Особый взгляд на события Смуты высказал Николай Иванович Костомаров (1817–1885), считавший причиной «московского разорения» агрессию католической Польши. Он полагал, что именно поэтому Смутное время, сотрясая основы государства, так и не оказало никакого влияния на дальнейшее историческое развитие России. Российское государство оказалось столь крепким, что Польша сама «больно зашиблась от него своим, уже нездоровым, телом и усилила тем свою болезнь», что в конце концов привело к падению польской государственности в XVIII в. Значение Смуты, согласно Костомарову, состояло в том, что в эту эпоху проявилась крепость «внутренней жизни народа».
Современником Н. И. Костомарова был Иван Егорович Забелин (1820–1908). Он неоднократно выступал в печати против многих положений Костомарова. По мнению Забелина, главным виновником Смуты была правящая среда, которая «вся изолгалась, перессорилась, потянула в разные стороны, завела себе особых государей, кто иноземных, кто доморощенных, преследуя, от первого до последнего человека, лишь одни цели — захват власти, захват владения». Источником боярского властолюбия была древние дружинные традиции, которые боярство унаследовало от своих предков, — стремление властвовать над землею — народом, а не служить ему. Устав от боярских ссор и иноземных вторжений, народ сам поднялся на очищение государства. Второе ополчение, освободившее Москву, было воистину общенародным движением, что и позволило ему добиться успеха.
Согласно мнению Василия Осиповича Ключевского (1841–1911), причины Смуты заключались в деспотическом характере власти московских царей и социальном устройстве государства. Боярство стремилось освободиться от власти государя и восстановить свои прежние политические права. Самодержавие угнетало и низшие сословия: широкие массы городского и сельского населения поднялись на борьбу под знаменами самозванцев, желая избавиться от тяжких обязанностей перед государством. Политическая идея оказалась не способной объединить общество и восстановить порядок, однако ощущение национального и религиозного единства спасло Россию от распада.
В конце XIX в. ученик Ключевского академик Сергей Федорович Платонов (1860–1933) в своем капитальном труде «Очерки истории Смуты в Московском государстве XVI–XVII вв» указал на связь между социальным и экономическим развитием России перед Смутой и последующими событиями.
С. Ф. Платонов четко представил прямую последовательность между опричниной и наступившим в начале XVII в. лихолетьем. Он показал, что Смута является «историческим узлом, связывающим старую Русь с новой Россией». Платонов выделял три периода Смутного времени: династический (1584–1606 гг.), который он также называл боярской смутой; социальный (1606–1611 гг.) и национальный (1611–1613 гг.). В первый период основным содержанием событий была борьба за престол между претендентами. Второй период характеризуется участием широких масс населения и жестокой борьбой уже не лиц, а социальных групп. Он завершается победой иноземцев, вмешавшихся в ход войны. Третий период включает в себя национальный подъем, объединение общества для борьбы с оккупационным польским правительством и завершается избранием Михаила Романова. Согласно Платонову, главной действующей силой в преодолении смуты явились консервативные общественные слои — служилые землевладельцы и торгово-промышленное сословие. С победой Второго ополчения проиграли боярская аристократия и казачество — верхний и нижний слои общества, а выиграли «средние» слои, в интересах которых и проводило свою внутреннюю политику правительство Михаила Федоровича.
После Платонова тема Смуты — одно из самых плодотворных направлений исторической науки. Особенно много было сделано для изучения Смуты, начиная с 1970-х гг. Работы А. А. Зимина, В. И. Корецкого, Р. Г. Скрынникова и других исследователей были посвящены социально-политической борьбе в Смутное время, экономическому кризису и процессу крестьянского закрепощения, борьбе против иностранной интервенции. Оригинальную трактовку событий Смуты предложил В. Б. Кобрин. Ученый был убежден в «альтернативности исторического развития, возможности разных вариантов хода истории» и рассматривал перипетии Смуты как цепь упущенных возможностей для развития России по пути становления правовых и более цивилизованных отношений, нежели царившие в XVII–XVIII в. Ученый показал, что правление Бориса Годунова, Лжедмитрия I, Василия Шуйского и даже русско-польский договор о призвании на престол королевича Владислава содержали перспективы установления в России правового, а не авторитарного государства и открывали возможности культурного взаимодействия с Западной Европой. Избрание царя Михаила Романова было возвращением к прежнему идеалу самодержавного царства, шагом, отметающим перспективы модернизации государства и общества. Исследования А. Л. Станиславского детально раскрыли ту важнейшую роль, которую сыграло в событиях гражданской войны начала XVII в. казачество. В последние десятилетия были опубликованы интереснейшие исследования о Смутном времени — А. П. Павлова — о «государевом дворе» и политической борьбе при Борисе Годунове, И. О. Тюменцева — о Лжедмитрии II и так называемом «архиве» гетмана Я. П. Сапеги, В. И. Ульяновского — о роли Церкви в событиях Смуты, Ю. М. Эскина — о биографии князя Д. М. Пожарского, В. Н. Козлякова — о деятелях той эпохи и Смутном времени в целом. Изучение Смутного времени в настоящее время является одним из важнейших направлений исторической науки. Особенно оживились исследования, посвященные Смуте, в юбилейном, 2012 г. В Москве, Санкт-Петербурге, Ярославле, Рязани, Иваново, Галиче и в других городах прошли общероссийские международные научные конференции, посвященные Смутному времени. Год 400-летия преодоления Смуты принес много новых открытий и научных достижений в исследовании этого сложнейшего периода отечественной истории.
