Как правило, следствие проводилось в строгой тайне, и смертные приговоры выносились заочно. Осужденных убивали дома или на улице, на трупе оставляли краткую записку. Таким образом «преступления заговорщиков» доводились до всеобщего сведения.
Гибель Челяднина решила судьбу Филиппа. Вернувшаяся с Соловков следственная комиссия представила боярам материалы о «порочной жизни» митрополита. Оппозиция в думе была обезглавлена, и никто не осмелился высказать вслух свои сомнения. Покорно следуя воле царя, земская Боярская дума вынесла решение о суде над главою церкви. Чтобы запугать Филиппа, царь послал ему в монастырь зашитую в кожаный мешок голову окольничего М. И. Колычева, его троюродного брата. Филиппа судили в присутствии Боярской думы и высшего духовенства. Филипп отверг все обвинения и попытался прекратить разбирательство. Он объявил о том, что слагает с себя сан по своей воле. Царь отказался признать отречение. Он не забыл пережитого унижения и желал скомпрометировать опального главу церкви в глазах народа.
Филипп вынужден был служить службу после того, как соборный суд вынес ему приговор. В середине службы в Успенский собор ворвались опричники. При общем замешательстве Басманов огласил соборный приговор, порочивший митрополита. С Колычева содрали клобук и мантию, бросили его в простые сани и увезли в Богоявленский монастырь. Признанный виновным в «скаредных делах», Колычев по церковным законам подлежал сожжению, но Грозный заменил казнь вечным заточением в монастырской тюрьме.
Смолкли голоса недовольных в земщине. На страну опустилась мгла. Не только мнимых заговорщиков, но и всех заподозренных в сочувствии им постигала суровая кара. Вожди опричнины торжествовали победу. Но ближайшие события показали, что их торжество было преждевременным. Прошел год, и усиливавшийся террор поглотил не только противников опричнины, но и тех, кто стоял у ее колыбели.
Из–за раздора с митрополитом Грозный покинул столицу и переселился в Александровскую слободу, затерянную среди густых лесов и болот. Так он жил затворником за прочными и высокими стенами вновь выстроенного «града». Подступы к слободе охраняла усиленная стража. Никто не мог проникнуть в царскую резиденцию без специального пропуска — «памяти». Вместе с Иваном IV в слободе обосновалась вся опричная дума. Там «кромешники» принимали иностранных послов и вершили важнейшие дела, а в свободное от службы время монашествовали. Перемены в московском правлении были разительными, и царские дипломаты получили приказ объяснять иноземцам, что русский царь уехал в «село» по своей воле «для своего прохладу», что его резиденция в «селе» расположена вблизи Москвы, поэтому царь «государство свое правит и на Москве и в слободе». В действительности Грозный не «прохлаждался», а прятался в слободе, гонимый страхом перед боярской крамолой. Под влиянием страха царь велел сыновьям передать очень крупные суммы денег в Кириллов монастырь на устройство келий. Теперь в случае необходимости вся царская семья могла укрыться в стенах затерянного среди дремучих лесов монастыря. Во время очередного посещения Вологды Иван IV распорядился ускорить строительство опричной крепости. Одновременно он успешно завершил переговоры с послом Рандольфом о предоставлении его семье убежища в Англии.
Тщательно наблюдая за положением дел в стране, Грозный и его приспешники повсюду видели признаки надвигающейся беды. Царь был уверен, что лишь случай помог ему избежать литовского плена. Между тем король с помощью эмигрантов продолжал вести тайную войну против России. В начале 1569 г. немногочисленный литовский отряд при загадочных обстоятельствах захватил важный опорный пункт обороны на северо–западе — неприступную Изборскую крепость. Глубокой ночью изменник Т. Тетерин, переодевшись в опричные одежды, велел страже открыть ворота Изборска. После освобождения этой крепости опричники объявили изборских подьячих сообщниками Тетерина и предали их казни, что засвидетельствовано синодиком.
