Однако к 1 мая Чаховскому удалось вновь собрать и организовать большой отряд. Подчинённые ему паны Янковский и Кононович, не желая быть под его началом, после боя 2 мая с отрядом полковника Эрнрота в Рознишевских лесах ушли со своими людьми: Янковский — за Вислу, а Кононович — за Пилицу в Варшавском отделе.
Сам Чаховский 14 мая имел стычку в Хрусцеховском лесу с отрядом полковника Булатовича из Радома, после чего ушёл в Козеницкие леса. Его начал преследовать отряд полковника Суханина (три с половиной роты пехоты и одни эскадрон конницы) и 30 мая настиг в лесах у деревни Ратай близ Вонхоцка. Но отряд Чаховского рассосался по лесу, а сам предводитель, раненый пулей в руку, уехал в Краков.
После этого в Радомском отделе целый месяц не было ни одного повстанческого отряда, но летом они вновь появились. 27 июля Крук со своим отрядом напал на русский отряд в Жиржинском лесу. Пушечную пальбу из леса услышали в Казимерже, откуда немедленно выступил полковник Цвецинский. Но в Жиржинский лес он прибыл только после полудня, когда повстанцы уже ушли к Баранову и сожгли за собой мост на реке Вепрж. На следующий день Цвецинский сумел переправиться через реку и преследовал поляков Крука до деревни Радорицы, где повстанческий отряд разделился на группы, которые разошлись частью в Седлецкий уезд, частью в Любартовские леса.
Зато полковники Еманов и Соллогуб в Файславицком лесу 12 августа нанесли полякам сильное поражение. Повстанцы, попавшие между двух огней, после боя, продолжавшегося несколько часов, потеряли более двух третей убитыми и ранеными и 680 человек пленными.
В Юго-Западном крае в конце апреля появились шайки в Волынской губернии, перешедшие из Галиции, а затем — в Киевской губернии, особенно в Васильковском уезде, в имении графов Браницких. В Подольской губернии восстания не было, главным образом из-за её безлесья. В Киевском военном округе насчитывалось около 45 тысяч русских войск, и этого оказалось достаточно не только для подавления восстания в пределах округа, но и для помощи в сопредельных частях Люблинской и Гродненской губерний (отряды генерал-лейтенанта Рудановского и генерал-адъютанта графа Ржевусского на Волыни).
Местное население приняло самое активное участие в истреблении шаек. Главным и наиболее многочисленным скоплением мятежников был отряд Ружицкого, сосредоточившийся близ местечка Полоннаго в Волынской губернии. После поражения у сёл Мирополь (5 мая) и Миньковцы (10 мая) остатки отряда Ружицкого в ночь на 17 мая перешли в Галицию, где сдались австрийцам.
Последующие попытки крупных галицких отрядов вторгнуться в Волынскую губернию у местечка Радзивиллов (19 июня) и сёла Жджар (20 октября) закончились неудачно для мятежников. Вообще, восстание было подавлено здесь быстро. Со времени первого появления шаек (26 и 27 апреля) в Киевской губернии через 8 дней, а в Волынской — через 20 дней не осталось ни одного вооружённого повстанца.
Одновременно с появлением вооружённых отрядов в Привисленском крае начали формироваться отряды и в соседней Гродненской губернии. У местечка Семятичи Бельского уезда образовался отряд Рогинского численностью до 5 тысяч человек. После боёв 25 и 26 января с отрядом генерал-лейтенанта Манюкина (7 рот, 1 сотня, 4 пушки) отряд ушёл, и отдельные его группы вернулись в Люблинский отдел.
В феврале появились повстанцы в Виленской губернии, а в первой половине марта — и в Ковенской. В Вильно из Петербурга приехал Сераковский, назвал себя Доленгом и сам себя провозгласил литовским и киевским воеводой. Он сформировал отряд, насчитывавший около трёх тысяч человек, и направился встречать высадку на берегах Курляндии, которую затеял Центральный комитет, чтобы придать значение восстанию, как воюющей стороне. Однако пароход, вышедший с польскими эмигрантами из Лондона, добрался только до порта Мальмё в Швеции, где на него наложили секвестр. Сераковский так и не дождался высадки. Его отряд стоял в форте Кнебе, среди большого густого леса, к северу от местечка Оникшты Вилькомирского уезда.
Узнав о движении русских со стороны Вилькомира, повстанцы 21 апреля двинулись к местечку Биржи, на пути присоединив к себе отряды Поневежского и Новоалександрийского уездов.
