобы покончить с волнениями в таборах ополчения. Денежная казна монастыря истощилась, и монахам ничего не оставалось, как приняться за гардероб. Из тайников извлекли драгоценные ризы, аккуратно уложили их в повозки и отвезли в таборы. Там посланцы монастыря собрали казачий круг и предложили ратникам принять от них вещи в виде заклада. Как только монастырь соберет оброки со своих крестьян, заявили монахи, они тотчас выкупят заклад за тысячу рублей.
Атаманы собрали круг, постановивший немедленно вернуть вещи в монастырскую казну. Нужда православного люда была жестокой, но торговля церковными вещами представлялась им недопустимым святотатством. В конце концов ратники собрались в лагере под Москвой, чтобы защитить свою землю и свою веру. Два атамана выехали в Троицу с письмом к архимандриту. Казаки писали, что никакие скорби и многочисленные беды не заставят их отступить от Москвы.
Полковник Гонсевский покинул Москву до прибытия рати Пожарского. Он захватил с собой царские короны и много других сокровищ кремлевской казны. После Гонсевского иноземный гарнизон Кремля возглавил полковник Струсь. Поначалу он старался удержать в крепости семьи русских бояр и дворян в качестве заложников. Но, когда голод в Кремле усилился, он решил избавиться от лишних ртов.