Наряду с исследованием причин и хода событий в Смутное время не менее активно изучается вопрос о его последствиях, своеобразных «уроках» Смуты. Глубокие общественные потрясения, через которые прошла Россия в начале XVII в., не разрушили общественного и государственного устройства страны, хотя и поставили его существование под угрозу. Между самодержавием Ивана Грозного и самодержавием царей XVII в. больше общего, нежели различного.
Историки сходятся в том, что политическим ориентиром для деятелей Второго ополчения и той общественной группы, которая оказалась во главе управления государством после освобождения Москвы от поляков, были времена «прежних царей». Освободители ориентировались даже не на конкретную эпоху или правителя, они стояли за «старину», представлявшуюся идеалом. Им виделась традиционная схема «Святорусского государства», во главе которого стоит «богоизбранный» и «богобоязненный» царь, который правит с «правдой» и щедростью по отношению к верным слугам и с «грозой» — к преступникам. В реальности подобная политическая идеология вела к восстановлению прежних самодержавных форм управления.
Между тем политические последствия Смуты сказывались не только в правление царя Михаила Федоровича, но ощущались еще и во времена cm преемника Алексея Михайловича. В первые десять лет царствования Михаила Романова практически не распускался Земский собор 1613 г. Причин этого было несколько. Во-первых, в событиях Смутного времени роль Соборов и земских советов существенно возросла. Преодоление разрушительных последствий Смуты не могло быть успешным без тесного союза царя с представителями «земли». Соборам приходилось принимать решения о весьма непопулярных мерах — введении экстренных налогов и сборов для ведения войны с поляками, шведами, казаками, атаманом Заруцким и другими врагами. Авторитет Соборов способствовал скорейшему воплощению этих решений в жизнь. Была и другая причина активности Соборов — царь Михаил был молод и неопытен, до тех пор пока из польского плена не возвратился Филарет Романов, земские выборные были верными советниками государя и оказывали значительное влияние на дела управления.
Другим, уже отрицательным, политическим следствием Смуты явилось распространение самозванчества. Вплоть до середины XVII и. в народе еще жила вера в «доброго царя Дмитрия». Несмотря на то что претендентов на это имя в правление Михаила и Алексея Романовых не появлялось, тень «царя Дмитрия» объединяла недовольных, наводя угнетенных на мысли о возмездии. При царе Михаиле появились три самозванца — двое из них принимали имя «царевича Ивана Дмитриевича», несчастного «Воренка», казненного в Москве в 1614 г., а еще один назвался именем никогда не существовавшего «царевича» Семена Шуйского, якобы сына царя Василия. Один из «Иванов» и «Семен Шуйский» действовали в Речи Посполитой, а другой «царевич» (казачий сын Иван Вергуненок) — в Крыму. Об их приключениях можно узнать лить из дипломатических документов, внутри страны новые самозванцы не были известны. Гораздо опаснее для царя было явление «царевича Алексея Алексеевича» на стругах Степана Разина в 1670 г. Вместе с лжецаревичем на стороне казачьего атамана выступал и лжепатриарх — «Никон». Наконец, наиболее масштабным было восстание Емельяна Пугачева, принявшего имя «императора Петра Федоровича» и в течении трех лет сотрясавшего основы государства. XVIII в. породил большое число самозванцев, принимавших имя Петра III и действовавших на огромных пространствах от Сибири до Черногории.