Непосредственным шагом к принятию властями окончательного решения о судьбе захоронения послужило то, что почитание святых останков отца Иоанна продолжалось, равно как и попытки спасти их от осквернения. В заявлении от 9 февраля 1926 г. в Ленинградский губисполком, подписанном председателем приходского совета Андреевского собора в Кронштадте И. Тюлькиным, указывалось: «Ввиду закрытия Ленинградского Иоанновского что на р. Карповке женского монастыря, в подвальной церкви которого погребены останки протоиерея Иоанна Ильича Сергиева, Приходской Совет Кронштадтского Андреевского собора обращается в губернский Исполком с ходатайством о разрешении перенести останки почившего Кронштадтского протоиерея в г. Кронштадт для погребения в Андреевском соборе, в подвальном его помещении. Протоиерей Иоанн Ильич Сергиев начал свою службу в Кронштадтском Андреевском соборе и кончил ее в том же соборе, прослужа в нем 53 года. В верующих массах почивший протоиерей был известен под именем Кронштадтского и сейчас в памяти верующих он сохранил за собой звание Кронштадтского. Если обстоятельства заставляют потревожить гробницу прот. Иоанна Сергиева и перенести его останки из усыпальницы упраздненного монастыря, то приходской совет Кронштадтского Андреевского собора, являясь выразителем мнения всего прихода, полагает справедливым, чтобы останки Кронштадтского протоиерея были выданы верующим того собора, где почивший протоиерей прослужил 53 года, и были в нем похоронены».
Власти вновь почувствовали угрозу появления чтимой святыни в действующем храме и решили действовать оперативно. Первая резолюция на заявлении кронштадтцев гласила: «Полагаю совершенно невозможным удовлетворить просьбу. Степанов. 10/II-26 г.». Однако окончательное решение по данному вопросу Степанов предлагал вынести на президиум Райисполкома. Решение это в архиве не обнаружено, но очевидно, что на Президиуме было принято решение о замуровании усыпальницы.
Почти одновременно из Петроградского райисполкома позвонили в ГПУ и 12 февраля переслали туда копию заявления приходского совета. ГПУ уже занималось этим «политически важным» вопросом. Еще 4 февраля в стенах закрытой усыпальницы побывал уполномоченный 3-го отдела следственно-оперативной части Алексей Макаров. К 16 февраля он подготовил доклад для начальника части Леонова следующего содержания (фактическая сторона и правописание – на совести автора): «Ивановский монастырь закрыт, на основании постановления Губисполкома. В течение 2 лет церковное здание монастыря использовано не было. Бывшие обитатели монастыря – монашки, в течение 2-х лет, при содействии небольшой кучки верующих, руководимых антисоветским элементом, старались монастырь открыть вновь, и вновь начать эксплуатацию верующих могилой Ивана Кронштадтского. Все старания при этом были положены на то, чтобы гробница Ивана Кронштадтского сохранилась при монастыре. Они были против и того, чтобы Иван Кронштадтский был перенесен на одно из кладбищ гор. Ленинграда, и когда родственники Ив. Кронштадтского намеривались уже это проделать – монашки запротестовали вплоть до угроз: убить того, кто прикоснется к Ивану Кронштадтскому. Вследствие чего назначенный перевоз Ив. Кронштадтского на Богословское кладбище был приостановлен, в виду отказа св. Орнатского, из-за боязни. В настоящее время церковное и монастырское здания заарендовали Государственным Научно-Мелиоративным Институтом. Производится капитальный ремонт и помещение приспосабливается к институту (снимаются кресты, колокола и пр.). Остается разрешить вопрос с могилой Ивана Кронштадтского. Со стороны института, повидимому, с ведома Петроградского Райисполкома, предложено могилу Ивана Кронштадтского замуровать (проходы заложить кирпичами). 4-го февраля с. г., я, осмотрев помещение, где помещается могила Ив. Кронштадтского, нашел, что вследствие такого предложения Института – прежде всего: 1) теряется до 200 саж. хорошего подвального помещения с бетонированным полом; 2) при замуровке будет замурована часть труб парового отопления, а при порче парового отопления может явиться надобность замуровку разламывать. Кроме сего, оставлять могилу нетронутой, да еще замурованной – это равносильно сохранению могилы. В настоящее время монашки, да и та фанатичная масса верующих, почувствовав, что с занятием монастыря институтом пропадает всякая возможность на эксплуатацию верующей массы могилой Ивана Кронштадтского, вновь возбуждает ходатайство о перенесении гроба Ивана Кронштадтского на одно из Ленинградских кладбищ, чтобы иметь возможность на эксплоатацию. Между тем, с занятием монастыря – Институтом имеется возможность раз и навсегда покончить с могилой Кронштадтского. Для чего мраморную гробницу разобрать, гроб Кронштадтского опустить на глубину 2-х метров, а пол забетонировать, предоставив для Института все подвальное помещение. С переносом гроба Ив. Кронштадтского на одно из кладбищ – появится новое поклонение и не пройдет несколько лет, как на месте захоронения будет выстроена церковь».
