20 августа под натиском противника части 50-го СК начали планомерный отход, одновременно свертывались и эвакуировались подразделения береговой обороны. К 24 августа были эвакуированы части 32 ОАД и гарнизоны островов, расположенных в западной части Выборгского залива — Пуккионсари, Патио, Лайтсалми.
Береговые батареи, расположенные на островах Выборгского залива, корабли шхерного отряда и посланные им на помощь из Кронштадта эсминцы «Сильный» и «Стойкий» своим огнем прикрывали отход войск и отражали десанты противника. С 13 по 24 августа «Кама» обстреливала финские батареи на острове Мустамаа. Эсминцы «Сильный» и «Стойкий» 26 августа выполнили четыре стрельбы по полуострову Лиханиеми, израсходовав 658 снарядов, 27 августа они выполнили две стрельбы, выпустив по позициям противника 309 снарядов, при этом эсминцы были обстреляны с берега. 27 августа они обнаружили в районе Транзунда два транспорта противника, которые направлялись с десантом к Выборгу. Эсминцы обстреляли транспорты, выпустив 72 снаряда, но не смогли их остановить.
На Карельском перешейке наши войска, оказывая упорное сопротивление врагу, отходили на новые рубежи. 29 августа финские войска заняли Выборг, 31-го — Териоки. 1 сентября Военный совет Ленинградского фронта принял решение отвести войска 23-й армии на рубеж старой государственной границы 1939 г.
31 августа три дивизии 50-го СК пробились из района Выборга к Койвисто (Приморск). Командование фронтом приняло решение об их эвакуации. Для выполнения операции был сформирован специальный отряд кораблей и транспортов под командованием контр-адмирала Ю.А. Пантелеева. Эвакуацию прикрывал сводный морской полк. Всего за два дня 1 и 2 сентября в Ленинград было переброшено более 27 тысяч человек, 188 орудий, 950 автомашин, 2000 лошадей.
После эвакуации наших войск с северного побережья части Выборгского укрепленного сектора продолжали удерживать острова Бьёркскою архипелага: Бьерке, Тиуринсари, Пийсари. Их выгодное положение позволяло контролировать морские коммуникации и прибрежные фарватеры. Гарнизон островов был хорошо вооружен. Береговая артиллерия вела систематическую перестрелку с батареями противника на побережье и держала под огнем морской путь к Выборгу, не давая противнику возможности использовать его для перевозок. 16 — 21 сентября финны пытались высадить десанты, но все попытки были успешно отбиты.
В связи с приближением войск противника к Ленинграду разрабатывались планы использования кораблей в обороне города, что требовало больших подготовительных работ.
31 июля приказом НК ВМФ было начато формирование Управления начальника артиллерии Морской обороны Ленинграда и Озерного района. Командиром был назначен опытный артиллерист контр-адмирал И.И. Грен. В задачу Управления входили координация действий артиллерии флота и ее взаимодействия с частями Ленинградского фронта, организация контрбатарейной борьбы, выбор огневых позиций для кораблей и железнодорожной артиллерии, а также строительство новых батарей.
Управлением было выбрано и оборудовано до 30 открытых и закрытых якорных огневых позиций в Ленинградском порту, в Морском канале и Кронштадте и 10 для эсминцев и канонерских лодок в средней части Невы. На многоэтажных зданиях, подъемных кранах и других сооружениях были оборудованы наблюдательные посты, были сформированы подвижные корректировочные посты, оснащенные радиостанциями.
Были выполнены дноуглубительные работы с целью создания судоходного канала на Неве для кораблей, особенно в районе порогов. До выхода фашистов к Неве были закончены работы на Ивановских порогах и на других участках. Это позволило в дальнейшем подготовить огневые позиции для эсминцев и канонерских лодок в районе Ивановских порогов.
В середине августа корабли начали занимать позиции в Ленинградском морском порту. 14 августа на огневую позицию к Угольной стенке Ленинградского торгового порта был отбуксирован крейсер «Петропавловск» (капитан 1-го ранга Л.Г. Ванифатьев). В 1940 г. в Германии был куплен недостроенный тяжелый крейсер «Лютцов». В мае того же года он был прибуксирован в Ленинград и поставлен к стенке Балтийского завода для достройки. Вскоре корабль получил новое имя — «Петропавловск». 17 июля было принято решение использовать недостроенный тяжелый крейсер «Петропавловск» (готовность 70%) в качестве плавучей батареи. К этому времени на нем были смонтированы две башни главного калибра — четыре 203-мм орудия. 15 августа на нем подняли военно-морской флаг.
