Но все же, главной внутренней угрозой для Грузии является коррупция. Она пронизывала все грузинское общество с верху до низу. Не победив коррупцию невозможно построить сильное государство. Это все понимал Саакашвили, по его словам «государство приватизировано и расхищено политико-экономическими кланами, находящимися у власти». В частности, «в любой сфере экономики и политики господствуют родственные кланы», или кланы «по интересам», в результате чего «государство фактически было расхищено изнутри». Борьбой с которой должно активно заниматься министерство государственной безопасности, «главная задача службы безопасности — идентифицировать эти группировки, выявить, например, то, какой «вор в законе» контролирует то или иное крупное предприятие или какая мафиозная группировка проникла в мэрию или администрацию и так далее».
Саакашвили также сообщил о создании специального центра по борьбе с коррупцией, который будет подчиняться непосредственно президенту. В его задачи, будет входить проверка высокопоставленных чиновников и членов их семей.
Но вначале Саакашвили объявил войну ворам в законе. Борьба с «законниками» стала одним из главных направлений деятельности президента Грузии и его команды сразу после прихода к власти в результате «революции роз«2003 года. Саакашвили таким способом утверждал себя, демонстрируя обществу свою силу и принципиальность. Ведь поднять руку на некогда всемогущих «законников» действительно могло лишь сильное и уверенное в себе правительство.
Следует учитывать, что «воры в законе» — это наследие советских времен. Несмотря на жесткость советской системы, тогда так и не смогли побороть это явление. По данным российского МВД, около трети всех «воров в законе» составляют выходцы именно из Грузии. Во времена СССР грузинские воры контролировали практически весь нелегальный оборот денег и ресурсов, в том числе подпольное производство «цеховиков». Грузинские воры имели такое влияние, что ходят легенды о том, как вор в законе Чайя якобы отвез Галине Брежневой бриллиантовый кулон, после чего первый секретарь ЦК Компартии Грузинской ССР Эдуард Шеварднадзе получил звезду Героя Социалистического Труда. Проще говоря, «законники» имели в Грузии большое влияние как в советское, так и постсоветское время.
Вот на что замахнулся Михаил Саакашвили. По его инициативе парламент принял уникальный в мировой юридической практике закон «Об организованной преступности», в котором впервые получили официальное признание термины «вор в законе», «воровской мир» и «разборка». Согласно закону, «законник» может быть арестован и осужден на 10 лет не за совершение конкретного преступления, а лишь за принадлежность к высшей воровской касте. Авторы закона учли, что «понятия» запрещают ворам отказываться от своих убеждений, то есть для осуждения человека достаточно его положительного ответа на вопрос, является ли он «вором в законе» или «уважает ли воров».
Сразу после принятия этого невиданного закона десятки воров в законе, которые не успели сбежать в Россию или Европу, были арестованы. Их имущество было конфисковано. Причем в большинстве шикарных и богатых дворцов, где раньше проживали «законники», были размещены полицейские участки. Воров посадили в специальную тюрьму строжайшего режима и лишили возможности любого контакта с внешним миром. Те, кого не успели посадить, сбежали большей частью в Россию, на Украину. Против остальных грузинские спецслужбы объявили войну не на жизнь, а на смерть.
В марте 2004 года МГБ и МВД Грузии провели совместную операцию против криминальных авторитетов — членов семьи Апрасидзе. Семья Апрасидзе проживала в средневековой крепости, оснащенной всеми видами оружия, включая противовоздушное, и пользовалась поддержкой населения близлежащего села Эцера. Уголовные дела против главы семейства и трех его сыновей были возбуждены в 1992 году, однако попыток задержать представителей группировки до этого не предпринималось. Преступный клан Апрасидзе подозревается в причастности к похищению Левана Каладзе — брата известного грузинского футболиста Кахи Каладзе. Члены семьи замешаны в многочисленных убийствах, разбоях и похищениях людей как в Сванетии, так и по всей Грузии.
Отряд спецназа вылетел утром из Кутаиси на десяти вертолетах. Для сохранения секретности, командиры спецподразделений не знали сути операции и пункта назначения, задача была поставлена уже в воздухе. Когда вертолеты приблизились к крепости, Апрасидзе открыли шквальный огонь из пулеметов и гранатометов. Тем не менее, спецназ сумел десантироваться и вступил в бой. В ходе спецоперации в селе Эцери Местийского района произошла перестрелка с Евгением Апрасидзе и тремя его сыновьями — Гочей, Омехом и Шванги. В результате перестрелки трое преступников были ликвидированы, Шванги Апрасидзе ранен. Во время боя был серьезно поврежден корпус одного из вертолетов, высадивший группу спецназа в селе Эцери. Со стороны правоохранительных органов потерь не было.
