Император принял послов с почестями и в самый день их прибытия (10 сентября) поручил патриарху Георгию пригласить подчиненных ему митрополитов и епископов на собор в Константинополь и известить Макария Антиохийского (проживавшего в столице), чтобы и он сделал то же. Были на соборе и представители давно уже не замещаемых кафедр Александрийской и Иерусалимской, пресвитеры Петр и Феодор. Вместо той конференции, какую хотел первоначально устроить император, состоялся на деле, таким образом, Вселенский собор (так собор называет себя уже в первом деянии).
Заседания этого VI Вселенского собора, акты которого сохранились в греческом подлиннике и двух латинских переводах, происходили в помещении (basilica, σέκρετον) дворца, называвшемся Trullus (Τροϋλλος). На первом заседании 7 ноября 680 г. было лишь 43 епископа и несколько игуменов; на последнем, 18–м (17 сентября 681 г.), число епископов доходило до 174. Император сам присутствовал и председательствовал на 1–11–м и 18–м заседаниях, на заседаниях 12–17–м его заменили посланные им уполномоченные. Но это руководительство светской власти относилось лишь к внешней стороне деятельности собора. Отцам предоставлена была полная свобода в рассуждениях. Император желал, чтобы со стороны обеих споривших партий исчерпаны были все аргументы, какие только они могут представить. Этим объясняется и продолжительность собора. Император с сановниками с правой стороны занимал место посередине, папские депутаты — пресвитеры Феодор и Георгий и диакон Иоанн, подписавшиеся в качестве представителей папы на первом месте, и затем другие представители Запада, а также иерусалимский апокрисиарий пресвитер Феодор помещались налево от него. Направо сидели прочие восточные епископы: Георгий Константинопольский, Макарий Антиохийский, представитель Александрийский кафедры пресвитер Петр и другие епископы Константинопольского и Антиохийского патриархатов.
Дело началось запросом на первом заседании римских легатов: откуда взялось введенное 46 лет тому назад на Востоке новое учение о единой воле и действии, которое отстаивали патриархи Константинопольские Сергий, Павел, Пирр и Петр, а также Кир Александрийский и Феодор Фаранский. Когда император предложил ответить на это Георгию и Макарию с подчиненными им епископами, выступили Макарий Антиохийский со своим учеником Стефаном, Никомидийский митрополит Петр и Кланейский епископ Соломон (из Галатии) и заявили от лица Константинопольской и Антиохийской церквей, что нововведений никаких сделано не было: «Как приняли мы от Вселенских соборов и св. отцев, также от Сергия, Павла, Пирра, Петра, от Гонория и от Кира, о воле и действии, так и веруем и проповедуем и готовы отстаивать это». Император предложил тогда представить доказательства из соборов и св. отцев. Началось чтение соборных актов III, IV и V Вселенских соборов, которое заняло еще два заседания (10 и 13 ноября). В актах III Вселенского собора Макарий хотел было обратить в свою пользу выражение Кирилла Александрийского, что воля Христа «всемогуща» (παναλκές), но ссылку эту нашли совершенно не убедительной. При чтении томоса Льва в деяниях IV Вселенского собора легаты обратили внимание на слова Льва: ενεργεί έκατέρα μορφή. Макарий отвечал, что выражения δύο ένεργειαι у Льва все — таки нет, что сам он следует Дионисию, который говорит о «богомужном действии», а в определение того, как нужно его понимать, он не входит. В актах V Вселенского собора было прочитано послание Мины к Вигилию о едином действии и воле и Вигилия к Юстиниану и Феодоре о едином действии; но тут же оказалось, что эти документы были вставлены в книгу уже после собора. К дальнейшему времени предложено было окончательно выяснить вопрос об этом подлоге. Теперь же было констатировано, что в деяниях соборов нет учения об одной воле и одном действии, и потому предложено Макарию и его единомышленникам представить свидетельства св. отцев. Так как монофелиты просили дать им для этого отсрочку, то следующее 4–е заседание (15 ноября) посвятили, по предложению патриарха Григория, чтению посланий папы Агафона и его Римского собора. Выписки из отцев, собранные монофелитами в трех свитках, и затем выписки в доказательство истинности учения о двух волях и действиях, предложенные представителями Рима в одном свитке, были читаемы в дальнейших трех заседаниях (5–7–е, 7 декабря, 12 и 13 февраля). Следующие три посвящены были проверке подлинности приведенных той и другой стороной текстов, свитки с которыми хранились после прочтения, будучи запечатаны в архиве (8–10–е, 7–8, 18 марта), так как легаты заявили по прочтении монофелитами своих выписок (в конце 7–го заседания), что они вообще не говорят в пользу их учения, некоторые же из них приведены в урезанном виде.
