Став ближайшими доверенными советниками царя когда тому было всего 15 лет, Адашев и, особенно, духовник Сильвестр, очевидно, имели огромное влияние на него. Судя по описаниям, оба они были людьми талантливыми и образованными для своего времени, в то время как сам Иван, по собственным признаниям, был в детстве обучен только грамоте. Очевидно, что все благие действия первого периода царствования Ивана Грозного исходили именно от этих людей, а не от молодого царя. Таким образом, избавившись от контроля бояр, Иван не приобрёл полной власти, а попал под мудрое и мягкое, но всё же, руководство новых фаворитов, которые назначали верных им людей на ключевые посты и создали собственную структуру для проведения власти. Вероятно, привыкнув за десятилетие к своему положению первых лиц государства и почувствовав своё моральное превосходство над царём, советники в какой-то момент переступили черту и стали слишком явно проявлять свою власть, делать слишком явные попытки влиять на решения царя и противоречить царю в его желаниях.
Одно из известных столкновений произошло из-за войны в Ливонии. Сильвестр, под тем предлогом, что следует вести войну с иноверными татарами, советовал Ивану прекратить войну в Ливонии и покорить Крым. Не сумев изменить планы царя, он стал внушать ему, что все его неприятности посланы ему богом в наказание за строптивость и отказ выполнять совет духовника. Другой, ещё более важный повод для беспокойства за свою власть возник у Ивана во время его болезни, в 1553 году. Опасаясь своей смерти, царь захотел взять с бояр клятву на верность своему малолетнему сыну. Понимая, что в этом случае вся власть после смерти Ивана перейдёт к семейству его жены Захарьевым-Юрьевым, и помня, какие тяготы переживала Россия во время малолетства самого Ивана, и Сильвестр и Адашев воспротивились принятию такой клятвы. Взамен они пытались устроить, чтобы на престол, в случае смерти царя, взошёл его двоюродный брат Владимир Андреевич Старицкий. В глазах Ивана такое ослушание в самом важном для него вопросе, несомненно, было явным предательством. В своих письмах к Курбскому, оправдывая опалу и казни многих лучших людей государства, военачальников, своих ближайших помощников, Иван Грозный подчёркивал, что при Сильвестре и Адашеве он не имел никакой власти: «...Подружился он (Сильвестр) с Адашевым и начали советоваться тайком от нас, считая нас слабоумными, мало-помалу начали они всех вас бояр в свою волю приводить, снимая с нас власть... ни одной волости не оставили, где бы своих угодников не посадили, не докладывали нам ни о каких делах, как будто нас и не было; наши мнения и разумные они отвергали, а их и дурные советы были хороши. Так было во внешних делах; во внутренних же мне не было ни в чём воли: сколько спать, как одеваться — всё было ими определено, а я был как младенец. Но разве это противно разуму, что в летах совершенных не захотел я быть младенцем?.. Обращались со мною не как с владыкою или даже с братом, но как с низшим... попробую прекословить — и вот мне кричат, что и душа-то моя погибнет, и царство-то разорится. И такое утеснение увеличивалось не день ото дня, но час от часу... Когда по возвращении в Москву (из Казанского похода) я занемог, то доброхоты эти ...хотели воцарить далёкого от нас в колене князя Владимира, а младенца нашего погубить, воцарив князя Владимира... Таким образом, изменникам нашим было хорошо, а мы терпели притеснение...». Мы видим, что постепенно Иван Грозный вновь почувствовал, что не обладает достаточной властью в своём государстве. То, что было помощью и мудрым советом в глазах 17-летнего юноши, становилось нудной опекой и непокорностью в глазах 30-летнего властного мужчины. Утратив доверие к своим ближайшим советникам и желая восстановить покорность всего народа своей воле, Иван Грозный вновь почувствовал необходимость прибегнуть к испытанному способу борьбы и сменить своё окружение. Сильвестр и Адашев вначале попали в опалу и были отправлены в дальние города, а затем, после надуманного обвинения в отравлении царицы Анастасии, были убиты. Однако, все ключевые посты в государстве занимали их ставленники, поддерживавшие их политику и обязанные им своим положением. Поэтому Ивану вновь предстояло, добывая абсолютную власть, перетрясти всю Пирамиду.
