Начало активному военному сопротивлению российскому влиянию было положено в 1785 г. чеченцем Ушурмой, известным под именем шейх Мансур (1760–1794). Он отличался аскетизмом, обладал ораторскими способностями, в своих проповедях выступал против кровной мести и призывал к единению мусульман. Царские власти неоднократно пытались схватить шейха Мансура, но преследования лишь способствовали тому, что: он стал мощной политической фигурой на всём Северном Кавказе. В июле 1787 г., потерпев ряд военных поражений, шейх Мансур сначала перебрался за реку Кубань, а позднее — в турецкую крепость Анапу. Там он оставался до её взятия русскими войсками 22 июня 1791 г. После взятия в плен он был приговорён к пожизненному заключению и скончался в апреле 1794 г.
Новый всплеск народно-освободительной борьбы под знаменем ислама был связан с созданием в 1840-е годы военно-теократического государства — Имамата Чечни и Дагестана. Во главе движения встал имам Шамиль, аварец по национальности. В своей религиозной и политической деятельности имам Шамиль руководствовался принципами суфийского тариката накшбандийя. При нём территория Чечни была разделена на военно-административные районы, которыми управляли назначенные им наместники-наибы. Они были наделены правами религиозной, административной, военной и судебной власти.
Однако Шариат, бывший вначале консолидирующей силой, позднее способствовал ослаблению Имамата. Противоречия между Шариатом и народными обычаями (адатом), а также приверженность доисламским традициям и родовая сплочённость чеченского населения расшатывали жёсткую военно-теократическую структуру горского государства. После падения Имамата и пленения Шамиля (25 августа 1859 г.) территория Чечни была включена в состав Терской области Российской империи. Несмотря на это, военные действия на Северном Кавказе растянулись на несколько десятилетий, и их завершение в 1864 г. отнюдь не означало полного подчинения края.
В тот же период в Чечне всё большую известность приобретал шейх Кунта-хаджи Кишиев (1830–1867). Он рано получил духовное образование и сначала был последователем Гази-хаджи, накшбандийского шейха из селения Зандак. В конце 1850-х годов Кунта-хаджи совершил хадж, а по возвращении на родину стал проповедовать учение другого суфийского братства — кадирийя. Кунта-хаджи осуждал всякую войну как богопротивный акт, призывал к смирению перед волей Аллаха, к поиску спасения в мире вечном. Это противоречило воинственной идеологии имама Шамиля, и учение Кунта-хаджи в Имамате было запрещено, асам учитель подвергался гонениям. После падения Имамата число последователей Кунта-хаджи стало расти и в начале 1860-х годов превысило 5 тысяч человек. Его мирная проповедь была весьма привлекательной для людей, только что переживших многолетнюю войну, и это вызывало опасение местных властей. Представители официального мусульманского духовенства по просьбе царской администрации созывали сельские сходы и устраивали богословские диспуты с Кунта-хаджи и его сторонниками. В январе 1863 г. по распоряжению Терского генерал-губернатора Кунта-хаджи был схвачен и отправлен в ссылку в г. Устюжна Новгородской области, где и погиб.
К концу XIX в. распространение ислама на Северном Кавказе приобрело чёткие очертания. В этом регионе возобладал ислам суннитского направления, незначительное количество шиитов проживало только в южных районах Дагестана. В Дагестане, Чечне и Ингушетии получил распространение суфизм: с конца XVIII в. накшбандийский, со второй половины XIX в. — кадирийский и с начала XX в. — шазилийский (только в Дагестане) тарикаты. В западных областях Северного Кавказа суфизм не получил широкого распространения.
Идейно-политическая консолидация мусульман в конце XIX — начале XX в. В шестидесятые годы XIX в. в России произошёл очередной поворот в государственной политике в отношении мусульман. С одной стороны, это было связано с необходимостью повсеместной языковой и культурной унификации. С другой стороны, этому способствовало негативное отношение мусульман Поволжья к Крымской войне 1853–1856 гг. Определённую роль также сыграли усиление процесса «отпадения» крещёных татар от христианства, появление новых модернистских тенденций в мусульманском сообществе.
В этот период ислам рассматривался правительством не просто как «инородное» вероисповедание, а как угроза самодержавию. В связи с этим были сделаны шаги по усилению миссионерской деятельности, введены образовательные цензы для мусульманского духовенства, установлены ограничения для мусульман на преподавание в казённых учебных заведениях и занятие должностей в органах местного самоуправления.
