Эта двойственность отношения оккупантов к христианству как нельзя лучше проявилась в их конкретном отношении к религиозным чувствам населения России. Оказывая помощь населению в открытии церквей, с одной стороны, немцы в то же время зачастую оскорбляли религиозные чувства верующих. Так, в оккупированных районах Калининской области зарегистрированы множественные случаи, когда солдаты и офицеры вермахта, занимая населенные пункты и располагаясь в домах верующих, выбрасывали иконы и иные предметы культа вместе с мусором, а в холодное время нередко использовали иконы для растопки печей946.
Тем не менее, согласно уже цитировавшейся докладной записке Матвеева и Быстрова, с первых же дней оккупации немцами и органами местного самоуправления были приняты меры по открытию церквей947. Судя по докладу Н. Рыжикова, немцы производили ремонт церквей за счет населения, сами занимались подбором кадров священнослужителей948. Для отправления религиозных служб, возрождения храмов создавались весьма благоприятные условия. Так, верующим передавались не только закрытые храмы, но и, там, где церковные здания отсутствовали, школьные, клубные, колхозные, общественные помещения с правом их использования для проведения богослужений949. В частности, в Орле были восстановлены Богоявленский кафедральный собор (до войны использовался как антирелигиозный музей), Крестительская и Никитская церкви. Всего до окончания оккупации в Орле действовало пять церквей950. В Брянске в течение первого года оккупации открылось не менее четырех церквей951.
В тех местностях, где открыть церковь или молитвенный дом было невозможно, тем не менее проводились нерегулярные, иногда разовые мероприятия религиозного характера, например служились молебны, приуроченные к тому или иному событию. К их организации привлекались местные старосты, которые выделяли соответствующие помещения, заботились о доставке священников952.
Нередки случаи, когда командование германских частей и соединений передавало верующим храмы, оказывало помощь в их восстановлении. Причем делалось это вопреки поступившему уже в июле 1941 г. вышеупомянутому запрету Гитлера оказывать помощь в возрождении церковной жизни в России. Тем не менее многие командиры вермахта, не будучи согласны с генеральной линией фюрера, пытались ее игнорировать. На торжествах по открытию храмов присутствовали представители германского командования, наравне с местным населением принимая участие в религиозных церемониях, как, например, в Борисове, где на освящении переданного верующим храма присутствовали фельдмаршал фон Бок и высшие офицеры группы армий «Центр»953.
Уже в этот период, в течение лета — осени 1941 г., зарегистрированы эпизоды, когда религиозный коллаборационизм трансформировался в военный. В частности, в октябре 1941 г. в тылу 18-й немецкой армии при абвере из староверов был создан русский вооруженный отряд. К концу 1941 г. он разросся в роту, численностью в 200 человек, которая участвовала в бою под Тихвином, дислоцировалась в селе Лампово — одном из северо-западных центров староверов-федосеевцев. По данным абвера, старообрядцы стали для фронтовой разведки особо ценным материалом, в отличие от священников РПЦ и протестантов954. По данным А. В. Посадского, именно старообрядцы оказывали оккупантам большую помощь в борьбе с партизанским движением. В частности, точно информировали абвер о дислокации партизанских отрядов, их передвижениях, в то же время среди старообрядцев не было советских агентов. Попавший в немецкий плен советский майор госбезопасности на допросе показал, что в течение 1941–1942 гг. множество переброшенных за линию фронта советских агентов погибли либо от рук староверов, либо были выданы ими врагу, что объясняется большим количеством староверов в северо-западной части России, их враждебностью к советской власти955.
