В 603 г. до Р. Х. Навуходоносор заставил признать свою власть иудейского царя Иоакима. Последний не терял надежды освободиться от зависимости и вынашивал планы восстания. Иеремия знал об этом и пытался предостеречь царя от пагубного шага. Однажды он послал во дворец свиток со своими Боговдохновенными пророчествами, но Иоаким сжёг его, а пророка повелел схватить и казнить. Иеремия, предвидя это, успел скрыться.
Последующие события показали, что царь напрасно не слушался советов пророка. В 601 г. до Р. Х. Навуходоносор совершил поход к границам Египта, захватил Газу, но не смог победить египтян в сражении. Оппозиционное движение вавилонянам в Сирии и Палестине оставалось очень сильным. Оплотом недовольных была Иудея. В 599 г. до Р. Х. Навуходоносор узнал о тайных сношениях иудейского царя с Египтом и подверг его владения опустошению. В 598 г. до Р. Х. вавилоняне подступили к самому Иерусалиму. Царь Иоаким не решился оказать сопротивление и открыл перед осаждавшими ворота. Навуходоносор велел немедленно казнить его. После этого труп царя был брошен непогребённым за городской стеной.
Престол перешёл к сыну Иоакима Иехонии (598–597 гг. до Р. Х.). Но он находился у власти всего сто дней. В начале 597 г. до Р. Х. Навуходоносор во второй раз подступил к Иерусалиму и начал его осаду. До штурма на этот раз также не дошло. Весной город капитулировал. Навуходоносор поступил с побеждённым сурово, но никого не казнил. Царь Иехония, вся знать и до 10 тысяч человек отборного населения были насильно переселены в Вавилон. В числе изгнанников оказались видные государственные деятели, военачальники, священники и книжники. В плен ушли также многие солдаты, все богатые ремесленники, художники и строители, так что в иудейской столице не осталось ни кузнецов, ни плотников — одни только бедняки. Навуходоносор вывез из Иерусалима все сокровища храма и сокровища царского дома. Золотые сосуда, сделанные в своё время Соломоном, были изломаны и переплавлены в слитки.
Новым царём стал третий сын Иосии Седекия (597–586 гг. до Р. Х.). Это был слабый, недалёкий человек, которого никогда не готовили в правители государства. Двор его быстро наполнился новыми людьми. Отправленных в Вавилон царедворцев заменили ловкие проходимцы и фанатичные патриоты. Египетские агенты легко проникали в их среду и раздували угли тлеющего мятежа. В это время было слово Господнее к Иеремии. Бог сказал ему: «Сделай себе узы и ярмо и возложи их себе на шею, пойди к Седекии и скажи от Моего имени: „Я сотворил землю, человека и животных, которые на лице земли, великим могуществом Моим и простёртою мышцею Моею, и отдал её, кому Мне благоугодно было. И ныне Я отдаю все эти земли в руку Навуходоносора, царя вавилонского, раба Моего, и даже зверей полевых отдаю ему на служение. И все народы будут служить ему и сыну его и сыну сына его, доколе не придёт время и его земле и ему самому; и будут служить ему народы и цари великие. И если какой народ и царство не захочет служить ему, Навуходоносору, царю вавилонскому, и не подклонит шеи своей под ярмо царя вавилонского, — этот народ я накажу мечом, голодом и моровою язвою…“».
В тоже время Иеремия отправил письмо в Вавилон к пленённым иудеям, которые жили в ожидании скорого возвращения на родину. Пророк старался излечить их от этих беспочвенных ожиданий и предупреждал, что пленение будет долгим. Он писал: «Стройте дома и живите в них, и разводите сады и ешьте плоды их; берите жён и рождайте сыновей и дочерей; и сыновьям своим берите жён и дочерей своих отдавайте в замужество, чтобы они рождали дочерей и сыновей, и размножайтесь там, а не умаляйтесь… Ибо так говорит Господь, Бог Израилев: „Да не обольщают вас пророки ваши, которые среди вас, и гадатели ваши; и не слушайте снов ваших, которые вам снятся; ложно пророчествуют они вам именем Моим…“ Ибо так говорит Господь: „Когда исполнится в Вавилоне семьдесят лет, тогда я посещу вас и исполню доброе слово Моё о вас, чтобы возвратить вас на родину…“».