Тем временем по инициативе районных властей началась замуровка усыпальницы. «Новая вечерняя газета» 18 февраля сообщала: «После передачи бывшего Иоанновского монастыря Научно-мелиоративному институту среди религиозно настроенных обывателей, у которых еще до сих пор имя Иоанна Кронштадтского окружено ореолом святости, распространился слух, что могила «старца» в монастыре будет разрушена, а самое тело… вывезено неизвестно куда. От некоторых из почитателей «святого батюшки» поступили даже предложения предоставить им право вывезти прах по их усмотрению. Между тем могила… осталась в неприкосновенности и подвал, где она находится, в настоящее время замурован и вход в него закрыт. Любопытно, что многие из почитателей «отца», проходя мимо окон подвала… бросали медные деньги. Окрестные мальчуганы, устроив дежурство для наблюдения за иоаннитами, затем эти копейки спокойно собирали и превращали в леденцы и кинобилеты». Газета умалчивала, что между 13 и 23 февраля из усыпальницы были изъяты для продажи мраморные иконостас и престол, и подобная ретивость районных властей не была одобрена Адмотделом Губисполкома.
16 февраля в Секретариат Президиума Ленгуб-исполкома с грифом «Секретно» были отправлены следующие документы: доклад Макарова с резолюцией Леонова: «Лично тов. Кондратьеву. Полагаю, что давать разрешение на перенос гроба не следует, тем более в Кронштадт. Прошу сообщить ваше мнение», отношение исполкома Петроградского райсовета (вероятно, с решением замуровать вход в крипту) и копия заявления приходского совета Андреевского собора. 23 февраля зам. начальника Адмотдела Ленгубисполкома Трушин и зав. церковным столом Смирнов «ввиду того, что данный вопрос имеет значение политического характера», просят Петроградский райисполком приостановить продажу изъятых им из усыпальницы мраморного иконостаса и престола, «а также подтвердить правильность появившейся заметки в Новой вечерней газете о состоявшемся замуровании указанной усыпальницы».
Вскоре дело стало предметом тайного рассмотрения Малого Президиума – после других вопросов, и с участием представителя Петроградского райисполкома. 26 февраля датирован самый важный для нас документ за подписью самого Председателя Губисполкома, который следует привести целиком: «В секр. дело. М(алый) През(идиум Губисполкома). 26/II с. г. без занесения в протокол решено помещение гробницы Иоанна Кронштадтского замуровать и спустя два-три месяца гроб опустить ниже на два-три аршина, а пол над могилой забетонировать. 27/II 26. Ларионов».
Распоряжение Ларионова носило компромиссный характер и соответствовало представлению ГПУ. Оно предусматривало сокрытие мощей в два этапа, которые следовало осуществить в разное время – немедленно замуровать гробницу (что предлагалось ранее Петроградским райисполкомом, и что уже осуществлялось де-факто), но так, чтобы через два-три месяца ее открыть, перезахоронить гроб на большей глубине и забетонировать пол (что считал нужным сделать уполномоченный ГПУ А. Макаров).
Какие могли быть альтернативные варианты? Перевезти останки, как уже указывалось, означало создать новый очаг почитания Кронштадтского пастыря (в 1926 г., когда уже закрыто, например, большинство домовых церквей и несколько лет не возводятся храмы, сотрудник ГПУ всерьез боится постройки церкви над мощами!). Просто вывезти и уничтожить мощи власти, вероятно, боялись. Сестры не смогли помешать тому, что усыпальницу замуровали, но продолжали охранять ее. По словам послушницы Татьяны Щеголихиной, они «зорко стерегли честные святые мощи дорогого нашего батюшки Иоанна Кронштадтского, хотя они и замурованы в усыпальнице сатанинскими руками». Были живы и родственники св. Иоанна – не случайно власти вынужденно привлекали их в случаях попыток перезахоронения или «замуровки» гробницы.
