В Восточной Словакии и Подкарпатской Руси существовали также приходы, подчинявшиеся архиепископу Савватию. В 1923 г. им был прислан сюда архимандрит Виталий (Максименко), выпускник Казанской Духовной Академии, состоявший до революции в братии Почаевской Лавры и занимавшийся там издательской деятельностью. Во время военных и революционных потрясений о. Виталий сумел сохранить типографию, которую перевез сначала в Сербию, а оттуда в Словакию. Благодаря его миссионерской деятельности в Восточной Словакии было создано 26 православных приходов. 1 апреля 1928 г. собрание представителей этих общин приняло решение о переходе в юрисдикцию Сербской Церкви. Главной заслугой о. Виталия является создание монастыря преподобного Иова Почаевского в Ладомирове и открытие при нем типографии. В 1934 г. архимандрит Виталий был рукоположен во епископа митрополитом Антонием (Храповицким) в Сремских Карловцах и отправлен в Северную Америку как архиепископ. Во время Второй мировой войны созданный им монастырь был разрушен. Братия же переселилась в обитель Святой Троицы в Джорданвилле (США, штат Нью-Йорк), куда была перевезена и типография.
В промежутке между двумя мировыми войнами на территории Чехословацкой республики существовали также православные приходы русских эмигрантов, подчинявшиеся митрополиту Евлогию (Георгиевскому, до 1931 г. в составе Московской Патриархии, в 1931–1945 г.г. — экзарх русских приходов в Западной Европе в составе Константинопольского Патриархата, в 1945 г. воссоединился с Московской Патриархией), которыми управлял епископ Сергий (Королев). В это время русская диаспора в Чехословакии была весьма многочисленна. Для погребения русских эмигрантов было создано Успенское братство, тщанием которого на Ольшанском кладбище в Праге был воздвигнут храм в честь Успения Божией Матери, освященный в 1925 г. митрополитом Евлогием. В 1923–1924 г.г. в Подкарпатской Руси в юрисдикции архиепископа Савватия служил известный отечественный иерарх епископ (впоследствии митрополит) Вениамин (Федченков).
15 марта 1939 г. чешские земли были оккупированы фашистской Германией. Здесь был создан имперский протекторат в Чехии и Моравии. Немецкие власти стремились всех православных, проживающих на территории протектората, подчинить Берлинскому архиепископу Серафиму (Ляде, 1883–1950), который состоял в юрисдикции Карловацкого Синода. 3 ноября 1939 г. было заключено соглашение о переходе приходов, управляемых епископом Сергием Пражским, в ведение архиепископа Берлинского. В 1941 г. епископ Горазд вел переговоры с архиепископом Серафимом, Министерством церковных дел в Берлине и Министерством просвещения и народного образования в Праге о юридическом положении его епархии в новых условиях. 4 марта 1942 г. было утверждено специальное дополнение к уставу Чешской Православной епархии. В нем говорилось, что до времени окончательного решения юрисдикционного вопроса епархия, не отказываясь от сербской юрисдикции, временно подчиняется архиепископу Берлинскому.
27 мая 1942 г. группа чешских парашютистов, заброшенных из Великобритании, расстреляла генерала полиции обергруппенфюрера СС Рейнгарда Гейдриха. Священник пражского кафедрального собора святых Кирилла и Мефодия предоставил им убежище в крипте храма. Через 22 дня они были обнаружены гестапо. Епископ Горазд, священники кафедрального собора Вацлав Чикл и Владимир Петршик, а также староста храма Ян Сонневенд были взяты под стражу и расстреляны 4 сентября 1942 г. 27 сентября того же года было запрещено существование Чешской Православной Церкви, ее имущество конфисковано, все православные храмы были закрыты, духовенство подвергнуто арестам и заключениям, миряне отправлялись на принудительные работы в Германию.
30 мая 1942 г. был арестован и архиепископ Савватий. После месячного тюремного заключения его отправили в концентрационный лагерь Дахау. Ему вменялось в вину крещение пражских евреев. Поэтому вышеупомянутый запрет существования Чешской Православной Церкви распространялся на общины как сербской, так и константинопольской юрисдикции. Ликвидации избежали только русские приходы, управлявшиеся епископом Сергием.
После захвата фашистскими войсками чешских земель на территории Словакии было провозглашено самостоятельное государство, находившееся в фактической зависимости от немецких властей. Закарпатье вошло в венгерскую зону оккупации. Мукачевский епископ Владимир (Раич) был взят под стражу венгерскими властями. Православные приходы Закарпатья и Словакии перешли в подчинение архиепископу Серафиму (Ляде).
13.1.3. Установление автокефалии Чехословацкой Церкви
После войны церковная жизнь, несмотря на тяжелое положение после оккупации, стала налаживаться, и Православная Церковь получила равные права с другими исповеданиями, в том числе и на материальное обеспечение от государства.
