Даже в Главной базе флота не было флагманского командного пункта, из которого можно было бы осуществлять боевое управление флотом, и который имел бы надлежащую живучесть и неуязвимость, мог бы выдержать попадания бомб и тяжелых снарядов.
После начала войны ВВС КБФ начали получать задачи из трех источников: штаба ВВС Северного фронта, командования КБФ и командования 8-й армии. ВВС флота со все возрастающей интенсивностью привлекались для действий на сухопутном фронте.
Обеспеченность КБФ основными видами вооружения и материально-технического снабжения не соответствовало задачам и дислокации флота. Так, наибольшее количество мин оказалось сосредоточено в Риге и Выборге, а не в Таллине, где базировались минные заградители и откуда планировалось создавать основную минно-артиллерийскую позицию. В главной базе совсем отсутствовали новые мины типа КБ.
Запасы топлива на складах флота обеспечивали потребность флота мазутом на 40 суток, соляром — на 50, бензином — 30 — 50, маслом всех марок — 45, углем — 50. Но непродуманное распределение боеприпасов и топлива но пунктам базирования очень затруднило деятельность КБФ в начале войны. Наличие емкостей жидкого топлива в Таллине, Риге, Ханко совершенно не обеспечивало потребностей базировавшихся там кораблей. В самой западной, расположенной возле границы Либаве к началу войны было сосредоточено около 12 тыс. т жидкого топлива и смазочных масел и более 23 тыс. т угля, в то время как в Таллине практически не было соляра. В то же время в Либаве к началу войны имелся только один боекомплект для артиллерии береговой обороны. Почти все запасы, завезенные в Либаву, попали в руки противника.
Летом 1940 г., разгромив Францию, Германия начала подготовку к нападению на СССР. Немецкий Генеральный штаб приступил к разработке плана очередной военной кампании — похода против Советского Союза, 18 декабря 1940 г. Гитлер утвердил директиву № 21, получившую условное название «План Барбаросса».
С осени 1940 г. немцы начали сосредотачивать свои войска вдоль западной границы Советского Союза, планируя одновременное наступление по фронту от Баренцева моря до Черного. Главные удары немцы рассчитывали нанести на трех стратегических направлениях: московском, ленинградском и киевском; московское направление рассматривалось как основное и решающее.
Одновременно немцы учитывали огромное экономическое и политическое значение Ленинграда как крупнейшего индустриального и политического центра страны. Поэтому захват Ленинграда был одной из первостепенных задач немецкой армии. С этой целью в пограничной полосе в Восточной Пруссии немцы сосредоточили группу армий «Север» под командованием генерал-фельдмаршала фон Лееба в составе 16-й и 18-й полевых армий, 4-й танковой армии, 23-го армейского корпуса (резерв) и 1-го воздушного флота. Она насчитывала 29 дивизий, всего 725 тысяч солдат и офицеров, 1500 танков и 1070 боевых самолетов. По плану немецко-фашистского командования эта группа войск должна была перейти в наступление из района Клайпеда — Сувалки против наших армий, расположенных в Прибалтике, и, разгромив их, с хода занять город Ленинград. Захватить Ленинград фашистское командование рассчитывало концентрическим ударом немецких войск с юго-запада и финских войск с севера. Финны развернули у границ Советского Союза на ленинградском направлении 12 дивизий и сосредоточили 330 самолетов.
Наши армии в Прибалтике (8, 11 и 27) находились на штатах мирного времени и имели большой недокомплект в личном составе. Намереваясь захватить Ленинград молниеносным наступлением на суше, немецко-фашистское командование не планировало крупных операций своего военно-морского флота на Балтийском море. Немцы считали, что в результате наступления сухопутных войск Краснознаменный Балтийский флот потеряет свои базы и будет не способен продолжать борьбу на море, а с захватом Ленинграда, лишившись последней базы, будет полностью уничтожен.
Основным противником германского военно-морского флота и на время Восточного похода оставался английский флот.
С начала Второй мировой войны германский флот понес серьезные потери. У берегов Южной Америки погиб броненосец «Граф Шпее», в Атлантике — новейший линкор «Бисмарк», во время норвежской операции — 3 крейсера, 10 эсминцев, 4 подводные лодки и 10 малых кораблей.