Русская православная церковь на оккупированных территориях имела сложную и запутанную систему управления, которая не была централизованной. Некоторые епархии подчинялись Архиерейскому синоду Русской православной церкви за границей (РПЦЗ), некоторые были самостоятельными, не сумев попасть под чью-либо юрисдикцию. Так, учрежденная в марте 1942 г. Смоленская епархия, в которую вошла также значительная часть территории современной Брянской области, вошла в состав Белорусской православной церкви. Правящим архиереем был поставлен епископ Орловский и Брянский Стефан (Севбо), прибывший в Смоленск лишь 27 декабря 1942 г.956 Наиболее парадоксальная ситуация сложилась в оккупированной части Ленинградской области, включая Псковский и Новгородский районы, управлял которой экзарх Московской патриархии в Прибалтике митрополит Вильнюсский и Литовский Сергий (Воскресенский), подчинявшийся жившему в Москве патриаршему местоблюстителю митрополиту Сергию (Страгородскому). С приходом немцев ставленник Константинопольской патриархии митрополит Августин (Петерсон), руководивший церковной жизнью в Прибалтике до февраля 1941 г., обратился к германским властям с просьбой выслать митрополита Сергия как ставленника Москвы и переподчинить церковь Прибалтики и Ленинградской области Константинопольской патриархии. Однако митрополит Сергий к тому времени завоевал себе авторитет среди священников и епископов, в результате почти все приходы встали на его сторону. Б. С. Гусев описывает, как экзарх, собрав духовенство Риги в Троице-Сергиевском монастыре, заявил: «Я должен вам сообщить, что сам я был и остаюсь послушником митрополита Сергия (Страгородского), а как вы?»957 Одновременно митрополиту Сергию удалось убедить оккупационные власти, что подчинение гонимому большевиками патриаршему местоблюстителю Сергию лишь стимулирует антикоммунистические настроения православного населения, тогда как переподчинение церкви в Прибалтике и Ленинградской области митрополиту Августину, резиденция которого находится в Англии, не даст должного эффекта. Германское командование согласилось с этим доводом, так как влияния Англии немцы боялись больше ввиду того, что церковь в Москве была гонима, а в Англии пользовалась почетом958.
Будучи номинально подчинен патриаршему местоблюстителю, а с сентября 1943 г. — патриарху Московскому и Всея Руси Сергию, митрополит Сергий одновременно установил неплохие отношения с германскими оккупационными властями, необходимые для решения организационных церковных вопросов. Однажды экзарх даже послал приветственную телеграмму Гитлеру959. Он же устраивал торжественные приемы, приглашая на них представителей германских властей, однажды возил одного из немецких генералов в Псково-Печерскую лавру, где хранились подлинные полотна Репина и Айвазовского. Авторитет митрополита был столь высок, что немцы, прекрасно зная цену этих картин, не тронули их960. Схожую характеристику митрополиту Сергию дал псаломщик С. Д. Плескан в своем письме митрополиту Алексию от 25 января 1944 г. о положении церкви во время оккупации: «Это тучный человек с большим самолюбием, властью и славой. Доверенная власть со стороны немцев была огромна. Везде, где он появлялся, был триумф…»961
При всем при этом митрополит Сергий вряд ли испытывал искреннюю симпатию к оккупантам и установленному ими на захваченной территории СССР режиму. Скорее, он вел с ними тонкую дипломатическую игру. Так, в разговоре с русским эмигрантом, заметившим, что экзарх обращается к немцам с нереальными и заведомо неисполнимыми просьбами, Сергий ответил: «Не таких обманывали! С НКВД справлялись, а этих колбасников обмануть не трудно»962.
Уже в июле 1941 г. по почину митрополита Сергия была создана Псковская миссия РПЦ, которая ставила своей задачей духовное просвещение народа, восстановление подавленной советской властью церковной жизни в занятых немцами областях. Одновременно, в начале июля 1941 г., Сергий вступил в переговоры с германским командованием, предложив отправлять миссионеров в «большевистские области России»963, под которыми, очевидно, понимались оккупированные территории. Немецкое военное командование дало согласие на открытие миссии, положительно относилось ко всем начинаниям экзарха. Уже в августе 1941 г. в Псков прибыли первые 15 русских священников из Прибалтики. В дальнейшем священнослужители продолжали прибывать, их общее количество к концу оккупации составило 200 человек964. Кадры священнослужителей готовили двухгодичные курсы в Вильнюсе, причем их выпускники направлялись не только на территорию миссии, но и на другие территории России. Курсанты обучались, проживали и питались бесплатно965.
Миссия распространяла свое влияние на современные Псковскую, Новгородскую области и часть Ленинградской. За 2,5 года оккупации при содействии миссии на пространстве от Гатчины до Новгорода и Великих Лук открылось более 470 храмов966.
Миссия находилась на полном самообеспечении, ее материальными вопросами занимался хозяйственный отдел, который имел в ведении свечной завод, магазин церковных принадлежностей, иконописную мастерскую. Все подразделения хозотдела приносили ежемесячный доход до 4000 рейхсмарок, которые расходовались на содержание сотрудников, ремонт храмов и иных зданий, канцелярские нужды967.