Еще в конце 7–го деяния легаты просили поставить вопрос Георгию и Макарию: согласны ли они с посланием Агафона и его собора? Патриархи просили себе копии этих посланий для сличения приведенных там свидетельств св. отцев с книгами. В начале следующего заседания Георгий заявил, что он верует так, как написано в посланиях; то же заявили и другие епископы, подчиненные ему. Лишь Феодор Мелитинский — χωρικός άνθρωπος (деревенский), по словам его самого, — выступил было с запиской, в которой проводилась точка зрения Типоса: достаточно исповедовать два естества в единой ипостаси и не должно осуждать говорящих об одной или двух энергиях и волях, кроме осужденных уже прежними соборами еретиков. Но как оказалось из расспросов, он был лишь орудием ученика Макария Стефана, давшего ему эту записку, и некоторых епископов и клириков, которые, однако, за исключением Стефана, отреклись от соучастия с ним и исповедали православную веру. По просьбе Георгия имя папы Виталиана тогда же императором постановлено было внести в диптихи, и это решение собор приветствовал провозглашением многолетий императору, папе Агафону, Георгию и синклиту.
Макарий Антиохийский, напротив, заявил, что он и теперь признает одно лишь хотение и «богомужное действие»; принадлежавшие к его области 4 епископа согласились с посланием из Рима. Макарий устно изложил свое исповедание: Христос, по нему, не принял ничего от греха, поэтому нужно исповедовать Его без телесных хотений и человеческих помышлений (δίχα σαρκικών θελημάτων και λογισμών ανθρωπίνων), затем прочитано было еще поданное им раньше письменное изложение веры. В последнем он анафематствовал, между прочим, наряду с прежними еретиками, и Максима Исповедника и его учеников и ссылался в подтверждение своего учения на Гонория, Сергия, Кира и других монофелитских учителей. На повторенный ему вопрос о двух волях и действиях он отвечал, что о двух он не будет говорить, хотя бы его разрубили на части и бросили в море. Когда при начавшемся затем сличении представленных Макарием патриотических доказательств увидели, что он приводит нужные ему места вне связи с контекстом, ему провозглашена была анафема и снят с него омофор; вместе с учеником Стефаном он должен был выйти на середину. Игумен монастыря Ваий Феофан поставил вопрос в самой определенной форме: имел ли Христос человеческое безгрешное хотение, и затем: имел ли Адам до падения естественное хотение? Макарий и Стефан отвечали, что Адам имел свободное и самовластное хотение (προαιρετικών και αύτεξούσιον) и желал того, чего и Бог (συνθελητής ήν τω Θεώ), поэтому его хотение было божественно (θείον). Было указано, что единство воли должно вести к заключению о единосущии; Феофан привел места из отцев, что воля относится к природе человека. На следующем заседании (9–е), по окончании проверки представленных монофелитами в первом свитке текстов, Макарий и Стефан приговорены были к лишению сана.
Из дальнейших восьми заседаний четыре посвящены были чтению и рассмотрению разных документов (11–14–е, 20, 22, 28 марта, 5 апреля). Прочитано было послание Софрония, некоторые произведения Макария и Стефана, послания Сергия, Гонория, Кира, Пирра, Павла, Петра, отрывки из сочинений Феодора Фаранского, наконец, послание позднейших трех умерших Константинопольских патриархов — Фомы, Иоанна и Константина. Послание Софрония признано православным, против указанных трех патриархов не оказалось никаких улик относительно их православия; прочие монофелитствовавшие иерархи, подобно Макарию, были анафематствованы. К 14–му заседанию 5 апреля на место Макария в Антиохию был рукоположен игумен Феофан. На этом заседании было произведено предположенное раньше исследование об актах V Вселенского собора; сочинения с именами Мины и Вигилия были подвергнуты анафеме.
На следующих двух заседаниях (15–16–е, 26 апреля и 9 августа) отцы, желавшие устранить всякие поводы к соблазнам и недоразумениям, имели дело с довольно своеобразными защитниками монофелитской доктрины. На первое приглашен был, по указанию епископа Прусиадского Дометия, проповедовавший ересь и смущавший народ своими рассказами о видениях престарелый монах Полихроний. На соборе Полихроний выступил с сумасбродным предложением воскресить мертвеца через возложение на него монофелитского исповедания. Собор нашел полезным для устранения его влияния на народ дозволить ему произвести этот опыт. Так как, несмотря на неудачу, Полихроний не отказался от монофелитства, собор провозгласил ему анафему. Другое заседание устроено было ради пресвитера Константина из Апамеи, который предлагал написать о вере, для водворения мира и любви, то, «что дал ему Бог», по — сирийски, чтобы затем это переведено было для собора на греческий язык. Отцы потребовали, чтобы он сейчас же высказался о вере, если для этого пришел на собор. Догматические воззрения его оказались довольно спутанными. При двух природах во Христе он соглашался признать и два действия, если только действия есть то же, что и свойство (ιδίωμα). Но волю во Христе он признавал только одну, и по Воплощении — волю Лица (του προσώπου), на том основании, что у Отца, Сына и Духа Св. одна воля. Из дальнейших расспросов выяснилось, однако, что он приписывает Христу и природную волю, и не только божественную, но и человеческую, но последнюю Он имел только до креста и потом «оставил ее и совлек с Себя вместе с кровью и плотью». Такое учение он слышал, по его словам, от Макария. При своем мнении он хотел оставаться и впредь и был предан анафеме.
