В пояснительной записке Правительства к проекту налогового кодекса отмечалось, что основная часть доходов региональных бюджетов формируется за счет поступлений от четырех налогов, а именно: от НДС, налога на прибыль, подоходного налога с физических лиц и акцизов. Эти налоги в проекте налогового кодекса сохранялись и должны оставаться существенными источниками региональных бюджетов. При подготовке налогового кодекса не ставилась цель указать нормативы отчислений по федеральным налогам в региональный бюджет, как и не рассматривались вопросы трансфертов из федерального бюджета, поскольку подобные вопросы должны решаться в рамках бюджетного законодательства. Предложенные формулировки были достаточно гибкими для того, чтобы позволить любое бюджетное решение этих вопросов.
При построении налоговой системы в проекте налогового кодекса предусматривалось, что основными доходными источниками федерального и региональных бюджетов должны быть налоги на доходы и прибыль, а местного бюджета – имущественные налоги. Логика такого построения заключалась в следующем. Принимая во внимание, что в соответствии с Конституцией Российской Федерации определение стратегии государственного, экономического и социального развития общества находится в ведении Российской Федерации, совместном ведении Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, решения федеральных и региональных органов власти должны быть соориентированы на создание оптимальных условий для развития отечественного предпринимательства, роста дохода и соответствующее увеличение поступлений в бюджеты. Органы местного самоуправления, по мнению авторов проекта, могут обеспечить эффективный контроль за накопленным имуществом, полнотой учета и сбора имущественных налогов. При этом местные органы могут с большей степенью реальности оценивать необходимость предоставления льгот по имущественным налогам.
В системе налогов предусматривались на федеральном и региональном уровнях налог на прибыль и подоходный налог с физических лиц при обеспечении единой методологии исчисления налогооблагаемой базы.
Из налога на прибыль предприятий и подоходного налога с физических лиц выделялся налог на доходы от капитала. В соответствии с проектом по невысокой ставке таким налогом предполагалось облагать отдельные виды доходов, налоги на которые удерживаются у источника доходов. Это относится, главным образом, к доходам в виде дивидендов или в виде процентов по ценным бумагам. По существовавшим тогда правилам величина налога на дивиденды зависела от того, каким лицом является акционер – юридическим или физическим. Юридические лица платили такой налог по ставке 15 %, а физические лица должны были включать такие доходы в состав совокупного годового дохода и платить налог по прогрессивной ставке (до 30 %). Чтобы устранить дискриминацию граждан, а также решить отдельные технические вопросы и был предложен новый налог, который, по мнению авторов проекта кодекса, должен был снизить налоговую нагрузку на граждан и способствовать инвестиционной активности граждан, в том числе через паевые инвестиционные фонды.
Большинство федеральных, региональных и местных налогов, сохранив или изменив незначительно свои названия, предлагалось Правительством изменить по существу. В первую очередь это относилось к НДС и налогу на прибыль предприятий. Эти налоги должны были стать действительно налогами на добавленную стоимость и на прибыль.
Наиболее серьезным изменениям предлагалось подвергнуть налог на прибыль предприятий. Было предусмотрено перейти от действовавшего тогда порядка расчета себестоимости к той схеме исчисления налогооблагаемой базы по налогу на прибыль, которая используется в большинстве стран, т. е. от калькуляции себестоимости перейти к системе определения затрат за рассматриваемый период.
При этом из выручки должны вычитаться все деловые расходы, связанные с ведением бизнеса, за исключением специально оговоренных и не подлежащих вычету при налогообложении либо принимаемых к вычету в ограниченных размерах.
Предлагалось изменить механизм амортизации. Вместо индивидуальной амортизации каждого амортизируемого объекта предусматривалось распределение всех основных средств и нематериальных активов по нескольким группам. При этом определялся суммарный баланс каждой такой группы. За счет сокращения сроков амортизации и использования нелинейной амортизации предприятия получали возможность эффективно и в течение первых месяцев или лет списать большую часть затрат, связанных с приобретением основных средств и нематериальных активов.