В июне 2006 года утром грузинские силовики провели крупномасштабную операцию по задержанию криминальных авторитетов в ряде районов региона Имерети (Западная Грузия), которую возглавил лично министр внутренних дел Грузии Гиорги Барамидзе. В ходе операции было задержано 16 криминальных авторитетов.
Кроме того, был задержан владелец 17 бензоколонок и телекомпании «Кутаиси», депутат Бондо Шаликиани. По данным МВД Грузии, в доме Шаликиани находился бежавший заключенный, «объявленный в розыск», и «по этой причине в доме Шаликиани был проведен обыск, в ходе которого информация о том, что там скрывается заключенный, не подтвердилась», однако «было изъято две единицы автоматического огнестрельного оружия, взрывчатые вещества и противотанковый снаряд». Следует отметить, что, согласно имеющимся данным, Бондо Шаликиани является родственником крупного грузинского криминального авторитета Тариэла Ониани и долгое время поддерживает с ним дружеские отношения.
Министерство государственной безопасности Грузии предъявило жителю города Марнеули Тамазу Мумладзе обвинение в приобретении, хранении и транспортировке оружия. В «деле Мумладзе» фигурируют действующие за рубежом террористические организации. По данным следствия, в прошлом году он передал водителю грузовой машины, гражданину Турции, крупную партию оружия и взрывчатки. Машина следовала из Ирана через Грузию в Турцию и была задержана турецкими спецслужбами при въезде в страну. Турецкая сторона предполагает, что оружие и взрывчатка предназначалась для организаций курдских экстремистов, действующих на территории этой страны. МГБ Грузии, проводя расследование, поддерживает контакты с турецкими властями. Во время обыска в доме Мумладзе были найдены два автомата, винтовка и боеприпасы в большом количестве.
Другой большой проблемой Грузии была коррупция в правоохранительной системе. До прихода Саакашвили, полицейские в Грузии занимались тем, что вымогали взятки, похищали и убивали людей, торговли наркотиками. Михаил Саакашвили уничтожил старое МВД и на его месте создал новое — менее коррумпированное, но не менее могущественное. Он объявил открытую войну коррупционерам в погонах.
Уже в апреле 2004 года был арестован бывший руководитель Антитеррористического центра МГБ Грузии генерал-майор Леван Кенчадзе. Он обвинялся в злоупотреблении служебным положением — речь идет о списании и планируемом затем уничтожении специального оружия МГБ — однако в ходе следствия выяснилось, что это оружие не было уничтожено». У грузинских спецслужб была версия, что это оружие было продано в Панкисском ущелье чеченцам». В то же время, по неофициальной информации, обвинение в злоупотреблении служебным положением может быть не единственным обвинением, которое будет предъявлено бывшему руководителю Антитеррористического центра. Возможно, Кенчадзе предъявят обвинение в причастности к похищению в Грузии испанских бизнесменов, а также к делу, связанному с типографией, где печатались фальшивые документы сотрудников правоохранительных органов.
Причем, впервые о связях Кенчадзе с криминальным миром открыто заговорили испанские бизнесмены Антонио Треминьо и Франсиско Родригес, которые находились в заложниках в Панкисском ущелье. Сами испанцы в своем похищении обвиняли непосредственно Кенчадзе. Верховный суд Грузии приговорил бывшего руководителя Антитеррористического центра МГБ Грузии генерал-майора Левана Кенчадзе к 8 годам лишения свободы.
В мае 2004 года был задержан руководитель службы вооружения Министерства госбезопасности Грузии Василу Натрошвили. Ему было предъявлено обвинение в незаконной перевозке и торговле огнестрельным оружием. Из его машины было изъято огнестрельное оружие. Затем, в декабре 2004 года сотрудники МГБ Грузии задержали начальника отделения тбилисского аэропорта департамента охраны государственной границы Грузии, капитана Георгия Шарикадзе. Поданным пресс-центра МВД Грузии, Георгий Шарикадзе подозревается в злоупотреблении служебными полномочиями.