Попытки же оккупантов втиснуть церковь в прокрустово ложе антисемитизма далеко не всегда венчались успехом. Так, весной 1942 г. гестапо выявило множество случаев, когда «жиды ведут своих детей в Русскую православную церковь и просят, чтобы над детьми был произведен обряд крещения». Как правило, просьбы родителей-евреев удовлетворялись, после крещения детей выдавались соответствующие свидетельства. Однако это далеко не всегда спасало евреев от расправы — все выявленные гестапо евреи, включая детей, расстреливались. Обеспокоенный великорусской политикой РПЦ и других христианских церквей, уже 13 мая 1942 г. после совещания в ставке фюрера А. Розенберг направил соответствующее письмо рейхскомиссарам «Остланда» и «Украины», в котором требовал особой предосторожности «в отношении Русской православной церкви как носительницы враждебной Германии русской национальной идеи». Письмо вводило запрет для религиозных групп заниматься политикой, требовало их разделения по национальным и территориальным признакам999.
Церковь развила также бурную деятельность в деле попечения о бедных, создав по образцу дореволюционных сеть домов для престарелых, детских приютов, домов трудолюбия (богаделен). В частности, в Орле в январе 1942 г. было создано Богоявленское приходское попечительство, возродившее идею взаимопомощи, заботу о больных и престарелых. Его почетный член, доктор И. М. Варушкин оказывал бесплатную медицинскую помощь больным попечительства. Материальную основу деятельности попечительства составляли добровольные отчисления его действительных членов. Интересно, что зачастую церковь объединяла свою деятельность с органами социального обеспечения. Так, 1 сентября 1942 г. Богоявленское попечительство провело совместное совещание с участием представителя горсобеса и представителей попечительств еще трех орловских церквей, решив объединить усилия в заботе о бедных, престарелых, больных1000. В Пскове при церкви Святого Димитрия Солунского открылся детский приют на 15 детей в возрасте от 8 до 15 лет1001.
Одновременно церковь проводила сбор пожертвований для оказания помощи жертвам военных действий. Так, 17 мая 1943 г. священники нескольких орловских церквей передали бургомистру А. С. Старову более 10 тысяч рублей, собранных в помощь пострадавшим от бомбардировок советской авиации1002.
Поддерживая в большинстве случаев сам факт вторжения германских войск в СССР, церковь стала одновременно носителем патриотических настроений, помогала населению, оказавшемуся за линией фронта, переносить тяготы оккупации. Религиозный фактор стал той силой, не считаться с которой было уже невозможно, что не осталось без внимания советского правительства. Так, если в 1941 г. партизаны рассматривали открывающиеся храмы как прямое сотрудничество с оккупантами, а священников как предателей, то с 1942 г. в отношении государства к церкви наступило некоторое потепление. Первым шагом советского правительства стал переданный в 1942 г. через ЦШПД и подчиненные ему партизанские штабы приказ партизанским отрядам не проводить террор в отношении священнослужителей и вообще не мешать церковной жизни на оккупированных территориях1003. Результатом стало открытие и свободная деятельность православных храмов на территории партизанских краев1004. Следующим шагом стал прием 5 сентября 1943 г. И. В. Сталиным в Кремле четырех остававшихся на свободе архиереев во главе с патриаршим местоблюстителем Сергием (Страгородским). Были разрешены выборы патриарха, открытие храмов, духовных учебных заведений, выпуск периодических печатных изданий. Кроме того, вскоре из лагерей стали по спискам освобождать уцелевших священников и архиереев. Правомерно предположить, что на этот шаг Сталина толкнуло не только возрождение церковной жизни за линией фронта, но и распространившееся с начала 1943 г. воззвание Русского комитета, листовку-обращение от имени которого подписали А. А. Власов и В. Ф. Малышкин, что в совокупности могло выбить из рук Сталина козырь отечественной войны, перевести ее в русло войны гражданской. Недвусмысленно по этому поводу высказался в мае 1957 г. председатель Совета по делам РПЦ Г. Г. Карпов на инструктивном совещании уполномоченных Совета по делам РПЦ, пояснив, что некоторая нормализация отношений между государством и церковью во время войны понадобилась лишь для обеспечения морально-политического единства советского народа, с целью «не допустить использования церкви как организации в качестве пятой колонны в нашем тылу, на что делали ставку наши враги»1005.
Состоявшийся 8 сентября 1943 г. собор епископов РПЦ, в котором приняли участие 19 архиереев, осудил всех тех служителей и мирян, кто в той или иной форме сотрудничал с оккупантами: «Всякий, виновный в измене общецерковному делу и перешедший на сторону фашизма, как противник Креста Господня, да числится отлученным, а епископ или клирик — лишенным сана»1006. По смыслу данной резолюции собора, исповедовать православную веру без боязни быть отлученным или лишенным сана разрешалось лишь на территории, находящейся во власти Сталина. Участники собора не могли не знать, что любой настоятель храма, открывшегося за линией фронта, просто обязан был контактировать с германскими властями, то есть стоять «на стороне фашизма».
