С 10 июня Д.Н. Сенявин приказал начать правильную осаду Новой Рагузы. Дм обстрела крепости на окружающие ее высоты были установлены четыре корабельные пушки, 500 матросов тащили их десять верст по скалистой местности.
С 13 июня корабли «Св. Петр», «Св. Елена», «Св. Параскева», «Селафаил», фрегат «Венус» лавировали в море у Рагузы. 14 июня пришел фрегат «Автроил», а корабль «Св. Елена» с больными и ранеными ушел в Корфу.
20 июня к Рагузе пришел «Св. Петр», доставивший из Корфу муку и патроны. После разгрузки корабль пошел в крейсерство к берегам Далмации.
Фрегаты «Венус», «Автроил» и шебека «Азард» 18 июня были направлены к острову Курцола, куда пришли 20-го. У мыса Гомена на Далматинском берегу они обнаружили стоявшие на якоре 11 французских шебек и канонерских лодок. Французы, обрубив якорные канаты, стали уходить, ввиду маловетрия русские суда не могли их догнать. 22 июня задул ветер, и «Венус» с «Автроилом», нагнав французов в устье реки Нарента (Неретва), взяли в плен две шебеки и две лодки потопили, остальным судам противника удалось уйти. Д.Н. Сенявин захваченную шебеку назвал «Забияка», полушебеку — «Ужасная». Уже на следующий день шебека «Забияка» (лейтенант М.Л. Насекин), высадив десант в бухте Св. Георгия у острова Лезино, уничтожила французскую береговую батарею и захватила два орудия. Затем этот отряд перешел к Курцола, а 3 июля прибыл в Кастельново.
Между тем осада Новой Рагузы затянулась: генерал Ж. Лорстон со дня на день ожидал от Наполеона значительной помощи и упорно держался в крепости. Бокезцы, узнав, что русский посол в Вене ведет переговоры о сдаче Бокка-ди-Каттаро австрийцам, а через них французам (посол исполнял повеление государя), сильно упали духом и не могли сражаться с прежним воодушевлением. Поэтому Д.Н. Сенявину пришлось вести осаду, рассчитывая только на свои силы. Он два раза предлагал Ж. Лористону сдаться и оба раза получал отказ.
24 июня в тылу русского десантного отряда численностью 2300 человек, осаждавшего крепость Новая Рагуза, появился французский корпус под командованием генерала Молитора (3000 человек), подошедший по турецким владениям. Считаясь с неравенством сил (9 тысяч неприятеля и 3 тысячи русских, бокезцев и черногорцев), упадком духа у наших союзников и бесполезностью при таких условиях самой осады, Д.Н. Сенявин приказал в этот же день снять осаду и отойти к Котор. Путь к Старой Рагузе был отрезан, и лишь небольшой части войск удалось туда отойти.
Местом посадки войск он определил мыс Санто-Кроче между морем и портом 24 июня фрегат «Михаил» открыл огонь по французским войскам, подходившим к Санто-Кроче, к нему присоединились канонерские лодки и вооруженные барказы с линейных кораблей «Уриил» и «Ярослав». К берегу посланы все шлюпки для снятия войск.
25 июня к Санто-Кроче пришли корабли «Селафаил», «Св. Параскева», «Москва» и «Св. Михаил» для снятия войск. В тот же день Д.Н. Сенявин на «Селафаиле» ушел в Котор, приказав: грузить на «Св. Параскеву» и «Ярослав» егерей, на «Москву» — морских солдат, на «Св. Михаил» — Витебский полк. Погрузка войск производилась организованно, быстро и обошлась без потерь. Ввиду невозможности увезти с собой все орудия, находившиеся на осадных батареях, они были перед уходом приведены в негодность.
Приняв войска, корабли под командованием А.А. Сорокина ушли в Бокка-ди-Каттаро. У Рагузы в крейсерстве остался «Уриил».
Блокада побережья Далмации и Рагузинской республики продолжалась в течение всего июля. По приказанию Д.Н. Сенявина отряд в составе корабля «Ярослав», фрегата «Венус» и шебеки «Забияка» 5 июля приступил к несению тесной блокады района Новой Рагузы с целью прекращения подвоза морем продовольствия из Далмации для сосредоточенного здесь 20-тысячного корпуса французов.
Суда 9 июля пришли в Нарентский залив и заняли пост, периодически они вели перестрелки с французскими войсками.
В это время — 8 июля — уполномоченный русского царя П. Убри подписал в Париже мирный договор между Россией и Францией. Ввиду того, что этот договор так и не был ратифицирован Александром I, военные действия были возобновлены в сентябре того же года.
Однако Д.Н. Сенявин не признал мира, заключенного между Россией и Францией, и не оставил Бокка-ди-Каттаро, как того требовали условия договора. Он не сдал своих позиций, несмотря на требования П. Убри, русского посла в Вене графа Разумовского, адмирала П.В. Чичагова, австрийцев, вице-короля Неаполитанского Е. Богарне, французского генерала Ж. Лорисгона.