Но Церковь была без епископа, не имелось даже кандидатов на этот пост. Поэтому она обратилась с просьбой к Церкви-Матери в Сербию. Однако Сербская Церковь сама нуждалась в кандидатах для епископского сана. В это время (в 1945 г.) ряд приходов Русской Церкви за границей во главе с епископом Сергием (Королевым) воссоединился с Московской Патриархией. Подкарпатская Русь вошла в СССР как Закарпатская область Украинской ССР. По соглашению Синодов Сербской и Русской Церквей Мукачевская епархия перешла в юрисдикцию Московской Патриархии. 8 ноября 1945 г. епархиальный съезд Чешской Православной епархии принял решение начать переговоры о выходе из юрисдикции Сербской Патриархии и переходе в подчинение Русской Церкви. В мае 1946 г. в Прагу прибыл из Москвы архиепископ Елевферий (Воронцов), создавший на территории Чехословацкого государства Экзархат Московской Патриархии, о чем ранее было достигнуто соглашение с Сербским Патриархатом. Тогда же произошло воссоединение Пряшевской епархии в Словакии с Чешской Церковью, а в 1948 г. Сербская Церковь окончательно отпустила православных чехов в юрисдикцию Московского Патриархата. Трудами архиепископа Пражского Елевферия была возрождена нормальная жизнь Православия в Чехословакии. В 1946–1947 г.г. в Чехословакию вернулись волынские чехи, которые также были православного вероисповедания. Их переселение было одной из причин численного роста православных общин. До 1949 г. Экзархат включал в себя две епархии — Чешско-Моравскую с центром в Праге и Восточно-Словацкую с центром в Прешове. В 1949 г. было решено разделить Чешско-Моравскую епархию на две — Пражскую и Оломоуцко-Брненскую.
В Восточной Словакии в среде униатов вновь участились случаи возвращения в Православие. Этому способствовало уничтожение греко-католических церквей на Украине, в Закарпатье и Румынии. Однако этот естественный процесс был форсирован властями по политическим мотивам, что впоследствии создало серьезную церковную проблему, не решенную и поныне. 28 апреля 1950 г. собор греко-католического духовенства и мирян в Прешове окончательно ликвидировал Ужгородскую унию. В Восточной Словакии были созданы две епархии — Прешовская во главе с епископом Алексеем (Дехтяревым) и Михайловская во главе с епископом Александром (Михаличем). Таким образом, к середине 1950 г. Экзархат Московской Патриархии в Чехословакии включал в себя четыре епархии.
В 1951 г. Священный Синод РПЦ предоставил Православной Церкви Чехословакии автокефалию по просьбе Экзаршего Совета. Первым митрополитом независимой Церкви стал владыка Елевферий (1892–1959), пробывший на этом посту до 1955 г. Его преемниками были митрополит Иоанн (Кухтин, 1901–1975) в 1956–1964 г.г., митрополит Дорофей (Филипп, 1913–1999) в 1964–1999 г.г., и с 2000 г. — митрополит Николай (Коцвар).
Дарование автокефалии православным чехам и словакам Русской Церковью не было признано Константинопольским Патриархатом, который с 1923 г. рассматривал Чешскую Церковь как свою автономию без достаточных к тому оснований. Вслед за ним и другие греческие Церкви — Александрийская, Иерусалимская, Кипрская и Элладская не признали Акта о даровании Чехословацкой Церкви автокефалии.
Архиепископ Савватий (Врабец) не вошел в юрисдикцию Московской Патриархии. Оставшись без храмов, он продолжал жить в Праге, имея незначительное число сторонников. Скончался в ноябре 1959 г.
В 1968 г. в Чехословакии была восстановлена Греко-Католическая Церковь. Это вызвало в Восточной Словакии процесс массового возвращения в унию, сопровождавшийся насильственными захватами храмов и церковных учреждений.
После крушения коммунистической системы к концу 1992 г. стал очевидным скорый распад Чехословацкой Федеративной Республики на два независимых государства. В связи с этим Поместный собор Чехословацкой Православной Церкви высказался за сохранение единой автокефальной Церкви, распространяющей свою юрисдикцию на территорию двух независимых государств. Однако в соответствии с новой политической ситуацией было принято решение о перемене официального наименования Церкви. Отныне она стала называться Православной Церковью в Чешских землях и Словакии. Был принят новый Устав Церкви, по которому единый Митрополичий совет был разделен на два самостоятельных органа — Митрополичий совет Чешских земель в Праге и Митрополичий совет Словакии в Прешове. Предстоятелем Церкви отныне может быть избран как архиепископ Пражский, так и архиепископ Прешовский. Едиными для всей Церкви остались Священный Синод и Поместный собор. Прешовский собор 1992 г. принял решение о канонизации моравского князя Ростислава, инициатора кирилло-мефодиевской миссии среди славян.