Давая оценку событий сентября 1943 г., протоиерей Л. Лебедев полагает, что «Сталин знаменитым „поворотом“ 1943 г. эксплуатировал чувство народного себялюбия под маской патриотизма», а также что «подлинно православные остались чужды мнимому подъему, но именно они несли тяжелый крест войны»1007.
Раскрепощение религиозных чувств на советской территории быстро привело к мощному религиозному возрождению. В 1944 г. на пасхальной службе в Москве присутствовало около 250 тысяч человек против 83 тысяч в 1943 г., и около 200 тысяч в области против 160 тысяч в 1943 г.1008 Показательно, что город дал громадный прирост верующих после поворота советского правительства к церкви, а районы — сравнительно небольшой, что, по утверждению А. В. Посадского, говорит о более стабильном и привычном участии сельского населения в религиозной жизни.
Были сделаны некоторые послабления и для церквей неправославного толка. Так, в 1944 г. был созван съезд двух родственных протестантских церквей — евангельских христиан и баптистов. Результатом стало объединение этих двух церквей в Церковь евангельских христиан-баптистов, разрешено создание руководящего органа — Всесоюзного совета евангельских христиан-баптистов (ВСЕХБ).
Между тем, опасаясь дальнейшей консолидации русских национальных сил, германские власти усиливали нажим на возродившуюся церковь. 5 февраля 1943 г. гестапо выпустило бюллетень, где приводились директивы Гитлера, запрещающие германским военнослужащим бывать в русских церквях, содействовать религиозной деятельности населения, привлекать в Россию духовенство из-за границы из числа русских эмигрантов1009. Последнее неизбежно выливалось в то, что РПЦ оказалась не в состоянии обеспечить все приходы священно- и церковнослужителями. Нередко один священник обслуживал несколько приходов. Недостаток священников породил ряд проблем, основная из которых состояла в том, что в оккупированных областях появилось много наспех рукоположенных иереев. Причем большинство из них плохо знало церковную службу, так как подбиралось не по духовным качествам, а ввиду антисоветской настроенности. Так, в Ленинградской области такие священники часто шпионили в пользу немцев, донося в комендатуры о том, что им становилось известным на исповеди. В частности, в Гдове появился священник отец Роман, который выдал немцам много антинемецки настроенных людей, об убеждениях которых ему становилось известно при посещении домов прихожан1010. Другой священник из эмигрантов, отец Иоанн Легкий, также собирал в пользу немцев данные о своих прихожанах, а главной темой его проповедей было «Россия в безбожестве». При этом русских он называл «сатаною на земле», открыто высказывал неприязнь к русскому православному духовенству1011. Финал отца Романа, по свидетельству С. Д. Плескана, был следующим: «Местные крестьяне, жаждав утехи в священниках и наставниках, ошиблись и получили безбожника в полном смысле этого слова и выгнали за распутство с прихода с треском и музыкой»1012.
Что касается решения Розенберга от 13 мая 1942 г. отстранить церковь от участия в политике, оно, по-видимому, подразумевало лишь запрет обсуждать вопрос о будущем Российского государства. Но духовенству настойчиво «рекомендовалось» выражать в проповедях преданность Гитлеру и Третьему рейху1013, что оттолкнуло от церкви некоторую часть верующих. Бежавший из немецкого плена старший лейтенант В. И. Силанев показал на допросе, что в Островском, Сошихинском, Славковичском районах Ленинградской области, Новоржевском и Пушкинском районах Калининской области отношение населения к церкви ухудшилось: «Раньше религия играла некоторую роль, но теперь население видит, что попы — это агентура фашизма… При церковных службах почти не читают русских молитв, а только проповедуют Гитлера, заставляют молиться за скорую победу над Красной армией и призывают вести борьбу с теми, кто против немецкой армии»1014. Проводя светские мероприятия под видом церковных, оккупанты теперь не всегда довольствовались теми, кто посещал их добровольно. Так, в августе 1942 г. в селе Покровское Орловской области на молебен, совмещенный с митингом в поддержку оккупантов, приказали явиться населению под страхом розг и расстрела. 22 июня 1943 г. в селе Лупнево Станово-Колодезской волости священники «отслужили молебен и в торжественной обстановке отметили день начала освободительной борьбы против большевистского ига». На торжестве присутствовали германские офицеры, военнослужащие РОА, туда же принудительно согнали население близлежащих деревень1015.