Документы, содержащиеся в деле, показывают, что именно это было основной чертой поведения польских военнопленных, а не «закоренелая враждебность к советскому строю», к советской власти.
Как следует из донесений, рапортов и докладов, настроения военнопленных контролировались постоянно и тщательно. В докладе руководителя опергруппы НКВД СССР Трофимова Л. П. Берии от 20 октября 1939 г. (т. 106. Л.д. 58–69) подчёркивалось, что «подавляющее большинство военнопленных офицеров открыто резко враждебно настроено по адресу Германии и скрыто враждебно по отношению к СССР». В Старобельском лагере, по данным его руководства, они заявляли: «От одних врагов бежали, к другим попали», «советское правительство проводит такую же агрессивную политику, как и Германия». Чётко было выражено стремление прогнать немцев и возвратиться домой (т. 20. Л.д. 46–73). Через пять месяцев, 27 марта 1940 г., заместитель начальника отдела Главного экономического управления НКВД Безруков сообщил начальнику ГЭУ Б. З. Кобулову о тех же стойко сохранявшихся в лагере настроениях: «Настроение среди большинства военнопленных враждебное, хотя внешне они и держат себя спокойно. Агентура сигнализирует о том, что поляки считают, что „союзники победят, Германия будет поделена и Польша восстановлена“» (т. 3/39. Л.д. 110). Поскольку среди пленных распространилось представление, что их скоро освободят, они, настроившись на отказ от выезда в оккупированную Германией Польшу, планировали переброску на Ближний Восток, чтобы продолжить борьбу с немцами.
В Козельском лагере также, согласно донесениям, «офицеры в большинстве своём настроены патриотически», они заявляли, что «Польша ещё не погибла», к вступлению Красной Армии на территорию Польши относились негативно и считали это агрессией. Высказывали удивление по поводу расстрелов таких видных военных деятелей, как М. Н. Тухачевский (т. 11/47. Л.д. 285–296). В ответ на проводимую агитацию некоторые из них выражали готовность сотрудничать в антигитлеровской борьбе.
В Осташковском лагере было сильно пассивное сопротивление: агентура доносила, что военнопленные «уклоняются от бесед, ссылаясь на непонимание языка, уклоняются от работ, требуя выдачи фуфаек, высказывают недовольство качеством пищи и режимом содержания» (т. 11/47. Л.д. 7-20).
Эти настроения, оцениваемые как антисоветские, контрреволюционные, преобладали, несмотря на интенсивную политико-просветительную работу, привлечение средств наглядной агитации, показ кинофильмов, прославляющих советский образ жизни, чтение лекций как сотрудниками лагерей, так и представителями местного партийно-государственного актива. Агитационно-пропагандистская работа создавала необходимый фон для реализации плана агентурно-оперативных мероприятий по Старобельскому, Козельскому и Осташковскому лагерям военнопленных, утверждённому Л. П. Берией 27 октября 1939 г. с резолюцией: «Не разбрасываться. За многими не гнаться». Предписывалось: «Вызовы военнопленных как для предварительной беседы, так и в дальнейшем для вербовки обставлять таким образом, чтобы исключить расшифровку проводимой работы… В случае срыва вербовки военнопленного в общежитие не допускать, изолировав его под благовидным предлогом…» (т. 106. Л.д. 70–73).
Специальные уполномоченные и опергруппы искали в лагерях симптомы «контрреволюционной деятельности». Так, 25 ноября опергруппа докладывала Л. П. Берии, что ей удалось найти в Старобельском лагере «антисоветскую организацию военнопленных офицеров» — «офицерское подполье». «Популярное дело создания культурно-просветительных кружков было успешно использовано для создания подпольной организации». Подвергшийся резкой критике комиссар М. М. Киршин отчитывался о налаживании сыскной работы в лагере в докладной записке о состоянии режима — об обнаружении группы, созданной «с целью проведения контрреволюционной работы под видом культпросветработы», её филиала «под названием „Касса взаимопомощи“», о попытках организации молебна, развешивании крестов и икон, о беседах на темы «Экономика Польши», «О пчеловодстве», «Зоология», «Ботаника», о лекции «Психология плена». 24 декабря 1939 г. было выслежено совещание десяти человек, на котором «обсуждался вопрос о международном положении и мерах восстановления бывшего польского государства. Материалы об этом факте переданы О<собому> о<тделению> для дальнейшей разработки». Аналогичная информация касалась встречи группы военнопленных в общежитии, где «произносились контрреволюционные речи в защиту б<ывшей> Польши, б<ывшего> правительства и т. д.» (т. 7/43. Л.д. 245247).
