Неизменным звеном правительственного механизма сёгуната были органы, осуществляющие жесткий контроль над деятельностью императорского двора. С 1221 года бакуфу стал направлять в императорскую резиденцию в Киото уполномоченного сёгуна (тэн-дая), имеющего право издавать от имени сёгуна указы, выполнение которых обеспечивалось особой военной силой — самурайским войском, находившимся в его распоряжении. Более того, впоследствии сёгун присвоил право утверждать нового императора, определять порядок престолонаследия, назначать регентов и других высших придворных советников.
Правящей военно-феодальной верхушке, однако, не сразу удалось создать постоянную политико-административную систему сёгуната, укрепить наследственный принцип передачи власти сёгуна, сосредоточить в его руках, а не в руках его регентов или заместителей фактическую власть. К тому же в период второго сёгуната власть бакуфу была значительно ослаблена. Этому способствовало то, что японскому сёгуну пришлось признать свою вассальную зависимость от Китая, к которому и перешло право утверждать японских императоров. В стране в это время было около 20 крупных и значительное число средних и мелких даймё, которые правили фактически в своих владениях самостоятельно.
Черты абсолютистского правления сёгунат приобретает лишь в XVII–XVIII вв., когда происходит ужесточение методов правления, создается его разветвленный полицейский аппарат. Иэясу, правитель третьего токугавского сёгуната, военным путем объединил страну. Конфисковав владения многих феодалов и буддийских монастырей, он стал крупнейшим землевладельцем.
Укрепление позиций третьего сёгуната привело к полному устранению какого бы то ни было политического влияния императора. В токугавском сёгунате была введена новая должность сёсидая — наместника сёгуна в императорской столице. На основе закона 1615 года даже религиозные функции императорского двора были поставлены под контроль сёгуна, который вмешивался в назначение всех высших придворных должностей.
Однако централизация Японии и в это время носила относительный характер. Феодальные княжества как административно-политические единицы не были ликвидированы. Местные князья сохраняли право управления, суда на своих территориях. Но у сёгуна была власть отнять все или часть владений даймё со всеми его полномочиями. Неизменно оставались под контролем бакуфу торговля и ремесло в крупных городах, как и горнорудные предприятия.
Одним из средств укрепления власти сёгуна в это время была система заложничества, окончательно закрепленная законом в 1635 году. Согласно закону все даймё должны были попеременно проживать в доме сёгуна, а возвращаясь в свои владения, оставлять в Эдо (столице сёгуната) свои семьи. Система заложничества распространялась и на сыновей императора.
Сосредоточивая в центре всю полноту властных полномочий, сёгун опирался на военно-полицейский аппарат, лишенный многих пышных атрибутов времени императорского правления, но столь же многочисленный и разветвленный. Ближайшим помощником сёгуна был его первый советник (тпайро), выполнявший в случае необходимости обязанности регента. Он, как правило, и назначался при чрезвычайных обстоятельствах. Кроме того, при сёгуне существовал круг старших советников (редзю), составлявших непосредственно правительство (бакуфу), исполнявших свои обязанности посменно в течение месяца. Несколько старших советников в последние годы токугавского сёгуната составили Государственный совет, нечто вроде узкого "кабинета министров". За каждым из членов совета закреплялся определенный круг управленческих функций и контроль за одной из пяти коллегий бакуфу: внутренних дел, иностранной, военной, военно-морской и финансов. Особое правительственное управление ведало чеканкой монет, ему же принадлежал контроль за рудниками. Младшие советники ведали гвардией сёгуна, охраной дворца, полицейским аппаратом, следили за его вассалами.
