Правительство и открытая медицина
Мы видели, как благодаря таким инициативам, как раскрытие базы данных Управления по контролю за продуктами и лекарствами США (Open FDA), Medicare и других ресурсов26, 55–62, приоткрывалась завеса таинственности вокруг американского правительства. Теперь управление предоставляет открытый доступ к информации по 4 млн негативных реакций на лекарственные препараты и ошибкам, связанным с медикаментами, собранной за последние 10 лет63. После нескольких лет давления со стороны Dow Jones, компании-учредителя Wall Street Journal, Medicare раскрыла сокровищницу с медицинскими данными, начиная с 2012 г., по 880 000 врачам и провайдерам медицинских услуг. Любого американского врача, который выставлял счет Medicare за обращение к нему пациента или проведенную процедуру, можно легко найти по Интернету, а это дает потребителям дополнительную информацию при выборе врача. Например, теперь можно посмотреть, какому количеству пациентов, охватываемых Medicare, была сделана определенная операция конкретным хирургом. Это очень условный показатель качества, но это первый шаг в направлении привязки данных к другим показателям результатов лечения в будущем. Еще одна новая правительственная инициатива для исследователей, занимающихся медицинскими проблемами, – PCORnet (Patient-Centered Outcomes Research Network)64, 65, целью которой является сбор медицинских карт, физиологических данных и информации по обращениям за страховыми выплатами 30 млн граждан. Однако США идут далеко позади других стран в таких попытках сделать медицину открытой. Сеть MedCom в Дании обладает всеобъемлющим ресурсом данных по пациентам начиная с 1977 г. В Финляндии и Эстонии также давно существуют подобные информационные ресурсы в сфере здравоохранения.
Открытые данные – это ключ к массовой открытой онлайн-медицине, ориентированной на беспрецедентное повышение уровня медобслуживания. В то время как пока еще мы не наблюдаем глобального обмена данными в медицине, есть заслуживающие внимания прецеденты в научных исследованиях. Международный проект по секвенированию человеческого генома заложил важную основу для сотрудничества и открытости еще в 1990-е гг., но в последнее время он стал активно продвигаться вперед. В 2013 г. был создан Всемирный альянс геномики и здоровья (Global Alliance for Genomics and Health – GA4GH), в него вступили 70 медицинских, исследовательских и правозащитных организаций из 41 страны66–71. Его миссия заключается в создании сокровищницы данных по генетическим вариациям и медицинской информации, которая будет доступна всем ученым. Ко времени первого заседания Всемирного альянса геномики и здоровья в 2014 г. в нем уже было представлено 150 организаций, включая Google, которая присоединилась к альянсу через свое новое подразделение, занимающееся геномикой. В самом начале приоритетными направлениями были объявлены рак и редкие болезни и ставилась цель добиться лучшего понимания геномных вариаций и того, как они связаны с определенными медицинскими состояниями67. В силу своего статуса Всемирный альянс намечает новые направления как с научной точки зрения, так и с юридической. Предполагается особое согласие пациента на участие и одновременно разработка технических, этических и юридических стандартов широкого сотрудничества.
Насколько открытая наука способна ускорить поисковые исследования, можно видеть на примере болезни Альцгеймера. Ген APOε4 уже давно связывается с поздним проявлением деменции, но механизм определить не удавалось. Оценив доступные всем базы данных по экспрессии генов, масштабное генотипирование и снимки мозга пациентов, как являющихся, так и не являющихся носителями APOε4, группа исследователей из Колумбийского университета смогла пролить свет на молекулярный путь и другие ключевые гены, задействованные в этом типе деменции72, 73.
В прошлом стандартным способом поделиться данными была публикация. Это абсолютно устарело в эпоху огромных баз данных, зато делиться данными позволяет цифровая инфраструктура, которая включает защищенные облачные серверы и программное обеспечение с открытыми кодами и платформами для сотрудничества типа Galaxy (рис. 11.3)74. В то время как передающая среда для такого обмена данными подразумевает существенные расходы в самом начале, по мере роста ресурса данных наблюдается поразительная экономия. С таким потенциалом огромного информационного ресурса в будущем также, вероятно, появятся и новые возможности распределения грантов на исследования и вырастут суммы выделяемых средств.
