Собор, таким образом, решительно признал два естества по соединении (έν δύο φύσεσι γνωριζόμενον, в имеющемся тексте халкидонских актов — έκ δύο φύσεων, но это несомненно не подлинное, позднее видоизмененное чтение), «измышляющие» же единую природу подвергались анафеме (формула Евтихия и Диоскора). Но исповедание двух естеств сопровождалось настолько ясным указанием на единство Лица или Ипостаси, что этим совершенно должны были отстраняться какие — либо подозрения в несторианских тенденциях. Термин ύπόστασις, прежде нередко отождествляющийся с φύσις (у Кирилла), теперь получил и в христологии окончательную устойчивость в том смысле, в каком употребляли его еще Прокл Константинопольский и собор 448 г. Но наметив те пределы, в которых в будущем должно было совершаться раскрытие догмата, халкидонские отцы сами не ставили для себя задачей разрешение всех тех вопросов, которые вытекали из утверждения двух совершенных природ и единства ипостаси. Это было делом последующего времени. Из халкидонского определения можно было делать известные выводы (что, например, нельзя представлять соединения «из двух ипостасей», так как при сохранении всех свойств человеческой природы нужно было бы в таком случае признать и две ипостаси во Христе); но прямо разные возможные вопросы из области христологии на соборе не ставились и не решались.
Все епископы после прочтения οροσ'а нашли его согласным с верой отцев и выразили пожелание, чтобы митрополиты тотчас же подписали его. Через несколько дней, 25 октября (6–е деяние), на заседание собора явились Маркиан и Пульхерия в сопровождении свиты и сановников. После речи Маркиана сначала на латинском, потом на греческом языках архидиакон Аэтий прочитал подписанный уже отцами όρος. Император, уверившись в единодушии всех членов собора, провозглашавших «многая лета новому Константину и новой Елене», объявил, что теперь должен быть положен конец спорам о вере; кто будет под предлогом рассуждения о вере производить волнения, если это будет частный человек — изгоняется из Константинополя, военный — удаляется от службы, клирик — лишается степени; будут назначаемы и другие наказания. Предложив на утверждение собора некоторые мероприятия относительно монашествующих и клириков и дав Халкидонской кафедре титул митрополии, император просил отцев остаться еще на 3–4 дня для решения некоторых дел.
Немногие оставшиеся дни после шестого деяния отцы посвятили рассмотрению дел о Феодорите и Иве и решению вопросов, касавшихся церковного управления. Относительно, по крайней мере, Феодорита вопрос был, собственно, уже более или менее определен раньше: его признал православным папа, к которому он апеллировал, и с этим должны были считаться теперь и представители гражданской власти, и отцы собора. С первого же заседания он присутствовал на соборе. Когда прочитана была из деяний собора 449 г. императорская грамота, устранявшая Феодорита от участия в нем, сановники приказали пригласить его теперь войти в заседание, так как «святейший архиепископ Лев восстановил его в епископском сане (άποκατέστησεν αύτω την έπισκοπήν) и нынешний император повелел (έθέσπισεν) ему присутствовать на соборе. Но с той же неприязнью, какую питали к Диоскору восточные епископы и «бывшие с ними» (οι συν αύτοΐς) понтийские, асийские и фракийские предстоятели, относились к противнику Диоскора епископы египетские, иллирийские и палестинские. Едва вошел Феодорит, раздались с их стороны крики: «Помилуйте! Вера погибает! Правила его изгоняют! Вон его! Вон учителя Нестория!» Восточные отвечали криком об изгнании вон «манихеев», «врагов Флавиана», «врагов веры». Когда Диоскор заметил: «Зачем изгоняется Кирилл, который им анафематствован?», раздались крики: «Вон Диоскора — убийцу!» Сановники безуспешно пытались прекратить шум, ссылаясь снова на папу, а также на устное свидетельство о православии Феодорита со стороны Максима Антиохийского и указывая, что для взаимных разъяснений с Феодоритом возможность в будущем вовсе не устраняется. В конце концов они должны были почти запретить простонародные восклицания (αί έκβοήσεις αι δημοτικαί) как неприличные для епископов и бесполезные. Феодорит присутствовал потом и на втором заседании и дал разъяснение к одному месту томоса; на четвертом заседании он выразил свое согласие с томосом. Подозрения и недовольство против Феодорита части епископов были настолько сильны, что он не избежал необходимости выступить для оправданий себя на восьмом заседании 26 октября. Заседание открылось требованием епископов, чтобы Феодорит немедленно (άρτι) анафематствовал Нестория. Феодорит просил прочитать свои прошения императору и записки легатам. Отцы заявили в ответ, что не хотят ничего читать, и повторили требование — ясно анафематствовать Нестория и его учение. Ввиду нежелания его сделать это, не представив своих разъяснений, раздались восклицания: «Он — еретик! Он — несторианин; вон еретика!» Тогда Феодорит произнес анафему «Несторию и тому, кто не признает Св. Деву Марию Богородицей, и тому, кто разделяет единого и Единородного Сына на двух Сынов». Сановники нашли, что после этого всякое сомнение насчет его разрешилось и остается епископам лишь возвратить ему Церковь, как это рассудил уже папа Лев. Епископы признали тогда его достойным престола. По требованию отцев тут же произнесли анафему на Нестория (и Евтихия) Софроний Константийский и Иоанн Германикийский и на Евтихия — Амфилохий Сидский.
