Целый месяц потребовался для того, чтобы добиться перевода «Паллады» поближе к берегу. Губернатор наконец прислал ответ, что если русские желают, то могут встать на внутренний рейд, но не очень близко к берегу, чтобы не мешать движению японских лодок на пристани. В этом разрешении моряки усмотрели некоторый умысел: «Лишь только фрегат вошел бы в проход, японцы выстроили бы линию из своих лодок позади его и загородили бы нам второй рейд, на котором нельзя было бы кататься на шлюпках; а они этого и добивались. Но мы поняли и не согласились. А как упрашивали они, утверждая, что они хлопочут только из того, чтоб нам было покойнее!»
Путятин же хотел, чтобы русские суда растянулись: корвет встал при входе на внутренний рейд, шхуна и транспорт поместились в самом проходе, а фрегат остался бы на втором рейде, чтобы удержать его за собой. 19 сентября «Паллада» и «Восток» перетянулись на новое место. Для буксировки судов пришло 180 японских лодок, вставших вплотную к фрегату. «Гребцы, по обыкновению, голые, — отметил очевидец, — немногие были в простых, грубых, синих полухалатах. Много маленьких девчонок (эти все одеты чинно), но женщины ни одной. Мы из окон бросали им хлеб, деньги, роздали по чарке рому: они все хватали с жадностью».
25 сентября исполнился ровно год, как на «Палладе» подняли флаг и она вышла на кронштадтский рейд. По поводу годовщины начала похода на судне устроили праздник, включавший в себя молебен и большой обед.
Приглашены были и японцы: приехал Хагивари-Матаса, старший из баниосов, только что прибывший из Эдо с новым губернатором, а также новый, тоже из Эдо, переводчик Эйноске.
В октябре нагасакский губернатор сообщил Путятину о доставке его писем по назначению, а 7 ноября на «Палладу» явились губернаторские чиновники с письменным извещением, что из Эдо в Нагасаки для переговоров с русскими скоро прибудут важные сановники. Путятин решил, что раньше, чем через месяц, встреча не состоится, и, сочтя бесполезным оставаться все это время в Нагасаки, решил отправиться в Шанхай. Японцы, узнав об этом, забеспокоились. После обеда на «Палладу» явились представители губернатора и сообщили, что хотя губернатор и не имеет разрешения из Эдо, но берет ответственность на себя и отводит русским место на берегу. К вечеру приехали уже с конкретным предложением обосноваться в бухте Кибач, которую занимал прежде посланник Резанов. Адмирал тотчас отправил Пещурова, Корсакова и Гошкевича осмотреть место. Те возвратились недовольные, сказав, что место не годится: никакой растительности, песок да каменья. Японцы, получившие отказ, вскоре вернулись с ответом губернатора. Тот, судя по всему, рассердился и сообщал, что другого места он предложить не может.
Через два дня, 11 ноября, моряки заметили, что на берегу бухты Кибач столпились японцы, среди которых выделялись баниосы. Они что-то рассматривали, измеряли, втыкали колышки: всем стало ясно, что для русских готовится другой участок. Он был получше первого, с зеленью, но то были посевы риса и овощей, разместиться среди которых было невозможно. Губернатор, узнав, что и это место отвергается, отвечал, что больше у него нет никаких прав. Указанный же русскими участок принадлежит князю Омуре, и посягать на него он не может. После обеда «Паллада» и «Восток» в сопровождении корвета «Оливуца» снялись с якоря на Шанхай. Перед уходом Путятин объявил губернатору, что если по возвращении в Нагасаки не встретит уполномоченных из Эдо, то сразу отправится туда.
В Шанхае Путятин собирался запастись углем и свежей провизией на несколько месяцев, а также произвести ремонт судов, особенно шхуны «Восток», возвратившейся 3 ноября из Татарского пролива. Кроме того, адмиралу важно было узнать, что делается в Европе, не началась ли там война. В течение месяца все намеченное удалось выполнить. Ремонтные работы произвели в местном доке при участии мастеровых «Паллады», и шхуна выглядела заметно подновленной. 17 декабря 1853 г. русская эскадра взяла курс на Нагасаки, куда пришла через пять дней.
