После гибели святых Бориса и Глеба разгорается междоусобица. По приказу Святополка был убит и третий брат — Святослав, — княживший в земле древлян. Однако, он не явил такого подвига смирения, как его святые братья. Святослав пытался бежать в Венгрию, но был настигнут и убит по приказу Святополка, получившего от народа прозвание «Окаянного» за свои зверства. В 1015-1019 гг. между Святополком и Ярославом Новгородским шла война. Ярослав в итоге вышел победителем и стал князем Киевским. Его свергнутый соперник бежал на Запад и где-то там вскоре скончался.
В это смутное для Руси время происходит еще одно событие, сильно повлиявшее на дальнейшую судьбу Русской Церкви. В 1014-1019 гг. между болгарами и греками проходила ожесточенная война. Ее итогом явился полный разгром державы болгарского царя Самуила императором ромеев Василием II, за что он и был прозван «Болгаробойцей». После победы греков Болгария стала провинцией империи, а болгарские архиепископы Охридские, доселе бывшие полностью автокефальными, фактически утрачивают свою самостоятельность и подчиняются Константинопольскому патриарху. Мы уже упоминали о гипотезе Приселкова и Карташева, которые полагали, что при святом Владимире Русская Церковь входила в юрисдикцию Охридской архиепископии, дабы избежать политической зависимости от греков. Теперь же ситуация меняется в корне. Охридский архиепископ Иоанн после падения Болгарского царства теряет свою самостоятельность. Вместе с этим неизбежным оказался и переход Русской Церкви в юрисдикцию Константинополя.
Первой реакцией на подобные перемены стало бегство на Запад Анастаса Корсунянина, который, возможно, был при Владимире епископом или наместником Охридского архиепископа в Киеве, лишь номинально подчиняясь последнему. Во всяком случае, позднейшая летопись, не называя его епископом (быть может, в угоду последующим греческим митрополитам), говорит о том, что именно Анастасу Владимир поручил главный храм Русской Церкви — Десятинный. Анастас бежал в Польшу вместе со Святополком, понимая, что ему придется не только подчиниться грекам, но и ответить за свое «предательство» в Херсонесе.
Однако, можно думать, что последовавшее за разгромом Болгарии возвращение Русской Церкви в юрисдикцию Константинополя первоначально было опосредовано через продолжавшееся на первых порах вхождение Киева в состав Охридской архиепископии. Косвенным подтверждением этому является содержащееся в древнейших редакциях жития свв. Бориса и Глеба сообщение о перенесении мощей святых Бориса и Глеба в храм-усыпальницу, построенный Ярославом Мудрым в Вышгороде. Это событие положило начало местному почитанию князей-страстотерпцев. Рассказ об освящении храма в Вышгороде содержит упоминание о том, что Ярослав тогда «повеле призвати архиепископа Иоанна, тогда пасущу ему Христово стадо разумных овец его. Архиепископ же, остав, постави попы и диаконы ти тако отъиде в свою кафоликани-иклисiа». Очевидно, что архиепископ приглашается на Русь откуда-то извне. Да и название соборной церкви по-гречески скорее всего свидетельствует о том, что архиепископ резидирует вне пределов Руси. Кроме того, предание указывает на митрополита Иоанна I как на автора службы святым Борису и Глебу. В таком случае трудно представить, чтобы митрополит-грек в совершенстве владел славянским и занимался славянской гимнографией. А вот болгарин вполне мог бы написать службу русским святым.
Упомянутый архиепископ Иоанн I часто называется в исследованиях по церковной истории Руси вторым (после Михаила или Леона) или первым митрополитом Русской Церкви. Но возможно, что Иоанн в действительности был Охридским архиепископом, а для Русской Церкви ее номинальным возглавителем. Быть может, Ярослав призвал его для освящения усыпальницы Бориса и Глеба по причине бегства Анастаса и отсутствия в столице Руси своего архиерея. Я. Щапов датирует время правления Иоанна I промежутком между 1018 и серединой 1030-х гг. От времени Иоанна I сохранилась печать с греческой надписью, содержащей его имя и титул.
