Хёйер определённо говорит о причинной связи между якобинскими симпатиями Бернадота и его отставкой. 13 сентября Журдан в Совете пятисот предложил объявить отечество в опасности. Это означало роспуск парламента и возвращение к образцам якобинской диктатуры 1792 года. И прозорливый (или проинформированный Сарразэном) Сиейес первый удар нанёс по военному министру. Был ли Бернадот членом якобинской партии? Вряд ли, он был скорее её попутчиком, мечтавшим о восстановлении режима первых дней революции и о замене "ожиревших котов", поправших её идеалы. "Наше внутреннее положение не становится лучше, — писал он за 5 дней до своей отставки Брюну в Голландию. — Созданы партии, предвестники лиг. Какой лабиринт преступлений, дорогой Брюн, и какое загнивание! Меня поддерживает моё мужество, хотя я по уши плаваю в самой гадкой коррупции. Завидую тебе, несмотря на окружающие тебя опасности".
Аббат Сиейес, склонявшийся к аристократическому правлению, избавившись от Бернадота, мечтал о генерале, который навёл бы порядок на фронтах. Его выбор пал наконец на генерала Жубера, которого послали командовать армией в Италии, но, к несчастью, генерал скоро погиб в бою под Нови. Генерал Моро занимать его пост отказывался — он опасался за свою жизнь. Наполеон ненавидел Сиейеса, потому что видел в нём соперника, и первое время стал склоняться к партии якобинцев, но когда узнал, что члены Директории Гохье и Мулэн собирались отправить его командовать какой-нибудь армией на фронт, корсиканец смекнул, что дружба с якобинцами ему ничего не сулит, и предоставил себя в распоряжение расстриги-аббата. Два паука оказались в одной банке и пока с недоверием смотрели друг на друга.
На пышный приём по случаю прибытия Наполеона Бернадот не пошёл. "Я не желаю сидеть за одним столом с заразным человеком", — сказал он. Когда он узнал о высадке Наполеона во Фреюсе, он связался с генералом Дебелем, бывшим военным министром, и просил передать Директории, чтобы она, не теряя времени, отдала приказ об аресте генерала-дезертира и учреждении над ним трибунала. Дебель, поддержанный артиллерийским полковником Сен-Мартэном, отправился к Баррасу. Тот выслушал Дебеля и сказал:
— Мы недостаточно сильны для этого.
Бернадот продолжал настаивать на аресте Наполеона, но Баррас, верный своей выжидательной тактике, ответил:
— Давайте подождём.
Комментируя поведение Бернадота, А.Блумберг справедливо пишет, что оно было мотивировано не только его приверженностью к конституции и верностью присяге, но и тем, что в Наполеоне он видел соперника и хотел его нейтрализовать. Бернадот, как и Наполеон, тоже мечтал о том, чтобы сыграть свою роль в наведении порядка в стране, например в составе триумвирата, наделённого правами диктатуры и переизбиравшегося каждые три года.
Но и Бонапарт тоже подозревал Бернадота в том, что тот не исключал возможности войти в высшие эшелоны власти. Уже на другой день Бонапарт сказал своему секретарю Бурьену: "Бернадот странный парень. Когда он был военным министром, к нему пришли генералы Ожеро, Саличетти и некоторые другие и сказали, что конституция находится в опасности, что следовало освободиться от Сиейеса и Барраса… и что они стояли во главе заговора. Что же сделал Бернадот? Ничего. Он потребовал доказательств (вероятно, доказательств своего большого ума), но ему их не дали; он потребовал полномочий, но кто их мог ему дать? Никто. Их нужно было взять самому. Он не решился, ссылался на обстоятельства, он ответил, что он не согласен с их планами и обещал сохранить молчание, если его оставят в покое. Бернадот — не инструмент, он — помеха".
Тем не менее Наполеон, согласно Сарразэну, вёл с Бернадотом переговоры о составе будущего органа власти — о триумвирате консулов, одним из которых должен был стать Наполеон, а другим — Бернадот.
Третьим консулом Бернадот предложил Моро, в то время как Наполеон хотел иметь гражданского человека.
В выше приведенных высказываниях заключается вся разница между двумя генералами и людьми: Бонапарту было наплевать на все условности, честь и присягу, чтобы добиться своего и любыми способами прийти к власти; Бернадот же был готов взять бразды власти, но не ценой нарушения конституции, кровавого переворота или циничного заговора.