По приходу в Нагасаки адмирал не увидел столичных представителей и отдал приказ готовиться к отплытию. Когда гребные суда уже были подняты на борт и японцы перестали сомневаться в серьезности русских намерений, они объявили, что полномочные прибыли. Обсуждение времени и места переговоров шло медленно и затянулось на несколько дней. Путятин хотел, чтобы чиновники из Эдо приехали на фрегат: мол, сам он уже был на берегу, передавая бумаги от своего правительства, следовательно, теперь японцы должны привезти ответ на корабль. Кроме того, он объявил, что не останется в Нагасаки, если встреча не состоится до 1 января. Полномочные из столицы, в свою очередь, приглашали Путятина к себе, ссылаясь на усталость с дороги.
Первая встреча, назначенная на 31 декабря, сопровождалась большой торжественностью. Хотя в переговорах участвовали только два главных лица, японских сановников сопровождала большая свита, как решили русские, «чтобы придать более важности делу». Японцы попробовали настоять на том, чтобы отвезти русских представителей на берег на своих шлюпках: как поняли офицеры, чтобы показать народу, что «мы не едем сами, а нас везут, словом, что чужие в Японии воли не имеют». Но эта затея не удалась. Путятин считал, что уступка японцам в пустяках может дать им повод потребовать уступок и в серьезных вопросах. Поэтому адмирал в общении с ними придерживался принятой им системы: вежливости и твердости, как в мелких, так и важных делах. По тому, как начиналось знакомство, рассуждал он, японцам предстояло составить мнение о русских, а тем — установить тон для дальнейших переговоров.
На пристани и у дома, где происходила встреча, были расставлены солдаты. Японцы приняли Путятина в самых нарядных одеждах, и все первое свидание прошло в обмене учтивостями. Напрасно адмирал пытался склонить разговор к цели его прибытия: японцы объявили, что по обычаю их страны при первом свидании стороны ограничиваются личным знакомством, а все речи о делах откладываются до другого времени. Затем они угостили русских офицеров обедом в японском стиле, при этом произошло непонятное для русских разделение: оба полномочных сановника обедали с ними, а вся свита, включая двух губернаторов Нагасаки, удалилась в другие покои.
По мнению Путятина и других офицеров, старшие полномочные по имени Тсу-Тсуй-Хизено и Ковадзи-Сойемон-но, обладая «бойким здравым умом и искусной диалектикой», мало чем отличались от образованных европейцев. Русские убедились, что японцы не напрасно считаются самой образованной и вежливой нацией из всех народов Дальнего Востока. Чиновники постоянно проявляли знаки радушия и гостеприимства, выражая этим, по их словам, искренность намерений японского правительства вступить в дружеские связи с Россией. Моряки заметили, что сановники из Эдо, в отличие от нагасакских, шли на уступки русским, правда, иногда после продолжительных возражений. Но приглашение посетить фрегат они приняли не только беспрекословно, но и с видимым удовольствием, что моряки отнесли к весьма замечательным и небывалым событиям.
Губернатор Нагасаки получил из Эдо позволение принять русские подарки. Их вручили не только ему, но и старшим чиновникам-баниосам, а также тем подчиненным губернатора, кто был связан с русскими моряками во время их пребывания в Нагасаки. В свою очередь японцы при вторичном свидании, угостив русских парадным обедом от имени своего сёгуна, тоже вручили Путятину, всем офицерам и гражданским чиновникам подарки: шелковые материи, фарфоровые чашки и другие изделия. Для команды передали сто мешков риса, тысячу ящиков сои и двадцать свиней. Как было сказано, подобные подарки делались всем иностранцам, но сановники при посещении фрегата привезли Путятину еще дары и от себя: дорогую саблю с отлично выделанным клинком и лакированные вещи с золотыми украшениями. При этом они отметили, что преподношение сабли служит выражением крайней приязни, и дали понять: поскольку подарок сделан по внушению их правительства, то по нему можно сделать вывод об отношениях японского правительства к русскому. Путятин в свою очередь, отдарив приличным образом полномочных, передал им также подарки для поднесения сёгуну: несколько кусков богатой золотой парчи и глазета, большие зеркала, бронзовые столовые часы, цветные вазы и ковры.
Вскоре после первых двух официальных встреч между Путятиным и японскими сановниками начались переговоры. Они проходили в так называемом «правительственном доме», в котором русские уже бывали, встречаясь с губернаторами. На эти совещания Путятин ездил на катере, без церемониала, в сопровождении только четырех, необходимых при переговорах лиц. Японские чиновники также были без многочисленной свиты. Результаты этих предварительных переговоров Путятин изложил в особой записке, представленной министру иностранных дел.