Местное управление. С введением надельной системы в Японии в 645 году было связано территориальное деление страны на провинции (купи), а с 646 года — на уезды, во главе которых стояли назначаемые из местной родовой аристократии губернаторы, уездные начальники. Наряду с ними в уезды направлялись царские контролеры. Уездная администрация обладала в Японии большей самостоятельностью, чем в Китае, так как она ведала местными территориальными военными отрядами. Низшей административной единицей было село во главе с сельским старостой, назначаемым из местных жителей. Каждое село должно было состоять из 50 дворов. Таких крупных сел в то время в Японии не было, в одно село объединялось несколько соседних деревень. Была введена в это время и система деревенских пятидворок — объединений пяти соседних крестьянских дворов, связанных круговой порукой по выполнению всех обязанностей перед государством. В ведении уездных начальников, писцов, квартальных и сельских старост был сбор налогов, контроль за исполнением крестьянами общественных работ, судебные и полицейские функции.
С утверждением сёгуната во все провинции стали назначаться военные губернаторы, или протекторы (сюго), которые находились там наряду с правителями областей, назначаемыми императором. В их обязанность входил контроль за выполнением повинностей в пользу центрального правительства, подавление мятежей, преследование политических противников сёгуна, охрана провинций. В распоряжении сюго был местный гарнизон. В частновладельческие поместья посылались специальные уполномоченные правительства, главной обязанностью которых был контроль за доходами поместья, за внесением феодалами всех налогов, и прежде всего военного, преследование смутьянов. Эти и другие меры не приводили, однако, к желаемым результатам в периоды ослабления власти сёгуна. Так, например, в XV в. местные князья из числа бывших протекторов присвоили себе право судебного и налогового иммунитета, запрещая чиновникам сёгуна появляться в их владениях. Сломить своеволие местных князей с помощью жестоких военно-полицейских мер удалось в определенной мере лишь в токугавской Японии.
Особое место в государственном аппарате токугавской Японии занимали органы сыска, специальные полицейские инспектора мэцкэ ("прикрепленный глаз"), осуществлявшие негласный полицейский надзор за всем населением страны, от чиновников до крестьян. Во главе этого аппарата стояли так называемые омэцкэ (большие, славные мэцкэ), закон о правах и обязанностях которых был принят в 1632 году. Пять главных полицейских инспекторов вели наблюдение за всеми князьями и высшими чиновниками.
Передвижение в стране было регламентировано строгой системой пропусков. Без предварительного разрешения бакуфу даймё не имели права строить замки, жениться. Для надзора за крестьянами и прежде всего сбора с них налогов во все владения Токугавы на основе закона 1644 года стали назначаться дайканы, которым подчинялись старосты деревень.
В городах помимо назначавшихся градоначальников, которым принадлежала широкая административная, полицейская и судебная власть, существовали советы крупных торговцев, но система городского самоуправления не получила сколько-нибудь заметного развития в Японии.
Армия. До введения территориального деления армия Японии состояла из родовых дружин. Вместе с надельной системой в Японии была введена обязательная воинская повинность.
"Тайхо Ёро рё" среди других министерств выделяет и военное министерство, ведавшее именными списками офицерского состава, их аттестацией, отбором, назначением и пр. В его подчинении было несколько штабов и управлений: арсенальное, военно-музыкальное, корабельное, соколиной охоты.
Армейские части были территориальными, но формировались и содержались в провинциях и уездах. Из одного двора брали одного новобранца. Сыновья и внуки обладателей рангов пользовались льготами, освобождались от службы в армии. Бойцы территориальных крестьянских ополчений составляли своеобразный резерв, они не отрывались от повседневного крестьянского труда. Срочной до трех лет была служба в пограничных войсках, гвардейских и сторожевых частях.
Армия строилась по десятичной системе, во главе с полусотниками, сотниками, двухсотниками, которые могли быть незнатного происхождения, но храбрыми воинами. Начиная с тысячников для назначения требовался уже соответствующий ранг. Армейская часть более 20 человек могла направляться в поход только по приказу императора.
Невыполнение боевого приказа или отсутствие вооружения в боевой обстановке могло наказываться смертной казнью по решению командующего. Служба в пограничных войсках освобождала других членов двора призывного возраста от мобилизации. От срочной дворцовой и пограничной службы освобождались новобранцы, если был болен отец или старший двора. Пограничники брали с собой на службу рабов, жен, наложниц.