Но и после этих потерь флот фашистской Германии представлял значительную силу. На 22 июня 1941 г. он имел в своем составе новый линкор «Тирпиц», 2 линкора типа «Шарнхорст», 2 старых линкора типа «Шлезиен», 4 тяжелых и 4 легких крейсера, 16 эсминцев, 27 миноносцев, 165 подводных лодок и значительное количество кораблей специального назначения и катеров. Часть немецких кораблей (линкоры «Шарнхорст» и «Гнейзенау», тяжелый крейсер «Принц Ойген» и несколько эсминцев) находились в Бресте (Франция), на порты Бискайского залива базировалась большая группа подводных лодок.
Основные силы немецкого флота находились в базах Германии, Дании и Норвегии. В состав этой группировки входили «Тирпиц», 2 старых линкора, 3 тяжелых и 4 легких крейсера, 11 эсминцев и 23 миноносца, 85 подводных лодок, 69 кораблей специального назначения и много катеров. Балтийские проливы и Кильский канал обеспечивали возможность маневра силами между Северным, Норвежским и Балтийским морями.
Однако следует отметить, что гитлеровское командование, опасаясь активных действий КБФ, сосредоточило в портах и базах Данцигского залива и в порту Мемель (Клайпеда) все свои минные заградители, часть миноносцев и торпедных катеров, большую часть противолодочных и тральных сил и значительное количество подводных лодок. Когда на совещании у Гитлера 18 марта 1941 г. обсуждалась просьба командующего экспедиционными силами в Африке прислать с Балтийского театра на Средиземное море торпедные катера для борьбы с английским флотом, то немецкое командование сочло невозможным перебрасывать торпедные катера на Средиземное море до тех пор, пока не будет завершена операция «Барбаросса».
Своим военно-морским силам на Балтийском море немецко-фашистское командование ставило следующие задачи:
а) действиями надводных кораблей, подводных лодок и авиации против портов, баз и кораблей, одновременно используя минные постановки, заблокировать Краснознаменный Балтийский флот в Финском заливе и его базах; б) защитить побережье Германии от действий КБФ; в) обеспечить по морским сообщениям снабжение немецких войск, действовавших в Прибалтике и Финляндии; г) препятствовать выходу КБФ в Балтийское море.
Перед самым началом войны для действий против нашего флота в Финском заливе из Германии в Финляндию был перебазирован немецкий отряд в составе 48 кораблей и катеров, в том числе шесть минных заградителей, 20 тральщиков, 10 сторожевых и 12 торпедных катеров. Кроме того, флот противника в Балтийском море мог быть всегда усилен немецкими кораблями, базировавшимися на порты Северного моря и Норвегии.
Военно-морские силы Финляндии имели в своем составе 2 броненосца береговой обороны, 5 подводных лодок, 4 канонерских лодок, 7 сторожевых кораблей, 10 сторожевых катеров, 10 надводных заградителей, 25 тральщиков, 5 торпедных катеров, 4 минных катера, 2 плавучие базы.
Они были приведены в полную боевую готовность в первой половине июня, а 16 июня их разделили на две группировки. Половина кораблей финского флота, в том числе оба броненосца, дислоцировались в Або-Аландских шхерах Подводные лодки, минные заградители и большинство сторожевых катеров финского флота базировались на порты Финского залива
Военно-морские силы Финляндии должны были: а) не допустить проникновения советских кораблей в Ботнический залив; 6) оборонять Або-Аландский архипелаг и шхеры Финского залива; в) нарушать наши сообщения, проходящие вдоль Финского залива из Таллина на Ханко и в Рижский залив. Кроме того, Финляндии была поставлена задача — уничтожить военно-морскую базу КБФ на полуострове Ханко.
Начиная с весны 1941 г. немцы и финны регулярно вели воздушную разведку северной части Балтийского моря, Финского залива и районов, прилегающих к советскому побережью, углубляясь в материк на 10 — 15 км. С целью разведки в Балтийском море были развернуты на позициях немецкие подводные лодки. По данным радиоразведки, в течение мая и июня 1941 г. подводные лодки противника находились на позициях в устье Финского залива, западнее острова Хиума, на подходах к Вентспилсу, Либаве и Клайпеде. Морская разведка обнаружила сосредоточение немецких кораблей в базах Балтийского моря, усиление противовоздушной обороны баз, переброску немецких войск и вооружения в Финляндию, а также сосредоточение войск в пограничных районах.
Угрожающая обстановка на границе и отсутствие документов по совместному действию флота и армии были учтены командованием КБФ. Штаб флота совместно со штабом ПрибОВО разработал план взаимодействия (так называемый «план прикрытия»).