28 июня 1831 года епископом Вологодским Стефаном Брянчанинов был пострижен в монашество с именем Игнатий в честь священномученика Игнатия Богоносца.
5 июля был рукоположён в иеродиаконы, а 20 июля – в иеромонахи.
В конце 1831 года определён настоятелем Пельшемского Лопотова монастыря.
28 мая 1833 года возведён в сан игумена.
В ноябре 1833 года митрополит Филарет предложил игумену Игнатию настоятельство в Николо-Угрешском монастыре, но император Николай I поручил своему любимцу управление пришедшей в запустение Троице-Сергиевой пустыни под Петербургом.
1 января 1834 года в Казанском соборе игумен Игнатий был возведён в сан архимандрита. В должности настоятеля пустыни он оставался до 1857 года и за это время ему удалось привести её в порядок как в духовном, так и в хозяйственном отношении.
Ну, а теперь о гонителях… В вышеупомянутом «полном житии» святителя по этому поводу говорится буквально следующее.
«Высшее духовенство, за весьма немногими исключениями, неприязненно относилось к архимандриту Игнатию. Эта неприязнь стала выражаться в различных требованиях, которыми стеснялась его настоятельская деятельность, начавшая привлекать в монастырь множество богомольцев и обращать на себя благосклонное внимание многих влиятельных особ из петербургского общества. Вскоре от Консистории последовали один за другим три указа в вышеупомянутом характере. Они поставили настоятеля в весьма затруднительное положение. Первым указом требовалось послать из монастыря трёх иеромонахов на флот, тогда как всех их было только шесть, несмотря на то, указ был исполнен, посланы были люди благонадёжные, но в числе их был один престарелый, так как третьего молодого из недолжностных иеромонахов не было. Второй указ объявлял настоятелю выговор за посылку на флот престарелого иеромонаха. Третьим указом предписывалось архимандриту и братии пустыни не иначе ездить в город, как только испросив предварительно отпускной билет из Консистории. (стр. 119).
Почему это происходило? Сам святитель по этому поводу опять же в одном из частных писем пишет следующее:
«Ныне во многом люди дерзнули в установления Святого Духа ввести свои установления. По этой причине сделались установления небесные земными, духовные плотскими, святые греховными, мудрые нелепыми. Видят несообразность, видят текущее из нее разрушение, но не видят начала, из которого текут бедствия, потому что смотрят при свете собственного падшего разума, а не при свете Божием. Начало бедствий заключается в непозволительном и гордом презрении велений Святого Духа, в заменении их своими уставами. Вот где причина всеобщего расстройства, причина падения христианства, падения нравственного, всегда предшествующего расстройству гражданскому, предвещающего это расстройство. Есть в частности христиане, но утрачено общее одинаковое знание Истины, которым бы всё соединялось в одно духовное тело, с одним образом мыслей, в одном духе, под одною общею главою – Христом. Ныне всякий имеет более или менее свой образ мыслей, свою религию, свой путь, принятые произвольно или случайно, признаваемые правильными или только оправдываемые. Это бесчисленное стадо, потерявшее связь и единство в истине и духе, представляет духовному наблюдателю вид величайшего беспорядка: каждая овца бредёт в свою сторону, никто о ней не заботится; люди уже более не слышат – так отяжелел слух их – спасительного гласа истинного пастыря, раздающегося из Его святой Церкви, Который ещё громко обличает их неправду, возвещает им о пути правом, указывает его. Оглушил их шум земных, лютых попечений, шум увеселений чувственных, шум земного преуспеяния. Прильпе земли душа их, неспособна к восприятию впечатлений духовных» (стр. 367–368, С.С., т. 7).
«В высших пастырях её (Церкви) осталось слабое, тёмное, сбивчивое, неправильное понимание по букве, убивающей духовную жизнь в христианстве, уничтожающей христианство, которое есть дело, а не буква…» (№ 549, стр. 649–650).
Биографы святителя объясняют нападки таким образом:
«По причине сословного несходства большая часть высшего духовенства, за немногими исключениями, чуждались архимандрита Игнатия. Они объясняли его поведение гадательно, с самой неблаговидной стороны: духовные совершенства человека объясняли страстными движениями падшего естества, его духовную свободу, его прямоту считали гордостью, более, оскорбительной дерзостью, его внешнюю обстановку, его сдержанное обхождение и изящный во всём вкус, эти видимые выражения сословного навыка, называли тщеславием и роскошью, строгую дисциплинарность порядков, это наследие военной школы, странным нововведением» (стр. 180).