22 апреля в Оникшты прибыл генерал-майор Гонецкий (пять с половиной рот, один эскадрон, 120 казаков). Чтобы отрезать повстанцев от Поневежских лесов, он направил майора Мерлина (полторы роты, 70 казаков) на деревню Шиманцы, а майора Гильцбаха (две роты, один взвод улан) — в местечко Собоч. Остальные части Гонецкого 23 апреля перешли в Шиманцы. 25 апреля Мерлин настиг Сераковского (800 человек) у местечка Медейки, опрокинул его и начал преследование. Гонецкий соединился с Мерлиным у Медеек. 26 апреля русский отряд обнаружил повстанцев у деревни Гудишки на хорошей лесной позиции, Гонецкий атаковал и быстро рассеял поляков. Однако около трёхсот человек успели присоединиться к находившейся невдалеке шайке ксёндза Мацкевича. 27 апреля у деревни Ворсконишки шайка Мацкевича была разбита, и остатки её разбежались. Гонецкий возвратился в Медейки и в тот же вечер выслал конницу в Попель и Понедели. Кавалеристы захватили до 150 поляков пленными и ранеными, в их числе и самого Сераковского с его помощником Колышко.
Между тем Гильцбах 25 апреля настиг отряд в 500 человек у местечка Говенишки и рассеял его. 28 апреля Гонецкий двинулся обратно в Оникшты. На своём пути по Вилькомирскому уезду он очистил все окрестности от повстанцев.
В Ковенской губернии в апреле и мае 1863 г. восстание, поддержанное католическим духовенством и польскими помещиками, приняло большой размах.
В первой половине апреля показались первые небольшие отряды в Минской губернии (Траугута и Свенторжецкого), а затем в Витебской и Могилёвской. 13 апреля у местечка Креславка близ Двинска шайка из местных помещиков под командованием графов Плятера и Миля напала на русский транспорт с оружием, но была отбита. В конце апреля повстанцы напали на местечко Горки Могилёвской губернии, часть местечка была сожжена.
В Виленском военном округе находилось около 60 тысяч русских войск, но с февраля 1863 г. начали подходить подкрепления: восемь пехотных полков, два стрелковых батальона, восемь казачьих полков. Основная масса подошла в апреле и мае, а в августе были сформированы из резервных батальонов шесть пехотных дивизий (26-я — 31-я). Назначенный в Вильно генерал-губернатором вместо Назимова М. Н. Муравьёв прибыл 14 мая, а 24 мая вышла его «Инструкция для устройства военно-гражданского управления». Войска стали преследовать шайки до полного их истребления и до водворения в данной местности спокойствия и порядка. Ряд энергичных, последовательных и хорошо продуманных мер быстро смирили восстание. В конце июня действия войск Виленского округа ограничились поисками незначительных партий мятежников, скрывавшихся от преследования.
Из Галиции в разное время прибывали отряды мятежников общей численностью до 10 тысяч человек. Ржонд выделил на эти цели за три месяца до миллиона рублей. 3 марта перешёл границу у Люхова и двинулся на Наклин отряд Чеховского (800 человек). Начальник Яновского уезда полковник Медников выслал две колонны: майора Штернберга (две роты пехоты и 37 казаков) и капитана Завадского (полурота и взвод улан). После нескольких стычек русские войска 9 марта около города Гута-Кржешовского нанесли Чаховскому поражение. Часть отряда ушла обратно в Галицию, а остальные разбежались. Медников вернулся в Янов.
В Люблинскую губернию из Галиции перешёл 14 апреля отряд Езиоранского (до 800 человек) и 16 апреля на границе, в Кобелянске, укрепил позицию. 19 апреля Штернберг, вышедший из Янова с отрядом в 800 человек при двух пушках, атаковал Езиоранского в болотистом лесу. Мятежники контратаковали и охватили оба фланга русских. Бой длился с 11 часов утра до 3 часов дня. Теснимый с флангов и поражаемый с тыла, Штернберг, отбиваясь, отступил к Боровым Млынам. Туда же перешёл из Томашева и отряд майора Оголина. 24 апреля Медников (5 рот, 1 сотня, 2 пушки), принявший начальство над обоими отрядами, двинулся на Езиоранского, через деревню Глухе вступил в лес и в 8 часов утра 17 апреля начал бой в болотистой чаще. Скоро русские части овладели первой линией завалов, но Езиоранский перешёл по всей линии в наступление, русские начали отступать, повстанцы наседали со всех сторон. К 11 часам подошло подкрепление под командованием майора Чернявского. Медников направил их на свой левый фланг. При возобновлении боя русские овладели лагерем повстанцев, которые толпами побежали в Галицию. Медников отошёл к Боровым Млынам.
Эта неудача, а также неудачные действия других более мелких повстанческих отрядов, парализовали их организацию в Восточной Галиции.
Повстанческие отряды в Западной Галиции формировались с большим трудом, с трудом подыскивались желающие даже на командирские должности. Первый отряд Грековича (600 человек) 24 марта 1863 г. перешёл границу, а на следующий день у местечка Шкляры был рассеян отрядом майора Гермалинского, а потом разоружён австрийцами.