В течение восьми лет после своего воцарения Седекия хранил верность вавилонянам, но потом соединился с египтянами в надежде, что те помогут ему разгромить Навуходоносора. Однако вавилонский царь напал на Иудею раньше, чем его противники успели объединиться. Разорив всю страну, он подступил в 588 г. до Р. Х. к Иерусалиму и начал его осаду. Египетский фараон пытался помочь осаждённым, но потерпел поражение в сухопутной битве. Его союзники филистимляне подверглись страшному истреблению, и с тех пор не упоминаются на страницах истории. Больше иудеям не на кого было рассчитывать. В течение восемнадцати месяцев они мужественно выдерживали упорную осаду и штурмы вавилонян. Осаждавшие подвели к стенам крепости насыпи и соорудили высокие башни, с которых обстреливали защитников города. Иудеи терпели жестокий голод, множество их пало от рук врагов и болезней. В этот критический момент Иеремия призвал сограждан покинуть обречённый город. Он обратился к осаждённым с такими словами: «Так говорит Господь: „Кто останется в этом городе, умрёт от меча, голода и моровой язвы; а кто выйдет к халдеям, будет жив, и душа его будет ему вместо добычи, и он останется жив“. Так говорит Господь: „Непременно передан будет этот город в руки войска царя вавилонского, и он возьмёт его“». Военные были вне себя от гнева. Они пожаловались царю: «Иеремия ослабляет руки воинов, остающихся в этом городе, и руки всего народа, говоря им подобные слова. Этот человек не блага желает народу своему, а бедствия». Царь, до этого старавшийся защитить пророка от его врагов, отступился от него. «Возьмите его, — сказал Седекия, — он целиком в ваших руках».
Патриоты давно искали способа расправиться с Иеремией, однако не осмелились пролить его кровь. Пророка бросили в глубокую яму во дворе придворной тюрьмы. Несчастного ожидала жестокая смерть, но царский евнух Абдемелех сумел заступиться за него. Иеремию извлекли из ямы и заключили в караульном помещении. Горожанам в это время было уже не до него. Ужасное положение, в котором пребывали осаждённые, Иеремия описал позже в своём скорбном «Плаче»: «Язык грудного младенца прилипает к гортани его от жажды; дети просят хлеба, и никто не подаёт им. Евшие прежде обильные яства голодают на улицах, возлежавшие на пурпуре — валяются в грязи. Князья иудейские были чище снега и белее молока; телом они были краше коралла, а вид их был, как сапфир. А теперь лица их темнее всего чёрного; их не узнают на улицах, и кожа их прилипла к костям их, стала суха, как дерево. Поражаемые мечом счастливее убиваемых голодом, ибо они тают медленно, лишённые плодов земли. Руки мягкосердечных женщин варят детей своих, чтобы они были для них пищею во время погибели…»
Наконец, в июле 586 г. до Р. Х., когда силы иудеев оказались окончательно подорваны, вавилонянам удалось пробить брешь в стене и прорваться внутрь укреплений. Узнав об этом, Седекия попытался бежать, но был захвачен в плен. Навуходоносор приказал перебить всех сыновей царя, выколоть ему глаза и в оковах отослать в Вавилон. Всех оставшихся в живых иудеев угнали в Вавилонию. Их царство перестало существовать. Спустя два месяца после падения города, Навузардан, начальник телохранителей Навуходоносора, сжёг храм. Выложенный внутри кедром, он был быстро охвачен пламенем; камни лопались и оседали; вскоре от Соломонова святилища осталась лишь чёрная груда руин; вероятно, в огне погибла древняя святыня Израиля — Ковчег Завета. Царский дворец и все большие дома в Иерусалиме имели ту же участь. Стены вокруг города были разрушены.
Иеремию Навуходоносор приказал освободить из заключения и впредь не чинить ему никаких притеснений. Пророк поселился сначала в Массифе, а потом переселился в Египет, в город Тафнис. Он чувствовал, что жизнь его подходит к концу, и пробегал её всю мысленным взором. Как не походили друг на друга эпохи его молодости и старости! На том месте, где некогда располагалась богатая и цветущая страна, теперь в полном смысле слова простиралась пустыня: города лежали в развалинах, всё население было угнано на чужбину. Но пророк знал, что история Иудеи не окончилась — пройдя через горнило распада и разгрома, она начинала теперь долгий путь к возрождению. И вот, незадолго до смерти, он пишет последнюю книгу, которую отправляет в Вавилон. Тон её разительно отличался от всего того, что ему приходилось говорить прежде, — на место суровым обличениям и горькой нелицеприятной правды, которую он всегда смело бросал в лицо народу, пришли слова надежды и утешения. Иеремия писал: «Вот наступают дни, говорит Господь, когда Я заключу с Израилем и Иудой НОВЫЙ ЗАВЕТ. Он будет не таким, какой Я заключал с их праотцами, когда взял их за руку, чтобы вывести из земли Египетской. Хотя они нарушили Мой Завет, Я оставался в союзе с ними, говорит Господь. Но Завет, который Я заключу с Израилем после тех дней, Я вложу в них самих и на сердцах их напишу его; и стану Я для них Богом, а они будут Моим народом. Не нужно уже будет им учить друг друга познанию Бога: все они от малого до великого будут знать Меня, говорит Господь, ибо прощу Я беззакония их, и не буду вспоминать грехов их. Так говорит Господь, Который дал солнце для света днём, а луну и звёзды для света в ночи, Который волнует море так, что шумят его волга; Яхве — имя Его».
