Теперь все усилия командования были направлены на то, чтобы с минимальными потерями отвести войска на Северную сторону. Несмотря на построенный мост через бухту, сделать это можно было только с участием пароходов. 24 августа вице-адмирал Новосильский, которому после смерти Нахимова подчинялся Бутаков, прислал ему письменное приказание: «Предлагаю вашему высокоблагородию принять в своё командование все пароходы и суда, стоящие на рейде. Все баркасы, бывшие в гребном отряде, распределите по пароходам. Высылка катера под парламентским флагом проводиться будет по Вашему распоряжению». «Владимир» непрерывно курсировал между берегами бухты, перевёз за сутки не только грузы, но и почти три тысячи человек. Во всей этой суматохе Григорий Иванович не забыл организовать перевозку Севастопольской библиотеки, книг и уцелевшего имущества В некоторых источниках говорится, что Бутакову 27 августа 1855 года поручили проверить, чтобы никто не остался на Южной стороне после оставления Севастополя.
Как физически он мог выполнить подобное приказание, если оно действительно поступило, непонятно. Для этого потребовались бы не одни сутки. Встаёт вопрос о раненых, оставались ли они в городе или нет. И вот здесь сплошная неясность. Одни пишут, что к 9 часам утра 28 августа 1855 года на Городской и Корабельной стороне раненых не осталось. Потом выясняется, что в каменном редуте 2-го бастиона остались 50 безнадёжно раненых и умирающих солдат, которых похоронили, подорвав бастион. Генерал Эдуард Иванович Тотлебен в своих трудах говорит уже о 500 безнадёжно раненых и умирающих, которых оставили с медиком, вручив ему письмо русского главнокомандующего Горчакова французскому главнокомандующему. Кто этот медик, да и был ли он на самом деле, мне выяснить не удалось. Генерал Дмитрий Ерофеевич Остан-Сакен, командовавший севастопольскими войсками, ссылаясь на князя Васильчикова, писал, что последняя лодка с ранеными отчалила в 9 утра 28 августа. Участник тех трагических событий поручик Лев Владимирович Вышеславцев сообщал в своих записках, что несколько сот безнадёжно раненых и умирающих свезли на Екатерининскую (Графскую) пристань. Но нигде нет сведений, о том, что их перевезли на Северную сторону. Ни единым словом не обмолвился о раненых в своих записках и Григорий Иванович Бутаков. Около пяти часов утра «Владимир» всё ещё вёл бой с французской батареей. По некоторым сведениям, раненых переправляли на Северную сторону на пароходах «Дунай» или «Турок», и командовал их перевозкой капитан 2-го ранга Платон Васильевич Воеводский. В английских источниках говорится, что вошедшие в город войска союзников обнаружили на восточной стороне доков ряд больших каменных зданий, бывших складов, или, как тогда называли, магазинов, переоборудованных (правда, это громко сказано) в госпиталь. Следует напомнить, что союзники вошли в город не сразу после того, как защитники перебрались на Северную сторону, а спустя трое суток.
Они застали в госпитале леденящую кровь картину. В длинном помещении с арками лежали на нарах около шестисот человек раненых и убитых. Среди них находились несколько пленных англичан, которыми сразу занялись английские хирурги. Все люди были в ужасающем состоянии. Некоторые пытались куда-то ползти, и смерть застала их на полу. Другие умерли на нарах и лежали рядом с живыми. Трое суток они не имели ни воды, ни пищи, ни медицинского ухода. Вряд ли англичане бросились помогать русским раненым, я, во всяком случае, упоминания об этом не обнаружил.
На следующий день, как писал английский корреспондент, во второй половине дня появился под парламентским флагом «Владимир». Прибывший на нём Бутаков сказал, что он хотел бы забрать раненых. Как выяснилось, командир «Владимира» был известной личностью среди союзников. Капитан Кеппель, с которым он вёл переговоры, высказал пожелание в будущем встретиться с русским офицером в более благоприятных обстоятельствах. Искренно он говорил или нет, но его слова оказались пророческими. Много лет спустя они встретились в Лондоне, и встреча была дружеской. Английский офицер охотно передал ему оставшихся в живых русских раненых. Матросы из команды «Владимира» перенесли страдальцев на палубу парохода, и «Владимир», выбрасывая клубы дыма, отчалил от пристани. В ночь на 28 августа затопили линейные корабли «Париж», «Храбрый», «Константин», «Мария», «Иегудиил» и фрегат «Кулевчи». Пароходы Бутакову приказали затопить в ночь на 31 августа. Но, видимо, завершена была эта работа днём. Потому что англичане рассказывали, как они перепугались, когда на следующий день у Южной стороны вновь появился «Владимир», и они опасались, что последует залп шрапнелью, а им негде было укрыться. Но пароход через некоторое время стал погружаться на дно. Бутаков выполнил приказ и затопил судно. Черноморский флот прекратил существование Григорий Иванович перешёл служить на берег. Его назначили исполняющим должность «начальника рейдового отдела оборонительных линий северных укреплений Севастополя».