Австрийцы направили из Триеста на судах войска для занятия Бокка-ди-Каттаро. Д.Н. Сенявин послал к Рагузе 25 июля отряд Г.Г. Белли — корабли «Азия», «Москва», корветы «Дерзкий» и «Днепр», приказав ему не допустить высадку австрийцев на берег. Г.Г. Белли отогнал австрийские суда от Рагузы.
1 августа у острова Курцола состоялся обмен пленными: находившиеся на «Урииле» французы были доставлены на берег, а с берега на корабль — русские. 4 августа «Уриил» снялся с якоря и направился к юго-востоку — в Кастелыюво. Ввиду перемирия с французами, корабль «Св. Петр», сняв гарнизон Курцола, доставил его 5 августа в Котор.
26 августа Д.Н. Сенявин получил от морского министра П.В. Чичагова через фельдъегеря срочное письмо о том, что государь не утвердил мирного договора, заключенного в Париже 8 июля, и что если Сенявин, во исполнение этого договора, уже сдал Бокка-ди-Каттаро, то должен снова занять его силой, потому что «воля Его Императорского Величества есть на всемерное продолжение воинских действий».
После двухмесячных переговоров России с Францией, во время которых русский флот удерживал занятые позиции, главнокомандующий вице-адмирал Д.Н. Сенявин по приказанию Александра I объявил о возобновлении военных действий против французов. 31 августа контр-адмирал А.А. Сорокин с четырьмя линейными кораблями и фрегатом «Венус» вышел для блокады крепости Новая Рагуза.
2 сентября война с Францией возобновилась, теперь уже в союзе с Пруссией. 7 сентября к побережью Рагузинской республики подошли корабль «Св. Петр» и фрегат «Венус», направленные Д.Н. Сенявиным для разведки французских батарей. Они сбили 10-пушечную батарею, построенную французами во время двухмесячного перемирия на мысе Остро при входе в Которскую бухту. До 13 сентября корабли беспокоили огнем неприятельские войска, неоднократно пытавшиеся восстановить батарею.
9 сентября линейный корабль «Азия», блокировавший крепость Новая Рагуза, захватил в Рагузинском заливе две требаки, пытавшиеся прорваться в крепость с грузом вооружения и продовольствия.
12 сентября три вооруженные десантными пушками шлюпки с фрегата «Венус» обстреляли три французских судна с провиантом, шедших к мысу Остро, и вынудили их укрыться в бухте Молонто под защиту береговой батареи.
Русские войска при энергичной поддержке артиллерии своих кораблей произвели 13 сентября нападение на французские укрепления у мыса Остро при входе в Которский залив. Французы вынуждены были отступить, оставив свои укрепления, на которых русскими было захвачено 38 орудий, и отойти за бухту Молонто, очистив побережье на протяжении 12 с лишним километров. В бухте Молонто было захвачено 10 французских транспортов с провиантом и взята 5-орудийная батарея.
15 сентября французская флотилия из 10 канонерских лодок и 1 брига, выслав вперед требаку под белым флагом с 180 ранеными, пыталась прорваться из гавани Новой Рагузы в гавань Старой Рагузы. Блокировавший крепость и бухту фрегат «Венус» по сигналу капитан-командора Г.Г. Белли вступил под паруса и заставил французскую флотилию вернуться в гавань Старой Рагузы. Требака была взята в плен, но потом отпущена.
На следующий день французская флотилия (10 канонерских лодок и бриг) вновь пыталась прорваться в гавань Новой Рагузы, но была загнана фрегатом «Венус» обратно. Только одна лодка, пройдя мористее, сумела прорваться. В перестрелке участвовали также корабль «Азия» и бриг «Бонасорте». «Венус» при перестрелке с укреплениями Старой Рагузы получил повреждения в рангоуте и две пробоины, одну из них подводную.
В сентябре французские войска (20 тысяч) подошли к границам области Бокка-ди-Каттаро и пытались захватить крепость Кастельново.
На море эскадра Д.Н. Сенявина полностью контролировала положение. Но на суше французы имели численное превосходство. И ждать пополнения было неоткуда. Турция, подстрекаемая Францией, неохотно пропускала русские суда через проливы. Путь вокруг Европы был долгим, а во время военных действий и слишком опасным.
Под давлением 20-тысячного французского корпуса генерала О.Ф. Мармона русские десантные части 19 сентября отошли из крепости Старая Рагуза к крепости Кастельново. В связи с этим вице-адмирал Д.Н. Сенявин сосредоточил в последней все войска — 3,5 тысячи русских и 2 тысячи бокезцев — и усилил оборону, построив в скрытых местах новые батареи, вооруженные орудиями, снятыми с кораблей. Одновременно на обоих флангах крепости два линейных корабля («Ярослав» и «Петр») заняли позиции для обстрела подступов к ней с берега. Здесь же для усиления огня были выставлены канонерские лодки и вооруженные судовые барказы.
