Очень большое влияние на мусульман в Казанском ханстве оказывали суфии, распространившиеся из Туркестана. Ими было образовано медресе, в числе преподавателей которого находился известный суфийский шейх Иш-Мухаммад. Могилы известных суфиев того времени в течение нескольких столетий почитались мусульманами. В казанский период началось распространение ислама среди финских народов Волжско-Уральского региона – марийцев и удмурдов.
После того, как во второй половине XVI века войсками Ивана Грозного Казань была взята и присоединена к России, началось подчинение завоеванных земель с мусульманским населением. Многие мусульмане из золотоордынской знати в XV–XVII веках присягнули на верность московским государям, приняли православие и перешли на службу к московским великим князьям, со временем составив значительную часть дворянства. От крещеных мурз и эмиров, а также иных служилых татар, берут начало такие известные дворянские фамилии как Загоскины, Адашевы, Ртищевы, Булгаковы, Голицыны, Измайловы, Татищевы, Апраксины, Крюковы, Балакиревы, Глинские, Бердяевы, Воронцовы, Аксаковы и многие другие. Однако далеко не всегда переход на русскую службу предполагал смену вероисповедания. С наделением землями служилых татар, сохранивших приверженность исламу, связано, к примеру, возникновение мусульманского Касимовского царства внутри русских земель. В 1447 году казанские царевичи – сыновья Алу-Мухаммада оказали поддержку великому князю Василию II в его возвращении на московский престол, который был захвачен галическим князем Дмитрием Шемякой. В благодарность за это царевичу Касыму был пожалован Мещерский городок на Оке, который получил название Касимов и стал затем столицей вассального от Москвы Касимовского царства. В Касимовском царстве поселялись, получая поместные наделы, служилые татары-мусульмане со своей челядью. Во второй половине XV века в Касимове была построена Ханская мечеть. Касимовское царство просуществовало до XVII века. Однако касимовские татары, живущие на этой территории, до наших дней татары сохранили свою приверженность исламу.
Находящимся на русской службе татарам-мусульманам выделялись также земли вокруг Серпухова, Звенигорода, Юрьева-Польского, Яхромы, Талдома. Мусульманские мурзы принимали активное участие в Земском Соборе 1613 года. Так, в утвержденной Собором грамоте об избрании на московский престол царя Михаила Романова имеются подписи семи мурз из Казани.
Во второй половине XVI века Россия завоевала Астраханское ханство. Вслед за ним покорилась Большая Ногайская орда, а потом Западная Башкирия, которая находилась под властью казанских ханов. В конце XVI века к России было присоединено Сибирское ханство. В течение XVIII века Россия боролась за Северный Азербайджан. Борьба завершилась присоединением последнего из азербайджанских ханств – Нахичеванского. Миллионы последователей ислама стали новыми подданными Российской империи.
Исламские общины имеют значительное влияние в России, а также в среднеазиатских странах СНГ. В настоящее время на территории Российской Федерации проживает почти сорок народов, религией которых исторически являлся ислам. При этом численность мусульманских народов России постоянно возрастает. По данным переписи населения в 1989 году она составляла около 13 миллионов человек, а в 1993 – свыше 20 миллионов. В нынешних российских границах исторически сложились два очага исламской цивилизации: Волжско-Уральский регион, с которым генетически связаны мусульманские общины всей европейской России и Сибири) и Северный Кавказ. К мусульманским народам Волжско-Уральского региона и Сибири относятся башкиры, проживающие на Южном Урале и в Приуралье, численность населения – 1,3 млн. человек; татары – тюркоязычный народ России. Казанские татары, касимовские, мишари проживают в Среднем Поволжье и Приуралье. Барабинские татары, тобольские, томские проживают в Сибири. Карягаши, кундровские татары и юртовские располагаются в Астраханском регионе. Среди поволжских татар выделяются так называемые крящены и нагайбаки – православные. Общая численность татар – около 6 миллионов человек.