Иоанн Охридский скончался перед 1037 г., и после его смерти Охридская архиепископия уже полностью подчиняется власти Константинопольского патриарха, который единовластно поставляет на эту, формально по-прежнему автокефальную, кафедру своих кандидатов из числа греков, а не болгар. С этого времени теряет всякий смысл подчинение Русской Церкви Охридской юрисдикции. Правивший в это время Русью Ярослав Владимирович стоял перед трудным выбором. Можно было либо подобно Болгарии провозгласить автокефалию Русской Церкви, либо же принять юрисдикцию Константинополя. Первое было практически невозможно по единственной причине: Русь была еще столь слабо воцерковлена, что ни о каком самостоятельном бытии только что утвержденной Русской Церкви не могло быть и речи. Очень важно для характеристики князя Ярослава, что он в первую очередь думал о духовном аспекте, а не о политике. Поэтому князь, как предполагает Карташев, принял решение о переходе Русской Церкви в непосредственную юрисдикцию Константинополя. В Киев отсюда в 1037 году прислали митрополита-грека Феопемпта, первого, чье имя до нас донесла летопись преп. Нестора. Тогда же в столице Руси начинается возведение храма святой Софии. Даже само его посвящение, соименное главному храму Константинополя, равно как и лишение Десятинной церкви значения главного храма Русской Церкви, свидетельствуют о значительных переменах в церковном устроении при Ярославе. Если действительно еще при Ольге деревянный храм св. Софии был кафедральным, то построение в качестве митрополичьего нового каменного Софийского собора должно было подчеркнуть возвращение Русской митрополии к своему прежнему каноническому положению в Константинопольской юрисдикции. Причем, можно думать, что на решение Ярослава повлияла и благоприятная политическая ситуация: положение Ярослава к этому времени значительно укрепилось. После смерти его брата Мстислава, с которым они прежде поделили Русь по Днепру, Ярослав стал по сути таким же самодержавным князем всея Руси, каким был его отец. Кроме того, почти одновременно с кончиной Мстислава Ярослав наголову разбил печенегов под Киевом, избавив Русь от самого опасного врага. После этого князь мог менее опасаться того, что церковное главенство греков окажет заметное влияние и на политику: Русь была достаточно сильна, чтобы не страшиться политической зависимости от Империи Ромеев.
Одновременно с утверждением власти греческих митрополитов над Русской Церковью, как можно думать, было проведено жесткое редактирование всех имевшихся в ту пору летописных источников. Понятно, что грекам неприятно было всякое упоминание о том периоде, когда русские, принявшие от них Православие, отказались от вхождения в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. В то же время перечеркнуть полностью Владимиров период церковной истории Руси было просто невозможно ввиду его исключительного значения. Отсюда и туман в сообщениях о церковных делах периода княжения святого Владимира, и отсутствие четких свидетельств об устроении Русской Церкви в это время.
Начиная со времени появления в Киеве митрополита Феопемпта, Русскую Церковь в течение всего домонгольского периода возглавляют почти исключительно греки, поставляемые на Киевскую кафедру Константинопольскими патриархами. Ни русские епископы, ни князья не могли влиять на выбор митрополита, который осуществлялся патриархом и императором. Безусловно, греки хотели удержать под максимальным контролем столь важную для них митрополию, какой была Русь. Однако, подобное положение имело и ряд преимуществ, которые русское духовенство вполне осознавало. В известной степени митрополиты Руси были более самостоятельны, чем их Константинопольские патриархи, которых с легкостью смещали императоры в случае конфликта светских и духовных властей. На Руси же митрополит был фигурой, практически независимой от князей. Он мог в случае конфликта с кем-либо из них апеллировать в Константинополь, мог не опасаться быть смещенным великим князем со своей кафедры. Такое положение иерархи Русской Церкви ценили. Поэтому они и не стремились к полной автокефалии вплоть до той поры, когда к XV веку стало ясно, что Русь становится заложницей политики гибнущей Византии в силу своей церковной зависимости от нее.
Кроме того, делая свой выбор в пользу Константинопольской юрисдикции, Ярослав понимал, что только благодаря грекам Русь может в полной мере освоить сокровищницу христианской культуры Православного Востока. В историю Руси Ярослав вошел именно как князь-просветитель, за что и получил свое прозвание «Мудрый». Рожденный еще от языческого брака Владимира и Рогнеды, он, однако, воспитывался уже в христианском духе. Летописец сообщает, что Ярослав более всего любил книжное учение и был весьма образован. Как никто иной он понимал значение просвещения Руси, приобщения ее к высшим культурным достижениям. Безусловно, князь понимал, что без этого невозможно создание подлинно могучей державы, которую уважали бы не только за военную силу, но и за культурную мощь.