В результате вокруг Наполеона образовался круг единомышленников, в основном военных, а Бернадот предпочёл скромно отойти в сторону. Он увидел Наполеона лишь на десятый день его прибытия из Египта. Два члена Совета пятисот как-то пригласили Бернадота на собрание сторонников Бонапарта, но Бернадот сказал, что явится на него только в том случае, если тот оправдает своё дезертирство из египетской армии. Отсутствие Бернадота в окружении Бонапарта было для многих тем более вызывающим и необъяснимым, что он служил под его началом в Италии. Понадобились уговоры Жозефа Бонапарта, супруги Дезире и мадам Леклерк, чтобы подвигнуть Бернадота на то, чтобы нанести своему бывшему начальнику хотя бы визит вежливости. Бернадоту нравилось, когда его уговаривали, и визит состоялся.
Разговор между обоими генералами начался с Египта. Потом Наполеон сделал заявление о политическом моменте и необходимости смены правления в стране. Бернадот возразил ему, полагая, что Бонапарт преувеличил слабости Республики, и в подтверждение этого привёл примеры успешного действия армий на фронтах, указал на не использованные ещё возможности и выразил уверенность, что республика сумеет справиться как с внешними, так и внутренними врагами. Произнося последние два слова, Бернадот многозначительно остановил свой взгляд на сопернике. Наполеон смешался. Его супруга Жозефина (1763–1814), присутствовавшая на беседе, поспешила замять разговор и перевела его на другую тему, а Бернадот откланялся и ушёл.
Тот же Бурьен в своих мемуарах относительно этого эпизода писал, что Бонапарт нисколько не боялся Моро, потому что тот "слаб, неэнергичен, и его можно легко перетянуть на свою сторону, дав ему командование над какой-нибудь армией". О Бернадоте же Бонапарт сказал следующее: "Но Бернадот с его мавританской кровью, предприимчивостью и дерзостью, хоть и связанный родственными узами с моими братьями, наверняка выступит против меня".
Несколько дней спустя Бернадот представил Бонапарту одного из своих секретарей по военному министерству. Когда во время беседы Бонапарт прошёлся по излишней бдительности и ревности республи канцев, назвав в качестве примера клуб якобинцев, Бернадот заметил, что в числе основателей этого клуба были братья Жозеф и Люсьен Бонапарты и что самому ему заниматься клубной деятельностью было недосуг из-за занятости в министерстве: "Вы утверждаете, что я их поддерживал, но это не так. Конечно, я поддержал несколько честных человек, принадлежавших к клубу, но только из-за того, что они стремились придерживаться во всём меры". Наполеон разгорячился и сказал, что лучше жить в лесу, чем в таком обществе, где не чувствуешь себя в безопасности. Бернадот спросил, какой безопасности он хочет, но тут опять подошла мадам Бонапарт, которая испугалась, что спор может привести к открытому разрыву между генералами, и предложила сменить тему. Бернадот, сделав несколько безобидных высказываний, ушёл.
И хотя решительного объяснения между генералами так и не произошло, Наполеону после этих двух встреч стало окончательно ясно, что Бернадот является убеждённым противником его амбициозных планов. Душевного равновесия это открытие ему не прибавило. Но иметь своим противником самого популярного в стране генерала было неразумно, и перед публикой Наполеон решил делать вид, что никаких разногласий между ним и Бернадотом не существует, а потому всячески искал его общества. Накануне решающих событий 18 брюмера Наполеон встретился с Бернадотом в Театре Франса.
— Принадлежите ли вы к обществу, которое завтра соберётся в Мортефонтэне у Жозефа? — спросил он, демонстративно пожимая руку Бернадоту.
— Да, генерал, — ответил Бернадот.
— Вот и отлично, — обрадовался Наполеон, — позвольте мне завтра выпить у вас кофе. Я поеду мимо вашего дома и буду рад заглянуть на минутку.
Естественно, Бернадот был вынужден ответить согласием. На следующий день Наполеон в сопровождении супруги и Жозефа появился у Бернадотов. Некоторое время спустя появился и Люсьен. Дезире принялась хлопотать, чтобы получше встретить гостей, но это только вызвало недовольство супруга. О том, какими мотивами руководствовался будущий диктатор, напрашиваясь в гости к сопернику, написал Бурьен: "Бонапарт, рассказав о своём визите к Бернадоту, продолжал: "Кажется, он доволен мною. Что вы по этому поводу думаете, Бурьен?" "Но, генерал, я желаю, чтобы вы были довольны им". "Нет, нет, я поступил правильно, будьте уверены, это скомпрометирует его перед Гойе. Не забывайте, что нужно всегда идти своим врагам навстречу и делать хорошую мину. Они начинают думать, что их боятся, а это придаёт им дерзости"".