К народам Северного Кавказа, исповедующим ислам относятся: абазины, живущие в Карачаево-Черкесской Республике и восточной части Республики Адыгеи, численность – 33 тыс. человек; аварцы – 554 тысячи человек. Расселяются на восточных отрогах Большого Кавказского хребта, предгорьях и высокогорных районах Республики Дагестан; агулы, живущие в Дагестане, численность – 17,7 тыс человек; адыгейцы, живущие в Республике Адыгея, численность – около 123 тысяч человек; баркарцы, живущие в Кабардино-Балкарской Республике, численность – 78,3 тысячи человек: даргинцы, живущие в предгорьях и высокогорье средней части Дагестана, численность – 353,3 тысячи человек; ингуши, проживающие в Ингушской Республике, численность 215,1 человек; кабардинцы, проживающие в Кабардино-Балкарской Республике, численность – 150 тысяч человек; карачаевцы, проживающие в Карачаево-Черскесской Республике, численность – 150,3 тысяч человек; лезгины, живущие на юго-востоке Дагестана, численность – 257,3 тысячи человек; кумыки, проживающие на севере Дагестана, численность 277,2 тысячи человек; ногайцы, живущие в Дагестане, Карачаево-Черкесской Республике и Чеченской Республике, численность 73,3 тысяч человек; ритульцы, живущие на юге Дагестана, численность – 19 тысяч человек; таты, живущие в Дагестане и других республиках Северного Кавказа, численность – 13 тысяч человек; цахуры, живущие в Дагестане, численность – 14 тысяч человек; черкесы, живущие в западных областях северного склона Большого Кавказского хребта, в Карачаево-Черкесской Республике, численность – 50,8 человек; чеченцы, живущие в Чеченской республике, численность 899 тысяч человек; андо-цезские народы, живущие в Республике Адыгея, численность – 17,7 тысяч человек.
Кроме перечисленных народов, ислам исповедуют также часть осетин и проживающие в России выходцы из других государств СНГ: казахи, азербайджанцы, узбеки, киргизы, туркмены, крымские татары, таджики. Все мусульмане России, за исключением азербайджанцев и татов-шиитов, являются суннитами ханифитского мазхаба. Лишь среди народов Дагестана (главным образом аварцев), а также чеченцев и ингушей распространен шифиитский мазхаб. Среди мусульман России на первом месте по численности находятся народы тюркского языкового корня, в который входят балкарцы, башкиры, казахи, карачаевцы, крымские татары, киргизы, кумыки, ногайцы, татары, узбеки, туркмены; на втором месте находятся народы северо-кавказской языковой группы, в которую входят аварцы, абазины, агулы, адыгейцы, даргинцы, ингуши, кабардинцы, лезгины, ругульцы, андо-цезы, цахуры, черкесы, чеченцы; на третьем месте находятся индоевропейцы иранского языкового корня – осетины, таты, таджики. Общая численность населения, исповедующего ислам, насчитывает примерно 25 миллионов человек.
В XV–XVII веках ислам проникает к чеченцам, ингушам, адыгейцам, черкесам, кабардинцам, абазинам, затем к осетинам, балкарцам и карачаевцам.
В Москве татарская община находилась с XVI века, когда в Замоскворечье располагалась Татарская слобода. В 1782 году в Татарской слободе была возведена деревянная мечеть, а в 1805 году началось строительство постоянной каменной мечети. 22 сентября 1788 года вышел указ императрицы Екатерины II, в котором говорилось об учреждении центрального духовного ведомства российских мусульман – Оренбургского духовного собрания (муфтият). Глава духовного собрания именовался «шейх аль-ислам» и назначался поначалу указом императора, а впоследствии – по представлению министра внутренних дел.
Мусульманское население в Санкт-Петербурге появилось уже при основании города, так как среди его строителей было немало татар. Татарское урочище было известно с 1751 года. В XIX веке в Санкт-Петербурге жили представители мусульманской знати, многие из которых служили в гвардии. Однако до начала XX века постоянной мечети в городе не было и мусульманские приходы располагались в частных домах. Лишь в 1909 году, благодаря ходатайству Эмира Бухарского началось строительство Санкт-Петербургской соборной мечети, которая стала крупнейшей на Европейском континенте. Однако в дальнейшем правительство Российской империи стало всерьез опасаться усиления политического влияния мусульманского духовенства и консолидации мусульманских народов России под знаменем ислама.
Несмотря на объявленные ранее запреты, в XVII веке в России начинают строительство новых мечетей. Особенно много мечетей появляется в татарских селах Башкирии. Причиной этому послужило массовое переселение казанских татар в Башкирию со второй половины XVI века после разгрома Казанского ханства.
Первые попытки изучения ислама делались при Петре I. В начале XVIII века впервые осуществляется перевод Корана на русский язык. Покровительствовала исламу императрица Екатерина II, за что среди татарского населения получила почетное наименование «Эби пашта» («Бабушка-царица»). После посещения Казани Екатерина II в 1766 году лично дала разрешение купцам Юнусовым на строительство в городе каменной мечети. В екатерининские времена начинается строительство мечетей и в других российских городах. Строительство мечетей в России продолжалось и при приемниках Екатерины II. Так, при Николае I на государственном уровне был утвержден Образцовый проект строительства мечетей в Нижнем Новгороде, в Казани, в Пермской области (г. Оса). К середине XIX века относится сооружение Белой, Черной и Персидской мечетей в Астрахани. Одним из наиболее значительных памятников мусульманского культового зодчества XIX века являлась мечеть Караван-Сарая в Оренбурге, построенная в 1837–1846 гг. по проекту петербургского архитектора А. Брюллова, в духе романтической трактовки средневековой восточной архитектуры.