Записка Л. П. Берии в ЦК ВКП(б) И. В. Сталину содержала проект постановления Политбюро, который был автоматически превращён в постановление с датой 5 марта 1940 г., внесённое в протокол как «Вопрос НКВД СССР» под номером 144. На записке были собственноручные (подтверждённые графологической экспертизой) визы Сталина, Ворошилова, Молотова и Микояна и пометка «т. Калинин — за, т. Каганович — за» (т. 115. Л.д. 1316). Подлинность записки и постановления Политбюро от 5 марта 1940 г. была подтверждена почерковедческой и криминалистической экспертизами.
НКВД СССР получал указание рассмотреть дела о находившихся в лагерях 14.700 польских военнопленных и содержавшихся в тюрьмах 11.000 поляков (количество давалось округлённо) «без вызова арестованных и без предъявления обвинения, постановления об окончании следствия и обвинительного заключения» — на основании справок Управления по делам военнопленных НКВД СССР и справок из дел, предоставляемых НКВД УССР и НКВД БССР.
Рассмотрение дел и вынесение решений возлагалось постановлением на «тройку» в составе руководящих работников НКВД СССР — заместителей наркома В. Н. Меркулова и Б. З. Кобулова, а также начальника 1-го спецотдела Л. Ф. Баштакова. Однако как рассмотрение дел, так и вынесение решений превращалось в чисто техническую ведомственную операцию, поскольку постановление предписывало «рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела».
Это надправовое решение придавало минимальную видимость законности в глазах исполнителей расстрелов, поскольку об этом никто другой не должен был знать, так как акция проводилась в строжайшей тайне. Она была сугубо внутриведомственным делом, сведённым до технической процедуры исполнения. Сам состав «тройки», в которой Л. П. Берия был заменён Л. Ф. Баштаковым, занимавшимся оформлением документации на расстрелянных, говорит о снижении её ведомственного уровня на порядок даже по сравнению с особым совещанием. По запросу заместителя начальника Управления по делам военнопленных НКВД СССР И. И. Хохлова от 11 марта 1940 г. со сроком исполнения 15 марта был составлен список содержавшихся в лагерях священнослужителей (т. 3/39. Л.д. 102–103), которые были вывезены из лагерей и расстреляны. В Смоленске, по показаниям П. Ф. Климова, они расстреливались в подвале УНКВД (т. 15. Л.д. 82).
На основании постановления от 5 марта 1940 г. Сопруненко формировал в апреле-мае 1940 г. из военнопленных команды по 90-260 человек, на которых оформлял списки-предписания (с единой нумерацией для всех трёх лагерей) с приказами начальникам лагерей отправлять их в УНКВД Смоленской, Калининской и Харьковской областей (т. 6/42. Л.д. 112, 113; т. 7/43. Л.д. 104–107; т. 11. Л.д. 1-361 и др.).
С 1 апреля по 19 мая 1940 г. на основании составленных П. К. Сопруненко и его заместителем И. И. Хохловым списков из лагерей военнопленных железнодорожным транспортом под охраной конвоиров 236-го полка конвойных войск НКВД СССР (т. 1/50. Л.д. 9-370) во внутренние тюрьмы НКВД и на станцию Гнездово под Смоленском, в Катынский лес отправлялись команды военнопленных.
Расстрелы осуществлялись во внутренних тюрьмах УНКВД в специально оборудованных помещениях вечером и по ночам, поодиночке, в Катынском лесу — днём, партиями. Расстрелами и захоронениями поляков занимались сотрудники комендантской службы, тюремные надзиратели и водители УНКВД названных областей.
Вся непосредственная работа по отправке военнопленных на расстрел контролировалась Управлением по делам военнопленных НКВД СССР и лично П. К. Сопруненко и И. И. Хохловым, которые требовали неукоснительного соблюдения секретности и точности при отправке военнопленных в соответствии со списками-предписаниями, а также систематических докладов о ходе разгрузки лагерей (т. 11/47. Л.д. 118–122; т. 8. Л.д. 332; т. 7. Л.д. 227, 237; т. 7/43. Л.д. 103–107; т. 10/46. Л.д. 261–263; т. 20. Л.д. 39–40, 71–73, 117–118, 119). П. К. Сопруненко, в свою очередь, еженедельно составлял для отчета перед руководством НКВД СССР о проведении операции сводки о наличии военнопленных в лагерях НКВД и справки о прохождении дел (т. 10/46. Л.д. 243–335). После завершения операции по указанию П. К. Сопруненко и С. В. Нехорошева значительная часть документации о военнопленных для сокрытия факта расстрела была сожжена (т. 7/43. Л.д. 109, 151–152). Поскольку в лагеря продолжала поступать корреспонденция и запросы от родственников расстрелянных поляков, было предписано возвращать их «за ненахождением адресата» (т. 13/49. Л.д. 250; т. 10/46. Л.д. 152).