Пока мы говорим о затратах и данных, самое время обратиться к непростой проблеме доступа к биомедицинским публикациям75–82. Национальный институт здравоохранения и другие правительственные учреждения финансировали большую долю этих исследовательских проектов. Но когда статьи публикуются в таких научных журналах, как Nature, Science, Cell, New England Journal of Medicine или JAMA, которые часто устанавливают непомерную плату за подписку и даже за чтение отдельных статей, читатели не имеют доступа к работам, издание которых поддерживают через налоги. Более того, цена имеет мало отношения к истинным затратам издателей, если учесть изрядный размер их прибыли. Например, в недавнем ежегодном отчете Elsevier, одного из крупнейших издательств, публикующих материалы по биомедицине, указывается, что маржа компании составила 37 % при чистом доходе свыше $2,5 млрд75. В 2013 г. хроническое недовольство таким положением вещей в конце концов привело к бойкоту журналов компании более чем 12 000 научных работников75. В тот же год редакторы The New York Times опубликовали статью «Мы заплатили за исследования, так давайте же их увидим» (We Paid for the Research, So Let's See It)83. В противовес доминированию этой старой модели в последние годы появился ряд журналов с открытым доступом, включая Public Library of Science (PLoS), BioMed Central, PerrJ и eLife. Имеются и публичные архивы, откуда можно скачивать статьи, например arXiv и bioRxiv.
Вскоре после объявления имен лауреатов Нобелевской премии 2013 г. лауреат премии по медицине Рэнди Шекман, профессор Калифорнийского университета в Беркли, вел колонку в The Guardian под названием «Как журналы типа Nature, Cell и Science наносят вред науке» (How Journals like Nature, Life and Science are Damaging Science)84. Он писал: «Как и многие успешные ученые, я публиковался в известных журналах [таких как Nature], включая статьи, благодаря которым был удостоен Нобелевской премии по медицине, которую должен получить завтра, что будет для меня большой честью. Но больше я в них не публикуюсь. Теперь я призываю свою лабораторию избегать глянцевых журналов и убеждаю других поступить точно так же»84, 85. Эта статья вызвала весьма противоречивые отклики в научном сообществе86. Уничижительный термин «глянцевые» был неожиданным, но осуждение Шекманом, редактором eLife, журнала с открытым доступом, похоже, отражало очевидный конфликт интересов. Мысль о том, что если кто-то удостоен Нобелевской премии, то лучше не публиковаться в глянцевых изданиях, не избежала резкой критики молодыми учеными, которые беспокоятся о том, что если не будут публиковаться в таких журналах, то это уменьшит их шансы на получение постоянной работы.
Тем не менее стремление открывать доступ становилось все интенсивнее. Два студента-медика последнего курса запустили проект «Кнопка открытого доступа» (Open Access Button) для тех случаев, когда кто-то пытается скачать статью, но наталкивается на общеизвестную стену – требование заплатить, причем оплата обычно варьирует в пределах от $30 до более $100 за статью в формате PDF87. Когда люди сталкиваются с этой проблемой, а это происходит даже слишком часто, кнопка инициирует обходной план: либо находится версия, где-то размещенная автором бесплатно, либо автору отправляется письмо по электронной почте с просьбой прислать файл PDF со статьей88, 89. Другие возможности для обмена статьями с коллегами включают ResearchGate, социальную сеть для обмена статьями и поиска соратников среди ученых, и academia.edu, где свыше 9 млн исследователей обмениваются статьями, несмотря на уведомления от Elsevier с требованиям убрать статьи из открытого доступа. Количество журналов с открытым доступом продолжает расти90. Ежегодное количество статей с открытым доступом выросло с 20 702 статей в 2000 г. до 340 130 в 2011 г.79
Директория журналов с открытым доступом теперь включает свыше 8000 названий (http://www.doaj.org). Статьи на сайте кодируют двумя цветами – зеленым и золотым. Зеленый означает, что статья опубликована в хранилище с открытым доступом, например на университетском ресурсе или центральном ресурсе типа PubMed Central. Золотой цвет указывает на публикацию в журнале с открытым доступом. Движение определенно набирает силу, несмотря на значительные расходы правительства, университетов и авторов, с которых взимается плата за публикацию в определенных журналах с открытым доступом. Энн Уолперт из MIT написала в обзоре в New England Journal of Medicine о неизбежности всеобщего открытого доступа: «Несомненно, общественный интерес к осуществляющим финансирование организациям, университетам, библиотекам и авторам, а также сила и доступность Интернета создали необходимую расстановку сил для продвижения открытого доступа. Это будет нелегко, это будет недешево, но это всего лишь вопрос времени»91.