Вновь царю понадобились люди, преданные ему лично и готовые на всё ради достижения власти. И опять Иван стал приближать к себе людей из низших слоев общества. Люди, стремившиеся к власти и готовые идти на всё ради её достижения, были той силой, на которую мог опереться царь в своей борьбе против ставленников предыдущего правительства. Явление «опричнины» (от слова «опричь», т.е. отдельно, когда царские земли были отделены от земских и все люди делились на земских и опричных) не поддаётся объяснению с классовой или социальной точек зрения. Опричниками были люди всех слоев общества. Обвинив скопом всё прежнее руководство государства в измене, присвоении царских земель, притеснении православных христиан, царь заявил, что оставляет своё государство и удаляется от дел. 3 декабря 1564 года он выехал из Москвы со всем семейством и двором и поселился в Александровской слободе. Вскоре он прислал митрополиту список, в котором были перечислены измены боярские, воеводские и прочих приказных людей. Зная крутой нрав царя, все перечисленные в списке, то есть вся верхушка русского общества, могли предполагать грядущую жестокую расправу над собой. Однако, даже перед такой перспективой, под угрозой личного уничтожения, боярство не создало независимую силу для собственной защиты. Русские бояре не воспользовались удобной возможностью, чтобы потребовать у царя законов, определяющих их права и отношения между ними, как это сделали в свое время английские лорды. (В 1215 году английские бароны объявили войну королю Джону, который пытался получить абсолютную власть в государстве и по мнению аристократии посягнул на их исконные и традиционные права. Верхушка английского общества силой заставила короля принять Хартию Вольностей, которая определила права и свободы каждого владельца земли, существенно ограничила власть короля и стала с тех пор основой правовой системы в Англии).
Вместо борьбы за свои права, своё достоинство и свою жизнь, духовенство и бояре явились в Александровскую слободу и объявили Ивану общую мольбу, чтобы царь вернулся и правил как ему будет угодно. Иван принял челобитье с тем, чтобы «ему на всех изменников и ослушников опалы класть, а иных казнить, а именье их брать в казну и учредить себе на своём государстве опричнину».
Такое поведение русского боярства ещё раз показывает, что в Пирамиде второй слой не может открыто выступить против власти лидера. Общество признает власть самого этого слоя только как часть единой власти, исходящей с самого верха Пирамиды. Поэтому, при азиатской системе открытый конфликт между лидером и вторым слоем общества невозможен. Примерно то же самое поведение аппарата мы увидим четыре столетия спустя, когда на XVII съезде ВКП(б) лидеры партии, вполне предвидя свою трагическую судьбу, не могли организоваться и использовать последний шанс противостоять Сталину. Та же причина привела к провалу августовского путча 1991 года, когда верхушка бюрократического аппарата государства попыталась отстранить Горбачева, и общество отказалось признать её власть.
Опричнина стала одним из самых страшных периодов в Русской истории. Всякая законность и справедливость были растоптаны. Опричники получили возможность расправляться с любым из представителей земства. Более того, царь даже поощрял своих новых слуг на беззакония, захват имущества, убийства людей, которых он считал своими врагами. В эту категорию попали почти все видные государственные деятели. Во время опричнины были казнены многие выдающиеся граждане, служители церкви, лучшие военачальники. Говоря о своей заботе о благе народа, Иван в 1570 году совершил карательный поход на Новгород, где истребил почти всех жителей и разорил области от Твери до Новгорода хуже, чем любой чужеземный завоеватель. При помощи всеобщего террора во время опричнины, Иван Грозный вновь заменил людей на всех уровнях Пирамиды и добился своей единоличной абсолютной власти. Однако, на этот раз Иван не допустил контроля над собой со стороны созданной им новой силы. Видимо, поняв из предыдущего опыта, что для сохранения личной абсолютной власти необходимо постоянно менять своих исполнителей на всех уровнях государственной лестницы, он распространил террор и на опричников. Многие известные деятели опричнины сами пали жертвой более молодых претендентов на власть. Так, в 1572 году были казнены вожди опричников князья Вяземский и Михаил Черкасский, воевода Василий Грязной. Царский любимец воевода Алексей Басманов был казнён своим собственным сыном Федором Басмановым. Неудивительно, что политика террора и отсутствия постоянного управления сильно ослабила Русское государство. Ливонская война была проиграна, а внезапно набежавшим крымским татарам даже удалось сжечь Москву.
