В 2 часа 28 июня из Риги в Моонзунд вышла 1-я бригада подводных лодок и несколько транспортов в обеспечении двух тральщиков и двух торпедных катеров. Транспорты уходили из Риги недогруженными.
В Усть-Двинске оставались несколько малых кораблей и два транспорта под командованием командира Охраны рейдов. Личный состав Охраны рейдов должен был взорвать портовые объекты и затопить на фарватере в устье Западной Двины оба транспорта. К утру 28 июня транспорты были затоплены, но они полностью не загородили, а только стеснили вход в устье реки. Из-за поспешного отхода не было произведено минирование реки.
Противник не смог помешать выходу наших кораблей и транспортов из района Моонзундских островов. Прикрытие кораблей и отражение налетов вражеской авиации осуществляла перебазированная 27 июня на остров Сарема 12-я авиаэскадрилья.
Однако организация перехода кораблей и транспортов из Рижского залива в Моонзунд имела ряд существенных недостатков. Командир Прибалтийской ВМБ, не имея связи со штабом 8-й армии, не знал обстановки и хода боевых действий на фронте. Неправильно оценив обстановку, он форсировал отправку транспортов из Риги, вследствие чего часть ценных грузов базы была взорвана, а часть оказалась просто оставленной и досталась противнику.
Ввиду отсутствия централизованного руководства эвакуацией переход кораблей был организован плохо. Особенно плохо было организовано охранение на переходе. Отряд легких сил имел в охранении четыре торпедных катера, а бригада подводных лодок — два тральщика и два торпедных катера. Не была организована служба оповещения. Так, например в 2.15 29 июня дозорный эсминец «Сердитый» обнаружил на подходе к южному входу в пролив Муху-Вяйн подводную лодку. Не зная о движении наших подводных лодок, командир дозорного корабля запросил об этом по радио (УКВ) командира ОЛСа, находившегося на крейсере «Киров». Но адмирал сам не знал обстановки и ничего не мог ответить на запрос командира эсминца. Поэтому с «Сердитого» был открыт огонь по подводной лодке. После двух выстрелов подводная лодка дала свои опознавательные — это была С-9. Огонь немедленно был прекращен, и лодка без повреждений пришла на рейд Куйвасту.
Отход из Вентспилса начался также 27 июня. Транспорты были загружены боеприпасами и снаряжением и выведены в Кихельконну и Курессааре. Последним с южного берега Ирбенского пролива переправился на остров Сарема личный состав береговых батарей, взорвав орудия и маяк Михайловский. Таким образом, уже к 29 июня корабли КБФ оставили Прибалтийскую ВМБ (Ригу и Либаву) и сосредоточились в Моонзунде.
С 28 июня немецкая авиация усилила воздушную разведку района Рижского залива и Моонзунда. Обнаружив сосредоточение кораблей на рейде Куйвасту и транспортов в порту Пярну, противник начал наносить по ним систематические удары авиацией и ставить в Моонзунде мины. У северного выхода из пролива Муху-Вяйн была обнаружена немецкая подводная лодка. Не сумев помешать переходу наших кораблей из Риги в архипелаг, противник стремился уничтожить их в самом Моонзунде. Корабли ОЛС и 1-й БПЛ стояли на рейде Куйвасту в ожидании проводки через пролив до 30 июня.
Однако глубина его была меньше осадки крейсера, кроме того, еще в 1917 г. на фарватере были затоплены линкор «Слава» и старые транспорты, чтобы преградить путь кайзеровскому флоту. Глубина пролива Муху-Вяйн — 6 м, а осадка Кирова — 6,91. Для углубления фарватера из Палдиски прибыл землечерпательный отряд Трос суток непрерывно работали земснаряды, баржи и буксиры, углубляя канал до 7 м. В это же время моряки разгружали корабль, чтобы уменьшить осадку. На баржи выгрузили часть боезапаса, топлива, воды и другие грузы — всего 300 т, уменьшив осадку до 6,5 м
30 июня БТЩ «Фугас» протралил северную часть канала пролива Муху-Вяйн, а утром 1 июля начал траление в проливе Хари-Курк, сюда же пришли из Таллина БТЩ «Шпиль», «Кнехт»,БТЩ-216.
30 июня в 23.03 «Киров» (капитан 2-го ранга M.Г. Сухоруков) снялся с якоря и, ведомый двумя буксирами, с носа и с кормы, двинулся по фарватеру. В 13.40 1 июля крейсер подошел к поворотному бую, завершив проход через углубленный канал пролива Муху-Вяйн. В голову вступили БТЩ, шедшие в строю уступа. Крейсер отдал буксиры и пошел 14-уз. ходом (скорость отряда ограничивалась скоростью тральщиков, идущих с тралами).