Название должности звучало длинно и пышно, но, какие у него конкретные обязанности, Бутаков так уяснить и не успел. После перехода войск на Северную сторону стали разбираться с наличием людей. Выявилось множество случаев побегов и неявки в экипажи. Многие пропали без вести. Конечно, первым делом Бутаков стал наводить справки о своих братьях, отправленных в госпитали. Как выяснилось, один из них, Дмитрий, умер от ран в Симферополе, другой, Владимир, остался жив, с обожжённым лицом и получив две контузии головы. Пока Григорий Иванович разбирался с людьми и своими новыми обязанностями, в штаб Севастопольского гарнизона фельдъегерь привёз указание из Петербурга: Бутакову немедленно отправиться в Николаев, где заняться усилением его обороны. Закончилась севастопольская эпопея, и начинался новый этап его службы и жизни. Сам Григорий Иванович скромно оценивал свой вклад в оборону города, не без основания считая, что воевать на бастионах было и опаснее, и труднее. Когда он первый раз пришёл с рапортом, в котором просил разрешить ему перейти воевать на сушу, Нахимов ответил категорическим отказом.
Историки обычно приводят якобы произнесённую тогда адмиралом фразу: «Вас нужно сохранить для будущего флота». При всём уважении к личности Григория Ивановича возникает вопрос: выходит, что сражаться и умирать на бастионах должны были те, кого сохранять для флота не требовалось? Григорий Иванович Бутаков закончил войну просто осыпанный царскими милостями и наградами: орден Святой Анны 2-й степени с императорской короной и мечами, золотая сабля с надписью «За храбрость», орден Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом, серебряная медаль за оборону Севастополя, звание флигель-адъютанта. Его младшие братья, бившиеся на бастионах, имели более скромные награды, но они и не были постоянно на виду у начальства. После Севастопольского ада Николаев казался тихим и спокойным, хотя город наполняли многочисленные войска и раненые. Дома родные испытали и горе, и радость. Они уже знали о смерти Дмитрия, им сообщили из госпиталя, стало известно и о новом назначении Григория. Отец и мать с нетерпением ждали приезда Григория, который должен был привезти известия о находившемся на излечении Владимире. Тот оставался в Севастополе. Григория Ивановича в Николаеве встретили как героя. Меншикова к тому времени уволили с должности начальника главного морского штаба. Корнилов, Истомин, Нахимов погибли. На должность заведующего морской частью в Николаеве и военным губернатором города назначили Николая Фёдоровича Метлина, присвоив ему звание вице-адмирала. После смерти Корнилова он стал начальником штаба Черноморского флота, оставаясь всю войну в Николаеве. Метлину также подчинили Дунайскую флотилию и интендантскую часть на правах главного командира Черноморского флота. Григория Ивановича назначили к нему заместителем, начальником штаба.
Конечно, получив замом севастопольца, награждённого золотым оружием, орденами Св. Анны с мечами, Св. Владимира 4-й степени с бантом, Св. Георгия 4-й степени, пожалованного царём во флигель-адъютанты, Метлин почувствовал себя неуютно. Понимал, что рано или поздно Бутаков его сменит, а потому вёл себя с ним крайне осторожно. Но почему прислали именно Бутакова? Разве мало было не менее способных и опытных офицеров и адмиралов, прославившихся в Крымскую войну? На мой взгляд, ответ простой. После прихода на престол Александра II руководство флотом перешло к его брату генерал-адмиралу Константину, которому в ту пору было двадцать восемь лет. Великий князь был полон честолюбивых планов по преобразованию флота и собирался опираться на тех людей, каких знал лично, и прежде всего молодых. Генерал-адмирал вспомнил молчаливого сдержанного офицера, с которым он проходил практику вахтенного начальника во время плавания на Чёрном море. Возможно, и раньше держал его в поле зрения. Один из ближайших помощников великого князя Константина, Александр Васильевич Головнин, поздравляя Бутакова с назначением, писал ему: «Почтеннейший Григорий Иванович! Вот, что называется, “сон в руку”. Всё, что я предсказывал Вам, сбылось, и я от всего сердца поздравляю Вас Ваше назначение служит pendant назначению Барятинского на Кавказ, и в обоих случаях имеются, кажется, все условия для блестящих и полезных результатов».
