Многие пуритане выступали за упразднение должности епископов. Они утверждали, что епископское правление, по крайней мере в том виде, каким оно было в их время, является позднейшим изобретением, о котором ничего не сказано в Библии, и что церковь должна считать Писание своим основным законом не только в вероучительных вопросах, но и в делах, относящихся к ее устройству и управлению. Более умеренные пуритане просто заявляли, что в Библии показаны разные формы церковного управления и что, следовательно, епископство, будучи само по себе, возможно, целесообразным и полезным, не относится к вопросам "божественного права". Другие утверждали, что новозаветной церковью управляли "пресвитеры", то есть старейшины, и что истинно библейская церковь должна следовать этому примеру. Третьи заявляли, что каждая церковь должна быть независимой от других, за что их назвали "индепендентами". Среди последних были люди, считавшие, что крестить можно только взрослых верующих, поэтому их назвали "баптистами". Между этими различными группами не было согласия по многим вопросам, но в целом они вдохновлялись идеями Кальвина, Цвингли и других швейцарских реформаторов. Наиболее радикально настроенные среди них придерживались взглядов, близких к анабаптистским.
Тем временем официальная церковь шла параллельным, но противоположным курсом. Елизавета достигла равновесия, учредив церковь с умеренно кальвинистской богословской системой и одновременно сохранив в служении и управлении все, что ясно и прямо не противоречило этому новому богословию. Но поддерживать установленный Елизаветой порядок было трудно. Защищая традиционные формы богослужения, многие начали отходить от кальвинистских богословских взглядов. Ведущие богословы церкви Англии до такой степени восторгались красотой проводившихся тогда богослужений, что почти и не пытались привести их в соответствие с богословскими требованиями или с библейской экзегетикой. Вскоре пуритане начали опасаться, что готовится возврат к "папизму" и что многие стремятся именно к этому.
Подспудно все это вызревало еще до восшествия Якова на престол Елизаветы. Но затем долгое время сдерживавшиеся конфликты начали давать о себе знать со все большей силой. Пуритане не доверяли новому королю, чьей матерью была не кто иная, как Мария Стюарт. На самом деле Яков не особенно благожелательно относился к католикам, которые неоднократно пытались добиться от него крупных уступок, но каждый раз безуспешно. Его идеалом была абсолютная монархия по французскому образцу. В Шотландии подданные-пресвитериане не давали ему возможности править так, как ему хотелось бы, и, по его мнению, не выказывали ему должного почтения, поэтому в Англии он стремился для усиления собственной власти повысить роль епископата. Ему приписывают слова: "Без епископов нет и короля".
Росту авторитета Якова мешали и его особые наклонности. Он был гомосексуалистом, и его фавориты пользовались незаслуженными привилегиями и влиянием при дворе и в правительстве. Настаивая на праве быть абсолютным монархом, он проявлял при этом то крайнюю непреклонность, то слабость и уступчивость. Он честно распоряжался финансами страны, но выделял огромные суммы на абсолютно пустые затеи, и для реализации многих замыслов просто не хватало средств. Его щедрость на титулы и привилегии для друзей оскорбляла многих из тех, кто всю жизнь служил короне за скромное вознаграждение или вообще бескорыстно.
Яков пытался продолжать религиозную политику Елизаветы. Систематическим преследованиям подвергались только анабаптисты, так как их эгалитаристские идеи возмущали короля. К католикам относились как к верным слугам папы и, следовательно, как к потенциальным предателям.
Но если бы папа признал права Якова на престол и осудил цареубийство, на которое готовы были пойти некоторые крайние католики для разрешения религиозных конфликтов в Англии, король стал бы терпимее относиться к католикам. Пресвитериане, которых король возненавидел еще в Шотландии, в Англии не вызывали особой неприязни, и Яков даже сделал им ряд уступок. Но отказаться от системы епископского правления он не мог, так как был убежден, причем вполне обоснованно, что епископы – самые верные и полезные сторонники престола.
