Осень 1798 года Бернадот со своей дивизией провёл в университетском городке Гиссене в относительном бездействии, если не считать занятий в местном университете — ведь ему так и не пришлось основательно поучиться. За усердную помощь библиотеке — Бернадот подарил ей большую коллекцию французских книг, выписанных из Парижа, — ректорат выдал генералу почётный диплом доктора истории, статистики и политической экономии (по данным Хёйера, доктора философии). Отсюда генерал тщетно попытался доказать Директории нецелесообразность египетской экспедиции Наполеона.
В декабре дивизия передислоцировалась в Майнц, а потом в Ландау, откюда генерал, используя свои контакты в Вене, с интересом следил за развитием событий в России и информировал о них Париж. Он поменял своё отношение к Египетскому походу свояка, с восхищением наблюдал теперь за развитием событий и осаждал Жозефа Бонапарта проектами морской экспедиции по спасению армии его брата из испанских и итальянских портов. Антипатия к Бонапарту годовой давности, кажется, исчезла, но некоторое время спустя она неожиданно проявится снова.
На короткое время — в середине января 1799 года — он приезжал в Париж, чтобы уладить некоторые денежные дела, но создаётся впечатление, что это был всего лишь предлог для того, чтобы быть поближе к событиям в столице. Директория снова планировала масштабные военные действия против второй коалиции, и он мог рассчитывать на почётное место в них. Так оно и вышло: 5 февраля его назначили командующим Обзервационной армией, но уже через пять дней военный министр Шерер "перерешил" и назначил его командующим Итальянской армией вместо подавшего в отставку Жубера. Бернадот, с учётом конфликтной ситуации, послужившей поводом для ухода с этого поста Жубера, выдвинул Шереру ряд требований финансового, административного и военного характера для усиления ресурсов армии, но после того как Директория не удовлетворила их, он от назначения в Италию отказался и предпочёл занять место командующего Обзервационной армией. Шерер возмутился и сказал, что сам возглавит Итальянскую армию и никаких подкреплений не потребует. 21 февраля Шерер получил назначение и убыл в Италию, где вскоре потерпел сокрушительное поражение под Маньяно. Бернадот оказался прав: Итальянская армия нуждалась в усилении.
Когда в марте 1799 года без всякого формального объявления войны начались военные действия, всё рухнуло. Французы терпели поражение на всех фронтах и направлениях. 1 марта, в день объявления Францией войны Австрии, Обзервационная армия перешла Рейн и заняла Маннхейм, столицу курцфюршества Пфальц. Здесь в штабе Бернадота появилась делегация Гейдельбергского университета с ходатайством пощадить университет от превратностей войны. Бернадот заверил профессоров, что не будет входить в Гейдельберг и что университет мог спокойно продолжать свою деятельность: "Мои офицеры охраняют искусство и любят науки".
Из Маннхейма армия, в которой одним из командиров дивизий был Мишель Ней (1769–1815) и Гюдэи, выступила в направлении Филиппсбурга и Хейльбронна. У Бернадота сразу сложились напряжённые отношения и с командующим Швейцарской армией Массена, и с командующим Майнцской, а позже Дунайской армией Журданом. Шла настоящая драка за ресурсы и подкрепления, источником которых, по задумке Директории, должна была служить Обзервационная армия Бернадота. На самостоятельные оперативные действия она, таким образом, рассчитывать не могла. Журдан постоянно требовал подкреплений от Бернадота, тот нервничал, потому что Журдан не информировал его об общей картине, складывавшейся на восточных фронтах, и призывал Журдана вникнуть в его положение и избавиться от некомпетентных советников и интриганов. Журдан настаивал на немедленном присоединении армии Бернадота к своей, но тот, остановившись у Хейльбронна, ссылался на невозможность выполнения этого требования ввиду слабости своих сил. Между генералами возникла распря, в которую был вынужден вмешаться военный министр и решить её в пользу Журдана. Поскольку австрийцы 21 и 25 марта под Острахом и Штокахом нанесли поражение слабой и малочисленной Дунайской армии и Журдан был вынужден отдать приказ к отступлению, так и не дождавшись подкрепления, то обиженный в своих лучших чувствах Бернадот снял осаду Филиппсбурга и, оставив небольшой гарнизон в Манхейме, снова вернулся за Рейн.
Скоро Обзервационная и Швейцарская армии были всё-таки влиты в состав Дунайской, и в начале марта 1799 года Бернадот с Массена стали командовать флангами Журдана.