Более сложным было дело Ивы. В заседании 27 октября (9–е деяние, по латинскому тексту — 26 октября) он обратился к собору с заявлением, что обвинению от некоторых своих клириков он подвергся по интригам Евтихия и содействовавшего ему Урания (который был потом в числе его судей), но Фотий и Евстафий оправдали его и в его пользу писали им другие эдесские клирики: теперь он просил отменить решение Ефесского собора 449 г. и возвратить ему кафедру. По предложению легатов было затем прочитано тирское деяние 25 февраля 449 г. с оправданиями Ивы. Но когда после этого легаты обратились к собору с вопросом: как он думает об Иве, ответом было общее молчание (σιωπώντων πάντων των ευλαβέστατων επισκόπων). И сановники отложили решение дела до следующего дня. 28 числа (10–е деяние, по латинскому тексту — 27 октября) Ива опять выступил перед собором с просьбой отменить то, что в Ефесе было постановлено против него в его отсутствие. Отцы признали суд над отсутствующими вообще незаконным. Уже сделано было (Патрикием Тианским) предложение возвратить Иве священный сан, и восточные приветствовали его восклицанием: «Это — правый суд!» Но послышалось со стороны некоторых епископов возражение, что есть обвинители против Ивы (άντιλέγεται. είσιν oi κατηγορεΐν θέλοντες). По приказанию сановников был допущен на заседание диакон Феофил с тремя другими лицами, который попросил, в качестве улик против Ивы, прочитать принесенные им акты с разбором дела Ивы в Берите (предшествовавшем Тирскому собору примирительного характера) и затем — соответствующую часть актов собора в Ефесе 449 г. Прочитаны были беритские акты (с обвинениями против Ивы со стороны четырех его клириков и письмами его к Марию Персу). Ива попросил тогда прочитать письмо к его судьям «от всего клира» Эдесской митрополии (с отрицанием факта произнесения им слов: «Не завидую Христу…»). Но когда сановники предложили далее читать ефесские акты, этому решительно воспротивились легаты на том основании, что деяния Ефесского собора уже признаны папой не имеющими никакого значения (μάταια) (кроме лишь решения вопроса об Антиохийской кафедре: Максима признал и папа); нужно просить императора запретить законом даже прилагать имя собора к этому сборищу. Отцы, начиная с Анатолия Константинопольского, согласились с этим. Таким образом, как в деле Феодорита не сочувствовавшие ему епископы не хотели слушать его объяснений, так и теперь вмешательством легатов найдено было ненужным до конца и с полнотой расследовать дело Ивы. Началось голосование, и легаты первые заявили, что из прочитанных документов и показаний епископов они узнали о его невиновности (εγνωμεν… άνεύθυνον), а именно, в частности, по прочтении его письма убедились в его православии (έπέγνωμεν αυτόν ύπάρχειν όρθόδοξον); поэтому ему должна быть возвращена его Церковь, а о Нонне, недавно поставленном на его место, рассудит Максим Антиохийский. Анатолий тоже, ссылаясь на веру судивших его епископов и на то, что было прочитано, признал его свободным от обвинений (άνεύθυνον… τών… κατηγορημάτων), и, так как он подписал определение о вере собора и томос Льва, чуждым всякого подозрения (πασαν… άποδύομαι… ύπόνοιαν). С особой решительностью то же заявил Максим Антиохийский (άθώός έστι πάντων τών έπενεχθέντων αύτώ, και έκ του άναγνωσθέντος δέ αντιγράφου της επιστολής… ορθόδοξος ώφθη αύτου ή ύπαγορία…). Сдержаннее отнеслись к делу многие другие епископы, особенно те, которые сами участвовали в суде над Ивой в Ефесе. По Ювеналию, «божественное Писание повелевает принимать обращающихся: мы принимаем поэтому и от еретиков, посему я нахожу справедливым оказать милосердие и Иве, который притом стар, и возвратить ему, как православному, епископское достоинство» (Фалассий и Евсевий Анкирский — ссылка на тирское деяние и на анафематствование Нестория; Евномий Никомидийский — «прежде злословил Кирилла, теперь опроверг»; Иоанн Севастийский, Василий Селевкийский, Петр Гангрский и др. — «милосердие любезно Господу»). Евсевий Дорилейский заявил, что «когда столько святых отцев возвратили Иве епископство», то согласен с этим и он. На требование собора анафематствовать Нестория Ива выразил полную готовность сделать это и произнес также анафему «на всякого, кто мудрствует не так, как мудрствует этот святой собор».