Сопровождавшие крейсер эсминцы «Грозящий», «Стойкий», «Сметливый» держались в охранении впереди и по сторонам крейсера. За «Кировым» в кильватерной колонне шли плавбазы «Смольный», «Иртыш» и подводные лодки М-81, С-8, «Калев», «Лембит», М-77, М-79. Ни один из кораблей, не исключая и тральщиков, не был размагничен. В 16.36 шедшая в кильватер плавбазе «Иртыш» подводная лодка М-81 подорвалась на магнитной мине и спустя две минуты затонула. Так корабли КБФ впервые столкнулись с магнитными минами.
Оставление Либавы, Вентспилса, Риги и Усть-Двинска вынудили наши части 29 июня уйти с южного берега Ирбенского пролива и взорвать при этом недавно установленные береговые батареи, ирбенская минно-артиллерийская позиция потеряла свое значение.
В тот же день, 29 июня, народный комиссар ВМФ приказал Военному совету флота острова Сарема и Хиума оборонять независимо от обстановки на сухопутном фронте. Он предлагал сосредоточить в районе архипелага четыре эскадренных миноносца, дивизион малых подводных лодок, два тральщика, отряд торпедных катеров и сторожевые катера ОВР, объединить эти силы под общим командованием и возложить на них оборону входа в Рижский залив. Действия кораблей по обороне должны были поддерживать авиация и береговая артиллерия. Этим приказанием нарком ставил КБФ задачу оборонять вход в Рижский залив и в случае отхода наших войск из Риги. Для успешного выполнения этой задачи необходимо было организовать военно-морскую базу в Моонзундском архипелаге.
После ухода ОЛС в Моонзунде были оставлены эсминцы «Сердитый», «Смелый» и «Энгельс». В период борьбы за Рижский залив количество эсминцев и сторожевых кораблей менялось.
2 июля в Моонзунде была организована Прибалтийская военно-морская база, командир контр-адмирал П.А. Трайнин. В нее вошли: Береговая оборона Балтийского района (БОБР), отряд торпедных катеров, вновь организованная Охрана водного района Моонзунда (ОВР) и военный порт Рохукюля. Командиру базы была также подчинена авиация, базировавшаяся на островах, и оперативно подчинена эскадрилья бомбардировщиков 73-го полка, находившаяся в Пярну. Корабли отряда легких сил, участвовавшие в обороне островов и Рижского залива, были оперативно подчинены командиру базы; подводные лодки — командиру бригады подводных лодок, который должен был копии приказаний лодкам сообщать командиру Прибалтийской базы.
Таким образом, единый командир обороны всего намеченного района, вопреки указаниям наркома, так и не был определен. Это явилось одним из основных недостатков в обороне Рижского залива.
В состав ОВРа Моонзунда входили четыре малых охотника за подводными лодками, дивизион катеров-тральщиков типа «Р» (шесть катеров), отряд сторожевых катеров типа КМ (шесть катеров), ТЩ-297 («Вирсайтис»), два буксира, транспорт «Космос», и Охраны рейдов Рохукюля, Триги, Кярда и Куйвасту.
Условия базирования в Моонзунде оказались значительно хуже, чем в Усть-Двинске: не было складов, запаса топлива, мастерских даже для элементарного ремонта кораблей и катеров, рейды не были защищены ни с моря, ни с воздуха.
4 июля начальник штаба флота приказал командиру Прибалтийской ВМБ в случае отхода 8-й армии на восток перенести базу на остров Сарема. В тот же день из Пярну на восточные аэродромы перелетел 73-й авиационный полк.
Около 4 часов 5 июля контр-адмирал П.Л. Трайнин получил от командующего флотом приказание немедленно приступить к вывозу на Сарема и Хиума всего имущества, которое может быть использовано для усиления обороны островов. Все остальное, что не удастся вывезти, предписывалось уничтожить в последний момент, сообразуясь с обстановкой. Командир Прибалтийской базы, не имея связи с армейским командованием и не уточнив обстановки, решил отойти на острова. К 9 июля из Рохукюля было вывезено все имущество и снаряжение, а 30 т бензина и четыре вагона мин при отходе были уничтожены.
Был оставлен и полуостров Виртсу, имевший важное значение для обороны Моонзундских островов. На Виртсу проходила железная дорога, по которой шло снабжение Моонзундских островов и кораблей. Между Виртсу и островом Муху расположен рейд Куйвасту и проходит фарватер пролива Вире-Курк, связывающий Моонзунд с Рижским заливом Командующий Прибалтийской ВМБ ПА Трайнин со своим штабом перешел на эсминец «Грозящий».
8 июля ценное имущество с Виртсу было эвакуировано на Муху, а железнодорожные линии и подвижной состав были уничтожены. В тот же день основные силы 217-й пехотной дивизии противника, захватив Пярну, продолжали наступление вдоль железной дороги Пярну — Таллин. Отдельные отряды моторизованной пехоты противника вели наступление вдоль побережья в направлении Виртсу и Хапсалу. 10 июля немцам удалось прорваться в район Виртсу и обстрелять остров Муху и наши катера и буксиры, стоявшие на рейде.