Во время правления Якова напряженность в отношениях между прелатами официальной церкви и пуританами постоянно возрастала. В 1604 году архиепископ Кентерберийский Ричард Бэнкрофт добился принятия нескольких постановлений, согласно которым епископская иерархия провозглашалась установленной свыше и неотъемлемой от истинной церкви. Это умаляло авторитет многих протестантских церквей на континенте, в которых не было епископов, и пуритане усмотрели в этом попытку порвать связи с протестантами для возрождения католичества в Англии. Кроме того, по настоянию архиепископа были приняты и другие постановления, со всей очевидностью направленные против пуритан.
В это время работал парламент – Яков был вынужден созвать его для утверждения новых налогов. В состав нижней палаты, или палаты общин, входило много пуритан, и они, объединившись с другими делегатами, обратились к королю с воззванием, направленным против постановлений Бэн-крофта. На созванной им конференции в Хэмптоне король сам председательствовал, и когда кто-то из пуритан упомянул о "совете пресвитеров", заявил, что между монархией и пресвитерией такие же отношения, как между Богом и дьяволом. Все попытки примирения закончились неудачей, и единственным результатом этой встречи стал опубликованный в 1611 году новый перевод Библии, известный как Библия короля Якова.
Это посеяло враждебность между палатой общин и наиболее консервативно настроенными епископами. Последние вслед за королем заявили, что власть епископов, как и власть короля, основывается на божественном праве. В 1606 году церковные власти приняли ряд еще более антипуританских постановлений. В ответ парламент выступил с критикой не короля или архиепископа, а наиболее уязвимых их сторонников. В конце концов при следующем царствовании это противостояние приведет к гражданской войне.
Тем временем в 1605 году был раскрыт "пороховой заговор". Годом раньше под предлогом того, что католики хранили верность папе, а не королю, был принят направленный против них закон. На самом деле подоплекой закона был, по всей видимости, сбор денег, так как католикам грозили высокие штрафы и конфискация собственности. Как бы там ни было, католики решили, что от короля необходимо избавиться. Один из заговорщиков снял рядом с парламентом особняк, откуда через подземный потайной ход можно было попасть в подвальное помещение, расположенное под залом заседаний. План заключался в том, чтобы под видом вина подложить под зал заседаний несколько бочек с порохом и взорвать их, когда король будет открывать очередную сессию парламента. Таким образом, погибли бы как король, так и заседавшие в парламенте пуритане. Но заговор был раскрыт, и его руководителей вместе с некоторыми предполагаемыми участниками казнили. В разных частях королевства на католиков началась настоящая охота. Сам Яков как будто бы пытался проводить различие между виновными и теми, кто просто были католиками. Вместе с тем он воспользовался произошедшим для расширения системы штрафов и конфискаций. Вскоре тысячи католиков оказались в тюрьмах.
Через несколько лет Яков попытался управлять страной без парламента. Но для введения новых налогов необходимо было согласие этого органа власти, и в 1614 году, когда королевство было на грани финансового краха, Яков решил созвать парламент. Когда после выборов выяснилось, что новая палата общин оказалась еще более непокорной, чем предыдущая, Яков распустил ее и попытался обойтись теми налогами, которые имел право вводить сам. Он был также вынужден занимать деньги у епископов и знати. Затем разразилась Тридцатилетняя война. Низложенный курфюрст Пфальца и король Богемии Фридрих доводился Якову зятем. Но Яков не предложил ему помощи, и многие английские протестанты начали называть его трусом и предателем, в ответ на что он заявлял, что не может вмешаться в войну из-за недостатка средств. Наконец, в 1621 году король снова созвал парламент в надежде, что пуритане в палате общин согласятся с новыми налогами, если он пообещает, что часть из них пойдет на оказание помощи немецким протестантам. Но прошел слух о намерении короля женить своего сына и наследника на испанской инфанте. Такой брачный союз с Габсбургами казался неприемлемым пуританам и парламенту, который утвердил лишь некоторые мелкие налоги и направил ряд жалоб королю. В ответ король распустил парламент и арестовал нескольких ее лидеров. Затем от брачных планов отказались по другим причинам, и в 1624 году Яков снова созвал парламент, но в очередной раз распустил его, не добившись средств, которых просил. Вскоре после этого король умер, и престол занял его сын Карл.