Война в Германии была проиграна. Та же участь выпала и на долю армии в Италии. Там А.В. Суворов по всем статьям переигрывал французов. Журдан подал в отставку, и всё командование в этом районе взял на себя сначала Эрнуф, а потом Массена. Примеру Журдана 9 апреля 1799 года последовал и Бернадот — у него снова заболела грудь и открылся кашель с кровохарканьем. В Париж он не вернулся, да его туда пока и не отпускали, а пока он написал военному министру письмо, в котором, в частности, не скрывая горечи и обиды, сообщал: "Я далёк от того, чтобы пытаться предугадать последствия мер, принятых Директорией. Я уважаю все власти, в том числе когда они даже ошибаются…" Оставив свое соединение на Колода, он уехал лечиться на воды в Симмерн, где стал гостем тестя своего помощника полковника Мэдона.
Между тем он узнал, что был избран от своего родного департамента Нижние Пиренеи в Совет пятисот. Напомнив о себе несколько раз военному министру и ссылаясь на некомпетентность местных немецких врачей, но, тем не менее, отдохнув и окрепнув в Симмерне, он с нетерпением ринулся в Париж.
Францией сверху донизу овладела апатия. Все критиковали правительство — Директорию, но никто ничего не хотел делать. Сама власть тоже была полностью парализована, и высшие чиновники с безразличием наблюдали за тем, как страна катится в пропасть. Недовольство властью было всеобщим. У всех на устах были новости о перевороте, даже Жозеф и Люсьен Бонапарты высказывались за это. В Париже Бернадот присоединился к неформальной группе оппозиционных генералов, в которую входили Жубер, Журдан, Брюн и др. Генералы критиковали некомпетентные действия правительства, головотяпство ее комиссаров в армиях и требовали смену руководства страной.
В итоге произошёл военный переворот от 30 прериаля (18 июня). В перевороте приняли участие политические силы самых разных оттенков и толков, объединённые ненавистью к прогнившей власти. По воспоминаниям Барраса, не последнюю роль в перевороте сыграл и Бернадот как командир 17-й (парижской) дивизии, хотя первую скрипку играл Жубер. Бернадот предпочёл остаться в тени.
Директория кооптировала в свой состав деятельного и способного аббата Эммануэля Жозефа Сиейеса (1748–1836), бывшего жирондиста и посла в Берлине, сумевшего избежать в эти бурные годы и ареста, и гильотины. Сиейес энергично взялся за реформу правительства, уволил Талейрана (двое честолюбцев-расстриг в одном правительстве вряд ли могли ужиться), который стал брать взятки почти открыто, дал пост министра полиции "мяснику из Лиона" Жозефу Фуше и ввёл в состав Директории трёх новых членов — Гохье, Рожера Дюко и генерала Мулена, усилив таким образом в ней якобинское влияние. Совершилась т. н. малая революция.
Основное внимание правительство Сиейеса должно было уделить армии и ведению войны. Благодаря влиянию Жозефа и Люсьена Бонапартов в Совете пятисот и своему вкладу в переворот, Бернадот получил предложение возглавить военное министерство. Баррас утверждал потом, что Бернадот был его кандидатом на этот пост, в то время как Сиейес и Рожер-Дюко пытались продвинуть на этот пост врага Бернадота и Клебера, бывшего интенданта Александра. Бернадот отлично представлял обстановку в стране и в армии и сначала это предложение отклонил. Он не желал становиться "мальчиком для битья" и понимал, что в своей работе в военном министерстве столкнётся с непреодолимыми трудностями — в первую очередь в лице самой Директории. Но на него "навалились" свояки Бонапарты, члены Директории, генерал Жубер и супруга Дезире, так что после интенсивных переговоров 2 июля 1799 года он стал военным министром Франции.
Историки утверждают, что в истории Франции не было ещё ни одного военного министра, который бы принимал руководство министерством в таких критических обстоятельствах. Поражения французских армий в Германии и Италии, гражданская война внутри страны, на границах коалиционные армии противника, отсутствие порядка и продовольствия, полная деградация власти, разложение армии и упадок духа у населения, — вот далеко не полный список проблем, перед которыми оказался Бернадот, когда принял портфель военного министра Франции.
2 июля Бернадот приступил к исполнению своих обязанностей. С собой в министерство Жан Батист взял своих старых друзей и единомышленников: Жерара, Мэзона, Морэна, Сарразэна. Свояки Жозеф и Люсьен предприняли попытку продвинуть на ключевые посты военного ведомства своих людей с Корсики, но новый министр отбил все их атаки и сохранил за собой полную свободу действий. Если он кому и симпатизировал после переворота, то это были якобинцы типа Журдана, Ожеро и Шампионне.