«Вследствие такого несходства в научном образовании вообще и в богословском в частности, было недоверие в значительной массе учёного духовенства к сочинениям архимандрита Игнатия как не сходящимся с духом академической образованности, несмотря на их чисто православный характер. По распоряжению высших лиц духовенства было приказано цензорам духовным так исправлять сочинения, которые будет представлять архимандрит Игнатий, чтобы отбить у него охоту отдавать в печать свои духовные творения. Это распоряжение было сделано по поводу вышедшей из печати брошюры «Чаша Христова». Она разошлась моментально – платили под конец по десяти рублей за экземпляр, но второго издания уже не было возможности сделать по причине цензурных исправлений, исказивших статью неузнаваемо. Об этом распоряжении духовного начальства цензор архимандрит Аввакум сказывал в интимном кругу, оправдываясь в ответ на вызванные по этому поводу укоризны. С трудом, при личном старании Сенковского, прошли тогда две статьи, напечатанные в его журнале «Библиотека для чтения»: «Иосиф Прекрасный» и «Валаамский монастырь». Затем долгое время все труды архимандрита Игнатия ходили в рукописях между лицами, пользовавшимися его духовными советами» (183–184).
«Нерасположение митрополита Антония к архимандриту Игнатию не было тайной для окружающих. Зависть работала, чтобы разжечь это настроение петербургского владыки. Отовсюду строились ковы, везде искали потемнить, очернить доброе имя архимандрита, чему немало благоприятствовало то, что в пустыни в это время были, кроме настоятеля, ещё два Игнатия, из них тогда особенно заметен был Игнатий, прозванный в обители «большим», наместник пустыни, впоследствии архимандрит и настоятель Никандровой пустыни Псковской губернии» (стр. 181).
«По инициативе митрополита Антония в Синоде был составлен протокол о переводе настоятеля Сергиевой пустыни архимандрита Игнатия настоятелем в Соловецкий первоклассный ставропигиальный монастырь, чтобы под видом возвышения выслать его из Петербурга как лицо, подающее повод к соблазну. Но архиепископ Псковский Гедеон (Вишневский), бывший тогда на чреде в Синоде, остановил это предприятие, сказав: «Мы хотим похвалу и украшение нашего монашества сослать по каким-то земным изветам и, подобно Синедриону, приговорить праведного к казни за то, что он по отношению к нам действует несогласно с нашими понятиями, не ждёт нас по несколько часов в прихожей, когда не застанет дома, и делает тому подобные оскорбления нашему понятию о нашем достоинстве, понятию, которое не сходится с его понятиями о его обязанностях относительно нас». Этот протест преосвященного Гедеона повлиял, и постановления не состоялось.
Когда предложение митрополита Антония перевести или, вернее, сослать архимандрита Игнатия в Соловецкий монастырь не состоялось, тогда желание выжить его из епархии повело епархиальное начальство: в беспрерывной привязчивости, в обвинениях по слухам лживым и в сущности мелочным, но болезненно отзывавшимся в душе мученика-настоятеля, потому что общее направление этого образа действий клонилось к расстройству самой обители, к воспрепятствованию развития её духовно-нравственного строя. Митрополит Антоний заболел и передал управление епархией своему викарному епископу Нафанаилу, лично ненавидевшему архимандрита, который, принимая чашу страданий, как чашу Христову, в терпении и молчании, не вынес телом тех мучительных скорбей, перед которыми дух его не только не падал, но и не преклонялся.
С ноября 1846 года болезнь приковала архимандрита к одру, к келье, в которой он провёл безвыходно всю зиму. В конце зимы 1847 года он подал прошение об увольнении по болезни на покой в Николо-Бабаевский монастырь Костромской епархии. Это было то, чего желали и митрополит и его викарный. Неблагорасположение епархиального начальства к настоятелю Сергиевой пустыни не могло быть тайной по настойчивости самого преследования» (стр. 187).
«Вместо увольнения на покой архимандриту Игнатию разрешён был только 11-ти месячный отпуск для поправления здоровья в указанном им монастыре… По отъезде архимандрита в отпуск государь император, встретив однажды Чихачёва, спросил о здоровье его товарища и приказал написать ему, что он нетерпеливо ожидает его возвращения. Такое милостивое внимание государя имело благодетельное влияние на общество иноков Сергиевой пустыни, волновавшихся недоумением, какой будет исход отъезда архимандрита Игнатия в отпуск.