Изборская измена бросила тень на всю приказную администрацию и жителей Пскова и Новгорода. Возникло подозрение, что Псков и Новгород последуют примеру Изборска. Чтобы предотвратить измену, опричные власти отдали приказ о выселении всех неблагонадежных лиц из новгородской и псковской земли. В результате было выселено 500 семей из Пскова и 150 семей из Новгорода. В изгнание отправилось примерно 2–3 тысячи горожан, считая женщин и детей. Затеянное Грозным переселение напоминало аналогичные меры его деда. Но если Иван III подверг гонениям привилегированные новгородские верхи, то Иван IV обрушился на средние и низшие слои. Незадолго до выселения горожан царь Иван получил от своих послов подробную информацию о перевороте в Швеции, в результате которого его союзник Эрик XIV был свергнут с престола. Шведские события усилили собственные страхи царя. Сходство ситуаций было разительным. Эрик XIV, по словам царских послов, казнил много знатных дворян, после чего стал бояться «от своих бояр убивства». Опасаясь мятежа, он тайно просил царских послов взять его на Русь. Произошло это в то самое время, когда царь Иван втайне готовился бежать в Англию. Полученная в Вологде информация, по–видимому, повлияла на исход изборского следствия. Псковские впечатления причудливо сплелись со шведскими в единое целое. Послы уведомили царя, что накануне мятежа Эрик XIV просил находившихся в Стокгольме русских послов «проведывати про стекольских (стокгольмских) людей про посадских измену, что оне хотят королю изменити, а город хотят здати королевичем», т. е. королевским братьям. В конце концов измена стокгольмского посада погубила шведского короля.
Руководители опричнины, напуганные изборской изменой, стали исходить из предположения, что посадские люди Пскова и Новгорода готовы последовать примеру Стокгольма и поддержать любой антиправительственный мятеж. Роль мятежных шведских герцогов должен был сыграть на Руси князь Владимир Андреевич. Он и его отец держали в Новгороде двор–резиденцию, имели там вассалов и, будучи соседями новгородцев, пользовались их симпатиями. Подозрения насчет сговора Старицкого с Новгородом подкреплялись и тем, что некоторые новгородские помещики были незадолго до того казнены как сообщники конюшего И. П. Челяднина — Федорова.
Подозрения и страхи по поводу изборских событий и шведские известия предрешили судьбу Старицких. Царь вознамерился покончить раз и навсегда с опасностью мятежа со стороны брата. Такое решение выдвинуло перед Иваном некоторые проблемы морального порядка. Братоубийство считалось худшим преступлением, и царь не без колебаний решился на него. Прежние провинности князя Владимира казались недостаточными, чтобы оправдать осуждение его на смерть. Нужны были более веские улики. Вскоре они нашлись. Опричные судьи сфабриковали версию о покушении князя Владимира на жизнь царя. Версия нимало не соответствовала характерам действующих лиц и поражала своей нелепостью. Современники, наблюдавшие процедуру «шельмования» собственными глазами, замечают, что к расследованию были привлечены в качестве свидетелей ближайшие льстецы, прихлебатели и палачи, что и обеспечило необходимый результат.
После гибели конюшего Челяднина князь Владимир был отослан с полками в Нижний Новгород. Опричники задались целью доказать, будто опальный князь замыслил отравить царя и всю его семью. Они арестовали дворцового повара, ездившего в Нижний Новгород за белорыбицей для царского стола, и обвинили его в преступном сговоре с братом царя. При поваре «найден» был порошок, объявленный ядом, и крупная сумма денег, якобы переданная ему Владимиром Андреевичем. Уже после расправы со Старицкими власти официально заявили о том, что Владимир с матерью хотели «испортить» государя и государевых детей. Инсценированное опричниками покушение на жизнь царя послужило предлогом для неслыханно жестоких гонений и погромов.
Грозный считал тетку душой всех интриг, направленных против него. Неудивительно, что он первым делом распорядился забрать Ефросинью Старицкую из Горицкого монастыря. Многолетняя семейная ссора разрешилась кровавым финалом. По–видимому, из–за отсутствия доказательств причастности Ефросиньи к новгородскому «заговору» Иван IV велел отравить опальную угарным газом во время ее доставки на речных стругах по Шексне в слободу.
Князь Владимир в те же самые дни получил приказ покинуть Нижний Новгород и прибыть в Александровскую слободу. На последней ямской станции перед слободой лагерь Владимира Андреевича был внезапно окружен опричными войсками. В шатер к удельному князю явились опричные судьи Малюта Скуратов и Василий Грязной и объявили, что царь считает его не братом, но врагом. После короткого разбирательства Владимир Андреевич и его семья были осуждены на смерть. Из родственного лицемерия царь не пожелал прибегнуть к услугам палача и принудил брата к самоубийству. Безвольный Владимир, запуганный и сломленный морально, выпил кубок с отравленным вином. Вторым браком Владимир был женат на двоюродной сестре беглого боярина Курбского. Мстительный царь велел отравить ее вместе с девятилетней дочерью. Царь, однако, пощадил старших детей князя Владимира — наследника княжича Василия и двух дочерей от первого брака. Спустя некоторое время он вернул племяннику отцовский удел.