Предлагалось также разрешить предприятиям капитализацию с последующей амортизацией отдельных видов затрат (на НИОКР, на разведку и подготовку к разработке запасов полезных ископаемых, на экологические цели и некоторых других) и сделать более либеральным перенос убытков на будущее.
В число федеральных налогов вводился социальный налог, объединяющий отчисления в государственные внебюджетные фонды (кроме отчислений в Пенсионный фонд): обязательного медицинского страхования, занятости и социального страхования. Такое решение не ликвидировало указанные фонды и не изменяло порядок формирования их доходов. Вместо трех платежей (с несколько отличающимися налоговыми базами и отличающимися порядком и сроками уплаты) вводился один налог, уплачиваемый по единым правилам и в единые сроки, который потом расщеплялся по трем указанным фондам. По мнению Правительства РФ, это должно было обеспечить не только большее удобство для налогоплательщиков, но и унификацию учета и отчетности, системы ответственности и размеров пеней, а также действенный контроль за государственными ресурсами.
При включении налога с розничных продаж в число местных налогов предполагалось, что органы местного самоуправления, зная условия местного рынка, смогут применять этот налог не только в качестве источника дохода, но и в целях экономического регулирования спроса и предложения на рынке товаров, при этом учитывался опыт действия такого налога в Шаховском районе Московской области.
В перечень местных налогов и сборов был включен налог на недвижимость. Особо оговаривалось, что при его введении в действие в отдельных регионах (городах Москве и Санкт-Петербурге), городах и районах будет прекращаться действие на этих территориях налогов на имущество предприятий, имущество физических лиц и платы за землю. Предполагалось, что при прекращении действия регионального налога на имущество предприятий будет произведено перераспределение средств соответствующих регионального и местного бюджетов. В частности, выпадающие доходы регионального бюджета в результате прекращения действия налога на имущество предприятий могут быть компенсированы увеличением доли поступлений в этот бюджет подоходного налога с физических лиц. При этом в соответствии с положениями проекта обшей части Кодекса изменения по федеральным, региональным или местным налогам и сборам должны приниматься при утверждении или корректировке соответствующего бюджета.
Формирование рациональной и нейтральной налоговой системы, ее упрощение предполагалось осуществить, отменив налоги, тормозящие либо искажающие побудительные мотивы экономической и инвестиционной деятельности. Налоги, уплачиваемые с валовых поступлений, не учитывают наличия реальной прибыли у предприятия, а также создают кумулятивный эффект – чем больше этапов от начальной до конечной стадии производства продукции, тем больше общая сумма таких налогов. В проекте налогового кодекса предусматривалась поэтапная отмена других налогов, взимаемых с выручки и налогов, имеющих целевое направление использования (налогов на пользователей автомобильных дорог, на содержание жилищного фонда и объектов социально-культурной сферы, транспортного налога, сбора на нужды образовательных учреждений, целевых налогов на содержание милиции, благоустройство территории и ряд иных налогов и сборов).
Конечно, при этом не предполагалась ликвидация дорожных фондов или уменьшение их финансирования. Доходы этих фондов должны были формироваться за счет акцизов на моторное топливо, налогов на владельцев транспортных средств и определенной доли НДС.
Было также предусмотрено отменить налоги, дающие незначительные поступления, а также налоги, взимание которых сопряжено с большими материальными издержками, а контроль за их уплатой затруднен или невозможен. Это, например, налог на операции с ценными бумагами и налог на приобретение транспортных средств.
Рациональность в налоговой системе предполагалось достичь и путем объединения налогов, имеющих сходную налоговую базу и налогоплательщиков. В первую очередь это относится к платежам за право пользования природными ресурсами и акцизам на минеральное сырье, к налогу на реализацию горюче-смазочных материалов и акцизам на моторное топливо, к отчислениям в государственные внебюджетные социальные фонды (кроме Пенсионного фонда).