20 августа на позицию в Морском порту встал эсминец «Опытный» (капитан 2-го ранга Д.П. Шаников), 22-го позицию в ковше Морского канала занял линкор «Марат» (капитан 2-го ранга П.К. Иванов). 24 августа в Ленинград из Кронштадта перебазировался крейсер «Максим Горький» (капитан 1-го ранга Л.П. Петров). Пройдя по морскому каналу без буксиров, он ошвартовался у Хлебного мола Ленинградского торгового порта. Зенитная артиллерия кораблей была включена в систему противовоздушной обороны Ленинграда.
На позиции в районе Усть-Ижоры на Неве 20 августа были приведены эсминцы «Стройный» (капитан-лейтенант Л.Н. Гордеев) и «Строгий» (капитан 2-го ранга Ф.Ф. Тыршклевич)
В систему обороны города были включены батареи Кронштадта, железнодорожные батареи, а также артиллерийские системы Научно-испытательного морского артиллерийского полигона (НИМАПа). Перед войной на полигоне проходили испытания новые орудия, созданные для вооружения строящихся кораблей 406-, 356-, 305-, 180-, 152- и 130-мм калибров.
Роль Кронштадта в битве за Ленинград возрастала по мере приближения сухопутного фронта к Ленинграду. В конце августа флот вынужден был оставить главную базу — Таллин. Около 140 кораблей и судов прорвались в Кронштадт. Далее отступать было некуда. Битва за Ленинград была одновременно и битвой за само существование Краснознаменного Балтийского флота. В связи с гибелью большого числа эскадренных миноносцев в тот же день приказом наркома ВМФ ОЛС КБФ был расформирован, а его корабли переданы в состав эскадры, командующим которой был назначен вице-адмирал В.П. Дрозд. Он держал свой флаг на крейсере «Киров», который до конца войны был флагманским кораблем эскадры КБФ.
29 августа штаб флота перебазировался из Таллина в Кронштадт. 30 августа Кронштадтская военно-морская база становится Главной базой флота.
Все прибывшие из Таллина корабли, кроме лидера «Минск», который встал в док, были включены в систему артиллерийской обороны Ленинграда. К началу боевых действий на ближних подступах к Ленинграду (30 августа 1941 г.) для поддержки войск фронта была подготовлена корабельная артиллерия линкоров «Октябрьская Революция» и «Марат», крейсеров «Киров», «Максим Горький» и «Петропавловск», лидера «Ленинград», эсминцев «Сильный», «Славный», «Гордый», «Стройный», «Свирепый», «Строгий», «Сметливый», «Грозящий» и «Опытный», канонерских лодок «Красное знамя», «Москва», «Волга», «Зея», «Кама», «Сестрорецк», «Селенга» и «Амгунь», сторожевого корабля «Вирсайтис», стационарные береговые батареи Ижорского и Кронштадтского секторов береговой обороны, артиллерия НИМЛПа, морские батареи, установленные на Пулковских высотах, железнодорожные батареи — всего 293 орудия калибром 100 — 406 мм, из них 86 орудий тяжелого калибра 180 — 406 мм В период с августа по декабрь 1941 г. дополнительно было введено в строй 27 железнодорожных и 28 стационарных батарей (129 орудий калибра 100 — 180 мм), а также 25 батарей 37 — 76 мм (80 орудий).
28 августа первые выстрелы главным калибром произвел линкор «Октябрьская Революция» (контр-адмирал М.З. Москаленко), шрапнелью был сбит аэростат-корректировщик над районом Кипень — Красное Село.
Сверхмощное 406-мм орудие морского артиллерийского полигона 29 августа произвело первые выстрелы по танкам и пехоте в районе совхоза «Красный бор». 30 августа корабли отряда реки Невы — эсминцы «Строгий» и «Стройный», а также орудия полигона обстреляли войска противника в районе Поповка — Ям-Ижора — Черная Речка (6 и 15 км южнее Колпина) совхоз «Красный бор», Поповка, оказывая поддержку войскам, действовавшим на левом берегу Невы у Ивановских порогов.
Так было положено начало участию морской артиллерии в обороне Ленинграда. В этот день корабли и батареи полигона 28 раз открывали огонь по просьбе армейского командования.
С 31 августа, после занятия противником Ивановских порогов, огневая поддержка сухопутных войск кораблями, стоящими в районе Усгь-Ижора, осуществлялась систематически. Приказом Военного совета КБФ 1 сентября был сформирован отряд кораблей р. Нева в составе эсминцев «Строгий», «Стройный», канонерских лодок «Зея», «Сестрорецк» (позднее присоединились «Ока» и «Красное знамя»), сторожевых кораблей «Вирсайтис», «Разведчик», «Ост», четырех тральщиков, отряда катеров, плавбазы и плавучей зенитной батареи.