В таком положении ислам находился до начала XX в., когда обострение революционной ситуации вынудило правительство произвести некоторую либерализацию внутренней политики. В 1904 г. был подписан царский указ, предусматривавший пересмотр отношения «к инославным и иноверным исповеданиям». Значимым для мусульман документом стало Положение от 17 апреля 1905 г., расширявшее круг применения принципа веротерпимости. По этому документу не допускалось насильственное удержание в вере и переход в мусульманство больше не преследовался. Манифест 17 октября 1905 г. декларировал основные гражданские свободы, в том числе свободу совести. Эти правовые акты отражали процесс постепенной переориентации российского общества и государственной правовой системы на принципы буржуазного права, ставящего во главу угла свободу личности.
В новых условиях российские мусульмане получили возможность для идейного и политического единения, которое никоим образом не использовалось для распространения сепаратистских настроений. Мусульмане видели перспективы развития ислама в составе Российской империи, стремились предложить свои политические проекты правительству. В августе 1905 г. под председательством видного общественного деятеля Исмаил-бея Гаспринского состоялся I съезд мусульман России. Было принято решение о создании партии «Иттифак аль-муслимин» («Союз мусульман»), которая должна была всеми законными средствами бороться за отмену ограничений, которые установлены в отношении мусульман, и полного уравнения мусульман во всех правах.
В 1906 г. партия приняла устав, но не успела пройти регистрацию до начала выборов в I Государственную Думу. Поэтому было принято решение об участии в выборах по списку кадетской партии. Избранными оказались 36 представителей мусульман. Во II Думе, начавшей свою работу 20 февраля 1907 г., мусульман представляли 34 депутата. III Государственная Дума избиралась по чрезвычайно ужесточенным правилам; в частности, избирательного права были лишены казахи и туркестанцы. В связи с этим только десять представителей мусульман стали депутатами Думы. Думская деятельность позволила представителям мусульманских народов защищать интересы мусульманского населения страны в сфере образования и культуры, стала эффективно действующим каналом демократического влияния на внешнюю политику России.
Пик политической активности российских мусульман пришёлся на 1917 г. Подходы мусульманских общественных движений к внутриполитическим проблемам чётко обозначил Всеобщий всероссийский мусульманский съезд, собравшийся в Москве в мае 1917 г. Общины Поволжья, центральные губернии Европейской части России, Кавказ, Среднюю Азию, Казахстан и Сибирь были представлены 770 делегатами. Столь широкое представительство позволило съезду сконцентрировать в своих решениях все основные пожелания мусульман России в области религиозной, культурной и политической жизни. В работе съезда принимали участие почти все политические лидеры российских мусульман: Муса Бигиев, Заки Валиди, Гаяз Исхаки, Шакир Мухамедьяров, Гумер Терегулов, Алимардан Тобчибашев, Убайдулла Ходжа, Ахмед Цаликов. На этом съезде заявило о себе и движение женщин-мусульманок, организационно и идейно сформировавшееся на съезде женщин в апреле 1917 г. в Казани. Делегат Салима Якубова была избрана в президиум съезда.
Джадидизм и исламская мысль в России. Во второй половине XVIII в. наметился поворот мусульманского сообщества России на путь современного развития. Становление буржуазных отношений в России, обусловившее общее направление социально-экономического развития, повлекло за собой существенные изменения в массовом сознании. Религиозно-политическая реакция мусульман на эти процессы выразилась в реформаторском движении, известном как джадидизм (от араб. джадид — «новый»). Обновленцы призывали к религиозно-нравственному возрождению, основанному на возврате к основным источникам ислама — Корану и Сунне, и социально-экономическому обновлению.
Возникший как реформа системы религиозного образования, джадидизм изначально был призван выполнять более широкие задачи — мусульманское сообщество России нуждалось в новых ценностных ориентирах. Старая мусульманская школа давала знания, состоявшие из религиозных и моральных принципов, которые считались вечными и самодостаточными. Другим формам знания в традиционных медресе уделяли мало внимания. Новометодные учебные заведения были призваны внедрить современные науки в систему мусульманских знаний, что отчасти предполагало усвоение западной модели восприятия мира, основанной на принципах рационализма. Такой подход вызвал ожесточённые споры среди мусульманской интеллигенции, поскольку речь шла о совмещении двух разных концепций познания. Сторонники старого метода (кадимисты) резко выступали против джадидизма, видя в нём угрозу мусульманской культуре и религии.
